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一言居士の独言

一言居士のSTAP事件に関するペーパー一枚の報告

2014年2月13日に理研のとある職員当てにSTAP論文に疑義があるという通報があったため、理研は法令に基づく調査に入った。3月31付で調査結果(石井調査)が公表されたが、小保方さんによる不服申し立てに再調査不要という調査結果(渡辺報告)が5月8日にでて、小保方さんによるゲル図表の改竄、博論テラトーマ画像の使用の2点が研究不正と結論され公表された。
論文の主張する"新たな多能性細胞の発見"という大きな研究成果に対して、不正調査結論があまりに微細な不正指摘であったため、マスコミが騒ぎ、世論は研究結果自体の捏造の有無を問うた。理研は残存試料の調査と小保方さん本人も加えた再現実験を行い、前者は12月25日に所謂桂報告としてまとめられ、STAP細胞は昔若山研で作られた太田ES(受精卵ES)、当時いた学生の作ったGOF-ES(ntES)および若山さんが作ったコントロールES(受精卵ES)の三種の既存ES細胞を使った捏造細胞であったと結論された。
また、再現検証実験では若山さんは参加しなかったため別の研究員によって、丹羽さんと小保方さんの作った所謂蛍光細胞が論文通りのやり方でキメラ胚移植されたが、キメラはできなかった。その結果は相沢論文と丹羽論文として翌年に公表された。加えて桂報告も翌年にネイチャーのBCA報告(松崎報告)として国際的に開示された。そのタイトルはSTAP cells are derived from ES cells(STAP細胞はES細胞由来である)という端的なものであった。
この松崎報告の間違いは以下の我々の写真によって証明されている。

大きさ比較


この捏造論文ができた最初の直接の原因は、実際には小保方酸浴細胞をntES化して研究する目的で作られていたキメラを、上記写真にあるように、酸浴細胞をナイフカット手法によって移植した結果できたキメラだと言った若山さんの嘘であったが、若山さんは論文を書いては居ない。若山さんは当初小保方さんをリクルートするためにラボの中で些細な嘘をついたに過ぎなかった。その嘘が時の経過経緯で、とりわけ理研が小保方さんをリクルートしたことによって、捏造論文化されてしまったために、責任を特定個人に帰すことができず、犯人は分からないという曖昧な結論が構築され、世論の鎮静化が図られたのである。小保方さんは博士号を剥奪され、生贄の山羊とされた。
試験管内三胚葉分化する小保方さんの発見した細胞の正体は未だ分かっていない。


以上










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  1. 2019/07/27(土) 08:35:45|
  2. 一枚報告
  3. | コメント:0

胎盤に関する考察44

*ttps://www.youtube.com/watch?v=rxS0mEkm7dM
(全録)STAP細胞論文の共著者・若山照彦教授会見 質疑応答(2/4)
8:30/42:12~

(朝日新聞岡崎女性記者)
で、先生は実際に、その、STAP細胞からキメラマウスを造ったり、その、幹細胞を作成されたりして、実際に、その、細胞を見てるわけですけど、見た目、外観からすると、全く今までと違った細胞で、あの、他の類似した細胞というのは見たことなかったのでしょうか。

(若山さん)
マイクロマニピュレーターの上に細胞を乗せてしまって、そこからキメラとかを作るわけですが、その状態になってしまうと、あと、あの、今回に関しては、それまでずっと失敗続きだったということもあって、ええ、普通、キメラマウスを作るときは、細胞をバラバラにして、キメラを作るんですが、塊のまま入れてみようという、そういうアイデアで実験をしたということもあり、いつもと違う手法を取り入れた、その時に成功したんです。そのために、その時の細胞が以前と違っていたかどうかというのが分からないままなんです。

(朝日新聞岡崎女性記者)
では、その、もしかしたら、その、万が一ES細胞だったとした場合、それを、これが新しい細胞ですと言われて、ほんとに、見分けがつかなかったんですかね。

(若山さん)
そうですね。その時点では、あの、新しい手法でやってしまったので、見慣れた外観は全くないので、どの細胞だったかということは区別できなかったと思います。

