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一言居士の独言

AC129を巡る問題16

(ため息ブログの認識)

(導入)

ため息ブログのブログ主は桂報告書の信奉者ですが、ブログの開設が古くてまだSTAP事件が発生してないときから存在している。
若山さんが犯人だということは分かりましたので、今度は相手の立場に立って、どこが間違っているのかを検証していきましょう。このブログ主は後から参入しているので我々にとっては何が誤認識を誘発しているのかが見やすい。

アーカイヴの2015/11/14の記事に在米ポスドク氏の件が出てくる。一研究者ブログに出て来る妙な奴で、一隅を照らす者国の宝なりという伝教大師の言葉を振りかざす悪趣味な奴でお寺さんが聞いたら黙って実行しろいと一喝されそうな青洟垂れでしたね。こいつがテラトーマの体細胞を小保方さんが縛ってくっ付けたなんて間抜けたことを言い出したんでしたよね。豚腹で自分の足元が見え無いらしい。花壇の縁石の上を走れないらしいぜ。
このコーナーは気楽にいきましょう。もう分かっちゃったからね。我々のやくざ気質をのびのびと展開したいものです。

まずこの人が普通の人だというあたりから。
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Education, 論文捏造
同じ大学の先生なんだけど…
2014年9月26日 terui コメントする
小保方晴子さんに声援を送ろう という得体の知れない人々の集まるフェイスブックがあって、
(図省略)
と投稿しているヒトがいたのね。リンクしているフェイスブックを開いたら、なんと目白大学経営学部経営学科教授だ。ホスピタリティ・マネジメントの研究をやっているらしく、文系だ。9月14日の投稿なんだけど、この時期にこんなコメントて…なんかなぁ。わからないことに首を突っ込まない方がいいと思うんだけど。
Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。
小保方に一目惚れのおっさん群の一人だな。このセンセも下の林俊朗先生同様、同じ大学のセンセですと誇りをもって紹介できそうにないな。
ま、向こうも管理者のことを同僚ですなんて言わないだろうけど、言われたら困るけど。


この人は東京教育大の出身で理系です。2014年には目白大学で教えていたということです。この時期まだ桂報告書は出ていません。9月ですから再現実験している頃で、この頃から小保方さんが怪しいと見ているのが分かりますが、誰かに頼まれて書いているわけではないことは明らかです。無論、若山さんと知り合いだったとか学会で話したことがあるとかいう人間関係は我々には分かりませんね。
「Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。」と言ってるんで、結論を待つという態度です。ただ小保方さんが怪しいと思っている。一つには自分が教育者で現場を知ってるということがある。コピペの問題を騒がれたので裏の見える感じがあるんでしょうね。ただ、キメラがなぜできたかという問題が先鋭化していない段階です。
この段階でおかしな人だとは思えませんね。


一か月後の記事です。今度は博論の問題。ここも変ではない。ただし、法律の知識が無いので早稲田の手続きが何を意味しているのかに関して考え抜けしている。逆に一般人は早稲田が変なことしていると直感したところです。関心が論文不正に向かっているから、早稲田が法的に変なことをしているということに気づかない。でもこの時期はまだ情報が出そろってないのでマスコミ報道を疑う段階ではないので、この反応も特段おかしくない。
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Education, 論文捏造
1年間の執行猶予だそうで
2014年10月7日 terui コメントする
1年間猶予をあげるから、その間に研究倫理の講義を受講し、論文を書き直したら、博士を取り消さないよ。だそうで。
早稲田も苦労するね。なんせ論文審査がでたらめだったからですな。主査=指導教員は1ヶ月の停職だって。停職+3年間の審査資格剥奪くらいしたら?論文審査できなかったんだから、審査方法の勉強させないと。
Vacanti は論文審査を依頼されていないといっているんだから、それがホントだったら、文書偽造だろ?サインがあるはず。だれも質問しなかったね。
実験の実態が合ったと判断しているらしいけど、ホントか?Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。


我々は既に、この時早稲田は小保方さんが草稿を出したというミスと自分たちがそれを確認せずに博士号を与えたというミスをバーターにして、再審査という詐欺行為を行っていたことを指摘している。マスコミも気づいていないし、この照井さんも気づいていない。この時点で小保方さんは自ら博士号を返上しているんです。そしてなぜそうしたかというと彼らは再審査してもう一度与えるということを臭わせて騙したんです。
「論文を書き直したら、博士を取り消さないよ」と解している。違います。既に自主返納させている。博士号の取り消しは博士論文に不正があるということを証明しない限りできません。彼らは自主調査でその証明ができないことを知ってる。だから小保方さんを騙して自主返納させたんです。これは理研での不正とも何の関係もない。加藤さんは捏造を認めたが、今でも博士でしょ。博士論文に不正が無ければ取り消せません。小保方さんの博士論文の不正は早稲田大学によって証明されていない。
彼らは騙して小保方さんに博士号を自主返納させたんです。詐欺です。弁護士は訴訟するように小保方さんに勧めたんですけどね。絶対勝てる裁判です。早稲田は授業料の返還のみならず、莫大な慰謝料も払わなければならなかったでしょう。これは仮に小保方さんが理研の実験で捏造していてすら勝てる裁判です。
こういうところが理系というのは視野が狭いんですね。学生はコピペするものだ。俺はどれだけみてきたことかと。それはそれ、これはこれという多視野が無い。ニーチェの言うトンボの複眼思考ですね。
ここで既に大きな先入観が入っていることには気づけますね。
「ホントか?Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。」とあって、小保方さんのティシュー論文を読んでませんね。図の差し替えは正式に小島が説明している。この段階ではやじうまレヴェルですね。そして、それはまだこの段階ではおかしくはない。

照井さんがなぜ小保方さんが怪しいという方向にリードされるのかは単に11次元だとかマスコミの偏向報道に感化されているだけでなく、教育現場の惨状を知ってるからというのがある。これはまだ5月の段階の記事です。
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Education
中年Hは おちょくられて いる
2014年5月29日 terui 2件のコメント
もう過去になったかもしれないが、いやまだ早稲田の判定が出ていないから現在もか、コピペの問題である。小保方の博士論文じゃないけど、実習のレポートは放っておくとコピペが蔓延する。そこで、最初の実習のときから、「レポートはコピペするな、コピペしてもこういう道具があるからばれるのだ」とコピペした実際の学生のレポートを提示している。
機械的なコピペ判定は電子化した文書でないとできない。そこで、学生には紙媒体のレポートと、そのレポートの考察以降の部分をメールに添付して送付させている。コピペ判定ソフトはひたすら類似点を探すわけで、多くの実習は班を作って行うので、同一班なら結果が同一になるのが当然だ。したがって、目的、方法、結果は類似するにきまっているので、考察の部分だけをコピペ判定ソフトを使って類似度を算出するのだ。メール添付書類は紙媒体でのレポートを作成してしまえば、簡単なので学生に負担がないから、学生からの苦情があるわけがない。
レポートの評価は、紙媒体で提出された方で行う。メール添付と紙媒体の内容が一致しているかどうかを比較できるが、そんなことはしていない。紙媒体のレポートの締め切りのほうが早いので、紙媒体のレポートを仕上げてからメール送付するのが普通の手順だ。なにもメールのために新たに考察を書き加える理由がない。
しかし、そこに穴があった。中年H担当のクラスでは、コピペ判定で類似度が高くならないように、そして中年Hはメール添付書類と紙媒体のレポートを照合するわけがないと判断して、メール添付のほうは、昔のレポートの考察とか関係ない文書をコピペした奴がいる。紙媒体のほうは該当の実習の考察をコピペして書くのだ。そのような奴はクラスに数人しかいないから、コピペ判定ソフトで類似していると判定されるわけがない。むしろユニークであると判定されるに決まっている。レポート評価は紙媒体のほうで行うのでコピペがばれなければいいというわけだ。
紙媒体でコピペを判断するのは難しい。100通近いレポートを読み、誰かのレポートと同じだなと思ってもどれと一致しているかを探すのは大変だ。学生は同じ教科書を参考にしてレポートを書くから、似たり寄ったりになるからますます大変だ。だからコピペ判定ソフトを使うのだ。
一回これで成功したら、紙媒体とメール添付書類を照合していないということがわかり、紙媒体のほうはコピペでメール添付は昔の考察とか関係ない文書を貼付けることを続けるのだ。
一昨年度の中年H担当クラスのメール添付書類を調べたら、いるいる。あー。中年Hは学生におちょくられているのだ。後期の実習の後半のメール添付書類を調べたら常習者がいた。紙媒体のレポートは誰かのレポートと同じだったにちがいない。すでに返却したからわからないが。
圧倒的多くの学生はこのようなことをしないが、同じような教科書を参考に書くから、レポートが何らかの格好で似てくる。これに対して、全く違う実習の考察とか全く関係ない文書のコピーをメールに添付すると、類似度がものすごく低い。あたりまえだな。だから類似度の高いものだけをチェックするのではなく、極端に低いものも見れば良いのだ。
中年Hが「類似度がxx%以上は、機械的にコピペと判断する」なんて学生に宣言するからこういうことになる。同級生と相談して、同じ教科書を参考にしてコピペに近いレポートを書くので類似度がどのくらいになるのか分からず心配である。だから本来の考察の後に関係ない文書を加えたりする。絶対ひっかからないように工夫するのだが、この程度しかできないのだ。
管理者は類似度が高ければ、両方を実際に比べコピペの判定することにしている。なんていったって、機械的な処理をするとエラーが必ず混入するからな。「xx%以上をコピペとする」などと決めつけたら、私は機械任せですよといっているのに等しいからな。学生に馬鹿にされる可能性が高い。



部外者としては気の毒だと思うだけですね。ただ、給金貰っている仕事だからね。
そもそも学ぶというのは真似ぶから来ていて、極端に言えばコピペすることだから、手書きでもさせた方が本人のためにはなるね。真似ることすらできない段階で自分の考えは書けない。ただ先生は評価しなければいけないんでしょ。しかも文科省から指導があるらしいな。まあ、評価試験の仕方はまた別にありそうだけどね。
こういう仕事ばかりしている人がSTAP事件に出会った時、自分の知ってる現場を思うのは仕方ないよね。

というようなことで、この人はこの段階では少しも変ではないというところを確認した後にこれがどこまで続いていくのかを見て行こう。

人脈関係では桂報告書の出たあたりでしょうかね。
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Education, 研究, 雑感
米ちゃ〜ん
2014年12月26日 terui コメントする
あらま、米(よね)ちゃん、相変わらずご活躍ですね。

ため息1

すごいな、ニコニコの動画だと金髪のじじいじゃん。かっこいいい!!理研の外部調査委員のメンバーは記者会見まで非公開だったので、今日の会見までわからなかったよ。
奥様お元気? 奥様もユニークだったよね。面白くて会話するのが楽しかったんだけどね。
この偉い、理研の外部調査委員になった米ちゃんは、管理者の学部学生のときの1年上の先輩ね。よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいったよね。当時は痩せてひょろひょろだったのに、太ってそれなりに貫禄だね。しかし、当時は雀撃ちは下手くそだったね。人がいいからね。嘘つけないんだよね。だからすぐ読まれちゃうんだよね。下級生の管理者に読まれちゃっていたんだよね。当時はクラスが20名しかいなかったから、先輩後輩関係が厳しく、生意気な管理者はよくK先輩に怒られていたよ。でも米ちゃんは管理者を捕まえて説教することなかったね。やさしかったからね。もっぱら説教するのはK先輩ね。K先輩はその後、どっかの教育委員会委員長になったらしいから、学部のときからその形はできていたんだ。
なつかしいね。


伊藤さんの隣にいた人ですね。東京都医学総合研究所シニア研究員米川博通さんと紹介されていた。
Ooboeさんのパートナー氏が手紙を送っている先の一人ですね。
ブログ主の1年先輩だというが、この段階では委員を務めていたことを知らなかったと書いている。ここもたまたま知り合いだったというだけのようですが、こういう人が言うんだから本当だとは思うでしょうね。でも、この桂報告書は大嘘だらけでしたね。
「よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいった」って、ゴム鉄砲かなあ。そんな時代ではなかったような気もするが。
後で裏事情を電話して聞き出したとかいうことなら又別だけどな。高橋洋一氏がネットで小保方さんが犯人のようだということをチラと言ったので、学者同士のヒソヒソ話があればまた考慮しないといけない。ただし、高橋さんも情報操作されただけかもしれない。

3月の段階でもとりわけスピン屋さんを頼まれている風でもない。ただ桂報告書を素直に信じているという風に読める。
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Education, 論文捏造
コピペレポートの結果  他の大学では
2015年3月11日 terui コメントする
東大教養学部であるレポートの75%がコピペだったそうな。

期末レポートにおける不正行為について
本学部後期課程において、平成 26 年度冬学期の期末の課題として提出されたあるレポートの文章の約 75%が、インターネット上に公開されている文章からの引き写しであることが判明しました。言うまでもなく、他人の文章の無断借用は剽窃であり、その行為が学問倫理上許されないことは明らかです。教養学部では、前期課程・後期課程ともに「成績評価に関わる試験やレポート作成において、不正行為が認められた者(協力者も含む。)は、その学期に履修した全科目の単位を無効とする」という申し合わせをおこなっており、学生の皆さんへの配布文書にもその旨明記してあります。今回もこれに基づき、厳正な処置をとったことを周知いたします。
今回、こうした不正行為が発見されたことは大変遺憾なことです。今後はこのような事案が二度と起こらないよう、学生の皆さんは学問的倫理を十分に自覚して勉学に励んで下さい。
平成 27 年 3 月 10 日
教 養 学 部

あっちの大学で、同じようにしたら、何人、引っかかるかな。コピー元も同じ処分だから毎年必ず2名はいる。かなり強く警告してもだ。該当実習の評価を0点にしているだけだ。このくらいの大きな処分にしないとだめかな。


至極まっとうな意見だと思われる。

でもこの辺りからは何の証拠もなく失礼を通り越している。人格障害はどちらなのかと疑われてしまう。必要もないこと書いてるね。
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Education, 論文捏造
パーソナリティ障害の問題
2015年3月13日 terui コメントする
第50回作業療法士国家試験問題 午後47
作業療法中に簡単な作業であっても頻回に助言を求めるのはどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 1 解説するまでもないでしょ

さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 5
精神科医の解説:ドラマ人格の時代?小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。


ここはそうでもない。前半まとも。
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Education, 論文捏造
1年経過して
2015年3月15日 terui 2件のコメント
始めSTAP細胞のニュースを聞いて、思ったことは「そんな馬鹿な」だった。管理者の頭は、ジジイだから昔に習った生物学が基本で、その後の発展を系統だって重ねて構築された知識で埋まっているわけではない。
管理者の頭にあったのは、動物と植物の決定的な違いは脱分化の可否だったのだ。だから、STAP細胞のニュースを聞いて、あらま、ES細胞の混入じゃないの?とは思ったわけだが、誰もが考えることがES細胞の混入だから、Natureの査読者もチェックしているにちがいない、だとすると、スッゲーなと思ったわけだ。
んで、すったもんだして、ES細胞を使ったインチキだったことが判明したわけで、なんだかな、管理者が通学の時に地下鉄で読んでいた岩波の生物学講座だったっけ?=教科書なんかなかったからね=から、進歩したんだろうけど、誰も制御できない世界になっちゃったんだね。管理者が読んだころの論文には捏造がないという前提で、お互いに、そのデータは事実として議論できたんだよね。
金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。



「金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。」というのはどこから仕入れた情報かな。訳のわからない人というのは竹市、西川、笹井、丹羽さんたちのことになるんだけど、こんな情報を内部から出す可能性のあるのは無論松崎だね。
それとここにはコメントが入っている。
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「1年経過して」への2件のフィードバック
バジル
2015年3月21日 9:46 PM
ため息ばかりさん、おひさです。
あちらの方も読みましたよ。もっと書いて!!
理研なんちゃらっていうブログのみさきはわたしです(笑)
なんか腹立たしくて書いちゃった。
で、今日はガーディアン紙の翻訳を読んでほしくてコメントしたけど、
もうね、擁護派の人には何を言っても無駄だとわかりました。
あちらの方は、読んでてめちゃくちゃスカッとします。
本当はあちらのブログをみなさんに紹介したい気分。
カメムシさんも、また唖然とすること書いてますよね(笑)
それにしても、小保方さんってメンタル異常なくらい強いなぁ。

admin
2015年3月22日 5:49 AM
読んでいただいてありがとうございます。
1年間楽しんだわけですが、擁護派がうだうだ言うようだとまだ楽しめるのかな?


一年間別の場所でアンチをやっていたんですね。私は当時は真相を知ることに精力を注いでいたんでこういうのはよく知らない。あちらというのがどこか誰かコメント欄に教えてくれると有難いね。だんだん正体が現れてきているかな。

そしていよいよ在米ポスドクの登場です。醜い豚腹です。人格も醜い。ヒヒヒ。
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Education
1回の活動電位で出入りするイオンの量
2015年4月23日 terui 10件のコメント
どの医学系の大学でも、生理学の講義の2,3回目くらいは興奮性細胞の活動電位がどうやって発生するかだ。
学生が質問してきた。「活動電位が発生するとNaイオンが細胞内に蓄積する。その量はどのくらいだ?量が多かったらまずいじゃん。」
ごもっともな、良い質問だ。すでに2回目の講義でNa-Kポンプの説明を行っていたから、この質問に対して返事ができる。「大した量ではないし、ポンプで排出されるんだよ」だ。
しかし、実際に計算したことなぞなかったから「大した量」の根拠がない。細胞内のKイオンの量に比べ1回の活動電位で細胞外に出て行くKイオンの量なぞ、ものすごく少ないというのは当たりまえだと思っていたからだ。それでもオーダー位は計算して見る価値がある。
細胞外から入り込むNa+については、一個の細胞に対して細胞外の溶液の量は無限大に近いし細胞内Na+の量は小さいから、細胞内から出て行くKイオンについて計算してみよう。細胞内のKイオンは有限だからな。以下の計算は合っているかな?だれか誤りを指摘してくれ。
[ 追記 ] 2015.11.14 在米ポスドクさんが誤りを指摘してくれました。以下に訂正しました。在米ポスドクさんありがとうございます。訂正前は青字でそのまま残しておきます。
細胞の直径を20 μmとして計算するとき、その半径10 μmを10 mm-2とすべきなのに 10 mm-3としたのが誤りの原因です。その他の値も原著に忠実にして、それらしくしたので、少し値が違いますが、大筋はかわっていません。

1回の活動電位が発生すると4.7 pmol/cm2のNa+が細胞内に入り6.6 pmol/cm2 のK+が細胞外に出る(Keynes, 1951, http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1113/jphysiol.1951.sp004608/epdf)。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。Na+とK+の出入りが1対1ではないじゃん、という議論は別にして、5 pmol/cm2が出入りするとしよう。下記の仮定がいい加減だから有効数字は1桁で計算しちゃうのだ。1 cm2 は 100 mm2したがって以下では、1回の活動電位で 5 ×10-2 pmol/mm2のNa+が細胞内に入り、同じ量のK+が細胞外に出るとするのだ。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径は 10μm すなわち 10 mm–2で 細胞の表面積は4πr2だから4 x 3.14 x (10-2)2 = 12 x 10-4 mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル密度が同じだとして計算するのだ。
1個の球形の細胞が1回活動電位を出すと
5×10-2 [pmol/mm2] x 12 x 10–4 [mm2] = 60 x 10–6pmol
つまり、6×10-5 pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 mol のイオン数は6x1023 個でp(ピコ)とは10-12 だから1 pmol とは6×1011個のイオンになる。
6 x 10–5 x 6 x 1011 =36 x 106個のイオンが出入りすることになる。
細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ(2回目の講義資料)。細胞内液 1 L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020 個のKイオンがあるということだ。直径20μmの細胞の体積は4/3πr3 だから4/3×3.14×(10-2)3 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-6 mm3 は 4×10-6 x 10-6 = 4 x 10-12 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-12 =640 x108 個、つまりが細胞内にKイオンは640 x108 個ある。
36 x 106 個 ÷ 640 x108 個 =0.056 x 10-2
0.06% 変化する。
1回の活動電位が発生すると4pmol/cm2のNa+が細胞内に入り同じ量のK+が細胞外に出る(Keynes, 1951)。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。1 cm2 は 100 mm2したがって1回の活動電位で 4×10-2pmol/mm2のNa+が細胞内に入り、同じ量のK+が細胞外に出るとする。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径 10μm は 10 mm-3で 細胞の表面積は4πr2だから4 x 3.14 x (10-3)2 = 12 x 10-6 mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル濃度が同じだとするわけね。
したがって1個の球形の細胞が1回活動電位を出すと
4×10-2 [pmol/mm2] x 12 x 10-6 [mm2] = 48 x 10-8pmol となり
48×10-8pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 pmol とは6×1023 x 10-12個のイオンだから(「単位の話」を参照)
48 x 10-8 x 6 x 1023 x 10-12 =288 x 103個つまり約30万個のイオンが出入りすることになる。

細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ(2回目の講義資料)。細胞内液 1 L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020 個のKイオンがあるということだ。直径20μmの細胞の体積は4/3πr3 だから4×10-9 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-9mm3 は 4×10-9x10-6 = 4 x 10-15 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-15 =640 x105 個、つまり6千400万個のKイオンが細胞内にある。
288 x 103個 ÷ 640 x105 個 個 =0.45 x 10-2 ≒ 5 x 10-3
0.5% 変化する。
別の推測によると「K+イオンの流出量は軸索内部に存在するK+イオンの約1万分の1である」だ。こんなもんかな?
なんか大きすぎるようなきがするけど。おなじようなオーダーだな。
どちにしろ、有効数字が1桁の概算で、1回の活動電位が細胞内のKイオン個数に及ぼす影響はほとんどないだろうで、事実ない。


ここのコメント欄です。一研究者ブログから続々という感じでしょうかね。
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「1回の活動電位で出入りするイオンの量」への10件のフィードバック
在米ポスドク(どこかでお馴染)
2015年11月14日 4:54 AM
細胞の表面積と体積の計算部分で、
細胞半径10 μm を1*10^(-3) mmとされているところ、 10^(-2) mmだと思います。
従って、最終計算結果が体積と面積の次元分だけ1桁異なってくるので、変化率は約0.05%となり、「なんか大きすぎる」という感覚と一致しそうです。
admin
2015年11月15日 10:17 AM
誤りの指摘ありがとうございます。書き換えました。
こんな価値があるとは思えないブログを読んでくださりありがとうございます。
在米ポスドク
2015年11月15日 5:30 PM
訂正を有り難うございます。
以前より楽しんで拝見しておりました。
質問に真剣に取り合ってくれる先生だからこそ、学生さんから良質の質問が出るんでしょうね。コロンバスの和訳を3日3晩考えたクシャミ先生を思い出しました。
それと、余談ですが、鍵箱は小さい六画レンチか小型のペンチをワッシャーの横から差し込んで手前のワッシャーを保定しつつナットを回して緩めればサラねじが抜けるのではないかな、と思いました。
admin
2015年11月16日 11:47 AM
2枚のワッシャはφ3mm の皿ネジで、1枚の方にネジ穴を作って固定しています。ワッシャの間にあるナットは4 mmのものですからスペーサーとして使っているだけです。この止めてあるφ3mm のネジの頭は外部に向いていないので、このネジを緩めるのは、ドアのとってを抜かないと無理です。ドアの取手は軸にネジで固定されているわけですが、このネジは鍵箱を取り除かないとアクセスできないです。
在米ポスドク
2015年11月17日 10:47 PM
あんまり褒められると面映くて、登場しづらくなっちゃいます。六角レンチを変換ミスするくらいのふつつかものです。
ナットはねじに噛んでいないのですね。納得しました。
この仕組みの最大の脆弱性は、4桁の数字でしょうね。システマチックに調べれば2、3時間かかりますが、ダイヤルが回しにくそうなので、学生さんは施錠時にわざわざ数字をランダムに戻さないでしょう。回しやすそうな位置(中央の2桁目)を手前方向に2、3した状態になっていると仮定して試せば、数分で開きそうです。
同じ鍵箱を2つ買ってつけておけば、部外者はどちらの鍵箱に鍵が入っているのか分からないのでセキュリティが高まりますが、見た目が悪いですね。
terui
2015年11月18日 6:28 AM
何桁あっても、おっしゃるように1桁だけ隣の数字にしておくのが多いですね。自転車のワイヤー鍵なんかそうですね。
鍵箱2つはいいアイデアですが、場所がない。バッテリー動作の電子錠なんてのがいいのですが、ドアを勝手に改造することになって、始末書ものになるし、許可なんか申請しても出ないですね。
科学誌印刷業者
2015年11月19日 12:25 AM
 学生の就職先とかの互恵関係にあるところで、個人認証ロックの導入について長期の信頼性確認試験の実験台を求めているところとかないですかね。
 もし見つかれば、大学の認可も得られやすく、しかも無料で導入できると思うのですが。
terui
2015年11月19日 6:51 AM
ちと、具体的に何を想定されているのかわかなないです。誰が、何のためにどのようなことをするのが、教えていただけないでしょうか?
科学誌印刷業者
2015年11月19日 8:03 PM
 指紋、静脈などなどのロック機構では、まだ認証エラーが十分に小さくなっていないように思います。
 比較的少人数で実験台になってくれて、しかも実験の信頼性が高いので、大学が導入を試してみてくれるなら食指が動くメーカがあるかもしれません。
terui
2015年11月20日 7:28 AM
業界が異なるので、そのような需要がどこまであるのかわかりかねます。
静脈認証で思い出すのは;大学の学生宿舎に個人認証で玄関のドアを開閉を制御するシステムを導入すべく、入札になったら、某韓国メーカが1円とかで応札して納品したんですね。手のひらの静脈認証システムでした。エラーばかりで、すべての学生宿舎の認証システムが破壊されてしまった という事件です。10年以上前の話です。