大きさ比較


拡大STAP


若山さんは最初の成功後何度STAPキメラを作ったのでしょうかね。最初の実験以外は忘れられたのかな。それともこのナイフ切り分け写真は一度限りのデモ写真でしたか。

挿入パイプの太さはSTAP用、ES様、ナイフカット塊用と、その都度細胞の大きさに合わせて、グラスパイプを火であぶって引き延ばして調整するんじゃなかったんでしょうか。このことはアトモス部屋さんブログで以前すでに説明されていますね。パイプの太さを合わせるということはSTAP細胞をバラバラにしてインジェクトしている時のパイプの太さと、ESもしくはntES細胞を挿入している時のパイプの太さ、そしてSTAP塊をナイフカットして挿入するときのパイプの太さの違いがよく分かっているということなので、「新しい手法でやってしまったので、見慣れた外観は全くないので、どの細胞だったかということは区別できなかった」ということはあり得ないんですね。見慣れた外観が無いから区別がつく。つまりこの言葉は若山さん自身がついている嘘なんです。誰かに強制されてついている嘘ではない。学さんの理解の欲しいところでしょうか。

>>
窮地にあるのは、STAP実験に関わった全員です。若山氏も窮地です。若山氏だけを助けようとする人は科学界に多かったのでしょう(若山氏にお世話になった人たちや研究者仲間ですが)。
若山サポーターの人たちを裏切らないためには、若山氏は沈黙するしかありません(若山氏はESを混ぜたりしません)。
やむを得ず沈黙した若山氏を、ES説画策者、理研上層部攻撃(笹井攻撃)派は大いに利用しました。
2019/7/26(金) 午後 3:08返信する

(若山氏は沈黙するしかありません)と学さんが推測されるのは、事実誤認です。上記のように記者会見で若山氏は沈黙してません。(若山氏にお世話になった人たちや研究者仲間)は以前から若山さんの話を聞いてサポートしたのではありませんか。

(若山氏はESを混ぜたりしません)と、おっしゃる通りでしょうね。若山さんにはそんなことをする動機も必要もない。そして小保方さんもそんなことはしていない。ナイフ切り分け写真で使われている細胞は小保方さんが若山さんに渡したものでなくて誰の細胞ですか。パイプの中に見えているあれがESですか。隣に比較されているのがESですよね。
でもキメラは出来ていて、本当に論文通りにできたのならどうしてこんな大騒ぎになりますか。別の事情があるということを考えようとしない思考の怠慢ですよね。いろんなことが重なってるんですね。そしておそらく誰か一人の責任にできるような単純な事情ではなかったということです。小保方さんに無実の罪をきせたまま、事件をうやむやに終わらせろと圧力をかけたのは、違法天下り問題に飛び火するのを恐れてあせった文科省です。彼らは早稲田大学に圧力をかけて辞職退所している小保方さんの博士号まで剥奪させましたね。小保方さんがESコンタミ犯だと世間に印象付けるためのダメ押しですね。文科省はマスゴミとともに一度つぶさないといけないでしょうね。何しろラブオンザビーチなんですから、目に見えて腐ってるよね。ろくな奴で無いと分かっていても、天下り先を作ってくれる奴を出世させるという官僚の皆の衆の狡い惰性はそろそろやめさせないと日本全体は国際社会の中で生き延びていけないぞ。

















  1. 2019/07/26(金) 15:46:50|
  2. STAP事件
  3. | コメント:5

胎盤に関する考察43

バーは1μmです。
上段の左から3つはFigure 1-gのそのままの並び。ただし、バーの長さをひとつづつ同じになるように調整しています。
上段の左端はExtended Data Figure 8-eのESです。
下段はExtended Data Figure 8-eのCD45とSTAP-SCです。
STAP幹細胞はESの大きさになってますね。若山さんが酸浴細胞の核を使ってntES化させたから大きくなったんですね。
小保方さんも小保方さんですね。自分で図を編集するときに大きさの違いに気づかなかったですかねえ。欲目の思い込みってものですかね。夜目遠目笠の内。

CD45は上がヨコ7xタテ8程度ですか。下が8x7程度ですか。
STAP細胞は7x9程度ですか。斜めに細ってますね。
ES細胞は13x13もしくは12x12をはみ出しています。
STAP幹細胞は13以上x11程度ですね。


幹細胞はES

もう一度前回の比較図を再掲しておきましょう。胚盤胞の大きさは直径100μm程度です。エクセル罫線間隔が15ですからひとつの間隔が約6.6μmです。ESは二つ分の間隔のパイプの中にきっちり納まってますから、13から14μm程度と分かります。STAP細胞の一粒一粒はその半分もありませんね。半分だとしても7μm程度ということになりますね。大きなパイプの先に小さいSTAP細胞がたくさん入っていますね。パイプの中にばらけているのも見える。直径が1/2だと面積は1/4です。体積は1/8ですね。圧倒的に小さい。


大きさ比較

一目瞭然。何をかいわんや。記者に問われて今までバラして入れてたのをナイフで切り分けて塊で入れた。その時にできたんです。だから大きさがどうであったか分からないでいるんですと答えた。若山さんは毎日ntESのインジェクト実験をいわば本業でやっている。ntESとESは無論同じ大きさです。若山さんは最初のキメラができたそのときだけナイフ切り分けインジェクションを行ったんでしょうね。それが上の写真なんでしょうよ。そうでなければそれ以来何度小保方さんからSTAP細胞を渡されているでしょうね。










  1. 2019/07/25(木) 14:20:59|
  2. STAP事件
  3. | コメント:9

胎盤に関する考察42

アーティクル論文のマテメソにF1マウスを使った時の細胞の選別方法が以下のようにby their characteristic cluster morphologyと書かれていて、その特徴は (they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate)と書かれていますね。
>>
For experiments using STAP cells from CD45+ cells without the Oct4-gfp reporter, STAP cell clusters were identified by their characteristic cluster morphology (they are made of very small cells with no strong compaction in the aggregate).

very small cellsがどのような大きさかをES細胞と比較したのが以下の写真です。以前楠本さんにお願いした写真をやっと自分でも作れるようになりました。ど素人なので横並びはむつかしくてエクセルに貼り付けました。胚盤胞の大きさを罫線で合わせています。

大きさ比較


どれほど小さくてそして、彼女が書いているようにばらばらになりやすいかをもっと拡大して示しましょう。

拡大STAP

カット前との比較です。

比較細胞サイズ


彼女はティシュー論文時の小さな細胞を探していた時の思考習慣からSTAP細胞は小さいと思っていますからそのように主張もしているのですが、理研ではリンパ球を使っています。もともと細胞が小さいんですね。彼女のこういう勘違いは例えばライブセルイメージングで蛍光細胞が動いていることをアメーバの義足に比較して述べていますが、無論これはマクロファージが引っ張っているから動いている。そういう勘違いは多いんですけど、書いていることに嘘はないんですね。

アーティクルにあるナイフカット移植写真は若山さんが小保方さんの持ってきた細胞を実際に移植しているところを撮影したデモ写真です。小保方さんに騙されて太田ESを渡されたものがこの写真であるわけがないでしょう。ES細胞の大きさは胚盤胞期のインナーセルマスの大きさとほぼ同じです。このデモ写真の通りに移植されたものが本当に論文通りにキメラになっていたのなら、若山さんは論文を取り下げるのにあんなに必死にはならなかったでしょうね。

問題はこのデモ写真がいつ撮影されたものかということですが、仮に三誌に載せられていたとしたら査読者は何か触れたはずですが、知られている範囲では何も書かれていない。これがあればむしろES細胞では無いということを査読者たちにアピールできたでしょうけどね。ESのコンタミだと思われているんですね。
笹井さんは逆に再投稿ネイチャー論文でこの写真を若山さんに撮影してもらうよう依頼することを小保方さんに指示したかもしれないですね。その場合は2013年の3月に投稿した初稿に間に合うように撮影してもらってるでしょうから、まだ若山さんは理研に居るわけです。もしその依頼を断ったら何か隠し事でもあるのかと疑われますから当然引き受けるが、その時にES細胞を使ったら小保方さんに指摘されてしまう。仕方なく小保方さんの作ったままの細胞塊をナイフカットして太めのチューブで挿入した。そういう風に疑うこともできるわけです。