豚腹の方から出てきたように書かれている。裏でどういう打ち合わせかは分かりませんね。そしていよいよDORAさんブログで紹介したワトソンの件ですね。
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Education, 論文捏造
まだやっているようだーSTAP
2015年6月30日 terui 1件のコメント
STAP細胞捏造事件は、O が捏造した(公式な理研の調査では断定されていないけど)という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、まだ一部で議論が続いているのね(一研究者・教育者の意見)。ブログの主はO 擁護派ではない批判派でもないといいつつ、O だけが悪いのではない、未熟だったのだ、周囲のシニア研究者、早稲田の教育が悪いと主張するのだから擁護といわれてもしょうがないだろうが。30歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。
STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検2級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。
O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。
マスコミや管理者のようなB級研究者の妬みによる小保方バッシングがけしからんという主張もある。O 本人の責任ではないかもしれないが、理研が大々的に打ち上げた、組織維持、研究費獲得のため大騒ぎな発表だったからしょうがないだろ。当時の理研執行部を批判するのは当然だが、そもそもの原因はO にあったんだから。S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。
挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。
延々と酢漬けの細胞からキメラを作ろうとしたのだが、当然、失敗続きだったのだが、あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。キメラができたというのは、導入した細胞が全ての組織、臓器に分化した、つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。
キメラができた=万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。
S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。
ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。
上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。O への教育が悪かったというのも事実で、早稲田の指導教員や女子医の関係者は当然責められるべきだな。最悪な奴はO を利用したV だけどね。どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの?と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば だけどね。


(中間考察)

さて、やっと彼の認識の全貌が語られましたね。彼はこのブログとは別に事件後すぐに別の場所で小保方さん犯人説を展開していたようですが、今それはちょっと分からないんで、この文章を元に彼の認識の誤りを批判しておきましょう。
>>
まだやっているようだーSTAP

お前もな。何かいう時は自分にブーメランで帰ってこないかどうかいつも確認しながら書いたほうがいい。

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2015年6月30日 terui

まだ小保方さんの手記は出ていないが、丹羽さんと相沢さんの報告は出ている。まだ読んでないようだ。

照井直人さん
神経生理学関係の博士さん
東京教育大の理学部生物学科の動物学の専攻でそのまま教育大の院に進んで、筑波大の講師から始めて教授になり、今70歳前後の先生
この頃65歳前後



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STAP細胞捏造事件は、O が捏造した(公式な理研の調査では断定されていないけど)という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、

誰もが認める結論って何人に聞いた? データを示せ。我々はお前はそう思ってるだけだと判断している。

>>
30歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。

どこが未熟なのか説明してから後に、更に、誰が「未熟だから許す」と言ったのかちゃんと説明しろ。

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STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検2級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。

あ、そう。で。

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O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。データは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。

あれま、なんという杜撰な論理なんだい。ほんとに博士かよ。馬鹿士じゃないのかよ。もっちょっと論理的に語れよ。中二じゃあるまいし。O が筆頭の論文の責任著者はWじゃねえか。このデータを元に議論しなくて、どこに捏造証拠があるんだい。データはたくさん残されているんだよ。お前知らないのか。誰が信用できないのかを決めるのは証拠だ。お前の思い込みじゃない。

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胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。

誰が胎盤が光ったからESじゃないなんて言ってるんだい。勝手に藁人形を作って五寸釘立ててんじゃねえよ。そんな議論誰もしてない。誰がキメラを作ったのかと議論している。桂報告とお前は小保方さんがESを混ぜたと言ってるんだろ。我々は愚か者がとお前たちを断罪してるんだぜ。

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正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。

実験をした本人は若山さんだよ。大丈夫かお前は。キメラを作ったのはまず若山さんだ。そしてどんなマウスを渡したか記録してないのも若山さんだ。最初のマウスはGFPヘテロマウスなんだぜ。「僕のマウス」じゃないんだぜ。そんなことも知らないだろうが。間抜けが。ちゃんと調べてからものを言え。

>>
論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。

論文と残されたデータを比較しないで何が出来るんだ。お前は小保方さんがESをコンタミしたからキメラができたと思ってるんだろう。キメラができたと書かれているのは論文だ。論文にキメラが出来てないと書かれていたら事件は無いだろう。間抜けたことを言うな。お前頭大丈夫か。

>>
そもそもの原因はO にあったんだから。

そもそもの原因がWにあったことを同時に考えもしてない愚かな頭で研究者だって? B級研究者が怒るぜ。他人迷惑な謙遜してんじゃねえよ

>>
S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。

お前それを誰に聞いた? Wか、それともMか。それとも在米ポスドクか?

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挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。

お前のインチキ精神医学の見立てかね。
>>

さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 5
精神科医の解説:ドラマ人格の時代?小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。

教育してんの? 魔女狩りやってるの? お前東京高等師範の出なんだろ。恥ずかしくないか。

>>
あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。

太田ESは解凍しないと使えないということが分からないのか。テラトーマからAcr-CAGが出ているのを知らないのか。「意図してか誤ってかわからないが」とは何だ。太田ESだったら意図してに決まってるだろうが。曖昧なことを言ってるんじゃねえよ。最初のキメラのF1はGFPヘテロマウスなんだよ。桂報告に書いてあるだろうが。「僕のマウス」じゃない。

>>
つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。

そうだ。Wがキメラを捏造したから、サポート実験の捏造を誘発したのさ。すべての原因はキメラを捏造したWだ。そして増殖率の捏造はES細胞の分であって、FLSではない。FLS1~8の40Pのサンプルが木星リストに残されている。この部分のレトリックは桂報告書の捏造で、Ooboeさんのパートナー氏によって 謝金支払い表が公表されている。彼女は殆ど皆勤している。

>>
それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。

何をわけの分からないことを言ってるんだ。最初のキメラの次はGL作成時のGOFキメラが作られているはずだし、翌年にはGLS時のキメラ、FLS時のキメラ、又胎盤が光ったと言った時のキメラが作られている。何が再現性が無いだ。桂報告すら理解できてないじゃないか。


>>
キメラができた=万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。

何をトチ狂ってるんだ。お前全然論文読んでないじゃないか。レーンの話はSTAP細胞のTCR再構成ありのPCR証拠写真だ。ポリクローナルな集団だからあって当たり前だ。その写真の一番わかりやすいと彼女が思ったレーンを切り貼りして白線を入れるルールを誤解してたと言うだけだ。定性の場合は不要、定量の時は入れないといけないと思っていたからだ。博論の写真はテラトーマに若山さんが幹細胞を注射して小保方さんでも出来すぎだと疑われたから使わなかったんだよ。お前何一つ調べてないだろ。

>>
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。

馬鹿野郎。お前のことだ。

>>
S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。

お前自分のこと言ってるじゃないか。お前Live Cell Imaging の動画見てないだろう。そもそも論文読んでないな。

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ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。

お前最近自分で自分のことおかしいと思い始めてるだろう? 65歳でボケるのは早いぜ。ガキに囲まれてセンセ、センセと言われてるとボケが早いとはいうけどな。

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上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、

見抜くもへったくれもない。そのシニアが犯人なんだよ。騙されていたのは小保方さん。

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理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。

根源はWなの。お前デカルトの方法的懐疑でも勉強し直せ。

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どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの?と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば だけどね。

博士論文じゃなくて自分が実験して責任著者になっいるレター論文をちゃんと見たらこんな事件はなかったろうが。馬鹿かお前は。彼は通らないと高をくくっていたからこうなった。お前と同類の不正直さが事件の原因だ。




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つまらないから、この考察は中断。特許の話に行こう。

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(特許の件)


根本さんブログに最新情報がある。ここに保存する。
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理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問
小保方論文の「改竄」「捏造」認定の不合理さ、バッシングの理不尽さ
2019/12/26
日本の特許庁での分割出願の動向(2019年12月初め現在)


Hidetaroさんに教えていただいた日本の特許庁での一連の動きについては、(仕事が多忙で落ち着いて読む余裕がなかったので)年末年始に読んでみたいと思います。



■2018年6月になされた分割出願の審査情報を閲覧するには、以下の画面から次のように辿ります。

https://www.j-platpat.inpit.go.jp/c1800/PU/JP-2015-516812/4D92FD4AEBCC7C813319CF58F47322014AE0C30B0CE7C9F998A6F49668E6F57A/11/ja 

 のサイトの右欄の、「経過情報」をクリックします。

 その表のタブの「分割出願情報」をクリックします。

 そうすると、「第一世代」の分割出願として、「特許出願 2018-117481」が記載されていくので、それをクリックします。

 そこに、一連の審査記録が表示されます。



■それをざっとみると、主な変更は次のようなものかと思います。



1 出願人の変更

日本の特許庁への出願人は、米国の場合と異なって、ハーバード大ブリガム&ウィメンズ病院でしたが、米国と同様、V-CELL社に変更になっています。



2 日本での代理人の変更

 代理人が、高島特許法律事務所から山本特許法律事務所に変更になっています。11月28日付で山本事務所の代理人が選任され、12月2日付で高島事務所の代理人が辞任しています。

 11月28日の請求項の補正、意見書等は、すべて、山本事務所の代理人によって行われています。



3 請求項の変更

 19年5月28日付の拒絶理由通知を受けて、請求項を、

分割出願後当初の、

「Oct4を発現する細胞を含有する細胞塊を生成する方法」から、

「細胞集団中の多能性の幹細胞マーカーを発現する細胞の数を増やす工程を含む、非胚性の正常な分化した体細胞の集団において多能性細胞の数を増やす方法」

 に補正(修正)しています。



 STAP細胞出願の一番当初は、「多能性細胞を生成する方法」でしたが、それが「OCT4発現細胞含有の細胞塊の生成方法」になり、今回、「細胞集団の中の多能性マーカー発現細胞増加を含む多能性細胞を増やす方法」になりました。



 大きな拒絶理由の一つが、「もともとの出願の発明の課題が、細胞を脱分化させて多能性細胞を生成することだったはずだが、OCT4発現だけでは課題解決にならない」というものでしたので、それに対応して、再び、多能性細胞について、「細胞集団の中で増やす方法」としたようです。

 「増やす」という意味が分かりにくいのですが、11月28日付の「意見書」の中で、次のように書かれています。

 ***********************************

「ほとんどの組織は、少数の多能性細胞を含みます。本願発明は、元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法に係る発明です。

 当業者は、本願発明の解決課題(すなわち、細胞をストレスに供することにより細胞を脱分化させ、多能性細胞を生成すること)が、補正後の本願発明の方法によって解決可能であることを容易に認識できますし、本願明細書の開示内容は、当業者が過度の試行錯誤を強いられることなく補正後の本願発明を容易に実施できる程度に十分に理解できるものです。

  また、補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能であることは明確です。出願人はここに、本願において開示される方法の確実性を証明した、本願出願後の3つの論文を甲第1~3号証として提出いたします。甲第1~3号証は、審査官殿のご指摘とは異なり、外来遺伝子などを導入することなく、ストレス曝露のみによって細胞が脱分化できることを明確に実証しています。」

***********************************



 「元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法」と書かれているのを読むと、嘗てのバカンティ研究室の「芽胞様細胞(spore-like cells)」や東北大のMuse細胞のコンセプトを連想しますが、その後には、「脱分化」と書いてあります。



拒絶理由の中に、以下の指摘があります。

 **********************************

そうすると、両Nature論文に掲載された実験データを取得した一連の研究活動と同一の研究活動に基づく本願明細書記載の実験データは、本願明細書に記載されたとおりの手法により得られたものであるか否かが不明であり、その信憑性について疑義があるというほかない。

一方で、本願の発明の詳細な説明の実施例と同内容を開示していた両Nature論文(参考文献1、2)の研究内容自体、すなわち、外来遺伝子の導入等なしに低pH等のストレス曝露のみによって細胞を脱分化させ得るか否かについて、参考文献5には、複数の研究グループによって、低pH曝露等による多能性細胞生成(STAP現象)についての再現実験が行われた結果(本願発明者の一人であるVacanti氏の研究室で行われたと認められるものも含む)、両Nature論文に記載されるようなSTAP現象を再現することはできなかった、と結論付けられている(参考文献5の第E6頁左欄第1,2段落, 第E8頁左欄第2段落)。その上、理化学研究所における解析の結果において、両Nature論文につき、用いられた全てのSTAP細胞関連材料はES細胞に由来するものであったことが判明し、細胞ストレスによって多能性細胞へと再プログラム化するという論文の証拠には異議がある、との結論となっ  たものと認められる(参考文献6の第E5頁右欄第2段落)。そして、両Nature論文の共著者の一人(本願発明者ではない)による理化学研究所の検証実験チームの報告においても、STAP現象の実際の科学的重要性を調査すべく両Nature論文や関連情報に示された方法に基づいて再現実験を行ったものの、両論文に記載されたようなSTAP現象は、再現不可能(not reproducible)であると結論付けた、とされている(参考文献7のSummary)。

*********************************



 これに対する反論のひとつとして、下記の****以下のように述べています。

 専門的なことはよくわかりませんが、反駁の趣旨は、以下のようなことだと理解しました。違っていたら、ご指摘ください。



「審査官は、「ネイチャー論文が取り下げられたし、桂調査委やそれを踏まえた理研グループの論文でES細胞混入だと結論とされているのだから、その取り下げ論文に依拠した主張をしても駄目だ」というが、取り下げ理由に含まれない部分で有効なデータが多々ある。透過電子顕微法や細胞ライブイメージングなど、小保方氏らが操作しようがないもので、「公正な参考研究所で行なわれた」客観的な試験データである。

 それらのデータをみれば、ES細胞では説明できない事象が多々ある。それらのデータによって、ストレスによる多能性細胞の増加という現象を裏付けできる。

 補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能である。」



*********************************

【意見書抜粋】

 審査官殿は、参考文献1および2の両Nature論文が共に2014年7月3日に取り下げられた点についてご指摘です。これら両Nature論文が取下げられた理由は、当業者が本願発明を追試するのに必要な情報である「ATP」の必要性について開示していなかったからです。

 ATPの重要性については、本願の実施例1において明確に示され、表3によって実証されています。

 多能性の意味をどのように規定するかは様々ですが、データははっきりと、細胞にストレスを加えて多能性へと方向付けることができることを実証しています。例えば、本願の図1A~1Dをご参照いただきますと、図1A~1Dは、CD45陽性体細胞からのOct4発現細胞の生成を示しており、特に、図1Aは、ストレス処理細胞のOct4-GFP発現を示していますが、ストレス処理細胞がOct4-GFPを発現した一方、非処理コントロールはそうではありませんでした。また、図1Bは、ストレス処理細胞および非ストレス処理コントロールの集団分析を示していますが、GFP発現細胞集団は5日目でストレス処理群においてのみ観察されました。図1Cは、ストレス処理の前および後(7日目)のCD45陽性細胞の細胞サイズ分析を示しており、図1Dは、ストレス処理後のCD45陽性細胞の経時変化を示しています。これらの図は、ストレス処理した細胞において、最初はCD45が強発現していたものが、OCT4が出現し、経時的に強くなるとともに、CD45発現が経時的に次第に弱まる様子を示す、連続的な画像を示しています。胚性幹細胞はCD45を発現しませんので、この現象が胚性幹細胞の混入に拠るものであったと主張することはできません。CD45+細胞、STAP細胞および胚性幹細胞の透過電子顕微法は、STAP細胞の像が、胚性幹細胞とは異なるユニークな核クロマチン密度を有しており、それが、混入した胚性幹細胞ではあり得ないことを示しています。

 Nature論文(参考文献1)は、STAP細胞が多能性マーカーを発現することを示しています。特に、GFP陽性STAP細胞が、様々な幹細胞マーカーを発現し、その発現が3日目~7日目にかけて増える様子を示した、図2bをご参照ください。個々の量が、胚性幹細胞について示されるものとは異なるので、その発現が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを示しています。また、図2cは、成体CD45+細胞と比較した、STAPおよび胚性幹細胞のOCT4プロモーターの後成的な変化を示しています。

この試験は、公正な参考研究所で行なわれたものです。STAP細胞および胚性幹細胞は、対照と比較して顕著な脱メチル化を示しています。STAP細胞は、胚性幹細胞とは異なる脱メチル化パターンを有しており、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図2fは、アルカリホスファターゼ染色を用いた異なる解離パターンを示しており、これもまた、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図3は、低pH処理による様々な細胞からのSTAP細胞変換を示しています。図3aおよびbは、STAP細胞および胚性幹細胞の両方からの胚性幹細胞マーカーの相対的発現を示しています。両方の細胞型がこれらのマーカーを発現していますが、その相対的な発現パターンは明確に異なり、このことは、STAP細胞の結果が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを証明しています。図5aは、STAP細胞と胚性幹細胞の間の明確な形態の違い、ならびに、ki67およびBRDUの量の間の顕著な違いを示しており、STAP細胞が胚性幹細胞と異なるものであることを示し、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図6は、体細胞組織に由来するストレス処理した細胞から誘導された、体細胞組織のSTAP細胞への変換を示しています。図5fは、STAP細胞がX染色体不活化の形跡を示す一方で、胚性幹細胞がX染色体不活化の形跡を示さない様子を示しており、STAP細胞を胚性幹細胞から区別しています。また、図9は、OCT4産生に関して様々な組織に対する様々なストレスの影響を示しています(成体組織が胚性幹細胞を含まないことから、根拠が確実であると言えます)。さらに、図1cはFACS分析を用い、図2bの広範囲にわたるデータは、ストレス処理したCD45+細胞が次第にCD45発現を失う一方で、OCT4の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はCD45を発現しませんし、死細胞がOCT4産生を次第に増加させることもありません。

 Nature論文(参考文献2)は以下に示すような広範囲にわたるデータを提供しています:図3bおよびcは、胚性幹細胞および成熟CD45+細胞と比較した、STAP細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示しています。各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、STAP細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体CD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示しています。図4もまた、セグメントbおよびcにおけるトランスクリプトーム分析を示し、そのヒートマップは、成熟CD45+細胞、CD45+細胞および胚性幹細胞をストレス処理することによって誘導されたSTAP細胞についての異なる発現値を示しています。図6dは、全般的発現プロフィールの階層的クラスタリングからの1クラスターを示し、STAP細胞が、その由来となったCD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なり、かつ、別の細胞であることを明確に示しています。

 上記Nature論文の方法が機能しない(STAP現象が再現不可能)と結論付けた論文は、OCT4+GFP蛍光が死細胞の自発蛍光であったと記載しています。このように、本願明細書および参考文献1~2は、ストレス誘導因子が、高い割合の成体CD45+細胞を死に追いやったことを示しています。これらは自発蛍光を有したはずです。ストレス処理したCD45+細胞の時系列動画(対応する論文

(https://www.researchgate.net/profile/Masayuki_Yamato/publication/259984904_Stimulustriggered_fate_conversion_of_somatic_cells_into_pluripotency/links/544edcd90cf2bca5ce90beeb/Stimulus-triggered-fate-conversion-of-somatic-cells-into-pluripotency.pdf)のvideo 1)は、堅牢な拡張型のプロセスであり、ストレス処理したCD45+細胞が非常に生き生きしており、次第に緑になる(OCT4発現が徐々に増える)様を示しています。ここで観察された細胞はあらゆる時点においてOCT4を発現し、初めから緑になっていますので、混入した胚性幹細胞ではあり得ません。なお、参考文献1と同様、図1cではFACS分析を用い、図2の広範囲にわたるデータは、ストレス処理したCD45+細胞が次第にCD45発現を失う一方で、OCT4の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はCD45を発現しませんし、死細胞がOCT4産生を次第に増加させることもありません。

 上記のとおり、本願明細書のデータは、ATPの重要性を示しており、補正後の本願発明の方法をサポートしています。ATP処理を含めた本願発明の方法は、参考文献1~2の方法に基づくものであって、その後の論文において反駁されておらず、また、実施可能であることを裏付ける証拠も存在しています。

 例えば、上記甲第3号証(Batieら)は、多能性を取り扱った文献ではなく、ATP処理も含めていませんが、補正後の本願発明を裏付けています。

 (以下略)」

******************************



 これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法(増加方法)」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して(笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ)、主張するということのようです。

 http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf



 ただ、実施可能であることを裏付ける証拠として挙げている甲3号証以下の実験論文?等が、実際どういうものなのかは、よくわかりませんが・・・・。

teabreakt2 7日前


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ヴァカンティが主張しているのは小保方細胞があるということですね。ライブセルイメージングはCD45+細胞、つまり白血球をFACS選別して酸浴刺激を与えたのちの細胞であるから、まずESはCD45を発現しないから入ってないよと言ってる。でも小保方さんが人の知らない間にGOF-ESをポトリと落としていたらESは入り得る。でもまた、GOF-ESが入っていたらライブセルイメージング観察の最初から光ってるはずだが、最初は何も光らないと言ってる。
ここはヴァカンティが正しいんですね。小保方細胞はあるんです。

大筋でこの特許の受理が難しいのはキメラができた理由がESコンタミだと桂報告書が言っていて、審査側はそれを疑ってないことです。つまり小保方細胞があることは認めても、それは、スタンダードなプロトコルではキメラも又テラトーマも作られていないので、多能性細胞であることを認めることはできないということです。
これは小保方細胞を若山さんがntES化しているということを審査官が認めたとしても同じですね。無論、そんなことは申請側は言ってないが、言ってたとしても特許は認められない。ntESならキメラが出来ていて何もおかしくない。その特許は若山さんのものです。もし、小保方細胞核を使っていたとしても、そのことによってどんな新しい事実が解明されたかを申請しない限り、ヴァカンティ側の特許は認められないでしょうね。でも、ヴァカンティはntES化したかもしれないとは思ってませんね。ただ、キメラがESのコンタミでできたと聞いているからそんなことは無いはずだと主張している。

我々の観点では小保方細胞の性質は以下です。

①内在性のOct4を代表とする多能性遺伝子発現をする。
②数はスフィア塊単位でも少ない。20から50個に対して一つ程度三胚葉分化する。
③ヴァカンティ足場を使うとテラトーマライクができる。スタンダードなプロトコルではできない。

ここまではティシュー論文段階で、三胚葉分化は小島も追試してネスティンを発見している。
ここに理研若山研で酸浴刺激実験の結果で発見された性質が加わる。

④内在性Oct4だけでなくOct4-GFPを発現する。それも大量に発現する。

しかし、これは丹羽さんの検証実験では酸浴という亜致死条件下でのGFPの漏れ出しの可能性指摘があった。つまり、GFP蛍光自体は本物で大量に光るが、内在性のOct4遺伝子の発現は無いというものである。これは知られていなかったアーティファクトによる誤認ということになる。ただし、丹羽さんは小保方さんの行った通りには検証していないので、小保方さんが普通に行えばどういう結果になったかは分からない。そして少量ではあるが本物のOct4遺伝子の発現も確認していて、スフィア塊単位での三胚葉分化実験結果は理論的にあり得ることを証明している。ただし、実際の確認に関しては行ったか否かも含めて報告がない。
こんな簡単に出来る実験に関して黙秘していること自体に意図が感じられるところである。分化の確認がなされていたら、事実事件化後に小島はネスティンを確認しているので、第三者の確認として重要な証拠になったところだが、理研は意図的に黙秘していると疑われても仕方がないところである。

関さんやノフラーは自家蛍光だといいましたね。そして丹羽さんの見つけた漏れ出し現象を発見できなかった。そのくせ自家蛍光だと言い張ってた。笹井さんがあんなにライブセルイメージングはESや自家蛍光で無いと言ってたのにではなぜと考えることをしなかった。そしてそれを追求しなかった。分からなかったら分からないと言って置けばいいのに、あんまり頭が良くないんですね。博士でも馬鹿はいるということです。そもそも就職できなかった落ちこぼれが院に残っているってのが最近の嘆かわしい現象なのかもしれない。まずは土下座して小保方さんと日本中に謝れや。お前たちの間違いが世間に与えた影響は大きい。これは小保方さんがESコンタミ犯だと後からわかったとしても取り消せない罪だということだ。早稲田大学が博論の捏造を証明しないまま小保方さんを騙して自主返納させた詐欺罪と同じだ。仮に小保方さんがESコンタミ捏造犯だとしても無視されることのできない罪だ。

⑤理研ではSTAP細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示して、各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、STAP細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体CD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示していると、ヴァカンティはだから新種の多能性細胞だと主張している。

ここはTs.Markerさんや、学さん、アルイミオウジ氏、和モガ氏、Ooboeさんとパートナー氏らが論文通りのSTAP細胞があることの根拠にしているところだが、このトランスクリプトーム分析自体は特定のいろんな細胞の発現パターンが違っていたということ以上を意味していない。多能性証明はそれぞれの細胞からキメラが作られなければならない。
この場合、多能性を語る以前に、例えば別のES細胞を今分析したらレター論文のESのトランスクリプトーム分析と全く同じ発現になるということが先に証明されていないといけない。STAP細胞然り、STAP幹細胞しかり、CD45+細胞しかり、TS細胞然りである。これだけでは何も言えてない。

根本さんは正しくヴァカンティの意図を以下のように纏めて居るようです。
>>
 これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法(増加方法)」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して(笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ)、主張するということのようです。

特許を申請する以上、"多能性"主張を取り下げることはできません。つまり発見に関して独占権を主張する以上、何か有用性が付随していないといけない。もし多能性を外すと、ただ妙な細胞を見つけたということだけになってしまう。学問的な発見ではあり得ても、発見自体が何であるかということが確定して無いと特許の主張になりようがない。多能性はキメラができたことによって証明されていますから、ヴァカンティは小保方細胞からスタンダードな手話でキメラができたと主張するよりない。しかし、実際には私見によれば、若山さんはスタンダードな手法ではキメラを作っていない。つまりntES化の別の実験をしてた。桂調査は知ってか知らずか、ntESの可能性を排除してしまった結果、既存ESによるコンタミ結果としているので、審査官が桂報告を信頼している限り、特許申請は却下されること火を見るより明らかです。
この時、審査官が我々のntES説があることを知って、同意したとしても、特許は通りませんね。事実として小保方細胞からキメラがスタンダードなプロトコルでできたということは否定されているのですから。

ヴァカンティは小保方細胞があるということを主張している。そしてキメラができたということは疑義していたとしても、自分では言わず、審査官が、拒絶理由に、小保方細胞はあり、既存ESでも無いということを述べてくれるのを待っているようです。それを審査官が言ってくれたら彼は自分の仕事と地位を回復できる。それが彼が特許を争っている理由でしょうね。
審査官がキメラが作られた細胞は小保方細胞ではなく、かつ桂報告が主張するような既存の細胞でもなく、ntESでもあり得るが、特許は認めないと結論してくれたら、今度は理研と若山さんに賠償請求訴訟が起こされるんでしょうね。彼には自分が捏造に関与してないということを証明する他の手段が無いんですね。米国での事件だったらとっくの昔に警察が入って解決してますね。





































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  1. 2019/12/31(火) 16:40:39|
  2. AC129
  3. | コメント:36

AC129を巡る問題15

(レター論文FI幹細胞記述のリヴュー)


もう一度レター論文のFI-SCの件に関する記述を検討しましょう。STAP幹細胞の後の説明です。
>>
We next examined whether an alteration in culture conditions could induce in vitro conversion of STAP cells into cells similar to trophoblast stem cells, which can be derived from blastocysts during prolonged adhesion culture in the presence of Fgf4. When we cultured STAP cell clusters under similar conditions (Fig. 2a; one cluster per well in a 96-well plate), flat cell colonies grew out by days 7–10 (Fig. 2b, left; typically in ~30% of wells). The Fgf4-induced cells strongly expressed the trophoblast marker proteins integrin α7 (Itga7) and eomesodermin (Eomes) (Fig. 2c, d) and marker genes (for example, Cdx2; Fig. 2e).

STAP細胞をTS培地で培養したらどうなるかを試したというところからですね。既述しているFigure 2-aとbの実験ですね。96ウェルプレートのそれぞれにSTAP細胞塊を1個ずつ置いた。最大30%までのウェルで平らな細胞塊が成長してきて、免染の結果、インテグリンα7とEomes蛋白とCDx2等の遺伝子マーカーを発現したというわけです。ここは既に確認したところです。
マテメソでは最大50%と書かれていて微妙にニュアンスが異なっている。
>>
Cell culture
STAP cells were generated from low-pH-treated CD45+ cells, followed by culture in B27 + LIF medium for 7 days, as described1. For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAP cell clusters were transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 on MEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates. In minor cases (10 out of 50 experiments), no colony growth was observed and/or only fibroblast-like cells appeared. The cells were subjected to the first passage during days 7–10 using a conventional trypsin method. Subsequent passages were performed at a split ratio of 1:4 every third day before they reached subconfluency.


で、本文の続きです。
>>
These Fgf4-induced cells with trophoblast marker expression could be expanded efficiently in the presence of Fgf4 by passaging for more than 30 passages with trypsin digestion every third day. Hereafter, these proliferative cells induced from STAP cells by Fgf4 treatment are referred to as Fgf4-induced stem cells. This type of derivation into trophoblast-stem-like cells is not common with ES cells (unless genetically manipulated)<13> or STAP stem cells.

30継代以上できたんですね。その結果ここで初めてFI-SCと名付けられた。これは遺伝子操作しないES細胞ともSTAP幹細胞とも違うと強調される。更にこう続く。
>>
In the blastocyst injection assay, unlike STAP stem cells, the placental contribution of Fgf4-induced stem cells (cag-GFP-labelled) was observed with 53% of embryos (Fig. 2f, g; n = 60). In the chimaeric placentae, Fgf4-induced stem cells typically contributed to ~10% of total placental cells (Fig. 2h and Extended Data Fig. 2a, b).

STAP幹細胞キメラは胎盤貢献しないが、FI-SCキメラは60匹の中で53%が胎盤貢献していたという。その胎盤への貢献度は最大10%程度だったと。
Figure 2-hは以下です。FACSでGFP細胞をソートした結果です。

FI-SC17.png

そのリジェンドです。
>>
h, Quantification of placental contribution by FACS analysis. Unlike Fgf4-induced cells, ES cells did not contribute to placental tissues at a detectable level.

Extended Data Figure 2-bは以下です。

FI-SC18.png

そのリジェンドは以下です。
>>
a, b, Immunostaining (cross-section) of placentae obtained in the blastocyst injection assay with GFP (constitutive)-labelled ES cells (upper) or Fgf4-induced stem cells (bottom). Brown shows pan-cytokeratin and red shows GFP (ES cell or Fgf4-induced stem cell contribution). Regions indicated in a are shown in b. Fgf4-induced stem cells contributed to all layers of placentae, whereas no contribution was observed with ES cells. a, Scale bars, 5 mm. b, Scale bars, 50 μm.

本文の続きです。
>>
Despite their similarities, we noted that Fgf4-induced stem cells also possessed some critical differences compared with blastocyst-derived trophoblast stem cells. First, Fgf4-induced stem cells exhibited moderate GFP signals and expressed a moderate level of Oct4 (Fig. 2b; moderate and low levels of immunostaining signals were also seen for Oct4 and Nanog proteins, respectively; Extended Data Fig. 2c), unlike conventional trophoblast stem cells that have little Oct4 expression (Fig. 2e). Second, unlike trophoblast stem cells, blastocyst-injected Fgf4-induced stem cells also contributed to embryonic tissues (in all cases that involved chimaeric placentae; n = 32), although the extent of contribution was generally modest (Fig. 2g).

上で60匹のキメラの内の53%が胎盤貢献していたと書かれていた。ここではそれが32匹と書かれている。つまり53%ですね。若山さんがFI-SCでキメラを作っているんです。そしてその胎児胎盤を渡している。小保方さんはそれを免染とGFP保有細胞をFAC選別することで調べた。
Extended Data Figure 2-c は以下です。


FI-SC19.png

そのリジェンドは以下です。
>>
c, Pluripotent marker expression of Fgf4-induced stem cells. Scale bars, 50 μm.

遺伝子発現解析をしてこれは大変なことだと笹井さんは興奮しているわけです。遺伝子発現解析に驚いているのではない。遺伝子はいろいろと条件の変化によって発現形態を変えますから、いろんなマーカーが出ているから驚いているわけではないわけです。
そもそもこの細胞は酸浴させた体細胞で、多能性を獲得していて、その証拠にキメラが出来ているんです。そのキメラのできているSTAP細胞をあれこれと培地誘導した細胞でキメラを造ったら、一つには実際に胎盤貢献しているという実験結果が出たのと、もう一つは、その細胞の遺伝子解析をしたらTSマーカーとESマーカーとどちらも出ているから驚いている。最後のは付け足しです。キメラができたから仰天していて、その胎盤からGFPが出たからまた仰天した。ここをまず確認しないといけないんですね。遺伝子解析結果は従の従です。
我々はキメラは出来てないと見たわけです。ntES化によるいたずらだと。そして胎盤は光っていてはおかしい部分だけを選んでGFPのFACSソーティングを行ったかと疑義しているわけです。胎児側胎盤内血管とか卵黄嚢は胎児側の組織ですからそもそも光っていて当たり前です。光っていてはいけないのはラビリンス部分です。ここはESでは光らない。自然胚だと胎盤は母親側と胎児側の両方で形成されてくる。胎児のトロフォブラストがラビリンスに入り込む。でもESはもともとトロフォブラストを形成できないので、ESキメラの胎児側ラビリンスはリシピエント胚の中のトロフォブラストが形成に預かる。4Nでも同じで、このことは若山さんのところの特許申請書の説明にも書かれている。
大本の酸浴STAP細胞からキメラが出来ていなかったら、遺伝子解析結果に大した意味はありませんよね。ラビリンス以外の胎盤や、胎膜(漿膜・羊膜・尿膜) ではない卵黄嚢を調べてGFPがあったというのでは、遺伝子解析に意味は有りませんよね。遺伝子解析単独では何も言えてない。キメラが出来て初めて多能性細胞だと言える。ラビリンスが光って初めて、STAP細胞キメラやFI幹細胞キメラの胎盤貢献が証明される。あの写真がラビリンスだけの蛍光写真だとどうしてわかりますかね。
大事なのは確かにキメラになったということと、胎児側のラビリンスや、胎膜が光っているという証拠です。遺伝子発現解析結果ではない。

では、キメラもできてない、胎盤も光ってない、つまりいたずらと勘違いだったとして、この遺伝子解析結果は何を意味することになるのか。普通のESではないということは証明されていますね。この時の証拠こそ遺伝子解析結果以外にに無いわけです。キメラも胎盤蛍光も無かった。その細胞の遺伝子発現解析結果だけがある。
査読者のアドヴァイスによるJAKiの実験はこれがESでないことを証明してくれた。Figure 2-jはここで使われたFI-SCがESでないことを証明した。そして隣の2-kの実験は同じFI-SCにESでは出ない筈のCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7が発現していて、かつES細胞はコンタミしてないことが示されている。可能性としてはTS細胞がコンタミしていたのではだったのではないかということだけです。
捏造しようとしていたのならGRAS提出試料とこの実験で使われた試料が同じという保証は有りません。この実験はTSで行われたのかもしれない。それは残存サンプルを解析しないと分かりませんよね。このサンブルは木星リストに残されていますね。桂地チームは調査してないですね。もう一度貼り付けましょう。


FI-SC7.png


青文字の寺下さんの③④はFI-SCでしたね。ESのJAKi実験は(下段)の小保方さんの⑰⑱でした。従ってFI-SCと書かれていないが③④はそうなんですね。
(上段 8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

RNAサンプルですからCAGの人工遺伝子のRNAがあれば見つかりますね。TSでは無いとすぐわかる。

ところで、丹羽さんのCD1のTSにはGFPは入っていない。でも若山さんのTSにはGFPが入っている。「僕のマウス」TSですよね。自然胚に入れてTS細胞のGFPが光っている写真を比較用に撮ったものがあるはずなのに何も使われていない。これもおかしな話なんですけどね。

本文を読み進めましょう。
>>
Third, immunostaining revealed that the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic level, although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e). This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts). Fourth, in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells gradually died in 7–10 days and did not differentiate into large and multi-nuclear cells, unlike trophoblast stem cells (Extended Data Fig. 2d).

まず先にこのCdx2に関しては私は今でも何か腑に落ちない感じがしています。ティシュー論文ではコントロールのESにCdx2があるんです。

FI-SC22.png

左のFigure2はESと骨髄スフィアの3ライン、右のFigure3はESと脊髄、筋肉、肺のスフィアのPCR結果です。別々の実験でコントロールはその都度取られている。バンドの形が違います。
Cdx2はどちらのコントロールESにも出ています。これはネイチャー論文ではTSマーカージーンと定義されていて、STAP細胞からの発現はあるが、ES細胞からの発現はない。
恐らくティシュー論文の実験は定性分析だと思われる。ネイチャー論文では発現量も比較されている。
Oct4とCdx2は胚盤胞期以前はどちらも発現していて、インナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時に、両側に分かれる。一方の発現を押さえる蛋白質があって、外側にあるか内側に有るかの位置関係で発現が決まる。
でも理屈ではそうなっているがでは、ES細胞にはCdx2はゼロかというとそんなこともない。わずかには有りますね。


FI-SC23.png


ティシュー論文の図は間違いではないが、遺伝子発現解析に何を求めるかということですね。ES特異的マーカーとは何かということを問うのなら定量的に調べないと有意なことが言えないということになる。ティシュー論文は小保方さんの初期論文ですから、主旨を取るならESマーカーであるOct4がスフィアにも出ていると素直に読むべきなんでしょうけどね。

本文に戻って、細胞質内と核内との違いのデータはないですね。the level of Cdx2 protein accumulation in the nuclei of Fgf4-induced stem cells was marginal as compared to the cytoplasmic levelということを示す図が無い。この2-eは定量PCR結果ですね。後ろの although the transcript expression level was substantial (Fig. 2e)に対応している。そもそも核内にprotein accumulationなんてあるわけないですよね。核内では関係遺伝子が転写されてRNAが作られ、それが核外に出た細胞質内でたんぱく質が作られる。図もない上に言ってることがおかしい。
後ろに続くこの文章も全く意味が分からない。
>>
This may suggest complex and dynamic post-transcriptional regulations for this key transcription factor in Fgf4-induced stem cells (a similar situation was seen for STAP cells, in which clear nuclear localization was not observed for either Cdx2 or Eomes, despite substantial expression of their transcripts).

染色で出ないと言ってるのだとしたらそれは当たり前ですけどね。これって笹井さんが一から書き直したと言ってるんでしょ。


Extended Data Figure 2-dは以下です。

FI-SC24.png

リジェンドです。
>>
d, e, Effects of Fgf4 withdrawal from Fgf4-induced stem cell culture. Unlike trophoblast stem cells (d, left), which generated multi-nucleated large cells (arrow) in the absence of Fgf4, Fgf4-induced stem cells (d, right) simply stopped proliferation and gradually died on Fgf4 withdrawal. Scale bars, 50 μm. This finding suggests that placental differentiation of Fgf4-induced stem cells in vivo may involve more than just Fgf4 signal suppression.


胎盤は筋肉と同じで多核細胞なんですね。TS細胞はFgf4を排除すると分化を始めるが、FI-SCは同様の処置では死滅する。従って胚の中では更に何かがあって分化し始めるのであろうという推測ですね。そもそも胎盤貢献してたのかという疑義が無い場合の話です。

桂報告書は太田ESだと言ってる。太田ESをFgf4入りのTS培地で誘導して見たらいいのにね。受精卵ESをTS培地で培養は出来ないと思うけどな。我々はntESだと思っている。Ts.Marker さんは新手の多能性細胞だと。

まあ、若山さんに太田FES1を使ってFI-SCを再現してもらおう。

取り敢えずFI-SCの特徴は4つでした。
①従来のTSはOct4タンバクを発現しないがFI-SCは発現する。
②FI-SCはキメラの胎盤のみならず胎児にもわずかながら貢献する。
③FI-SCの核内にはCdx2タンバクの蓄積が無い。(私の知識レベルだと当たり前なのだが?)
④TSと異なりFgf4を抜いただけでは分化を始めず、試験管内では死滅する。


さて、もう少し先まで読み進めましょう。
>>
To investigate the relationship among STAP cells, STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells, we performed genome-wide RNA-sequencing analysis (Fig. 2i for dendrogram; Extended Data Figs 3 and 4 for expression analyses of representative genes ; Supplementary Tables 2 and 3 for analysis conditions). Whereas STAP cells formed a cluster with STAP stem cells, Fgf4-induced stem cells, ES cells and trophoblast stem cells and not with the parental CD45+ cells, STAP cells were an outlier to the rest of the cell types in the cluster. In contrast, STAP stem cells were closely clustered with ES cells. Fgf4-induced stem cells formed a cluster with a sub-cluster of ES cells and STAP stem cells, whereas trophoblast stem cells comprised an outlier to this cluster, indicating a close relationship of Fgf4-induced stem cells with these pluripotent cells.


まあ、これがものすごいんですよね。CD45+細胞とTSとESは別としてすべてが皆異なった遺伝子発現になっているんですよね。Ts.Marker さんや学さんがレター論文の実験を見たらSTAP現象は有るのだと主張したくなる理由がこれなんですよね。何はともあれすべてが違っているということです。多能性の問題以前の話ですね。それぞれが別の種類の細胞だということです。

FI-SC26.png

FI-SC27.png


でも、忘れないでくださいよ。これはSTAP現象があるという証拠ではない。細胞がそれぞれ別の発現をしているということだけです。多能性を証明しているのは以下の二つの実験事実です。
①キメラができた。
②胎盤が光った。
この二つの信憑性に疑義があるとその段階でただ単になんかいろんな細胞があるねと言うだけの話になる。

FI-SC25.png

リジェンドです。
>>
i, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, approximately unbiased P values.

ちょっとデンドログラムはど素人の私には歯が立たない。

先に進みましょう。
>>
However, as Fgf4-induced stem cells lay between STAP stem cells and trophoblast stem cells in the dendrogram, the possibility of contamination of STAP stem cells in the Fgf4-induced stem-cell population cannot be ruled out. Previous studies have indicated that inner cell mass (ICM)-type pluripotent cells can be removed from culture by treating the culture with a JAK inhibitor <16>(Extended Data Fig. 5a, b). In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control). Expression of neither pluripotency markers (Fig. 2j) nor trophoblast markers (Fig. 2k) was substantially affected, indicating that pluripotency marker expression is unlikely to reflect contaminating STAP stem cells (ICM-type). Consistent with this idea, Fgf4-induced stem cells that were strongly positive for the trophoblast marker Itga7 (a surface marker for trophoblasts but not ES cells) also expressed high levels of Oct4-GFP (Extended Data Fig. 5g).

ネイチャー査読者はES細胞がコンタミしてないことをJAKi検証しろと指示したんですが、笹井さんはSTAP幹細胞がコンタミしている可能性があるから調べたと書いた。ここはESのコンタミはしていないということを書くこと自体が恥ずかしいレベルなんですよね。だからそれをSTAP幹細胞がコンタミしていたらいけないからJAKi検証したとレトリックを使ったんですが、JAKiで取り除けるのは(ICM)-type pluripotent cellsですから、STAP幹細胞は(ICM)-typeではないので矛盾している。でもこれでJAKiを使ってESは入っていないと証明しましたから査読者のご機嫌は損ねていない。
コントロールのESコンタミというのは恥ずかしいレヴェルだというのは以前のサイエンスの査読に以下のような表現があるのでわかる。(2)は若山研をあからさまに馬鹿にしてますよね。尤もそれくらい信じられない報告でもあったということです。
>>
This is such an extraordinary claim that a very high level of proof is required to sustain it and I do not think this level has been reached. I suspect that the results are artifacts derived from the following processes: (1) the tendency of cells with GFP reporters to go green as they are dying. (2) the ease of cross contamination of cell lines kept in the same lab.

[ In contrast, the JAK inhibitor treatment had no substantial effect on Oct4-GFP expression in Fgf4-induced stem-cell culture (Extended Data Fig. 5c, d; see Extended Data Fig. 5e, f for control).]の部分は既述しているように私の持っているFig. 5e, fではFI-SCのOct4-GFPのグリーン蛍光は左右ともに無い。でも本文の論旨では左右ともに、つまりKAKiが無くてもあってもグリーン蛍光している写真であるはずです。ここは自分の持っている写真ではそれが分からないということ以上には言えない。
ただし、gはOct4-GFPのFI-SCがあったという証拠で、無かったら、小保方さんの捏造ですよね。ところが、桂報告は無いと書かずに、若山さんが作った記憶が無いと証言したことを記しているだけです。この鋭い対立点をどうしてぼやかすのか。どちらが嘘をついているのでしょうかね。Extended Data Figure 5-gとそのリジェンドは以下です。


FI-SC28.png

>>
g, FACS analysis of integrin α7 expression in Fgf4-induced stem cells. Over 40% of Fgf4-induced stem cells strongly expressed both the pluripotency marker Oct4-GFP and the trophoblast marker integrin α7. The bottom panel shows an isotype control for integrin α7 antibody. In ES cells, integrin-α7-expressing cells were less than 0.1% (data not shown; three independent ES cell lines were examined).

小保方さんがどうしてOct4-GFPでなくてOct4そのものでFACSしなかったかということは以前から気にはなってるんですけどね。一度もGFPのアーティファクトは疑わなかったんでしょうね。ただし、そのことによって、Oct4-GFPのFI-SCはあったという証明がここにあって、事実が無かったのだったら、これは小保方さんの捏造を証明する。しかし、事実あったか否かは、記憶が無いとされているだけです。
調べられていないFI-SCの残存試料は木星リストにたくさんある。AC129-14で既述しています。

先に進みましょう。
>>
Notably, when cultured in LIF+FBS-containing medium for 4 days, Fgf4-induced stem cells underwent substantial changes in morphology and started to form ES-cell-like compact colonies with strong GFP signals (Fig. 3a). These cells showed expression of pluripotency makers, but not trophoblast markers (Fig. 3b and Extended Data Fig. 6a), and formed teratomas in mice (Extended Data Fig. 6b). These ES-like cells were generated from Fgf4-induced stem cells sorted for strong expression of the trophoblast marker Itga7, but rarely from Itga7-dim cells (Fig. 3c, d).

いよいよ、Expandable ES-like cells です。若山さんは関さんに僕はあんなことは言ってないし、実験もしてないと主張したそうですが、それなら発表前に抗議すべきでしょうという批判はさておいても、小保方さんが持っていたFI-SCをLIF培地に戻すなり、笹井さんがそう指示したりしたとしても、Oct4-GFPを発現しだしてES-likeに戻ったというのは本当だということになる。これが嘘なら小保方さんの捏造です。ここでもGFPが光ったというのですからGOF由来のFI-SCは有るのでないといけない。
Figure 3-aは以下です。

FI-SC29.png

リジェンド。
>>
a, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells in LIF + 20% FBS medium.


Figure 3-bです。完全にESに戻っている。

FI-SC30.png

リジェンドは以下です。
>>
b, qPCR analysis of ES-like cells derived from Fgf4-induced cells for pluripotent marker genes (left) and trophoblast marker genes (right). Values are shown as ratio to the expression level in ES cells (left) or trophoblast stem (TS) cells (right).

FI-SC状態の時はFigure 2j,kでしたね。もう一度貼り付けましょう。

FI-SC31.png

グラフとか写真は簡単に捏造できます。小保方さんが捏造していたら何もかも捏造していることになりますね。言い訳はできません。ESの増殖率表とか、メチル化実験のサンブルの選別なんていうレベルの話ではありません。このFI-SCに関しては何もかも捏造していて、GOF由来FI-SCがないのですからすべてのデータを捏造していることになる。しかも若山さんがそれを見ているにも関わらず平気で嘘データを並べ立てていることになるんですね。
桂チームは何をしてたんでしょうかね。小保方さんのこの悪辣さをよく放置できましたね。

丹羽さんは小保方細胞をプロトコルに書かれた培地で誘導しようとしましたができずに、最終的には全部死滅してしまいました。桂報告書はFI-SCは太田細胞FES1だと結論しましたから、太田ESをプロトコルのTS培地で培養して見たらよかったんでしょ。というよりそんなことすら試さないで何を主張しているんでしょうかね。

Extended Data Figure 6-a,bは以下です。

FI-SC32.png

リジェンドです。テラトーマは木星リストの20番にありましたね。既述です。
>>
a, Immunohistochemistry of ES-like cells for trophoblast and pluripotency markers. ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells no longer expressed the trophoblast marker (integrin alpha 7), but they did express the pluripotency markers (Oct4, Nanog and SSEA-1). Scale bar, 100 μm. b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.


Figure 3-c,dは以下です。Plating efficiancyというのが何かはよくわからないが、要するに6%から9%くらいのOct4-GFPコロニーが形成されるということらしい。Itgα7のディムでも少しは出来ると。
ここのコントロールのESの8%の意味が良く分からない。


FI-SC33.png

リジェンドは以下。
>>
c, d, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells sorted by FACS for strong integrin α7 (Itga7) expression in LIF + 20% FBS medium. d, Formation frequency (shown by percentage) of Oct4-GFP+ colonies from cells plated on gelatin-coated dishes at a clonal density. **P < 0.01; t-test; n = 3.


ストロングとディムとESとを並べて同じLIF培地に入れたんでしょ。ESは100%蛍光しないとおかしいのではないかな。それとこの時のESは誰に提供してもらったものかな。笹井さんと丹羽さんは小保方さんが学生のGOF-ESしか持ってないことを知っていたかな。もしも小保方さんがntESも受精卵ESも同じだと考えていて、それを笹井さんと丹羽さんが知らずに、小保方さんが学生のntESをここでコントロールとして使ったのだとしたら、FI-SCはntESだと分かるところなんですけどね。何しろ桂チームは何も調べてない調査チームですからね。

本文の続きです。
>>
To confirm further that Fgf4-induced stem cells with a trophoblast-like nature were converted into ES-like cells, rather than just selecting ES-like cells pre-existing in the Fgf4-induced stem cell culture, we examined the effect of the MEK inhibitor PD0325901 on the ES-like cell generation from Fgf4-induced stem cells. Like trophoblast stem cells, Fgf4-induced stem-cell survival is dependent on FGF–MEK signals, and the inhibition of MEK activity caused massive cell death (Extended Data Fig. 6c). However, PD0325901 is also known to be a main effector in 2i medium[17] and to promote ES cell maintenance. Addition of PD0325901 to LIF+FBS-containing medium strongly inhibited the formation of ES-like colonies from Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, left, and Fig. 3f). This inhibition was unlikely to be due to secondary toxic effects from massive cell death of Fgf4-induced stem cells, as colonies formed in the presence of PD0325901 when ES cells were co-plated in the same culture with Fgf4-induced stem cells (Fig. 3e, right, and Fig. 3f).