でもその場合は若山さんはこの時に初めてナイフ切り分けでしかも太いパイプを使ってこの写真を撮ったことになる。それも不自然ですね。この写真はまだ初期のころに撮られて小保方さんに渡していたものである可能性もありますね。それはまだ小保方さんを勧誘しようとして自分の技術を彼女に見せて自分たちの仕事に誘い込みたいという動機も兼ねて、実際にはキメラはこのようには作られていないが、ナイフカットという技術のデモとして撮影して渡されている可能性もある。

笹井さんは弁明記者会見でES細胞を若山さんに渡したら若山さんはすぐ気づくと説明しました。そのことは上記貼付した比較写真を見れば誰にでも納得できることですが、その時には記者会見での質問に答えただけですから、そこまで詳しく見て資料を作ってるわけではない。ただ小さいというのは論文もリバイズして書いていて知っているし、この移植写真も見ているわけです。この比較写真を後に作って示すこともできたでしょうけど、笹井さんはノイローゼになってしまいましたね。若山さんに対して何で嘘つくのと指摘するなんて信頼している人に対してできませんね。なんでこんなことになったのかとは質問したいでしょうけど、若山さんは話し合いに応じませんでしたね。そもそも著者間での話し合いを拒否しているのは若山さんです。笹井さんの何でこんなことになったのかという悩みはとてもよくわかりますね。若山さんがおかしいとは分かってる。でも、そもそも論文のリヴァイズを手伝ったのはその若山さんのためにもという善意がベースなので、どうして彼が話し合いにも応じないという態度になって行くのかわからなかったんですね。何か自分が強引なことをしてしまったのかという不可解な自責もないまぜになっている。この心理は小保方さんの逃避行にも見えていますね。何が何だか分からない憤りですね。

2013年の8月に若山さんが笹井さんにメールを送って責任著者を降りたいと相談したと本人が記者会見で語っている。そのときに実際に会ってよくよく話を聞いてやればよかったのかと、後になって悔やまれるというような事情ですね。むしろその時は自分の方が熱くなっていて、大丈夫だよ、君のためだよというような、若山さんの気持ちに対しては頓珍漢な対応をしてしまったのではないかという確信の無い自責ですね。何しろどうしてこういうことになるのかが分からない。責任感の強い人は往々にしてああでもないこうでもないと迷路に入り込んでこうなりやすいですね。鉄ッツアンみたいに知ったことかと居直れない。居直って生きていれば時間が解決していく問題もありますね。


どうですか。鉄さん。












  1. 2019/07/24(水) 08:33:13|
  2. STAP事件
  3. | コメント:25

胎盤に関する考察41

バンドの欠落は我々のntES論を破壊するかとも危惧されていましたが、鉄さんの成し遂げたブレークスルーは幹細胞の雌雄問題の解決へと向かい始めたようです。エエドぉ。

登場人物さんたちお願いしまっせ!