FI-SCからExpandable ES-like cells に転換するときにそもそもFI-SCの中にあらかじめ存在していたExpandable ES-like cellsが選択されたのではなくてTS-like nature を持ったFI-SCから培地誘導によってエピジェネティク制御が転換されたのだということを証明したいということですね。
ここも又よくわからないところで、仮にTS-likeとES-likeが共存しているような細胞だと思ったら先にそのこと自体を研究して事実を確定させるんじゃないのかなあ。
ただ、こういう視点でFI-SCは何にでもなるんだよという現象報告をしている段階なのだということなら、それは別にやってはいけないなんてことはないんだからやるんだろうなと、我々ど素人は思うだけだですね。自分の仕事の分野でこういうケースに出会ったらとことん調べるけどな。そうでないと気持ちが悪い。
小保方さんはデータを渡されて論文にしてくれと指示されただけだし、笹井さんは論文が通るように手伝ってくれと頼まれているだけで、そのものを研究しているわけではない。この幹細胞化論文というのはとてつもなくおかしい論文で、そもそも若山さんが自分で書くべき論文です。小保方さんに書いてくれと言ったのは、自分と一緒に山梨大についてきてくれという意味ですよね。
理研がこの事件を曖昧にしたがっているのは、こんな私的な事柄を世間に引っ張り出してさらしてしまった直接の原因が自分にあるからなんですね。小保方さんを採用しなかったら事件は無かった。
ここは既に我々には分かり切っているところですね。手記も読まないでこの件に関して何か論じるなんて間抜けな話です。悪党かアホかのどちらかだ。
まあ、それはさて置いて、あらかじめ存在しているかもしれない ES-like cellsがあるかどうかを調べるために、MEK inhibitor PD0325901を使ってみたという。あれ、JAKiではいけないのか。こちらはES細胞を除去するものでした。MEK inhibitor PD0325901はTS-like natureの細胞を殺し、ES-like natureの細胞を増殖させるという。この実験をしろという査読者の指示は最初のリヴァイズ時の査読書にはありまません。後でどういう指示が加わったのかは分かりません。ただ、小保方さんが思いつくような実験とは思えませんね。小保方さんはESとかTSはよく知らない。だからこそ若山さんのところにキメラ作成依頼に来ている。ESもTSも自分の手で作ったことはありません。笹井さんと丹羽さんがアドヴァイズしている。


Extended Data Figure 6-c は以下です。MEK inhibitor PD0325901を入れたらFI-SCが死滅したという実験証拠です。


FI-SC34.png

リジェンドは以下。
>>
c, MEK inhibitor treatment assay for Oct4-gfp Fgf4-induced stem cells in trophoblast stem-cell medium containing Fgf4. No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was observed from dissociated Fgf4-induced stem cells in MEK-inhibitor-containing medium. Scale bar, 100 μm.

でも、これって、死滅したという証拠写真になってませんね。本文には死滅した写真ということになっている。でもこの写真の上の写真はブライトフィールドですよね。そして下の写真はOct4-GFP発現写真で、リジェンドにはOct4-GFP細胞塊が出現しないと書いている。
TS-like nature の細胞は死滅して、ES-like nature の細胞があれば増殖するはずなんですから、理屈はあってるんですけど、写真はそれでは立証したことになってない。まず、ブライトフィールドで細胞があるということを示し、次にそのGFP発現写真を並べた後に、MEKiを入れたらどう変化したのかの写真が必要です。そもそもFI-SCはOct4も少ないながら発現しているんですよね。小保方さん疲れてましたかね。

で、本文後半部、Figure 3-e,f は以下です。


FI-SC35.png

リジェンドは以下。
>>
e, f, Culture of Oct4-GFP Fgf4-induced cells (dissociated) in LIF + 20% FBS medium with MEK inhibitor. **P < 0.01; NS, not significant; Tukey’s test; n = 3.
e, No substantial formation of Oct4-GFP+ colonies was seen from Fgf4-induced cells in the presence of MEK inhibitor (left), whereas colonies frequently formed when cells were co-plated with Oct4-GFP ES cells (right; plated cells were 1/20 of Fgf4-induced cells). f, Quantification of colony formation per plated cells (1 × 103 Fgf4-induced cells and/or 1 × 103 ES cells). Unlike Fgf4-induced cells, ES cells formed colonies (regardless of co-plating with FI-SCs) in the presence of MEK inhibitor. Bars and error bars represent mean values and s.d., respectively (b, d, f). Scale bars: 100 μm (a, c, e).


これもMEKiを入れてない状態でのOct4-GFP発現状態の写真が無い。

そもそもこの実験で使われているGOF由来FI-SCは何なのか? あったのか、なかったのか。


若山さん。あなた論文の発表記者会見場に責任著者としていたよね。これって、GOFのFI-SCが無いのなら、ここまで放置していたあなたの捏造論文だよな。8月に責任著者を降りたいと言った時なぜ本当のことを言わなかったの。GOFのFI-SCがないのなら、ここにある実験はすべて捏造だ。あなた、論文は通るはずが無いと信じていたね。或いは祈るように願っていた。


さて、本文に戻りましょう。
>>
Here we demonstrate that STAP cells, which have a limited self-renewal ability, can be induced to generate two distinct types of robustly self-renewing stem cells—STAP stem cells and Fgf4-induced stem cells—under different culture conditions. Chromatin immunoprecipitation (ChIP) sequencing analysis showed distinct accumulation patterns of modified histone H3 in the two types of STAP-cell-derived stem cells (Fig. 4b). STAP stem cells (as well as STAP cells) had accumulation patterns of H3K4 and H3K27 trimethylation that resembled those of ES cells at the loci of pluripotency marker genes (Oct4, Nanog, Sox2), bivalent pattern genes18 (Gata2, brachyury, Nkx6-2) and trophoblast marker genes (Cdx2, Eomes, Itga7). In contrast, the accumulation patterns in Fgf4-induced stem cells at these loci matched more closely those of trophoblast stem cells, except that low levels of accumulation of H3K4 trimethylation in Oct4 and Nanog and of H3K27 trimethylation in the trophoblast marker genes were observed in Fgf4-induced stem cells but not trophoblast stem cells.

Figure 4は以下です。何度でも貼り付けましょう。4-bはTs.Markerさんによって再確認されている。


FI-SC36.png

ChIP-Seqのデータは公共データベースに登録されている。丹羽さんのTS以外は2012年の8月の分です。丹羽さんの分は若山さんのTSが分化していたようなので丹羽さんが提供した。

ChIP-Seq
①SRR1171553 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 GOF
②SRR1171554 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 GOF
③SRR1171555 小保方 CD45 positive Cells:ChIPSeq.input derived from spleen Oct3/4::gfp C57BL/6 GOF
④SRR1171562 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 C57BL/6x129/Sv
⑤SRR1171563 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv
⑥SRR1171564 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.input C57BL/6x129/Sv
⑦SRR1171567 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  129xB6-Acr-CAG
⑨SRR1171569 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
⑩SRR1171582 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  129xB6-CAGヘテロ
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑫SRR1171584 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑬SRR1171587 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑮SRR1171589 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.input Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑯SRR1171592 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
⑱SRR1171594 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input  CD1


報告書(スライド)の疑義は既述です。1月最終とは何か。

FI-SC37.png

Ts.Marker さんの再確認図も保存のために添付しておきましょう。あちこちに置いておかないといつ何が有るか分からない。
横列、上段Oct4,Nanog,Sox2、下段Cdx2,Eneos,Itgα7の並び。
縦列は以下。
⑤SRR1171563 若山 Embryonic Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 C57BL/6x129/Sv
⑪SRR1171583 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑭SRR1171588 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑧SRR1171568 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv  129xB6-Acr-CAG
⑰SRR1171593 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1

FI-SC38.png

FI-SC39.png

Ts.Marker さんはbivalent pattern genes (Gata2, brachyury, Nkx6-2) は調べてない。小保方さんはESとSTAP細胞を間違えて図に示しているが、実際には持ち込むときに既にラベルを間違えていて、論文に図示するときに気づいて訂正している可能性がある。なぜなら、桂報告書はSTAP細胞はFES1という受精卵ESだと言っている。STAP細胞の方がNanogの発現量が多いことになる。
この時点で若山さんはFigure 4-bのESとSTAPが入れ代わっているので間違いだから論文の取り下げと言った。そして、後にはSTAPは太田ESだと言い出した。でもこのFI-SCにESマーカーがわずかに出ていることをどう説明するのかというTs.Marker氏の質問には誰も答えない。

私はntES化したもので、ntESの知られていなかった性質だと推測した。それでキメラが出来ている理由も説明でき、小保方さんが精神異常者だというあり得ない可能性も考えなくてよくなり、まして若山さんは別の実験をしていただけだから、そもそも捏造なんて考えもしてなかったのだという、ごく常識的な判断が可能になる説明をした。
それに対して、Ts.Marker氏は小保方細胞はキメラの出来る細胞であったし、共培養用によって、幹細胞化もできたのだと解釈したが、それならできている事実をどうして発表後に取り下げたのかの説明をしなければならないと再三我々が要請しているのに、今のところ答えられていない。学氏に至っては実験ミスだったと言い出す始末で、それは出来ない側の立場になり、キメラがどうして実験ミスでできたのかというとESコンタミしか考えられなくなり、事故コンタミの可能性は細胞を解凍するいう行為自体が意図を証明しているのであり得ない以上、擁護派として支離滅裂と批判されている。


本文に戻りましょう。
>>
Recent studies have also begun to reveal dynamic regulations in multiple cellular states related to pluripotency. These include reports of co-expression of Oct4 and Cdx2 in rat ES cells maintained in the presence of a GSK-3β inhibitor[19][20] and of Oct4 expression in rat extra-embryonic precursors[21].Another recent study has indicated that conventional ES cell culture also contains a very minor population of Oct4− cells with features resembling those of very early-stage embryos, including bidirectional potential[22]. However, these cells are dissimilar to STAP cells as they are Oct4−, unlike STAP cells and Fgf4-induced stem cells. Our preliminary genome-wide RNA-sequencing analysis indicated that both morulae and blastocysts are outliers to the cluster of STAP and ES cells (Extended Data Fig. 6d–f and Supplementary Tables 4 and 5).


ここでもOct4-GFPのFI-SCがあることになっている。Extended Data Figure 6-d,e,fは以下です。

FI-SC40.png

リジェンドは以下。
>>
d, Cluster tree diagram from hierarchical clustering of global expression profiles. Red, AU P values. As this analysis included morula and blastocyst embryos from which only small amounts of RNA could be obtained, we used pre-amplification with the SMARTer Ultra Low RNA kit for Illumina Sequencing (Clontech Laboratories). e, f, Volcano plot of the expression profile of STAP cells compared to the morula (e) and blastocyst (f). Genes showing greater than 10-fold change and P value 1.0 × 10(to the power of−6 )are highlighted in red and are considered up- (or down-) regulated in the STAP cells.


正直この実験は何をやってるのか知識不足で分からない。Supplementary Tables 4 and 5は蛋白質の発現表だが、これも知ってるのはCdx2だけしか無くて何を意味しているのか理解できない。

本文最後です。
>>
A key conclusion drawn from this study is that the reprogramming in STAP conversion goes beyond the pluripotent state of ES cells and involves the acquisition of a wider developmental potential related to both ICM- and trophoectoderm-like states. Because of the inability to clone STAP cells from single cells, we must await future technical advancement to examine whether their dual-directional differentiation potential at the population level may reflect one totipotent state at the single-cell level or two different states of STAP cells coexisting (or fluctuating between them) in culture. As for STAP-cell-derived Fgf4-induced stem cells, which can also contribute to both embryonic and placental tissues, our in vitro conversion study combined with inhibitor treatments clearly indicate that the bidirectional potential of Fgf4-induced stem cells is unlikely to reflect the co-presence of separate subpopulations of ES-like and trophoblast-stem-like cells in the culture. Collectively, our study indicates that STAP-based conversion can reprogram somatic cells to acquire not only pluripotency but also the ability of trophoblast differentiation.


笹井さんは記者会見時の記者の質問に対して、疑義が生じているのはアーティクル論文であって、自分の纏めたレター論文ではないと答えました。彼はここに書かれている通りに信じていたのです。そして丹羽さんもそう信じていた。しかし、若山さんはGOFのFI-SCを作った記憶が無いと後に言い出した。何を言ってるのか。レター論文の実験はGOFのFI-SCが存在しなければできない実験ではないか。責任著者が何をいまさらそんなことを言いだしているんだ。論文を一度も読んで無かったとでも言うのか。読みもしないで自分でも理解できない論文になっていたと笹井さんに言ったのか。存在しないFI-SCの実験を行ったと論文のあちこちに書いている小保方さんの嘘をずっと放置していたとでもいうのか。何をとぼけたことを言ってるんだ。お前は責任著者だろうが。

それともGOFのFI-SCは作られていて、小保方さんにそう言って渡していたのか。キメラが小保方細胞核のntES化によって作られている嘘を白状できなくなってしまったから、GOFのFI-SCは作って無いと説明したのか?















  1. 2019/12/25(水) 11:43:26|
  2. AC129
  3. | コメント:0

AC129を巡る問題14

(木星リストの保存)

木星リスト1
木星リスト2
木星リスト3
木星リスト4
木星リスト5
木星リスト6
木星リスト7
木星リスト8
木星リスト9



(FI-SCに関する情報整理)

FI-SCに関する情報は以下である。

[細胞実物] 木星リスト内、及び若山氏持ち出しリスト内
❶CTS-1(全解析でAcr-CAG、Oct4-GFPは無いと確認されている)
❷CTS-11,12,13(シーケンシングでAcr-CAGだと書かれ、Oct4-GFPに関しては無いということが仄めかされているが断定されてない)

FI-SC1.png

この分は丹羽氏が持ち出した記録は有るが、松崎氏の記録はない。

FI-SC2.png

BCA報告書の細胞リストでは4ラインとも少なくともシーケンシングはしていることになっている。
Ooboe さんのパートナー氏が入手した管理簿も再掲して置こう。

AC129-38.png

この管理表には少なくとも松崎氏が持ち出した記録はない。また丹羽さんの調査結果報告もない。しかし、桂報告書もBCA報告書も全ライン調べたと書いている。しかも山梨の分も調べたと書いている。そしてGOFのFI-SCは無かったと。にも関わらず、公共データベースはGOFの細胞とCD1のTS細胞が混ぜられたサンプルがあったことを証している。しかし、木星リストにはそれが無い。小保方さんがESコンタミしたのだと称するサンプルはいくらでもあるのになぜ、このサンプルだけが無いのか。佐藤本でも指摘されている。先を急ぐまい。

❸次に存在している試料は写真番号の⑤です。

FI-SC3.png

木星さんが写真まで入手されている。CTSという文字が見えます。DNA試料です。

FI-SC4.png

これも調査された気配がない。又、明細が不備ですね。以下のようだ。
1.ES
2.FLS
3.TS
4.CTS
5.CD45+
6.ES②
7.FLS②
8.TS2②
9.CTS②
10.CD45②
最下段は
STAP RNA1
STAP RNA2
epi-sc RNA①
epi-sc RNA②

❹次はー30度フリーザーの9番です。
組織サンプルブロックと書かれているようだが、黒文字は小保方さん、青は恐らく寺下さんでしょう。そもそも何の組織なのか。ACTSという表記はアニマルカルスTSという意味。STAP細胞から作られたFI-SCという意味だが、その組織となるとFI-SCキメラの組織なのか。不明ですね。

FI-SC5.png


❺次はキメラの切片です。

FI-SC6.png

FI-SCキメラの胎児と胎盤ですね。胎盤貢献していることになっている。
14番は若山研■■氏となっていて、小保方さんが担当していない。14番だけなのか全部なのかもわからない。少なくとも14番は他者でしかも大事な胎盤部分というのは気になるところ。Figure 2-f,gで使われている。


FI-SC11.png


Figure 2-a,bはFI-SCへの誘導の仕方が示されていて、特に5-bはGOF由来STAP細胞からの誘導の写真で、小保方さんにはできないので、写真自体が若山さんの撮影したものということになる。GFPのFI-SCを作ってないという証言と矛盾している。


FI-SC12.png

FI-SC13.png


これがトリック写真なら、何度も繰り返すが理研は小保方さんを捏造者として警察に届け出ないといけない。

Figure 5-c,d.eは免染とRNA発現解析であるが、CD1のTSが混ぜられているというものを別としても、今でもデータは残ってい.る。


FI-SC14.png


Ts.Marker さんはずっと指摘し続けている。
>>
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

トゥイッターのみならずノフラーのブログにも書き込んでおられるが無視し続けらている。
>>
tt‏ @ts_marker 2018年3月26日
その他
Everyone in the world can witness. SRR1171567 FI-SC H3K27me3 SRR1171568 FI-SC H3K4me3 SRR1171569 FI-SC input DNA Incidentally, contamination of TS cells has not been reported in this data.

私はntESをTS培地で誘導した結果だと考えて居るが、Ts.MarkerさんはTS細胞との共培養の結果で本体はあくまでもSTAP細胞だという主張です。この分はFACSでTS細胞は完全に取り除かれていることになる。

いずれにせよESではあり得ない実験が行われている。

❻キメラ切片のすぐ下です。Ts.Marker さんと検討したまさにその実験です。

FI-SC7.png

中身を整理してみましょう。
(上段 8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本

青文字は寺下さんが手伝ったものではないでしょうかね。黒は小保方さん。5/14というのは2013/5/14ということで2013/4/4にリヴァイズ通知が来て、査読者がESコンタミでないことをJAKiを使って確認するよう指示している。この指示に査読者の勘違いもありそうでしたね。
ESが消えたらSTAP由来のFI-SCも消えるかもしれない可能性だってJAKiの効果にはありますね。
ただ、結果は違った。まずFigure 2-jでESにJAKiを入れるとOct4,Nanog,Rex1というESマーカー発現が1/5にまで減った。対して③④のFI-SCはそもそも発現量はESに比して少ないがJAKiに対する反応では変化なく、ESコンタミではないかという査読者の疑義を晴らす結果になった。青字が寺下さんなら、寺下さんがこの分のRNA抽出を手伝ったということでしょう。

FI-SC15.png



(上段)の③④はFI-SCです。ESは(下段)の⑰⑱にあって小保方さんが抽出している。
大事なのはここは査読者がアドヴァイズしている通りにqPCRで内在性遺伝子の発現確認をしていることです。査読者は免染で確認できると書いていましたね。それは2-c,dで実行されている。GFP確認ではないということです。従って、ここで使われたCTSはF1のFI-SCであっても可能だということです。③④は発現したRNAですからOct-4-GFPでもCAG-GFPでも発現していれば確認できるでしょうね。

対してFigure 2-kの実験は黒字でかつ翌日の2013/5/15に行われているようです。下段を先に整理しましょう。
(下段 45本)
①E7.5 RNA 4本
②TS RNA 2本
③CTS RNA
④RNA
⑤CTS RNA 2013.5.15
⑦cardiac STAP d3 RNA
⑧cardiac STAP d7 RNA
⑨TS niwa-1 RNA 2本
⑩TS niwa-2 RNA 2本
⑪RNA Q1-1
⑫RNA Q1-2
⑬RNA Q2-1
⑭RNA Q2-2
⑮RNA Q3-1
⑯RNA Q3-2
⑰JAKi+ ES DNA
⑱JAKi- ES DNA
⑲lymphocyte RNA 2本
⑳GFP+ RNA
㉑GFP- RNA
㉒renal P3
㉓renal しんとうRNA
㉔cardiac fibro
㉕Hepatocyte p10
㉖Lung
㉗Liver
㉘heart

①はE7.5とありますから受精後7.5日の帝王切開された胎児のRNA試料ということになりますが、胎児の細胞が発現しているRNAだということでしょうね。FI-SCだとは書いてないが同じ実験グループのなかにある以上FI-SCキメラの体細胞RNAではないでしょうか。❺のキメラ胎児だと考えるのが妥当でしょう。STAP細胞やSTAP幹細胞キメラとも考えにくい。
②は2-kで使われたTSですね。若山さんの「僕のマウス」TSであろうと推測される。なぜなら丹羽さんの提供したTSは⑨⑩に弁別されている。丹羽さんのTSは系統樹を作る際に若山さんのTSが分化してしまっているのではないかという話になって後CD1のTSが提供されたということになっている。報告書の本文記載では2013年の8月である。しかし、8月であると系統樹は完成されないままに投稿されているということになってしまう。これがおかしいのでスライドでの時期が(1月最終)とごまかされたのではないかと疑義したが、ここでは若山さんのTSと丹羽さんのTSが併存している。JAKiの実験はここにある通り、2013/5/14と15の両日のようである。(1月最終)の時期に分化が疑われていたら既に5月の実験では若山さんのTSは使用されていなかったはずである。分化しているのではないかと疑義されたのはこのJAKiの実験時ではないか。ここでのTSマーカー発現がおかしかったから丹羽さんのTSが提供されたと考えるのが自然である。
2-kのグラフのコントロールのTSは丹羽さんの⑨⑩のTSが使われたと思われる。JAKi検査ではFI-SCのTSマーカーであるCdx2,Eomes,Elf5,Itgα7ともに変化なかった。そもそもJAKiはESマーカーに対するインヒビターなのでTSマーカーとは関係しないが、少なくともES細胞は入ってないぞという証明にはなっている。この2-kの実験もGFPを使ったもので無いのでF1のFI-SCでもOct4-GFPのFI-SCでもできる実験であるが、どちらであったかは確認されていない。しようと思えば小保方さんがここに全部証拠を残しているから今からでもできる。


FI-SC16.png


捏造犯はこんなに詳細な証拠は残さないでしょうね。

TSの実験で使われたFI-SCも(上段)の③④です。JAKiを入れる前のFI-SCは(下段)の③④⑤です。⑤が日付入りで実際に使ったものではないか。③④はうまく結果の出なかったFI-SCラインも参考のためにRNA抽出して置いたということなのかとも推測するが分かりませんね。

⑦⑧は心臓組織のSTAP細胞ですが、3日目と7日目のRNAです。しかも血球で行わずに心臓組織細胞で行っている。⑪~⑯は何のRNAなのかは分かりませんね。㉒は腎臓、㉓は腎臓の浸透圧刺激でしょうか、㉔は心筋、㉕は肝臓、㉖は肺、㉗は肝臓,㉘は心臓の何かは分かりませんが全部RNA試料でしょうね。これはJAKiの検証分とは別の試料のようです。

⑳㉑はGFPの有無で分けられているが、これもJAKiの実験分か否かは分かりません。もしJAKiの実験だったらExtended Data Figure 5-dが有りで、5-c,fの中段が無しの分だということになる。すると㉑がBFPのESの入った試料ということになる。でもわかりませんね。



❼次は20番です。FI-SCと書かれているのは笹井さんが参加して以降の実験サンプルです。笹井さん以前にFI-SCという言葉はできていない。

FI-SC8.png


テラトーマと書かれているのでその染色サンプルですから切片グラスです。Extended Data Figure 6-bにある。


FI-SC10.png


以下はその注です。
>>
b, Pluripotency of ES-like cells converted from Fgf4-induced stem cells as shown by teratoma formation. Those cells successfully formed teratomas containing tissues from all three germ layers: neuroepithelium (left, arrow indicates), muscle tissue (middle, arrow indicates) and bronchial-like epithelium (right). Scale bar, 100 μm.

Figure 4-aの構想は誰のものかと以前考えた。レター論文を書いたのは笹井さんである。一から書き直したと証言している。しかし、データを渡されて論文化してくれと小保方さんに頼んだのは若山さんで、何の説明もなくデータを渡されて小保方さんが論文を書けるわけがない。無論、若山さんは小保方さを山梨に連れて行って、一緒に論文にしようと誘っているのである。しかし、実際には若山さん→小保方さん→笹井さんとデータと説明が受け渡されて、最終的にレター論文となった。

FI-SC9.png

STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells のテラトーマがこれだというものです。
[テラトーマ:この時は随分大きくなった]と答えたのは小保方さんですから、このテラトーマを作ったのは彼女ですが、STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells の誘導を行ったのは誰か。
因みにSTAP-SC→Expandable ES-like cellsとFI-SCs →Expandable FI-SCsは誘導培地も見つけられていない単なる空想ですね。それに対してFI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cellsからはテラトーマが作られている。

①STAP clusters →(Cultured in fgf4 medium)→ FI-SCs
②FI-SCs →(Cultured in LIF medium)→ Expandable ES-like cells

①は若山さんにしかできない。②は既に①があればだれにでもできる。
後に項を改めて検討しましょう。

❽更に次は34番です。

FI-SC20.png

これは何と対応しているのかわかりません。

❾そして最後が54、55番です。

FI-SC21.png

ACTSと書かれているのは若山研時代のものですね。
uteresと書いているのはuterusのスペルミスです。複数形がuteriもしくはuterusesなので何か複数形で書こうとして間違えたのかもしれませんが中身が単数なのか複数なのか分かりませんから判断できませんね。

























  1. 2019/12/23(月) 08:43:44|
  2. AC129
  3. | コメント:0

AC129を巡る問題13

(ではこちらの考察の続きです。大概で収束させないと。)

10.AC129の実験(129ローザ)、キメラ作成

報告書10P。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

若山氏の説明だと129の何なのであろうか。
①市販129/Sv 購入したそのもの、もしくは自家繁殖されているとしたらそれも
②129/Sv-CAG(ホモ) 「僕のマウス」の片割れ
③129/Sv carring Rosa26-gfp 小保方さんが聞いていた背景

「若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。 」というのはどういうことかな。実験は若山さんがしているのだから、該当する実験は何かわかる。笹井研でやったことも笹井さんや丹羽さんに確認できる。小保方さんに聞いても分かる。どうして「可能性が高い」なんて話になっているのか。調査怠慢かさもなければ何か隠しているということになる。一人ずつ呼び出して調査しているはずなので、怠慢ではなくて、証言同士に矛盾があるということになる。誰の嘘か。確認しないといけない。理研には弱みがありそうですね。STAPに関する弱みと理研自体にある弱みを雇用者に知られている。「誤記と考えられ」たのならすぐに小保方さんに聞けばいいだけのこと。誰が129/Sv carring Rosa26-gfp だと言ったのか、誰がキメラができたと言ったのかと。そしてそのキメラは今どこにあるのかと。更に公共データ登録されたエビステムセルは誰が作ったのか。その129/SvのGFPは何かと。
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Tru-Seq
③SRR1171558 丹羽研(or 若山研) Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
④SRR1171559 丹羽研(or 若山研) Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv

この実験はレターの実験でTru-Seqは6月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はSTAP事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。問題はキメラができたことですからね。捏造だと言ってる以上誰が犯人か決めないといけませんね。灰色だと容疑者全員が迷惑する。
刺激による多能性獲得というのはキンガ・ヴァイニーツ論文以来課題になっていますね。笹井さんはいい名前を付けたものです。
渋谷さんの紹介している論文を楠本さんがアップしてくれているので、その一部をここに貼り付けて置きましょう。小保方細胞自体は世界の課題なんですね。
キメラを誰が捏造したかははやく終わらせておかないといけませんね。
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STAP CONTROVERSY

In early 2014, a paper described a “unique cellular reprogramming phenomenon” of exposing adult differentiated cells to low pH. CD45-positive spleen lymphocytes from 1-week-old C57BL/6 mice carrying an Oct4-gfp transgene and adult cells derived from the brain, skin, muscle, fat, bone marrow, lung and liver that were transiently exposed to low pH were reported to acquire pluripotency in vitro. A portion of such cells, which the authors termed stimulus-triggered acquisition of pluripotency (STAP) stem cells, were shown to express pluripotency markers, differentiate to triploblastic lineages under specified conditions, and contribute to chimaeras and germline transmission when injected into mouse blastocysts. Compared to mouse ESCs, STAP cells displayed limited self-renewal capability in ES-specific media and did not form colonies in dissociated culture[52]. The authors hypostatised that “unknown cellular mechanisms” triggered by sublethal stress unlocked the cells from their differentiated state and allowed re-expression of pluripotency-related genes, reflecting early embryonic stages. Such phenomena do not likely occur in vivo-at least not in mammalian organisms-as presumed mechanisms block progression from the initial OCT-4 activation to further reprogramming. Several months later, the paper was retracted due to “errors classified as misconduct” by the institutional investigation committee[53]. The negative impact of the retraction was further combined with news about possible “honour suicide” of one of the senior authors. However, while the “multiple errors” could indeed impact the study reproducibility and the credibility of the reported data, they could not rule out the existence of the STAP phenomenon. Interestingly, a recent paper reported a method of preconditioning adult human umbilical cord blood-derived stem cells to increase survival after transplantation. Exposure to oxidative stress and serum deprivation increased cell resistance in vitro, possible pointing to an adaptative mechanism for cell survival[54].


この実験はレターの実験でTru-Seqは6月以降にやり直していることが分かっている。若山研で作られた試料を検査し直したのか、新たに作図のためのデータを作るために丹羽さんが提供したのかが分からない。129なので、AC129の調査時に調べておかないといけないもので、普通は調べる。誰もこのことに関して語ろうとしない。理研には違法天下りの裏があるのでとにかく何も語るなという緘口令が敷かれている。本当はSTAP事件とは関係ない問題なんだが、藪をつつかれたくないんですね。こういうところはもうラブオンザビーチなので国民は皆うすうす分かっているんですね。

若山さんがFES1の中身をFLSとすり替えたんですね。ははは。

今まで何度も繰り返している通りです。サンプルを入れ替えたからこそ桂調査の結果が出た。入れ替えてなかったら小保方さんが犯人ですから、入れ替えたか、入れ替えてないかを確認したらいいんですね。


11.B6/129による何らかの実験(ntESG1、G2 ?)、公開データ登録情報(B6/129)

小保方さんが犯人だったら世界三大捏造事件に匹敵する捏造なんだそうですが、若山さんが犯人だったら、結果的には、今までに類なく悪質な、無実の人間に自分の罪をお仕着せた捏造偽造事件ということになりますね。
もしそうだったとしたら、社会正義の観点からこんなの放置していていいのかな。
これがOoboeさんのパートナー氏が検察に調査依頼された動機でしょうね。

ntESG1G2のチューブに貼られたラベルは論文と一致しているのに中身は別物だった。入れ替えられているという事実ですよね。
こんなものの提出を受けて桂チームはよく分析を続けられたよなあ。中身違ってるけどどうなってんのと問うのが普通で、中身が違ってたので、これは関係ないから候補細胞から外したという。頭をひねるよな。ひひひ。お前って誰なの?

このチューブに入っていた細胞は無論太田ESではない。では何なのか。よくもこれを調べようとしないでいられたねえ。普通聞くよね。太田さんでも、若山さんでもいいから、ラベルと中身か違ってるけどこれ何と。どこから持ってきたのと。
太田さんだったら、君の論文は捏造だねと言わないといけない。若山さんだったら、ラベルは誰の書いたものなのかと聞かないといけない。Ooboe さんのパートナー氏はとても単純なことを検察に調べて欲しいとおっしゃってるだけですね。太田さんと若山さんに聞いても梨のつぶてだからですよね。

でも、こういう事柄は事件になってからの話です。公共データ登録されているC57BL/6x129/Svの細胞を使った実験は一体どういう実験だったのか。
小保方さんは言われるがままにマウス背景を書いているはずなんですけどね。小保方さんが捏造者であったにせよ、こんなところでマウス背景に関して嘘を書いて得るメリットがない。小保方さんが捏造者だというのはただESを若山さんに渡したということのはずですよね。彼女は若山さんに対して他にキメラを作らせる手段を持っていない。
公共データ登録されている細胞のC57BL/6x129/Svは実際に調べてみると違っている。GOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている。
彼女はこの頃若山さんの幹細胞の実験を手伝わされていて、いろんな細胞をGRASに提出しているが、基本2012年の8月のことで、この時点でレター論文は想定されていない。ただGRASに提出して調べてもらっただけだ。この提出時に彼女が細胞の背景をどう書いているかは公表されていない。公表されているのはレター論文が完成してアクセプト間近時点の2013/11/5に理研に提出しているデータで、これも調査されていないが、最終的に小保方さんの申告を受けて理研が2014/2/13に登録したのがC57BL/6x129/Svなのである。

①一つには、この2014/2/13時点で小保方さんの記述を書き換えた奴が居るかもしれない。
②もう一つは、実際にはGOF+CD1であったり、129xB6-CAGであったり、129xB6-Acr-CAGであったりしている細胞のすべてをC57BL/6x129/Svと小保方さんに嘘を教えた奴が居る。

たぶん、①だと思われる。というのはGOF+CD1は丹羽さんのくれたBFPを使ったレター実験の可能性が高い。小保方さんの登録を書き換えた奴が居る。
ただし、小保方さんは手記にあるようにAcr-CAGそのものを知らない。2012年8月に何かC57BL/6x129/Svを使っていると聞かされている実験が行われていたかもしれない。


12.GRAS提出試料(129/B6)の実験?

途中寄り道しすぎて、自分でアイテマイズしておきながらその意味を見失ってしまった。
11は公共データベースのF1の登録背景が基本B6/129になっている疑問であったが、検査の結果出てきたのは129/B6だったわけだから、実際にこの頃若山さんが行っていた、或は行わせていた実験は何だったのかということだったかな。

若山さんは途中までは何かを調べていた。特にFI-SCの実験ですね。でも、同時に小保方さんを挟んだヴァカンティ氏との関係が何かうまくいってない。何しろ山梨大に助手で誘われていながら彼女はいい返事はまだしていない。後に書かれた手記によればヴァカンティ・小島・大和・常田各氏とも相談していて、最終的にはついて行くべきでないというアドヴァイスを受けたと書いている。子弟関係を考えたら常識ですね。聞かなくても分かっているようなアドヴァイスです。ヴァカンティ研に留学の話が出たのはヴァカンティ氏がメンバーを探しているのを知人の大和氏が知って、自分の学生を紹介したものです。これは後にデイナ・グッドイヤーが取材して書いている。
でも彼女は優柔不断なんですね。子供心のままですよね。自分で決められない。自分の細胞研究にだけ関心があって、周りの人間関係に無頓着です。人が自分の面倒を見てくれるのが常態の子供心が長くつづくということと、子供の純粋な好奇心が長く続くということは関係があるのかな。
ここは助手で誘われたときに行けないと答えなければならなかったところですね。
でもキメラはできている。我々の推理では若山さんは助手条件で誘える時点まで彼女を引き留めるために、ntES化してキメラを作ったのだということを隠していたと考えた。
前年の春に最初の勧誘を受けて、ヴァカンティに相談した。この時の経緯が手記に書かれているのですが、無論小保方さんの立場で書かれている。
若山さんのところにあるGOFマウスで研究したいということをヴァカンティに訴えたようですが、その前に、若山さんに自分のラボに誘われたと言っていて、この時点でヴァカンティが仰天したのは想像に難くないでしょう。既に契約している。社会常識が無いにもほどがある。誘われた時点で既に契約しているから行けないと断らないといけませんよね。或いは大和氏に相談しないと。誘った若山さんも若山さんでしょう。もっとも、ここで日本中が震災と原発が津波で大爆発している渦中にあるのを忘れてはいけませんよね。ヴァカンティ氏は若山研に小保方さんを渡す気なんて全然なかったとデイナに語っていますね。
小保方さんの世界は自分中心に回っていて、周りのみんなという漠然とした保護社会があって、自分が一生懸命に何かを解明しようと努力していたらみんなが助けてくれると考えているらしい。仮に皆がさうさせてくれないときは自分の努力が足りないので、もっと研鑽して認めてもらうようにしないといけない。みんなが自分を指導してくれると考えて居る。
こういう子供は可愛いよね。
生きていくための予算獲得するためには研究不正もある程度はして論文を飾り立てインパクトファクターを盛り込まないとなかなか認めてくれない。予算もつかなきゃ自分も苦しいし、弟子を育てることもできない。一体何のために自分はこの世界に入ったのか。千三つの世界ですから。三つに当たらなかった人は退いて後進の指導に当たらないといけない。教育と管理の仕事に回るんですね。私企業の研究所でも同じです。たくさん雇っている研究者の全てが大発見するなんて思ってないし、雇った研究者は必ず大発見してくれそうな人を選んでいるんだけど、現実に大発見する人は千人に三人なんだという計算のもとで会社を経営している。国営企業は簡単にはつぶれないからそこが緩いだけで、原理原則は同じで千三つです。経営原則は自然則並みにシビアなものですね。国営企業の潰れた代表例は旧国鉄でした。
シニアな研究者は小保方さんみたいな人に弱いんでしょうね。常田氏はまだそんな学生だとも思わなかったと言ってる。大和氏はハルさんと呼んでいて、ハルさんは出来ないだろうと刺激するとガンバル人と見抜いている。ヴァカンティ氏は会ってすぐにブライトだと見抜いた。若山さんは博論時の手伝いで一度会ってるがその時の感想は出ていない。震災で腰かけた時に惚れ込んで、自分の研究室に誘った。その前の2月前後に東京でも出会って小保方さんが挨拶に行っている。笹井さんは隣に並んでプロジェクターを見ながら論文のリヴァイズをしている過程で惚れ込んだ。
彼女にはそういう類の魅力がある人だと分かる。相沢さんは早稲田の古い先輩だということと、副所長までしていて組織からの信頼も厚い人なので、小保方さんのベイビーシッター役を仰せつかっている。再現実験では一時復帰して小保方さんの上司になっていて、机を並べている。手記に小保方さんに対して自業自得だと言ったことが書かれている。これはまさに小保方さんの先輩として彼女の魅力が仇になったことを批判しているのではないかと推測される。子供心を批判したのだと思われる。断るべきところでちゃんと断らないからこうなったと理解したのではないか。机を並べているときに先輩として尋ねているかもしれない。小保方さんが60万の支払いに応じた時、もう二度とお前には合わないと怒ったのは、まだ子供心なのかということではなかったか。その後も言葉とは裏腹に食事に誘ってやっている。
因みに、小保方さんが支払ったのは弁護団の圧力で、二つの理由がある。一つは彼女の心理状態が訴訟に堪え得ないと判断したこと、もう一つは弁護団自身が、小保方さんを弁護できる自信が無かった。裏返すと小保方さんが犯人ではないかと疑っていた。弁護士の仕事はクライアントにとって一番いい結果になるように努力することなので、この問題では争わない方がいいと判断した。その代わり、早稲田への訴訟は勧めている。これは小保方さんの証言なく、弁護団だけで勝てると判断しているんですね。ど素人の私でも勝てると思いますね。詐欺で訴えることすらできる。深読みすれば、法学部の博士課程まで出ている鎌田学長は小保方さんが訴訟してくれて、早稲田が負けることを望んでいたかもしれないようなところです。早稲田が文科省の圧力下で判断したことは国民には自明ですからね。対して、この時点で誰も若山さんのntESだという認識は生まれていませんからね。こちらの裁判は小保方さんには耐えられないとみたんですね。相沢さんはその辺りまで考えてはいない。ただ、小保方さんがES捏造するような人でないことは分かっているので、なぜ払ったのだと直情しただけでしょうね。

小保方さんがシニアの研究者にとっては可愛い人だったというのは若山さんでもそうですね。可愛いと思っているのに悪意を持って接するということはあり得ません。小保方さんが手記を書く段階になってすら、若山さんを憎む気持ちになれないと書いているのは、若山さんは常に小保方さんに対して好意的に接していたからですね。その思い出があるから憎めないのです。どこかの時点から変わったんです。

それが、この辺りなんですけどね。



13.GRAS提出STAP細胞(lysate)が「僕のマウス」ESになるようにした犯罪行為

129B6F1 GFP ES-6 とAC129と STAP ChIP-seq control は同じ細胞であるというBCAの結論は納得しやすいものですね。何度でも貼り付けましょう。

驚くべき虚偽2


まず3つのサンプル共に、赤のホモSNPs領域が129 cag-GFP mouse と一致している。そして他はすべて緑で、青のSNPsホモ領域はほとんどありませんが、18番にわずかに存在している青の領域は B6 cag-GFP mouse の18番と一致している。3つの細胞は同じものです。
我々は、若山さんが小保方さんによるES捏造だと思わせるために、AC129と STAP ChIP-seq control の中身を129B6F1 GFP ES-6 に入れ替えたのだと主張している。現に、そのES6は最終的に若山さんが山梨大に保持していて、理研の小保方さんのフリーザーには無かった。もしサンプルの入れ替えが無かったとしたら、AC129というのは129/Sv-X1の白毛マウスで作ったものなのでしょうから、検査の結果「僕のマウス」が出てきたのなら小保方さんがESを渡したのだという結論になります。ここはとても重要なところです。
入れ替えがあったか無かったかということが焦点なのです。
細胞の大きさからして若山さんはESを渡されて気づかないということは無いと既に我々は証明している。何百回と胚盤胞に注入している。気づかないことはあり得ません。犯人は若山さんなんです。
するとここに重大な疑義が生じますよね。GRASに残されていたというSTAP Lysate です。これが「僕のマウス」ESであった。8月に小保方さんが提出した細胞で、STAP細胞だと書いていたものでしょうね。それが残されていたと伊藤さんは証言した。これが本当かどうかは証明が難しいでしょうね。伊藤さんは第三者ではありませんからね。警察が差し押さえた後に検査した結果だとまた事情は違いますけどね。
調査が杜撰だからこうなるんですね。法律の立て付けが悪いのです。警察を入れて裁判させて決着させないといけない。
犯人が若山さんであっても、小保方さんであっても、無実側は迷惑しますよね。事実が判明して困るのは真犯人なのであって、自業自得です。無実だったら晴れ渡りますね。そうしないといけないですよね。

まず、STAP Lysateって何ですかね。長期培養のできないSTAP細胞のDNAを細かく刻んで溶液の中で保存しているものですね。まずDNAはこの溶液の中で当然2年以上経過しているわけですから凍結してあったはずですが、中身の変質は無いのでしょうね。それとどうして保存してあったままのサンプルの写真とSTAP Lysateであることを示すラベルなり書類なりの開示が無いのかな。
いわば犯人たちがやりたい放題のことを行って言いたい放題のことを言ってると思われても仕方がありませんね。何しろ報告書は基本的に疑われていますからね。親の雌雄の違うラベルサンプルを渡されていながら理由を問いもしない。どこから太田ESが来たのかということを問い合わせても答えない。これで信用しろという方が無理ですね。本当はこの時点で詰んでるんですがね。

①小保方さんがES細胞とSTAP細胞を間違えた。
②伊藤さんが嘘をついている。
③小保方さんに誰かが実験で使った残りの細胞をsTAPだと言い間違えて渡した。

Letter Figure 4-bは小保方さんがSTAPとESと間違えてるんでしたよね。リトラクト理由とともにもう一度貼りましょう。

(4) In Fig. 4b of the Letter, STAP cell and ES cell are wrongly labelled in a reverse manner.


BCAの虚偽2

そしてこれはTsさんのIGV解析で証明確認されている。Nanogの少ない方がSTAPです。小保方さんは本当に間違えている。若山さん、もしくは手伝ったメンバーがTs.Markerさんの確認したIGVの図を持っているということです。

Nanog1.png


これはAC129を巡る問題6で一度考えました。これ自体はIGV図にキャプションをつけた時に間違えたんですね。小保方さんはLetter Figure 4-bのSTAPとESを逆に書いてしまった。それはいいとして正しくはTs.Markeさんの図ですね。STAP細胞はNanog発現量がES細胞より少ないんですね。ところが、ここでSTAPとされているものは報告書では「僕のマウス」ESだったんでしょ。だったら上のESは何なのか。どちらもESなのか。それとも上がSTAP細胞なのか。それだと小保方さんの間違いは更なる間違いによって訂正されているということになるが。


14.AC129の中身を「僕のマウス」ESに入れ替えた犯罪行為

ちょっとTs.Markerさんのブログで道草してしまったので、早く終わらせよう。その前に少しだけ触れて置く。

Ts.Marker氏は和モガさんや、DORAさんなんかと同じで所謂理系の人のようだ。若山さんはこの世界では著名人なのでやはり敬意があるんでしょうね。完全に客観的にはなれないようです。この情に支配されていると言辞はアンチ小保方派に近くなる。アンチは単に情だけでなく利害的にも若山さんを擁護している。何となく敬意があって客観的になれないのではなくて、自分たちに不利になるから擁護しているんです。特に騒いでしまったマスコミの関係者のスピン屋さんですね。今更小保方無実なんて考えたくもない。理研や文科省関係のスピン屋さんたちも同じです。蒸し返されると大問題になってしまう。利己心は情の最たるもの、情の情たる所以です。
Ts.markerさんたちはそうではないんですね。理研の報告書はおかしいと思っている。理研は小保方さんがESを渡したと言ってるも同じです。だから理研がおかしいというのは小保方さんは無実だと言ってることになるんですが、自分たちの尊敬する、或は尊敬まではしなくても、ちゃんとした研究者で、立派な人だと信じ込んでいる若山さんが何か悪いことなんてするはずが無いと考える。すると事件に関する真相解が思いつけなくなってしまう。なぜならば若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立しているからです。どちらかが嘘をついているとしか見えなくなってしまっている。
このジレンマに陥っていてそれを解きほぐすストーリーが思いつけないということです。誰一人彼らの中でそれを言った人はいない。だんまりです。唯一パートナー氏だけが思いつかないと正直に述べられただけです。
私も思いついたら既にそちらの立場に立っていますから思いつけないんです。だからこちらにいる。でも、思いつけないから解は無いのだとは言えませんからね。だからこそ可能性として残しているんです。

私はど素人の無関係な人間ですから若山さんに対する敬意なんてありません。そもそも私は内心で他人を尊敬したことなんてありゃしない。先生が偉いのは子供の間だけで、後は社会的慣習としての敬語の使い方があるだけですね。人を尊敬することがないから、逆に言うと人を馬鹿にするなんてこともありませんね。全く対等です。上下関係をつけたがる人というのはまだ精神的には未熟ですよね。で、社会は未熟な面が残って無いとバラバラになり易いんですよね。人間は群れる動物です。
でもそういう私でも好き嫌いはありますから、嫌いな人間との関係は出来るだけ当り障りなく疎遠に維持し、好きな人間たちとのみ付き合いします。それで今まで困ったこともないですね。ということは大抵の大人たちはそうしているんではないですかね。

「若山さんの主張と小保方さんの主張は表面上完全に対立している」という事例の最たるものがこのAC129です。若山さんが129/Svを渡したと言っているのに、できた幹細胞からは129B6F1が出てきた。私は渡されたマウスの細胞を返したと小保方さんは言ってます。
第三者が介入してないとしたら、どちらかが嘘をついているか勘違いしている以外にはありません。この問題を解決しないで科学的に実験結果の解釈のみをあげつらっても、事件の真相には至れない。

若山さんはAC129の実験の後にSTAP細胞の作り方を小保方さんに教えて貰いに行ってFLS-Tを作った。このときに渡したマウスは何であるか書かれていないが、「僕のマウス」を渡しているらしい。というのも後の調査結果でマウス背景が違うということは言われていないからです。FLS-Tのマウス背景は「僕のマウス」だった。ただし、遺伝子欠失と重複が「僕のマウス」ES-1であると発覚した。STAP細胞ではなく既存のESと一致したということです。

でも、このES1を最終的に持っていたのは若山さんでした。理研側には残されていなかった。小保方さんが二回の捏造の上にたまたま若山さんだけがサンプル整理した後にES1を持ち帰っていたのだというような偶然があるのでしょうかね。
そういう偶然が無く、小保方さん犯人もないのなら、若山さんはAC129の中身も後にES-1に入れ替えたことになるのです。

立派な学者はそういうことをしないと信じるのなら小保方さんが捏造したのだと結論しなければならなくなるでしょう。

でも理研にはES1は無いのにES6が置かれていて、小保方さんは不明と答えている。これを置いたのは若山さんで1と6の識別が可能だと思ってなかったんでしょうね。


(ゲノムウォークの話)

さて、アイテマイズして置いた項目は一応検討しましたが考察は全然進展しませんね。隠されている情報があまりに多いからですね。隠されていると言っていけなければ調査されてない事柄が多すぎると言い直してもいい。

ここで、途中になっていたアクロシン発見に至る経緯の話に戻りましょう。

記者会見1

若山さんの「僕のマウス」は由来がロックフェラー大学で自分自身が作ったB6-CAGホモマウスですから、その挿入した人工遺伝子であるコンストラクトは若山さんは知っています。入った染色体がどこかは偶然によりますから調べないと分かりません。若山さんは放医研に自分のコンストラクトを教えて調べてもらったんです。放医研は若山さんのコンストラクトの頭と尻尾にプライマー設定して、FLS1-8、AC129、「僕のマウス」ES、FLS-T1,2の全てを調べてもらった。
なぜすべて調べたということが分かるかというと、本来このプライマーで引っかかってくるはずなのは、まず「僕のマウス」を渡したと言っているんですからFLS1-8、当然ですが「僕のマウス」ES、そして後にバックグラウンドは違ってるとは言ってないんですからFLS-T1,2ですね。でもそれ以外もこの同じプライマーで調べたんです。なぜならAC129にも18番染色体にホモで見つかっている。ということは、そもそも「僕のマウス」を渡したと言ってるんですから当然である上に、本来ない筈のAC129まで調べてあったと言ってるんですから、FLS1-8も調べた結果無かったというデータがあるんです。ところがそれは示されていませんよね。
この18番に無いという証拠は重要なものです。もしかしたら、18番にヘテロであった可能性に関して既述していますよね。

左側の18番に無いという図は右のプライマーで探した結果ではありませんからね。全然別のプライマーで調べた結果です。騙されないでください。
それから、これを探すのは難しくない。コンストラクト配列が分かっているからです。
序ながら岡部マウスのAcr-CAG挿入のコンストラクトも岡部さんから聞いているので分かっています。
若山さんの記者会見での説明はとても不自然なものです。自分が光る精子を集めて顕微受精しているんですから、18番になかった結果それでも光っているわけですから岡部マウスではないかと調べさせたらいいだけです。ゲノムウォークの必要はないはずなんですがね。彼はプライマーを調べるのが大変なんですがなんて、また、GFPがヘテロに来たと小保方さんに言ったときのよえうに、あたかもゲノムウォーキングで調べたかのような仄めかしを言ってる。