  1. 2019/07/22(月) 16:32:55|
  2. STAP事件
  3. | コメント:26

胎盤に関する考察40

いよいよ正念場のようです。分かりやすく図解しましょう。


バンド


縮尺の問題は石井調査で明らかになったようにゲルの物理的な特性があって理論的な対数関数ですべての範囲はカバーしてないんですね。分かりやすく例えると、一番下のバンドに集まる軽い断片はゲルによってはツーと滑っちゃうんですね。その前まではぐっとグリップしてたのに山道のドライブでカーブを攻めるときのタイヤのトラクションと同様に限界点でいきなり滑り始めますね。滑っている時は関数が壊れているんで滑る前のJ2.5とかJ2.pの間の距離を一致させてもそれ以前の関数縮尺とは合わないんですね。
あれこれと縮尺をいじってみますがDのメジャーに対してどれがどのバンドと明確には決められませんね。ただ、理論的にはGLとJβ2.6の間に1,2,3,4,5,pの6本のバンドがあるはずだとは分かっています。Gel2自体の全てのレーンは同一のgelですが、メジャーのgelとは違います。メジャーはきれいに理論通り出てますが、Gel2は6本分はきれいにはでてません。二つのバンドが1本に重なっているかもしれませんね。そこはど素人にはよくわからない。ただ、我々が問題にしているのは27レーンと28レーンの下から2番目の矢印の位置にあるべきバンドが無いということです。明確にありませんよね。サイエンスの第二レフェリーがas appears in at least some of these animals. とうめいた理由が我々にもわかりますね。これってホントにマウスのTCR再構成バンドなの?

もう一度Gel2の全体です。

写真Gel2

マウスですよね。マウスのT細胞のリアレンジバンドです。我々のntES論だとバンドは最大2本しか出ない筈ですね。でも
27と28レーンは最低でも4本はある。我々はリシピエントの白血球の除去が不完全だっのではと一縷の望みをかけていましたが、そんなことはありませんね。リシピエントの白血球が混じっていたら8本全部出ます。ただ、もともと他のレーンで明らかなように8本は見えてませんね。間隔が狭くて1本に重なっているものもあるんでしょうね。でもそれどころでない問題がありますね。どのレーンにもある3本対になっている明確なバンドの1本がレーン27とレーン28には欠けているのです。

後は登場人物さんたちの検討に任せましょうかね。では。











  1. 2019/07/21(日) 18:55:07|
  2. STAP事件
  3. | コメント:6

胎盤に関する考察39

これってなぜGLバンドが薄い、或いは無いのか。この論文はD1の上流にあるシス領域を欠如させてその働きを見るものですが、この条件ではD1-J1とD1-J2の結合が出来なくて、全部D2-J2の結合になる。だからGLが少ないもしくは無いんですね。小保方さんのGel1,2の実験はそういう条件ではないから、D1-J1結合しているものはD2-J2間のプライマーではGLとして現れる。一つ解決しました。この図はメジャーとして使えます。

Charles E Whitehurst論文Figure3-D


我々の問題の本質は以下のバンド欠如です。

欠如


比較図です。

拡大欠如 


いよいよ本論ですね。登場人物さんたち、どうぞ。





  1. 2019/07/21(日) 09:52:38|
  2. STAP事件
  3. | コメント:18

胎盤に関する考察38

石井さんがそのままだったら問題なかったというGel1の並びは以下ですね。この4番のレーンが隣二つの酸浴細胞のポジコンとして小保方さんは気に入らなかったんですね。なぜならもう少しバンドのはっきり出ている別のレーンがあったからです。

Gel1-このままだったら

Gel2の方に同じCD45+細胞が二つある。以下です。バンドがクリアに出てますよね。

Gel2-20,21


ところが、小保方さんはこれを使わずに以下のを使った。これはでもCD45+ではなくてCD45+/CD3+ですね。

Gel2-16.png

どうしてなのか。比較してみると以下です。GLバンドの薄いのを選んでいるようです。なぜなのかはわかりません。それから縮尺はご覧の通り全然違っているので引き延ばさないといけない。ここの石井報告の指摘はいいですよね。小保方さんは目的のためにはいけないと思ってない。小保方さんは縦方向だけに引き延ばしましたが、以下のはわかりやすいように縦横比そのままです。