第三者機関が放医研であることはNHKの藤原記者が質問で暴露した。でも藤原氏はなぜ知ってるのか。若山さんが事前に知らせていたでき質疑応答ではないのか。放医研に確認したら法人として正式には受けていないと言った。そして個々の研究者が個人的に引き受けることはあるとしたが、それが誰かも言ってない。今でも本当に放医研の知人が引き受けたのかどうかすら分からない。若山さんが勝手に作った資料でないという証拠もない。
FLSの18番染色体上に1コピーのGFPがあったら第三者なら若山さんが嘘をついていることを知っているでしょうね。またなかったとしても、無かった結果は提示したのでどうして記者会見で示さないのかと訝ったでしょうね。しかし、そう考えるより、これは若山さんの一人芝居ではないのかと考えた方が理解しやすい。

桂報告書の解析チームはすべてを自分たちの手で確認したかどうか分かりません。彼らも又、FLSの18番にCAGがヘテロに1コピーあったか無かったかに触れていない。我々がそれにこだわるのはFLSの129側にB6のコンタミがあるSNPsパターンが129 cag-GFP mouse と一致しているからです。このパターンの示唆するところはAC129以下3ラインは言うに及ばず、FLS以下の4ラインの18番には1コピーのCAGがヘテロに入っているということです。それに対してntESG1,2の129には129 cag-GFP mouse のようなB6のコンタミは無い。

驚くべき虚偽2


岡部マウスの使われているらしい細胞株には以下の特徴があった。
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1)Acr-GFP/CAG-GFP 共挿入の位置、コピー数、周囲の塩基配列
表:STAP 幹細胞株一覧に挙げた 12 種類の幹細胞から STAP 幹細胞 FLS-T を除く 11 種 類の幹細胞株、それらの幹細胞が作製された 129 系統、および C57BL/6 系統の NGS によ る全ゲノム解析を行なった。その結果、Acr-GFP/CAG-GFP の共挿入は、STAP 幹細胞 FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、そして ES 細胞 FES1 並びに FES2、ntES1 並びに ntES2, および 129/GFP ES の 7 株の第 3 染色体の同一部位に共通に存在することが判明した。また、Acr-GFP が第 3 染色体の片方にのみ挿入されていること(FISH により確認)、Acr-プロモーターの コピー数がどれも約 20 コピーであること、GFP 挿入部位を挟んで第 3 染色体の約 20kb の重複があることと、GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ ることも共通していることが判明した。これらの特徴は、2003 年に CDB 若山研が大阪大 学岡部研より導入した Acr-GFP/CAG-GFP マウスの特徴と完全に一致する。 (4P)

以下の特徴が共通していると書いているのでしたよね。AC129-8で検討した。

①3番染色体にAcr-GFP/CAG-GFP 共挿入がヘテロに存在している。
②アクロシンプロモーターのコピー数は20コピー程度である。
③GFP挿入部位を挟んで約20kbの重複がある。
④GFP 挿入部位に隣接して第 4 染色体 20kb 断片の逆向きの挿入があ る。
⑤この特徴を共有しているのは2003年に岡部研より導入した岡部マウス、FLS3、CTS1、FES1、FES2、ntES-G1、ntES-G2、129/GFP ESである。

ところが⑤に挙げられた細胞には別の識別可能の特徴がっあった。
>>
4)第 3 染色体と第 8 染色体の欠失変異
STAP関連11細胞株の全ゲノム解析から、第3染色体の5kbの欠失と第8染色体の17kb の欠失(第8染色体は129系統由来;第3染色体はB6系統由来)が上記STAP幹細胞FLS3、 FI 幹細胞 CTS1、および、ES 細胞 FES1 並びに 129/GFP ES だけに共通に存在することが 判明した。この2箇所の欠失は、STAP 幹細胞 FLS および FI 幹細胞 CTS の全ての株にも 共通に存在することがPCR産物の塩基配列決定により確認された。一方、この両欠失は、 市販の 129 の亜系である 129 x 1/SVJJmsSlc(SLC)と 129+Ter/SvJcl(CLEA)のいずれにも存在しない。また、この第 3 染色体の 5kb の欠失も、市販の B6 の亜系である C57BL/6JJmsSlc (SLC)、C57BL/6NCrSlc (SLC)、C57BL/6J (Charles River)、C57BL/6NCrl (Charles River)、C57BL/6JJcl (CLEA)、C57BL/6NJcl (CLEA)のいずれにも存在しない。 さらに、2010 年に若山研で受精卵凍結された Acr-GFP/CAG-GFP マウスにも存在しなかっ た。 もし、これらの細胞が論文に示されていた(129 x C57BL/6)F1 から作製された株で あるなら、これら 2 個所の欠失の両方、または片方が市販の 129 系統、C57BL/6 系統の いずれかに存在していなければならず、STAP 研究の行なわれた 2 年強という期間でこれ ら 2 個所の欠失が生ずることは考えにくい。従って、この結果は、これら 4 種類の細胞 が、論文に示されていた(129 x C57BL/6)F1 マウスから直接作製された株ではないこ とを明確に示している。(6P)

B6側だけに着目すると、[第3染色体の5kbの欠失]がFLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES に共通して、他には無いということである。FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウスの受精卵に無かった。

①FLS3、CTS1、 FES1 、129/GFP ES
②FES2、ntES-G1、ntES-G2と2010年に凍結された岡部マウス

二つのグループに分かれたということである。

②に関して事実関係を整理しておくと、この中のntES-G1,G2は不明の細胞である。

a.太田さんは6ラインの細胞を持ちだしたと日経サイエンスに証言している。それが何かは明らかにはなっていない。
b.この細胞の入っていたチューブのラベルには129B6であると書かれていて、その凍結年度も含めて桂報告書にある細胞表にある通りで、このラベル表記と太田さんの論文は一致している。
c.しかし、このチューブの中身はラベル及びそれと一致している論文とは全く違っていて親の雌雄が逆であったため誰かが中身を入れ替えたという証拠となっている。無論中身は論文当時の太田ntESではないのは無論であるが、どういう経緯で作られた細胞であるのかすらわかってない。
d.FES2も同様に太田さんの受精卵ESではない。太田さんは同じ親でいくつかの受精卵からこの2ラインを作っている。マウスは多産なので一つのペアがあれば複数個の胚盤胞が得られるので、何匹もの掛け合わせはしない。全く同じ親の卵なので、FES1とFES2のSNPsパターンが違うということはあり得ない。従ってFES1とFES2の作られた卵は別の親のペアの卵である。この時点でこの二つの細胞の片方、もしくは両方は太田さんが片手間で作ったと言ってる受精卵ES細胞ではないということになる。
e.2010年度に凍結された岡部マウスの受精卵に3番染色体の欠失は無い。しかし、他は上述のように中身が違っているので樹立年を特定できないので比較できない。

①に関しても事実関係を整理しておくと、この4つの細胞ラインは同じものだということであるが、作成の前後を言うことはできない。

a.FLSは2012年の初頭に樹立されて、凍結されたものや、継代培養を重ねたものやがあると推測される。
b.129/GFP ES に関しては和モガさんとDORAさんは犯人が小保方さんを陥れるために、彼女が手に入れた置忘れの太田細胞のラベル書き換え分だと思わせるように忍び込ませた細胞だと推測されている。小保方さんはこの細胞に関して調査に対して知らないと答えているようだ。彼女が犯人だったらこんなものを残したまま、最終的に自分が管理していた冷凍庫の中も検査してくれとわざわざ自分から申し出ることはない。不都合なものは捨ててから申し出るでしょう。
ただし、4ラインは同じものだという結論なのでもともとFLSの使っている分ということも考えられる。当時の状況で皆が知らないと言っていたと聞いているから自分も知らないと答えておかないと周りに迷惑がかかるかなと考えた可能性もないことはない。彼女は何が起きたかが理解できてない。うかつなことの言えない状況ではあった。
ただ、本当に知らなかったもしれないが、その場合は犯人が入れたということになる。中身はいずれにせよFLSですね。
c.FES1は太田ESではないですね。犯人が中身をFLSに入れ替えたものです。太田ESだったらFES1,2はSNPsパターンが同じになるはずです。入れ替えられている。

(Ts.Marker氏との対話記録)

Ts.MarkerさんはSTAP細胞ある派です。以下に彼のブログのコメント欄での討論内容を記録して置いて、新しい場所に移動します。

9. 一言居士
2019年12月14日 08:15
別件ですが、以下の二つ、GOF+10%のCD1とされている。
>>
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
SRR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2
Letter Extended Data Figure 5-e,fで使われたサンプルの公開データ登録分だと思います。BFPは若山研にはなかったものですし、この実験がJAKiを使った笹井研での実験なのは自明です。気づかれてないので聞き取り調査されていませんが、丹羽さんがCD1のBFPマウスを提供したものだと思います。この実験ではBFPを10%混ぜたと書いてあります。桂報告はこのことに気づていません。Figure 2の樹上図を作るためにCD1のTSを混ぜたのだという推測で小保方さんの捏造を示唆している。因みにCD1のTSは若山さんの「僕のマウス」TSが分化してしまっているようだったので、丹羽さんが提供していることが分かっています。
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

10. 一言居士
2019年12月14日 08:17
若山さんはGOFマウスでFI-SCを作った覚えは無いと証言しています。覚えはないということです。後に記憶違いの言い訳が出来る言い方です。実験ノートもちゃんと記載していないのではないでしょうか。そもそも共同著者で幹細胞化実験に関しては主導していた人です。作ったか作ってないかははっきり覚えているはずですし、論文に書いてあるのに後になって見てなかったなんて、世紀の大発見論文だと記者会見発表して出席して置きながら、後になってそんな言い訳はトンチンカン過ぎます。
小保方さんが捏造するなら、学生にもらったGOFのntESしかありません。学生のGOFESでこの実験を行うと論文の結果は出ませんから、更に写真の工作までしていることになる。共同著者に若山さんが居るのにそんなことってできないでしょうや。私はGOFのFI-SCは作ってないよと言われただけでアウトですね。現にそういわれた。これってやってたら相当悪質な捏造ですよね。裏返せば若山さんが嘘をついていたらこれは人を陥れるとても悪質な犯罪ではありませんかね。

11. 一言居士
2019年12月14日 08:20
同じくTs.Marker さんのSRR1171567,8,9のIGV解析結果は以下です。すべてAcr-CAGマウスだという調査結果です。見方はこれでいいのかどうかは分かりません。ご教授乞う。
>>
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

568のTSマーカー発現は驚くべきものですね。桂報告書はこれを太田ESを若山さんがTS培地で誘導した結果だと言っていることになりますね。太田ESは受精卵ESだということになってますよね。私はあなた方の解析結果は若山さんのntESの性質だと今のところは解釈していますが、太田受精卵ESをTS培地誘導してこんな結果になるとは考えません。
ご意見乞う。以上です。

12. Zscan4
2019年12月14日 19:14
>>11
前から気になってたんですが、” 若山さんのntESの性質だ ” とは?

13. 一言居士
2019年12月15日 08:35
(12への回答)
Ts.Markerさんは論文通りのSTAP細胞があるというお立場でしたね。今はどうなのかは存じませんが、私がntESではと書いた時「それはないよ」という意味のことをしたらばにコメントされたのを記憶している。理由は書かれていませんでしたが、当時IGVの解析結果を発表されていたのでその解析結果からそれは無いとおっしゃってると理解していた。ただ、ある派の弱点はあるのにどうして取り下げたのかということの理由が述べられていないというところです。

私は小保方細胞は"ある"が理研のキメラのできたSTAP細胞は無いという結論です。無いから取り下げたので、ある派の説明できない部分を説明している。

14. 一言居士
2019年12月15日 08:36
すると、彼らは何をしたのかという問題になります。理研は小保方さんがFESを見つけてコンタミしたと推測した。これはありません。繰り返さない。
でも、では若山さんが捏造するのかと考えればそんなわけがない。そして手記を読んで初めて理解できることは、小保方さんが腰かけて後どうして米国に戻らなかったかというと、若山さんが自分のラボに来いと誘ったからだと知れた。この話は手記以外のどこにも書かれていない。『捏造の科学者』にも一言も触れられていない。無論、桂報告書にも書かれていない。こんな重大な動機に関する情報を警察だったら絶対に見逃しませんね。警察は犯罪があったら動機を考えます。
彼女の書いていることが事実だというのは、彼女が理研に残ったことで分かる。後のデイナ・グッドイヤーの記事でも分かります。
私の小保方核使用ntES論は繰り返しません。AC129を巡る諸問題で繰り返し考え続けています。

15. 一言居士
2019年12月15日 08:38
そこで、御質問の件ですが、丹羽さんの再現実験に関する報告論文でOct4-GFPに関しての漏れ出しの有ることが分かった。他方内在性Oct4を発現している真の小保方細胞の数は極度に少なくて、その事実はティシュー論文での三胚葉分化実験結果に関して手記で述べていることと一致している。
若山さんはOct4-GFPを大量に発現しているスフィア塊から一個の細胞を選んでクローン胚に移植した。何百個かのクローン胚を作ったはずですが、真の小保方細胞には当たっていない筈なんです。すると1から2%だとされているクローン達成率である実験でntES化されて1割程度に成功率が上がっているはずの小保方細胞核使用ntESは実質、"GFPの漏れ出しているただのCD45陽性細胞の核"を使っただけの、昔からの若山研のntESだということになる。若山さんはそもそも自分の研究していたntESをTS培地誘導していただけだということになる。それが以下の結果なのではないかと。
>>
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

16. 一言居士
2019年12月15日 08:40
一般にESと言えば受精卵ESで胚盤胞期にはインナーセルマスとトロフォブラストの機能分化が起きていて、インナーセルマスの胎盤貢献機能はストップさせられています。だからES細胞からのキメラでは胎児側からの胎盤への貢献が無い。リシピエントの胎盤が貢献するんですね。
ntESは受精卵ESと違って、核が体細胞核ですので細胞質の貢献でリプログラムが進んでも胎盤異常がとても多くて研究課題になっている。胚盤胞期にインナーセルマスとトロフォブラストに分かれた時にインナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです。あなたが解析されたSRR1171568の結果はそれを表しているのではないかと申し上げているんです。無論、素人の推測です。これは恐らく専門家が取り組むべき真正の研究課題だと思います。
太田ESは受精卵ESです。SRR1171568の結果は出ないのが通説ですよね。
本物のSTAP細胞なのか、小保方細胞核を使っていると思い込んだ若山さんのntESか、どちらなのか。ある派は発表までされている論文をなぜ取り下げたのかの考えうる理由を提示しないといけないです。パートナー氏は分からないと正直におっしゃってる。他の人のコメントはまだ頂いてないです。以上です。

17. 横川
2019年12月15日 17:11
ntESは受精卵ES細胞と同じで胎盤には寄与しないです。
http://www.cdb.riken.jp/jp/04_news/articles/070221_aff.html

18. Zscan4
2019年12月15日 17:52
>>16
 ” インナーセルマス側にまだ胎盤貢献能が残っているのではないかということです ”

 ではちょっと強引ですね。

19. Zscan4
2019年12月15日 18:09
>>考えうる理由

NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。

このあたりだと思うんだけど。
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど

20. 一言居士
2019年12月15日 20:29
御批判有難うございます。初めてまともな根拠をあげての客観的資料に基づく反論を受けました。

先に横川さんに御返事申し上げます。
>>
STAP細胞の最大の特徴である、胎盤に分化する能力はどうか。
「初期の頃のES細胞は胎盤にいかないとされていたけれど、今は技術も向上して、より質の良いESができます。特に僕の研究室は、キメリズムを高めるのが研究室のテーマの一つでもあったので、もしかしたらESでも胎盤にけっこう寄与しているかもしれないですよね。」(『捏造の科学者』 76P)

ご指摘の理研ニュースは2007年2月21日付です。取材は2014年です。ちょっと私のような素人には難しいです。私の結論は総合的なもので、Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)の説明として考えうる可能性として挙げているものです。無論若山さんはESを渡されたという前提でES細胞も胎盤に貢献し得るということを言ってるんで、私に言わせるとそれならntESの方がずっと胎盤に貢献する可能性が高いのではと思ったまでです。

21. 一言居士
2019年12月15日 20:31
Zscan4さん(Ts.Marker さんではいけないですかねえ)にお応え致します。
>>
ちょっと強引ですね。

STAP細胞由来TS培地誘導細胞だとおっしゃるんでしょ。もしそうでないのにPou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)はどうしたらあり得るのでしょうか。
ES細胞だとこの結果にはならないということは同意されていると思います。
①論文通りのSTAP細胞がある。
②小保方細胞はあるが、キメラのできたSTAP細胞は無い。
どちらかだと私も思っていて、再現できなかったことと、できてるのに取り下げる理由が思いつかないというのが私が②の判断になっている理由です。


22. 一言居士
2019年12月15日 20:33
>>
NGSデータの公開が2/27
撤回の呼びかけが3/10
ちなみにKahoの日記は3/5スタートで、その時にはすでに著者らにコンタクト済み。
このあたりだと思うんだけど。

実験ミスがあったことに気づいたから取り下げたと理解されますが、実験ミスでは論文通りのキメラができたことにはなりませんよね。若山さんはES細胞を渡されたと言ってるんですよね。若山さんが実験ミスしたのだが、その責任を小保方さんに押し付けたということですか。

>>
AC129 が129ではなく129B6になっていたことなのか、シーケンス出すなと言ってたサンプルがNGS登録されたんではとか...まあ今のところ妄想でしかないけど

Zscan4さんは「論文通りのSTAP細胞は無かった」というお立場なんですか。それだと私の理解も違ってしまいますが。
学さんが何か誰かが捏造したのではなく、何らかの手違いみたいなことがあったのではと可能性模索されているようですが、実験ミスを小保方さんの所為にしたら既に若山さんの犯罪です。若山さんは小保方さんが自分に既存ES細胞を渡したと言っていることになるのではないですか。以上です。

23. Zscan4
2019年12月15日 21:23
>>22
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。

別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。

「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」

あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている?
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。

和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。

ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと(DORAのブログ参照 気まぐれ先生より)
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。

また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない。

24. 一言居士
2019年12月16日 06:17
>>
論文通りでは、幹細胞は再現できなかったと筆頭著者さんが手記に書いている。

幹細胞は小保方さんにはできなかったのだが、若山さんはできているといい、丹羽さんに相談したら、若山さんを信じるべきだということになって、論文に出来ると書いた。手記にはそうあります。これは組織的なミスコンダクトでしょう。こんな論文ってあり得ないですよね。自分にできないものを筆頭著者に出来ると書かせた。組織的に動くとこういうことにもなり易いですね。皆が上司の指示に従って行ったということになる。笹井さんも、丹羽さんも論文を通してやってくれと言われている。現にキメラも幹細胞もできているんだからそうなりますね。ひょっとして捏造なのかという姿勢で見てはいない。でも個人の論文だったら自分にできないことを論文に出来るとは書かないでしょう。
共同研究だからということではないですよね。共同研究ならちゃんと出来るように教えるのが当たり前です。自分にしかできないと言って教えなかった。それなら自分で論文を書くべきです。STAP細胞の作り方は小保方さんから教えて貰っているではありませんか。

25. 一言居士
2019年12月16日 06:19
論文通りのSTAP細胞があるというのは幹細胞もキメラもできるという意味です。筆頭著者にはできないが責任著者ができたので出来ると書いた。小保方さんに責任はありません。若山さんが出来ると書かせたようなものですから、若山さんが再現しなければならないが、彼は小保方さんにESを渡されていたのにずっと気づかなかったのだと逃げた。STAP細胞の作り方を教わった時にはできたが、山梨に戻って自分一人になるとできなかったと主張した。小保方さんの犯罪だと主張しているのです。桂報告書も若山さんの主張に添って既存ESのコンタミだという結論になっている。
ESではないということは我々の間では了解済みではないでしょうか。ESを渡したのなら小保方さんの悪質な犯罪です。理研は訴訟しないといけない。公務員に課せられている法的義務です。理研は訴訟しなかった。訴訟したら争いになってどちらも調べ上げられてしまったでしょうね。とっくに解決していますよ。理研は若山さんを庇った。今までの貢献度を考えたということです。若い将来の有る小保方さんのために訴訟しないでおいてやるという振りで、その実は若山さんを庇ったのです。現に小保方さんは博士号剥奪されひどい目に遭っているが、若山さんはおとがめなしですね。

26. 一言居士
2019年12月16日 06:22
まずESではないということが証明されたら何が行われたにせよ、小保方さんに押し付けて逃げた若山さんの犯罪は確定します。従って、若山さんは無実だというなら、若山さんがESだと勘違いして思い込んでしまったのだと考えるよりない。若山さんは出来ていたのに、小保方さんが博論のテラトーマ画像を使ったという理由で、疑いはじめ、自分は騙されていたのだと思い込んだのだと主張した。
でも、テラトーマからはアクロシンが出ている。小保方さんはF1の赤ちゃんマウスを自分で手に入れることはできません。テラトーマ実験に使われたマウスはGOFマウスです。彼女は学生にコントロールとしてもらったGOFESを持っていますから、捏造するならそれを使います。それにESで捏造したら立派にテラトーマが出来ますから、体細胞の切り出しなんてあり得ません。彼女はティシュー論文でESのテラトーマを作っています。ESのテラトーマを知っているから変だと思って3誌までずっと使わなかったんです。
小保方さんの実験したマウスの上からF1の幹細胞を注射したのは若山さんです。小保方さんがなぜ12/27Harukoを使わなかったのかが問い詰められていくと自分のしたことが暴露されてしまう。だから突然手のひらを返した。自分が裏切られているということに気づかない小保方さんは調査の尋問に苦しんで病気になってしまった。テラトーマが変だったとは言えないじゃないですか。それはラボの全員を疑う証言になってしまう。

27. 一言居士
2019年12月16日 06:24
>>
別のプラスアルファーがあったんじゃなかろうかと。
「ESやTSとの共培養による幹細胞への誘導」

二つは連続しているのですか。プラスアルファの意味は分かりません。共培養の話は以前ずっと議論は聞いてました。どうやって幹細胞に誘導したかという問題ですよね。でも若山さんは自分はいままでES細胞を渡されていたのだと主張しています。これってESを渡されていたのなら、ESをESと共培養したり、ESをTSと共培養したことになるんでしょ。あくまでもSTAP細胞は有るという前提の話で、できていたのに若山さんが騙されたと思い込んでいるのだというストーリーですね。でも若山さんはできていたかもしれないと思っていたら再現実験に参加したのではないですか。もう一回試してみたらいい。丹羽さんにはプロトコル通りではできませんでした。テラトーマに注射したのが若山さんなら参加するはずもない。

28. 一言居士
2019年12月16日 06:28
>>
あの日に書かれた3T3細胞のくだりを覚えている?
共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。

手記にそんな話があるというのは気づきませんでしたから、3T3細胞でググって分かりました。こういう語彙を知っているというのはZscan4さんは専門が近いのですね。
細胞シート技術の話で、東京女子医大での彼女の専門ですね。岡野さんの開発した細胞シート研究を引き継いだ大和さんのところで彼女は勉強していて、その彼女の専門分野の能力をヴァカンティさんに試験された時の話ですね。
「共培養により他の細胞からの因子を受けて増殖する話。」は素人なのでどれが該当するのか分かりません。「上皮・間充組織相互作用」という小島さんの研究を手伝った時に出てくる話と、インサートと呼ばれる培養皿の話しか見つけられません。

29. 一言居士
2019年12月16日 06:30
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと(DORAのブログ参照 気まぐれ先生より)
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない

結局、共培養の話ですね。共培養でSTAP細胞は幹細胞化できたのだと。無論キメラも論文通りにできたのだと。他の要素との整合性を考えないといけませんよね。私の論は繰り返しません。

「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。そもそもこんなことを推測しなければならないなんてどれだけ杜撰な調査でしょうね。丹羽さんに確認してそれと書けばいいことです。BFPの実験分だという可能性にすら気づいてないんでしょうね。10%混ぜたと書かれているんだから10%だと分かった時に気づきそうなものです。なんで樹上図の捏造だなんてことから考え始めるのか。論文をまともに読んでいるとは思えない。

30. 一言居士
2019年12月16日 06:33
Ts.Markerブログでは桂調査を強く批判されていて、疑問点をたくさん指摘されている。しかし、その調査結果は若山さんの主張している通りの結論になっています。にも関わらずどうしてその批判は若山さんには向かないのでしょうか。
若山さんは無実であるという前提と、若山さんの主張通りの結論を出した桂報告書を批判するという行動の両立する理由は私には若山さんは間違ってES細胞を渡されたと思い込んでいるのだとZscan4さんが推測しているとしか理解できない。
そういう理解でよろしいのでしょうか。以上です。

31. Zscan4
2019年12月16日 21:24
>>29
+10のTSではなく、+10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

32. Zscan4
2019年12月16日 21:25
>>31
1個%が抜けた。

33. Zscan4
2019年12月16日 21:29
>>32
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがツィートしてたっけ。

34. Zscan4
2019年12月16日 21:34
>若山さんの主張している通りの結論になっています。

どうして、そう解釈なさるのでしょう。

ま、人それぞれ....

35. 一言居士
2019年12月16日 22:07
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

その通りです。理研は何をもってTSと言ったのかと問うているんです。
>>
(調査結果) FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)

CD1だということが分かったからTSだと早とちりしただけではないかと問うているんです。
ESかTSかの識別は何によるんですか?彼らはNGS によるSNPs解析によってCD1だとわかったから、丹羽さんの提供したTSがCD1であるがゆえにTSだとした。丹羽さんにESもCD1だったのかと問うては居ない。なぜならレターの実験をちゃんと見てないからです。そこに気づいていたら、丹羽さんに聞いたらESはCD1ではなかった、従ってTSが混ぜられていたのだと説明したはずです。聞いてない。
RNA-seq データだけでTSかESか決められますか。混ぜられているのにどういう判断をするのでしょうか。それでなくてもSTAP由来FI-SCなのか、太田ES由来FI-SCなのか、ましてntES由来FI-SCなのかすら分からないでいるのではないですか。蛋白質の発現だけで決められないからこんな問題になってるんじゃないんですか。
無論、BFP共挿入のOct4-GFPESのマウス背景がCD1だったのかどうかは知りませんよ。でも調べてないよなと言ってるんです。調べていないのならTSだとは断定できませんよね。以上です。

36. 一言居士
2019年12月16日 22:14
35が10のところに入ってしまいました。
書き込み方を間違ってる。失礼しました。
ややこしくなるので明日以降レスします。以上です。

37. 一言居士
2019年12月17日 08:10
例の雑談コーナーで 澪標なるHNのスピン屋さんがいますが、彼が以下のように言っている。
>>
余談ですが、STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事(具体的には、論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事、エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化,テラトーマ形成をはずしている事)、Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事からCDB/理研の体質は変わっていないと考えています。

①STAP論文の再現実験ではなく、STAP現象の検証実験を行った事
a.論文のMaterial & Methodを遵守しなかった事
b.エンドポイントからIn vitroの三胚葉分化をはずしている事
c.エンドポイントからテラトーマ形成をはずしている事
②Vacanti研との共同契約についてのディスクロージャを行っていない事
③CDB/理研の体質は変わっていない

38. 一言居士
2019年12月17日 08:11
①は理研が数千万の予算を使って検証するのであるから、犯人捜し(事件の真相究明)のためでなく、理研が特許申請維持の可否を判断することが目的とされている。
だからまさに"論文通りの"STAP細胞はあるのか否かだけが問われ、キメラは出来ないから理研としての特許は取り下げたということです。その他はついでに分かったことだけです。本来第三者調査は事件の真相を究明して再発を防止するよう法の要請しているもので、特に小保方さんの無罪を(場合によっては有罪をも)証明したであろう大した費用も掛からない三胚葉分化実験に関して、それを行ったか否かすら答えてない意図的と邪推されても仕方のない不手際は違法行為とすら言えるでしょう。
②は共同研究であったかどうかすら分からないとパートナー氏に正式に答えている。根本さん指摘の通り今までの自己調査報告及び所内客員規定と完全に矛盾したことを言っている。
③がこの澪標なる人物の結論ですが、カッシーニ事件や捏造判定された所員からの逆提訴で敗訴した経緯のあるこの組織の体質に関るこの判断は国民共通のものではないでしょうかね。これは官僚組織のタガのゆるみで事件そのものよりずっと深刻な問題ですね。自分の目の前で戦死した多くの戦友に面目ないから自分を律するという倫理が完全に払底しているということのようです。武士道なんてとっくの昔に無くなってますからね。国の存立を危うくしているレベルに来ていると見えます。

39. 一言居士
2019年12月17日 08:14
Ts.Markerさんのお考えはほぼわかりました。専門が近く、かつまだ現役ですね。現役の間は人間関係から自由になることはできません。日常的にWertfreiheitをやってると人生をしくじってしまいますね。日常は情の世界です。あなたは若山さんを尊敬されている。或いは同じ世界、もしくは近い世界に属する人としてシンパシーを感じてらっしゃる。そして思考はその情と完全に分離はされていない。
今やっと自分のブログをもって自由な落書き場所を得ていますからそちらに戻ります。また、遊びに来させてください。以上です。

40. Zscan4
2019年12月17日 18:34
>>9

> Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

Xでもないんじゃない?

 前記事の2番目のグラフお確かめください。

41. Zscan4
2019年12月17日 18:43
>>35
B6のES 90% と CD1のES 10% で 、あのCluster treeは無理じゃないですか?

42. 一言居士
2019年12月18日 09:56
私の書き込み方が悪くて彼方此方にコメント欄の論旨が飛ぶ結果になってしまいました。
申し訳ない。一旦、ここに纏めて戻します。始まりはあなたのこのコメントでした。
>>
和モガさんも乗ってくれたが、他の方のアドバイスも頂いた。
ESやTSとの共培養は非常にリスキーだと(DORAのブログ参照 気まぐれ先生より)
幹細胞に駆逐され入れ替わる場合もということ。
また後のソートも難しい、10%ぐらいTS(CD1)が残ったというのも考えられるんじゃない

ここのCD1の勘違いに関して私が以下のように指摘しました。
>>
「10%ぐらいTS(CD1)が残った」というのは勘違いですね。若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね。

ここは、CD1の提供は丹羽さんなので、若山研での共培養とは無関係ですから、あなたの勘違いということでいいと思います。だからと言って、私は共培養に関してはよくわかりませんから当然ながら否定はしていません。保留しているだけです。

43. 一言居士
2019年12月18日 09:57
で、指摘の後に私は自分のブログで考えている別のことを言い出した。それが以下です。
>>
桂報告書は樹上図を作るために小保方さんがCD1のTSを混ぜて操作したのだと主張しています。私はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたES細胞はCD1のTSを提供したのが丹羽さんだと分かっているので、やはりこれも丹羽さんでマウス背景はCD1だったのではないかと推測している。

これに対するあなたのコメントが以下です。
>>
10%のTSではなく、10%のESでoct4-gfpの緑色が消えるっていう実験じゃなかったっけ?

これは事実なので一致している。ご疑念は晴れているはずです。

>>
ついでに、TSでCD1は一般的だと誰かさんがツィートしてたっけ。

ここはOct4-GFPとCAG-BFPの共挿入マウスでICRマウスなんてあるのかという問いに置き換えて、私も調べましたが、そもそもOct4-GFPマウスはほとんどがB6ですね。GOFマウスは大保和之さんの発明なんでしたかね。このESを提供したのは丹羽さんだと思っていますが、丹羽さんは大保さんのB6のGOFマウスを使ってCAG-BFPを更に追加したマウスを持っているということになるんですかね。そもそも丹羽さんはCAGプロモーターの発明者の一人でしたね。
マウス背景からして私のCD1のES説は間違っているのかもしれない。誰か決定的に間違ってる証拠を示してくれると忘れられるんですけどね。

44. 一言居士
2019年12月18日 10:01
わあ、43が10のところに飛んだ。なんのためにまとめているのやら。仕方ないからそのまま続けます。

45. 一言居士
2019年12月18日 10:03
>>
B6のES 90% と CD1のES 10% で 、あのCluster treeは無理じゃないですか?

B6のES90%ですか? 私が申し上げているのはB6のFI-SCが90%とCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが10%だという意味です。これはLetter Extended Data Figure 5-e,f の実験で使われている細胞ですからデンドログラムとは関係ないという趣旨です。
私はそもそも元になっている幹細胞はntESだと主張しているんですから、FI-SCもそれをTS培地誘導したものという認識です。ややこしいですが桂報告書は既存の受精卵ESですよね。これは無いということで私とあなたでは一致している。一致していないのはあなたはこれはキメラのできた論文通りのSTAP細胞をTS培地誘導したものだということですね。その時に共培養というテクニックが使われているのだということなんでしょう。
既述しているように私は科学的な視点からのこの可能性は否定していません。
ただ私がそちらに乗らないのは若山さんと小保方さんの証言の決定的な対立からどちらかが嘘をついているということがあるからです。このどちらが嘘をついているかに関して若山さんという結論しか出ないから、その動機からして、STAP細胞は論文通りにはできていないのだという側にいるのです。特にサンプルの中身の入れ替え疑惑です。でもそのことは自分のブログで書いていますからここでは繰り返しません、

46. 一言居士
2019年12月18日 10:05
話を戻して、でも、もしCD1のOct4-GFP・CAG-BFPのESが存在してないのなら、これは10%のTSだという桂報告書は間違ってないということになる。TSを混ぜたのなら初めてデンドログラムを作るために何か操作した細胞なのかということになる。
ところが、御承知のように、そもそもこの公共データ登録されているFI-SCがデンドログラムに使われたという根拠は何もしめされていません。それどころか、桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。だったら使われてないんじゃないかとも読めるところです。しかもRNA-seq解析に出した日付を2013年1月最終と書いている。本文には2012年8月、2013年1月、2013年6月とあって、そこにある8月と1月と1月最終ってなんだというでたらめさです。

更に申し上げると、桂報告書はそもそもGOFのFI-SCは無いと言ってるんです。この話のおかしさはレター論文にOct4-GFPの光っているFI-SCがいろいろと出ていて、しかも写真は小保方さんは細胞自体を作れないんですから出所が若山さんに決まっている。ここはあなたが最初からさんざん指摘なさっているところですよね。
無いものがレター論文に図表としてたくさんあったら、それは小保方さんのとてつもなく悪質な捏造図表ですよね。その論文を最終版は発表後に見たにせよ、途中で何度も見せられているじゃないか。見たからこそ2013年の8月に笹井さんに責任著者を降りたいと言ったんでしょうよ。そんな悪質な捏造論文を放置した最大の責任者は若山さんだということになるじゃないか。そんな筈はありませんよね。彼は何かの実験をしていたんです。

47. 一言居士
2019年12月18日 10:15
私は以下のように書きました。
>>
Ts.Marker さんのSRR1171565のIGV解析結果は以下です。
>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)

あなたのお返事は以下です。
>>
>Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(✖),Enomes(✖),Itgα(✖)
Xでもないんじゃない?
前記事の2番目のグラフお確かめください。


なるほど。見方が分からなかったんです。このブログのTru-seqのカテゴリーにあるものでESはほとんど出てない。FI-SCには少し有りますが、TSと比較して出てないのだと判断していました。今度のグラフは分かりやすいですね。私の認識を以下のように改めます。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

48. 一言居士
2019年12月18日 10:18
そもそもFI-SC(私の説ではntESをTS培地誘導したもの)はTSマーカーを発現していますよね。あなたの見方で以下でいいですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね) マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171568
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171567
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

このSRR1171565のサンプルは桂報告書本文によると2013年の6月、スライドによると1月(最終)ということなんですが、1月は既に小保方さんは笹井研で論文を書いていますが、レター論文自体は笹井さんが一人で書き直した。小保方さんは渡米してヴァカンティにアーティクル論文を見せている頃です。論文は3月に提出されています。4月に回答された一回目の査読文にデンドログラムをつけろという指示もないし、それに対するコメントもありませんから笹井さん原稿の最初からあったものか、それとも第2レフェリーがtranscriptome profilingをつけろと言ってるのでその一環としてつけたのだとしたら6月の間違いということになる。
いずれにせよ、TS細胞を混ぜたのだとしたら小保方さんの捏造ですよね。
でもntES-G1,2の細胞の中身は入れ替えられていますからね。FES1,2も太田さんの作ったと言っているそのままではない。入れ替えの犯人は私の見るところ若山さんです。

変ですね。本当にCD1はTSなのか。

CD1のOct4-GFPマウスが見つからないという理由だけがESであることを否定している。
この辺りどうなんでしょうかね。

それと私は以前に以下のように質問しています。お返事を頂いていない。ご教授いただけるとありがたい。
>>
We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ” とあるのなら、[14]に注書きされているはずですが、、、

以上です。

49. Zscan4
2019年12月19日 00:19
>若山研で作られたTSは129B6F1でCD1ではありませんよね

別に丹羽研が遠くの違う研究所ということでもないし、CD1のTSを丹羽研しか持ち合わせていないということもないんじゃ。

フリーザの丹羽研からというTSは、いつ分与ってことになってますか?把握してないのでお願いします。

50. Zscan4
2019年12月19日 00:28
>>46
>桂報告書のスライドにこのデータを使うとLetter-Figure 2iの系統樹は作成できないと書かれているんです。

「未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株/マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq(登録されたデータ)では系統樹が再現されたということ。

51. Zscan4
2019年12月19日 00:40
>>48

すぐに引っ掛かるはずですよ。
Differentiation of embryonic stem cell lines generated from adult somatic cells by nuclear transfer.

52. 一言居士
2019年12月19日 18:08
まず丹羽さんのCD1の件から。
木星リストのTS関係は以下です。
(マイナス80度)
15番 TS EGFP3.5 丹羽PLより
20番 129 B6 TS-3
21番 129 B6 TS-4
22番 129 B6 TS-5
23番 129 B6 TS-6
26番 TS P4
104番 TS P4 丹羽研由来
112番 TS-5 コントロール
(マイナス30度)
9番 TS-3-1,TS-3-2,TS-6-1,TS-6-2,TS-8-1,TS-8-2(←青文字) TS:コントロール
18番 TS RNA 2本,TS-niwa-1 RNA 2本,TS-niwa-2 RNA 2本
21盤 TS Itgα7

53. 一言居士
2019年12月19日 18:09
小保方さんは丹羽さん分は名前を入れているようです。書き分け方から推測される丹羽さんの分は(マイナス80度)の15番、104番、(マイナス30度)18番です。コントロールと書いているのは若山さんの「僕のマウス」TSのようです。18番にはJAKiの試料も入っていますからレター実験分です。
若山さんのTSは比較胎盤を提供するために作られたもので彼の持ち出しリストによると2012/5/25培養開始となっている。記者会見時にTSの胎盤も小保方さんに渡したと証言しています。
丹羽さんがCD1のTSを分与したのは桂報告書では26Pに「TSについては細胞培養時に分化したことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを追加して作図に用いた。」と 書かれている。又、以下の公共データベースのTSは無論分化してしまっているものは登録できませんから丹羽研のものを提出しているのだと思います、
>>
SRR1171590 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1
SRR1171591 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1
SRR1171592 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K27me3 CD1
SRR1171593 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.H3K4me3 CD1
SRR1171594 Trophoblast Stem Cells:ChIPSeq.input CD1

54. 一言居士
2019年12月19日 18:11
以下の桂報告書の16Pに書かれている「TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)」というのは丹羽研のCD1のTSを示唆しています。上記の590と591ですね。
>>
(調査結果) FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)。

対して「FI 幹細胞の RNA-seq データ」と言ってるのは以下の565と566です。これが所謂GOF+10%のCD1と言ってるものです。
>>
SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1  Oct3/4 expressing cells
SRR1171566 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2  Oct3/4 expressing cells
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3  Oct3/4 expressing cells
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3  Oct3/4 expressing cells
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input  Oct3/4 expressing cells

565のあなたのIVG解析結果は以下でした。
>>
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

55. 一言居士
2019年12月19日 18:12
①565と566はGOF+10%のCD1
②567,568,569はAcr-CAG-GFPの129B6

若山さんは桂報告書においてGOFのFI-SCは作った記憶が無いと証言していることになっている。若山さんの証言が正しいのなら、小保方さんは捏造犯だということになりますね。準公務員である理研のCDB所員は誰でも小保方さんを警察に突き出さないといけないことになっている。でも、桂報告書は記憶が無いと書いているので、忘れていただけの可能性があるのに訴訟は起こせませんね。真面目に調査しているんでしょうかね。理研は警察にちゃんと調べてもらうべきだったんじゃないでしょうかね。

それにしても奇妙なのは、小保方さんはどうして存在していない筈のFI-SCで笹井研でのレターリヴァイズ実験をしているのでしょうか。無いと明確にわかっているものをあると書いたら若山さんが気づくから、捏造するにしても、そんな非常識なことはしないでしょう。小保方さんは有ると聞いていて、しかもその現物の細胞を持っていたからレターのリヴァイズ実験をしていると考えるのが普通です。又、逆に、どうして存在しないGOFのFI-SCがリヴァイズ実験で使われていることに関して、作ったはずの本人であるはずの若山さんが共著者に名を連ねて、平気で論文発表記者会見に列席していたのか。奇妙すぎますよね。

56. 一言居士
2019年12月19日 18:15
あなたは、CD1のTSは若山研でGOFのFI-SCを作るときに、小保方さんがGOFのCD45陽性細胞から酸浴STAP細胞を作成したものを若山さんが受け取って、丹羽さんとは無関係なCD1のTSを用意して(丹羽さんから貰ったものでも構わないが)、そのTSと共培養してFI-SCを作成したが、Oct4でFACSソート選別したときに10%程共培養した時のCD1のTSが残ってしまったのだという推論ですね。「僕のマウス」TSはGFPが入っているから後にソートできないからCD1を使ったということですね。
この場合、系統樹の丹羽さんのCD1のTSとは無関係だということですね。分かりました。可能性としてはあり得ますね。特に共培養で多能性細胞の無限増殖能が得られるのかどうかも私は知りませんし、若山研でCD1のTSを作ったり、購入したり、他者から譲り受けたか否かも情報を持っていませんから、何とも言えないという意味で可能性を否定しません。
ただ、木星リストのTSは「僕のマウス」TSかリヴァイズ実験以降の丹羽さん提供のCD1のTSしかありません。共培養というのは若山さんがこっそり行っていることになるわけですから、小保方さんは当然持っていませんね。

57. 一言居士
2019年12月19日 18:17
次に「FI-SC3のTru-Seq(登録されたデータ)では系統樹が再現された」という件。報告書16P。
>>
4)未登録(論文には用いられていない)RNA-seq データの解析により、未登録 RNA-seq データで用いられていた細胞株/マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いる と Letter Fig.2i は再現できない

私が勘違いしましたね。でも、ここは単純でないです。「未登録(論文には用いられていない)RNA-seq データ」とは何か。GRASへの調査依頼は3回行われている。1回目はレター論文とは全く無関係な若山研時代の検査要請です。2012年8月に提出されている。この後小保方さんはヴァカンティの許に帰ってしまうわけですね。
>>
2012年8月に第1回目としてTS細胞とFI幹細胞のRNA-seq用サンプル(TS1とFI-SC1) が小保方氏より CDB の GRAS に提供され、シークエンシングが実施された。残された RNA-seq データの解析により、第 1 回目のサンプルは、TS1 と FI-SC1 ともに 129xB6 へテ ロ系統マウス由来のものであり、TS 細胞は CAG-GFP が、FI 幹細胞は Acr-GFP/CAG-GFP が 挿入された細胞から取得されていることも強く示唆された。

58. 一言居士
2019年12月19日 18:19
「第一回目として」というのは桂報告の書き手の思い込みで、この時に第二回とか第三回は予定されてはいません。そもそも理研に雇用される予定すらなかった時期のものです。ですから当然Letter Fig.2i を作るために検査されたものではない。

報告書の続きです。
>>
第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。再シークエンスを実施した FI 幹細胞 RNA-seq は、1 種類が Acr-GFP/CAG-GFP挿入を持つ 129xB6 へテロ系統由来であり(FI-SC2)、もう 1 種類が論文に採用された Oct4-GFP 挿入を持つ B6 ホモ系統由来データに 10%程度の別細胞(CD1 の可能性が高い)由 来データが混じったもの(FI-SC3)となっている。

59. 一言居士
2019年12月19日 18:28
まず笹井さんの書いたレター論文の趣旨に沿って、以前若山研時代に調べていた8月の既存データから樹状図を作ろうと思ったらできなかったということですよね。この時の細胞の背景は以下だった。
①TS1=129B6(CAG-GFP)
②FI-SC1=129B6(Acr-CAG-GFP)

この二つは論文には使われていなくて従って公共データベースにも登録されていない。恐らく①は「僕のマウス」TSです。②はF1のFI-SCですから、CTS-1だったんでしょうね。CTS-1は2012/5/25の培養開始で、後の検査で129B6(Acr-CAG-GFP)だと分かっている。ただし、この分のTru-seqデータは樹状図には使われなかったということですね。でもChIP-seqのデータはあって、論文でもFigure 4に使われているし、公共データ登録もされている。以下ですよね。
>>
SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3  Oct3/4 expressing cells
SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3  Oct3/4 expressing cells
SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input  Oct3/4 expressing cells

同じくTs.Marker さんのIGV解析結果は以下でしたよね。全能性細胞に近い発現結果ですよね。
>>
ChIP-seq(やっぱりね) マウス背景はAcr-CAG-GFP
SRR1171567
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)
SRR1171568
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)
SRR1171569
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

60. 一言居士
2019年12月19日 18:30
樹状図になぜできなかったのか。普通は事実が樹上図のような関係には無い可能性があるからでしょう。そういう場合はどうするかというと、もう一度ちゃんと検査してみようということになりますね。それが1月の検査でこれこそが樹上図が作成できるかどうか初めて確かめられた検査ですから、笹井研で行われたものです。若山研での研究とは何の関係もない。若山研で作られた細胞の性質を笹井さんが新たに調べ直したということです。結果は以下です。
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP) 1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月
③TS2=CD1 1月最終もしくは8月

①の公共データベース登録データは有りませんよね。従って樹状図にはCTC-1は使われていない。論文の樹状図に使われたと書かれているがどうしたのでしょうか。小保方さんが登録してないのに桂チームは何を解析したのでしょうか。まさかChIP-Seqデータは樹状図には使われてませんよね。残るのは②しかない。B6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。そしてGOFのFI-SCはつくられてないと若山さんが主張している。するとこれは、GOFのESに丹羽さんのCD1のTSを少し混ぜたものだ。捏造ですね。理研はどうして小保方さんを提訴してないのでしょうか。公務員法違反です。公務員は犯罪を見つけたら警察に届けなければならない。

61. 一言居士
2019年12月19日 18:33
あなたは以下のように私の勘違いを訂正してくれた。
>>
未登録RNA-seqデータで用いられていた細胞株/マウス系統は論文のものとは異なり、これらを用いるとLetter Fig.2iは再現できない」と桂報告書には書かれている。つまり、CTSをTru-Seqしたデータを使うと系統樹が違うと。そしてFI-SC3のTru-Seq(登録されたデータ)では系統樹が再現されたということ。

FI-SC3は報告書が捏造細胞だと言っているB6 Oct4-GFP + 10%CD1ですね。あなたはそうではない。GOFのFI-SCは作られているのだと。ただ、その作り方に共培養過程があって、TSと共培養するのだと。そして若山研でGFPの入っていないTSとしてICRマウスが使われたのだと。ICRマウスは若山研にキメラのリシピエントマウスとしていくらでもある。この共培養したTSをFACSで取り除いた時に幾分残ってしまったのだと。

なるほど。ストーリーとしては分かりました。ただ、どうしてキメラができているのに論文を取り下げねばならないのかは理解できてません。

62. 一言居士
2019年12月19日 18:34
最後の件、よくわからないんですが、私が求めているのは以下の記述の有る論文で、無料のフルテキストです。さもなければ14の脚注の部分コピペでも構いません。
>>
”We used an ES cell line derived from previously established GFP-129B6F1 Tg mouse lines [14]. ”

取り敢えず以上です。小保方さんの捏造なのかということは後に又考えます。余りに長くなりそうなので。

63. 一言居士
2019年12月20日 10:59
続きです。
[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われたGOFのFI-SCと丹羽さんの提供したCAG-BFPとOct4-GFPの共挿入されたCD1背景のES細胞ではなかったのかという私の桂報告書主張に対するアンティテーゼとしての可能性提示は否定されました。
否定してくれたのはTs.Marker さんです。根拠は、[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]は樹上図作成に使われているもので、Letter Extended Data Figure 5-e,f での実験分ではないというものです。つまり、あなたの言葉では「FI-SC3のTru-Seq(登録されたデータ)では系統樹が再現された」から樹状図作成用に捏造されたものなのだという桂報告書の主張は否定されないという指摘です。
Ts.Marker さんは桂報告書に対しては、樹上図用のこのFI-SCは小保方さんが捏造したものではなく、そもそも若山さんがGOF背景のFI-SCを作るときに行った操作であるTSとの共培養に使用したCD1がFACS選別で残ってしまったものだという説明を与えた。
無論、この仮説は調査されていないので実証証拠は何もない、可能性だけの説です。

64. 一言居士
2019年12月20日 11:01
我々は他の情報から小保方さんの捏造は無いという結論を得ているので、FI-SCに関しても小保方さんの捏造は無いはずだと推測している。だから[②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月]はLetter Extended Data Figure 5-e,f で使われた細胞ではないのかと考えたが、今否定された。かといってTs.Markerさんの可能性指摘はご本人に努力していただくとしても実証が困難そうである。我々は小保方さんが無実だと確信しているので、桂報告書の主張には間違いがあるはずだと考えて居る。ならばもう一度彼らの主張を吟味して見なければならないようだ。

樹状図に捏造があるという指摘である。こんなところに捏造があつてはキメラ作成時のESコンタミまで疑われても仕方がないでしょうね。我々は無いと思っている。
樹状図は何時作ることになったのか。

65. 一言居士
2019年12月20日 11:02
小保方さんはリジェクトされたサイエンス投稿論文をベースに12/11ヴァージョン原稿を作成していて、これを笹井さんに渡して、笹井さんはアーティクル論文をリヴァイズ完成させた。この時に、小保方さんは若山さんの幹細胞研究に関するデータを与えられていて、論文にするように依頼されていたが、その原稿もデータとともに渡していた。
12月中に笹井さんはアーティクルを纏めて小保方さんはそれを持って渡米しヴァカンティに見せた。ここでヴァカンティが喜んで、笹井さんに任せることを了承したので理研との間で特許に関する共同申請の話もついた結果、1月から笹井さんはレター論文の執筆に入った。これはご本人が証言しているようにアーティクルと違って小保方さんの持っていたデータを使って一から自分が書いたとされている。無論、若山さんの了解も得ている。手記によればネイチャーに二報同時で再投稿するということに拘ったのは若山さんだと言われている。この方針は1月に笹井さんがレター原稿に着手した時には決まっていたことになる。