変遷


以下が恐らくArticle Extended Data Figure 7-bにある129/Sv x B6GFPの20匹得られたキメラマウスの中の3匹でしょう。7-cでは9匹を選んでワイルドタイプも入れてジャームライントランスミッション実験をしていますね。子供を産ませるまでには50日ほど成長させなければならない。その後20日掛けて出産させる。この時に若山さんが戻し交配で半分しかGFPが来なかったと小保方さんに言ったんですね。それを小保方さんはラベルに書き留めてこの時のSTAP細胞で作られているはずのFLSに+/-表示をしたんです。これが若山さんが「僕のマウス」であったはずという情報を小保方さんに刷り込んだ最初です。彼はこの頃に西川さんからTCRアドヴァイスを受けているんですね。そしてT細胞からの4Nキメラを小保方さんに作ってやらなかった。仕方なく、小保方さんは129/Sv x B6GFPと聞いていたこの時のキメラマウスを使ったんですね。何本かバンドが欠けていますね。それが今の問題です。

Gel2-27,28,29


これがCharles E Whitehurst論文Figure3-Dで、ポリクローナルなT細胞検体をPCRに掛けたら本来出るべきバンドです。ここのGLバンドが薄い理由と小保方さんの上記選択と関係があるのかないのか。まだ分かっていません。

Charles E Whitehurst論文Figure3-D


D2-J2.7の間の配列は以下です。

D2 (開始41542163~末端41542176 14bp)後続イントロン577bp
J2.1(開始41542754~末端41542803 50bp)後続イントロン153bp
J2.2(開始41542957~末端41543007 51bp)後続イントロン215bp
J2.3(開始41543223~末端41543271 49bp)後続イントロン90bp
J2.4(開始41543362~末端41543410 49bp)後続イントロン42bp
J2.5(開始41543453~末端41543501 49bp)後続イントロン96bp
J2.6(開始41543598~末端41543645 48bp)後続イントロン164bp
J2.7(開始41543810~末端41543856 47bp)


D2からJ2.7までをGLとした場合のリアレンジ断片の長さと、その比。(RSSがイントロンの両端にあると仮定した場合)

GL*****(1694bp)**100%
D2-J2.1(1117bp)***66%
D2-J2.2(*914bp)***54%
D2-J2.3(*648bp)***38%
D2-J2.4(*509bp)***30%
D2-J2.5(*418bp)***25%
D2-J2.6(*273bp)***16%
D2-J2.7(**61bp)****4%


関係レーンをすべて横並びにしてみたのが以下です。どれがどのバンドかがうかがわれますね。

全比較



登場人物さんたちお願いします。









  1. 2019/07/18(木) 17:21:40|
  2. STAP事件
  3. | コメント:53

胎盤に関する考察37

まずはデータですね。

写真Gel1

写真Gel2


河本論文です。(*ttps://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/eji.200323461 Extensive proliferation of T cell lineage‐restricted progenitors in the thymus: an essential process for clonal expression of diverse T cell receptor β chains)
Figure3

河本論文Figure3

Figure4

河本論文Figure4


Figure3-B(拡大参考)

河本論文Figure3-B

Figure3-C,D(拡大参考)

河本論文Figure3-C,D



Charles E Whitehurst論文Figure3-D(*ttps://www.cell.com/immunity/fulltext/S1074-7613(00)80031-X# Control of V(D)J Recombinational Accessibility of the Dβ1 Gene Segment at the TCRβ Locus by a Germline Promoter)

Charles E Whitehurst論文Figure3-D














  1. 2019/07/18(木) 08:50:23|
  2. STAP事件
  3. | コメント:33

胎盤に関する考察36

前回見つけたTGTGの配列はスプライシング因子の認識するマウスのイントロンの末尾配列なのかもしれないですね。多分調べると開始配列もあるかもしれない。それとRSSとの違いはどうなのか。アルイミオウジ変態糞ジジイには早く関係論文を見つけてきて欲しいものです。

いよいよ、Gel2の2NキメラのTCR再構成バンドがなんであるかの謎の検討ですね。ことと次第によっては我々の小保方細胞核使用ntES説は破綻するかもしれませんよ。ひひひひひ。その時は今まで別のルートで若山さんが犯人であると示されてきたたくさんの根拠をどう解釈し直したらよくなるのでしょうかね。その時はため息さんたちにでも解釈し直してもらいますかね。がはははははは。





  1. 2019/07/14(日) 18:54:41|
  2. STAP事件
  3. | コメント:75
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