66. 一言居士
2019年12月20日 11:04
一から書き直したとは言え、小保方さんは幹細胞化の論文も書きかけてはいたようですので、樹上図がこの時に入っていた可能性もある。桂報告書26Pでは、最初からあったかのような聞き取りになっている。
>>
12)Letter Fig.2i 、Extended Data Fig.6dについて  Letter Fig.2iは2012年にTruseqによるRNA-seqを行い、そのデータに基づいて作成し た系統樹と考えられるが、論文の図では系統樹の一部が除かれている点  Letter Extended Data Fig.6dは、2012年にSMARTERキットによるRNA-seqを行い、その データをもとに作成した系統樹と考えられるが、このとき解析結果を返された際には Callus1(当時のCDB若山研の命名法ではSTAP細胞1という意味)と名付けられていた試 料が、Letter ではCD45+となっている点

「論文の図では系統樹の一部が除かれている点」と書かれていて、2012年8月に既に樹上図の構想があったかの如くに書かれている。
ここは8月時点で系統樹があって、その図から何かが除かれていると解することもできるし、後にできている系統樹にはこの8月時に調べたデータの一部は使われていないと解することもできる。桂報告書の書き手の思い込みの間違いは既に指摘していて、8月には小保方さんは理研に来る予定になっていない。歴史的思考訓練のできてない人はこういう勘違いを往々にしてするものです。ただ、証拠根拠が何も開示されていないので、書き手の勘違いが、事実認識に何か間違いを生じさせているかどうかは分からないところです。

67. 一言居士
2019年12月20日 11:07
系統図は小保方さんがデータを笹井さんに渡したときに既に構想されていたのか、或は笹井さんが構想して添付しようとしたのかということです。誰でも気づくのはSTAP細胞、STAP幹細胞、FI幹細胞という言葉を作ったのは笹井さんだということです。それ以前にはどういう認識であったかというと、酸浴カルス細胞があって、そこからES-likeに誘導した細胞とTS-likeに誘導した細胞があるという認識です。小保方さんの認識は若山さんの構想通りで、自分で行った実験ではありませんから、聞いた通り以外には無いわけです。この時点で、こんな論文の書き方はトンチンカンだという話は今はしません。
小保方さんは若山さんの話と貰ったデータを見比べて何とか論文にしようと考える。Figure 4です。なんだか知らないが自分の作った細胞は若山さんが何かしたらES-likeになったり、TS-likeになる。後に若山さんはサイエンスカフェの関氏に自分はそんなことは言ってないのにあんな論文になってしまったと弁明したらしいですが、誰でもあのサンプルを渡されて論文にしてくれと言われたらああなりますね。共著者の癖に何をいまさらそんなことを言ってるんだということです。ただ、2012年8月には笹井さんにも責任著者になるよう引きずり込んでいる。責任著者を降りたいと言った。論文を既に見てるんです。論文が間違ってるんだったらここが間違ってるんだと訂正させないといけないですね。訂正はされていない。
なぜ。ちゃんと話し合えないのか。その理由は私は既に解明している。ここでは繰り返さない。

68. 一言居士
2019年12月20日 11:08
論文の系統図がいつ作られたかに関しては上記引用に引き続くところに書かれている。
>>
(調査結果) RNA-Seqの解析と系統樹の作成は、CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した。この間、マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあったことか ら、再度マッピングをやり直し、系統樹を作図した。当初の系統樹では、Callus1とCallus2 と小保方氏が呼んでいたサンプルを含むが、CD45+サンプルはなかった。2013年3月の Nature再投稿に際して、図のスタイル変更とサンプル名付加の要請が小保方氏よりあっ た。その際、小保方氏はCallus1とCallus2がそれぞれSTAP細胞とCD45+細胞であると資料 に書き込み、それに従って図の改訂を行った。 TSおよびFI幹細胞のデータについてはそれぞれ複数のサンプルを準備してシークエン スを行ったが、予想外にデータのばらつきが認められた。これについて、小保方氏の説 明によれば、FI幹細胞については3サンプルのうちの系統樹上で3サンプルの中間に位置 するものを最終的に作図に用いたとのことであった。TSについては細胞培養時に分化し たことが考えられたことから、丹羽研のメンバーが培養・サンプル調製を行ったものを 追加して作図に用いた。

「CDB機能ゲノミクスユニットおよびGRASのメンバー が担当した」んです。笹井さんが参加して後です。でも、「当初の系統樹」があった。

69. 一言居士
2019年12月20日 11:09
「当初の系統樹」はいつのものか。「マウスのリファレンスゲノムのバージョンアップがあった」以前です。そして2013年3月の 「Nature再投稿」以前です。
「最終的に作図に用いた」のは何時ですか。スライドでは1月最終、本文では8月です。
>>
①FI-SC2=129B6(Acr-CAG-GFP) 1月分
②FI-SC3=B6 Oct4-GFP + 10%CD1 1月最終もしくは8月
③TS2=CD1 1月最終もしくは8月

①の段階では作図できなかったんでしょ。出来ないままに系統樹をできてる説明文と一緒に投稿したんですか。そんなことできないでしょ。8月の結果系統樹ができたのなら3月の投稿時には系統図はまだ添付されていなかったことになりますよね。だから本文では8月の分であるはずなのに、スライドでは1月に二度提出されていることになっている分の最終だとされた。系統樹は最終的に完成された時点で3月投稿されたままのものである。そういうことになる。では本文にある8月の解析に提出された分は何なのか。
②と③は公共データベースに提出しなければならなくなる分を提出しただけなのではないか。すると最終図に使われたFI-SCは①だったのではないか。何か嘘がありますよね。

70. 一言居士
2019年12月20日 11:12
Letter Extended Data Figure 5-e,fで行われた実験に関してもう一度リヴューしてみましょう。JAKiの検証は査読者の要請です。3月に投稿した論文には無かったものです。以下、流出査読文のReferee#2さんのコメントです。
>>
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cills, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

査読は当然ですが既に書き込まれていることに対してコメントされている。ここではGFPを言ってるのではなく内在性のOct4とNanogの発現を免染で確認したらいいと言ってますね。GOFのFI-SCがあるという前提にはなっていないコメントです。でも最終的に論文ではOct4-GFPのFI-SCがあって、それを使った写真になっている。当然ですが笹井さんと丹羽さんが相談に預かっている。だからこそBFPのESを提供している。これを使ったら明確な結果が出るよというアドヴァイスとともに小保方さんに渡しているのです。小保方さんがGOFのFI-SCを持っていると思っているからこそ渡した筈です。しかし、木星リストにはFI-SCのサンプルは4つしかない。しかも、マウス背景を知れる記載は無い。

71. 一言居士
2019年12月20日 11:14
その4ラインの木星リストの記載は以下です。FI-SC(FGF4 induced Stem Cells) と聞き取りされている。
>>
11番 Call TS-1 2 若山TL樹立 (丹羽 2014/6/17 調査持出)
12番 Call TS-11 1 若山TL樹立 (丹羽 2014/6/28 調査持出)
13番 Call TS-12 1 若山TL樹立
14番 Call TS-13 1 若山TL樹立

桂報告書25Pの説明です。すごいですね。何を言ってるのか分からない。日本語になってませんよね。
>>
(評価) Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹 立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作 製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性が あると判断した。

72. 一言居士
2019年12月20日 11:16
71が11のところに飛んでしまった。

73. 一言居士
2019年12月20日 11:17
11番は全解析を受けていてAcr-CAG-GFPでOct4-GFPが無いことが証明されている。では12-14番はどうか。ものすごい日本語ですね。Oct4-GFPがあるかないか、全解析したらいいんでしょ。でもGFPが入っているのは遺伝子解析しなくても分かります。これは解凍して培養中の細胞に紫外線を当てると蛍光しますからすぐわかる。この場合FI-SCだという建前になってますから、Oct4-GFPでもCAG-GFPでも、Acr-CAG-GFPでも暗室の中で紫外線を当てると蛍光します。
知りたいことはこのGFPがOct4-GFPか否かということで、全解析するか、一部シーケンシングする以外には知りようがない。それをどうしたということが書いてないのです。細胞リストには4株ともGFPはAcr-CAG-GFPだと書かれている。特にBCA報告のリストではCTS-1は全解析され他はシーケンシングされているとされている。でも、ここの本文は意味わかりませんね。どこからFES1のコンタミなんて話が出てくるのでしょうかね。これが言えるためには12-14番はシーケンシングで確かめてOct4-GFPは無かったとまず言わないといけない。あったのか、なかったのか。これだと少しあったのかという風に読める。少しでもあったら、それは何が混ぜられてようと元の細胞がGOFだということの証明になる。もしOct4-GFPが少しも無かったのなら、他にFI-SCが無く、この実験を行ったのが小保方さんたちであることは自明なので、使った細胞は持っているはずである以上、それが無いことによって小保方さんの捏造が決定する。

74. 一言居士
2019年12月20日 11:18
この書き方はOct4-GFPは全くなく、小保方さんの捏造を示唆しているが、それをごまかす為にFES1が混入して全体を支配してしまったがために元の細胞が駆逐されつくしてしまったと読めるようにレトリックを弄しているように思える。すると理研はむしろ小保方さんを庇っているのだということになる。でも、こんなことを本当に小保方さんがしていたのなら、とんでもないことで、若山さんのみならず、笹井さんと丹羽さんをも騙しているんですよ。処罰されて当然です。若いからと言って庇う方が間違ってる。とことん精神棒を入れ直してやらないといけない。それでも教育者か。
我々はキメラ捏造者はそれを意図していたわけではないが若山さんだと思っている。いろんな事情で嘘がそのまま最後まで貫徹してしまったとみている。若山さんが怪しい根拠はFES1の出所を明示しないこととラベルと中身の違う細胞を理研に提出していること等たくさんある。
若山さんが犯人だとその互いの証言の鋭い対立から演繹して小保方さんは犯人ではないということになる。小さな理解可能な不正は問わないが、この存在しないGOFのFI-SCがあるとして実験を行い続けた捏造行為はありえないことになる。

75. 一言居士
2019年12月20日 11:20
報告書24Pです。
>>
11)Letter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、 Fig.6について Oct4-GFP の FI幹細胞が保存されておらず、作製されたとされるこの幹細胞の実在が 確認できない点(Oct4-GFPの挿入を持つFI幹細胞がLetter Fig.2b-e、Fig.3、Extended Data Fig.5、Fig.6で使用されているが、小保方研とCDB若山研のストックのFI幹細胞を調査した限りでは、Acr-GFP/CAG-GFP遺伝子を持つものしかなく、Oct4-GFPを有するFI幹 細胞が見当たらない。系統として樹立されなかったのではないか)

「系統として樹立されなかったのではないか」って、疑問符のままではいけませんね。どちらかによっては犯人が決まる。しかも若山さんは作って無いといい、小保方さんはその細胞を持っていて、論文の実験を行っている。二人の内のどちらかが犯人です。第三者は入れませんね。片や作ってない、方や作られたものを持ってる。こんな明らかなことはありません。
一般人もそれぞれ自分の仕事の都合があって専門家と同様に合理的論理を身につけています。論理自体には専門知識は関係しない。専門家でも論理がおかしければただのアホだと分かります。桂報告書はアホの書いた報告書だと一般人はおもってますね。お前たちは自分の専門分野でもちっとも仕事できてないだろうと見ている。

76. 一言居士
2019年12月20日 11:24
さて、小保方さんが捏造したのだという仮定に戻って、この時に使われたGOFのFI-SCと称するものは、小保方さんの手持ちのESだとしたら、学生からコントロールに使うために貰ったGOFのntESか、若山さんが作ったGLSを使うしかないでしょうね。
Letter Extended Data Figure 5の実験はJAKiを使ってESではOct4-GFP蛍光が消えるが、FI-SCでは消えないという写真を掲載している。Oct4-GFPですからGOFのFI-SCだということになっているし、又ESもGOFのESだということになる。

ここで小保方さんはGOFの受精卵ESを持ってないということに注意を向けないといけませんよね。
ntESと受精卵ESはESという言葉は作られるプロセスに関して共通していますが、核の中身が違います。方や自然胚で、方や系譜決定されてしまっている体細胞を受精卵の細胞質の力を借りてリプログラムされているものです。このリプログラム段階がどのような状態なのかが研究対象になっているわけです。受精卵ES細胞は胎盤貢献しない。これは普通のES細胞の取り出し方だと貢献しない。2005年に丹羽さんが胚盤胞期の特殊な段階での選別をした結果胎盤貢献するESを作った。因みに無論、小保方さんにはできません。いろんな操作をしないといけない。
ntESもESだから胎盤貢献しないという論理的類推は通じません。実証的にこれも普通には貢献しないという結果がでているだけです。どちらも研究過程にある細胞ですから同じと考えて実験するのは間違いの元でしょうね。

77. 一言居士
2019年12月20日 11:28
ではJAKiの研究はどうなのか。これは受精卵ESで確かめられている結果ですよね。この実験でコントロールに使うのは受精卵ESでなければならない。或いはその方がベターだということは明確で、わざわざntESを使う理由はない。では、Letter Extended Data Figure 5-a,bのESは受精卵ESなのでしょうかね。もしそうなら誰が提供したものなのでしょうか。というのも小保方さんは学生に貰ったGOF ESしか持っていなくて、これはntESです。
Oct4-GFPを発現して蛍光しているこのES細胞にJAKiを垂らしたらGFP蛍光が消えたという実験写真です。もし、これが学生のGOFのntESだったとしたらntESでもJAKiの効力は同じだということになる。私はntES論者でFLSもGLSも若山さんが小保方細胞核を使って作ったntESだと考えて居る。従って5-c,dの実験でJAKiを垂らしてもOct4-GFPが消えないのはntESの性質だと考えて居ましたが、もし5-a,bが学生のntESだったとしたら、私の説の間違いを証明していることになる。
私の説が成立するためには5-a,bは誰かに提供して貰ったGOFの受精卵ESであってもらわなければ困ることになります。因みにこの段階では後のGFPの漏れ出しは無関係です。

78. 一言居士
2019年12月20日 11:30
ちょっとほんとに長くなりつつある。明日にします。何か変なところはご指摘くださいよ。そうでないと自分のブログでなくここでやってる意味が無い。以上です。

79. Zscan4
2019年12月20日 21:53
特に連騰制限はしないつもりなので。
でも、あなたのおかげで一研究者ブログでコメント欄1m離れてLさんと話すことになったのは笑ったな。

80. 一言居士
2019年12月21日 08:17
本当は自分のブログでやった方が図表が使えて考えやすいんですが、批判してもらいたくて書いているのでここでないと意味が無い。一研究者時代のことはもうよく覚えていません。あの頃は自分の分からないことがあって専門家に尋ねたくて参加していましたが、スピン屋さんばかりだと知って、途中からは斜に構えてましたね。アク禁を食らって出て行った瞬間にntESではないかと気づいた。さて、終わらせましょう。
このJAKiの実験は査読者に言われたものです。ヤーヌスキナーゼの発現を阻害すると複雑な経緯の結果細胞は多能性維持を止めて分化し始める。その結果としてOct4発現も止まるんですね。だからOct4-GFPも光らなくなる。ES細胞で確認されている実験なんでしょ。丹羽さんなんかの専門分野のようですね。小保方さんはLetter Extended Data Figure 5-a,bでまずESでの確認をした。次にFI-SCで同じことを行ったら蛍光は消えなかった。つまりOct4-GFPは消えなかった。だからES細胞のコンタミはないのだ。
そうなのか?誰がそんなことを言ったのか?
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cells, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.

81. 一言居士
2019年12月21日 08:20
査読者が言ったんですね。STAP細胞もしくはESがコンタミしているんじゃないかと。なぜなら、TS-like cellsからはNanogが発現しているからだと。でもそもそもFI-SCはESマーカーとTSマーカーと両方発現するんですよね。Ts.Markerさんの分析でもそうなっている。

SRR1171565 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171567 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K27me3
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

SRR1171568 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.H3K4me3
Pou5f1(〇),Nanog(〇),Sox2(〇),Cdx2(〇),Enomes(〇),Itgα(〇)

SRR1171569 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):ChIPSeq.input
Pou5f1(△),Nanog(△),Sox2(△),Cdx2(△),Enomes(△),Itgα(△)

82. 一言居士
2019年12月21日 08:21
Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.と言ったのは査読者です。分化を抑制しているのはヤーヌスキナーゼと連動している複雑な仕組みだ。私はど素人なんでよくわからない。でもこれを阻害したらES細胞に限らず、STAP幹細胞も、FI幹細胞も分化を始めてしまうのではないですか。査読者のアドヴァイスが間違ってませんかね。
でも査読者のご機嫌を損ねることはできませんからね。言われたことはやったのちに説明をすればいいだけですね。
小保方さんは5-c,dの実験の結果蛍光が消えないと示した。でもFigure 4-cでもまたTs.MarkerさんのIGV結果でもFI-SCはOct4を発現している。つまり多能性維持している。これはJAKiを入れたら分化し始めて消えるべきもののはずです。
小保方さんの理解は査読者がJAKiを入れたらESは消えるからそれでも残ったら本物だという説明なので、残っているから本物だと証明したことになっているのだけども、査読者が間違っているので、JAKiを入れたら本物も多能性細胞なのだから、分化し始めてしまう。つまりOct4-GFPは消えないと変だという可能性だってある。
小保方さんは素直に査読者の言に従って、GOF由来だと信じているFI-SCにJAKiを垂らしてみた。すると蛍光は消えなかった。ほらESはコンタミしてないでしょうと査読者に対して回答してニッコリ笑った。

83. 一言居士
2019年12月21日 08:23
ESは分化してしまってOct4-GFPは蛍光しなくなる。だからESのコンタミでないことは間違いないです。このケースで小保方さんがGOFのFI-SCを作るときに若山さんに学生のntESを渡していたらどうなのか。この場合は5-a,bも学生のntESにしておかないと分かりませんね。調査不足してますね。受精卵ESでもntESでもJAKiを垂らすと分化し始めるのなら、ここでOct4-GFPが蛍光し続けているのは小保方さんは捏造してないという証拠にもなるんですけどね。ただ、その場合、Ts.MarkerさんのIGV結果にOct4発現があるのに、JAKiが効かないというのはこのFI-SCとは何なんだろうという疑問は出ますね。でもそれが研究というものでしょうね。

他方、Oct4を発現しているのにFI-SCがOct4-GFPを蛍光し続けているのは変だと疑義することもできますね。この場合は桂報告の疑義と重なってくる。つまり、小保方さんの使っているFI-SCはCAG-GFPなのではないかということです。本人は当時いろんな実験が同時に行われていて、いろんな種類の背景のマウスでSTAP細胞を作らされている。彼女はCTS-1はF1でCTS-11~13をGOFだと思っていたのではないかという疑義です。

84. 一言居士
2019年12月21日 08:24
小保方さんは細胞を間違えてないかということです。細胞に二種類あると思い込んでいたのではないか。でもここは若山さんの証言通り一種類しかなかった。これだと蛍光が残っていることを査読者の勘違いに誘導されて、小保方さんは分からないままに本物の証明になっていると思い込んでしまったことになる。この辺り、丹羽さんもどの程度深く査読文を見ていましたかね。もし私の理解が正しいなら、査読者が安易な勘違いしたアドヴァイスをしていたということになるんですが、笹井さんと丹羽さんがよく読めばわかるはずです。どの程度よく読んだのか。笹井さんは副所長ですし、丹羽さんもメンターに指定されているとは言え自分のラボも運営している。忙しいのは常識的に理解可能ですけどね。調査が不足していますよね。というより桂報告書は出来るだけ隠そうとしていますからね。まあ、苦しい本音は分かりますけどね。しかし、世間はアホだと思ってます。仕方ありませんね。

85. 一言居士
2019年12月21日 08:26
いよいよExtended Data Figure 5-e,fです。まずはこのFI-SCがGOFであるというケースからです。
GOFのFI-SCの中にこれもGOFのESを10% 混ぜた。ただし、このESは更に加えてCAG-BFPが挿入されていて、常時ブルーに蛍光している。この状態で紫外線を当てて暗室撮影するとOct4-GFPとCAG-BFPが同時に蛍光する。緑と青が両方見える。上段がブライトフィールド、中段がグリーンフィルターを使ったOct4-GFP確認写真、下段がブルーフィルターを使ったCAG-BFP確認写真。そして左の列はJAKiを入れず、右は入っている。CAG-BFPは分化しまいとしてようと常時ブルーに光っている。下段は両方光っていて当たり前です。
何のためにBFPを使ったか。ちゃんとES細胞を入れているよという証明のためです。5-a,b,c,dは写真ですからどのようにでも捏造できる。でも5-e,fはESをちゃんと入れているぞという同時証明が可能です。

86. 一言居士
2019年12月21日 08:27
これって変でしょ。論文って捏造じゃないぞという視点で書くものじゃない。どうしてこうなるかというと、皆が信用しないからです。嘘だ、コンタミだ、何かの間違いだと、査読者が疑うから、嘘じゃないと抗弁する。
嘘だと言われたら、どこか敷居の低いところに発表してたらいいんでしょ。発表さえしてたら最初の発見者だという証明は確保されている。後は皆に知られない方がいいじゃないか。誰も知られないところでコツコツ潜行して研究できる。人が気づいた頃にはすっかり水をあけていて追いつけない。それが当たり前じゃないか。
どうしてそうならないのか。理研が論文を通してやってくれと組織決定しているからだ。論文を著名誌に通すことが目的になってしまっている。いや、こんな新発見をしている小保方さんを米国にやってしまうのかということもあるし、特許利権も思うし、理研でキメラができたのに何かもったいないなと。それも自然な思いでしょうね。竹市さんはいろんなことを考えたんで、別に捏造じゃないという論文を書けと言ったつもりは無論ないでしょうよ。でも指示された方は通さなきゃいけない。その辺の雑誌にぶら下げとこうという選択肢は笹井さんたちには最初から閉ざされている。笹井さんはヴァカンティ氏と特許の話も同時にしている。いろんなことをする過程で皆の思惑の集約した結果、捏造じゃないという論文を書くことになったというだけです。全体の中の個の行動は単独でそれのみを取り出してどうこう言えるものじゃない。社会の中の、とりわけ組織の中の個というのは基本的にはいわば時計の歯車ですからね。

87. 一言居士
2019年12月21日 08:32
で、まあ、そういうことは世間の一般人は最初から一目で判断してますよね。長い経験で臭うからね。もうそれで理解してしまう。一般人が分からないのはなぜキメラができたのかということだけです。

戻って問題は中段です。何もしないときはFI-SCもESも緑に光る。JAKiを入れたらどうなるか。
私の持ってる論文の写真は無料だったころにエクセルにコピペしていたものなんですが、肝心の蛍光があるのか無いのか判別できないんですけどね。
とても大きく拡大してもよく分からない。というより結果はグリーンの蛍光があるのは左のESだけです。FI-SCは左右ともに緑の蛍光が無い。無論、ESはJAKiを入れた右ではグリーン蛍光は消えている。
あなたのはどうですか?

次にFI-SCがCAG-GFPだったケースですけど、中段にグリーンが見えないので分かりませんね。見えてる結果だけいうとCAG-GFPは無いという結果です。そもそもCAG-GFPもOct4-GFPもどちらも光ってない。このFI-SCって何なんでしょうかね。
取り敢えず以上です。どこかで切り上げて自分のブログに戻りたいと思ってるんですけど、なかなか切りが付きませんね。

88. Zscan4
2019年12月21日 18:50
STAPはいろいろあるようなのです。

 かってに纏めた表はこちらです。(https://twitter.com/ts_marker/status/1158669913352884224)

89. Zscan4
2019年12月21日 19:07
>>83
CTS1の時は 1stap/well x4 確立できたのは3ライン

マテメソでは
”For Fgf4-induced stem-cell line establishment, STAPcell clusterswere transferred to Fgf4-containing trophoblast stem-cell medium9 onMEF feeder cells in 96-well plates. In most cases (40 out of 50 experiments), colonies grew in 10–50% of wells in 96-well plates.  ”

90. Zscan4
2019年12月21日 19:23
>>86
そうだからこのFI-SCはシーケンスにかけられると”コンタミ”してると指摘されてしまう。
(あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい?)

また、 ESやntESだらけだったはずの研究室なのに、ESは同時には培養してなかったと論文にも書かせた。(あの日より)

コンタミ捏造と言われては、一挙に信用を失うはずだ。

91. 一言居士
2019年12月22日 17:56
若山さんの持ち出しリストと論文や木星リストとの齟齬はOoboe さんとパートナー氏の課題でもありますね。ご指摘のものだけでなく、コントロールTSは樹立2と書かれていますが、木星リストには129B6のTS-3,4,5,6がある。FLBに至っては全部で8ラインの樹立の筈なのに、木星リストには11ラインある。中でも4Nは4ラインの樹立のはずなのに7ラインある。しかも全体のナンバーが1/31,2/2(4N)、2/3の作られた日付順と違って打たれている。ひどいものです。
以上です。

92. 一言居士
2019年12月23日 07:51
(あんまり光らないFI-SCとCD1を分離するのは難しい?)の件は、まず(あんまり光らないFI-SC)という言葉は5-e,fの実験から思いつかれた言葉ですね。JAKiが無くてもそもそも光ってないFI-SC写真はここにしかない。
ここでのやり取りは自分のAC129を巡る問題13ブログに一旦移し替えて、もう一度よく整理します。以上です。




















































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