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一言居士の独言

AC129を巡る問題20

(あったのか、なかったのか)

学ブログはまだ探針を入れているままであるが、最近新しいコメントが入った。
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鉛の兵隊
ちなみにFES1がFLS3だとするとFES2は何かということになりますが、おそらくFLS1でしょう。FLSには1月31日に培養開始のものと2月2日に培養開始のもの、2種類あります。FLS3は2月2日培養開始ですが、FLS1は1月31日培養開始です。FLS1はFLS3とは違う仔マウスから作られていると思います。
2020/01/20 URL 編集

鉛の兵隊
>どう作られたかが疑問であるとの問題提起なんです

FES1がどう作られたかは自明です。FLS3と同じだから、FLS3そのものですよ。FLS3を培養してFES1のラベルを貼っただけです。
2020/01/19 URL 編集


鉛の兵隊氏は和モガさんだと思っているが、FES2に関してFLS1ではないかという修正説には同意できる。ただし、実証確認もしくは既存実証事実からの演繹はできない。調べられていない。
FES1がFLS3だというのはTs.Markerさんとも一致している。今、Ts.Markerさんのブログに書き込んで回答を待っている。
小保方さんが犯人でない限り、サンプルは若山さんもしくは彼の利害関係者によって中身が入れ替えられているという論理構造になっている。逆に中身の入れ替えがないのなら小保方さんの既存ES捏造だということになる。従って、小保方さんの捏造を証明して警察に突き出さないといけない。
私はそれが可能だと思って、既知の情報から小保方さん犯人説を立証しようとしたができなかった。テラトーマ一つとっても、学生のntESがあるのにGOFマウスがドナーのテラトーマにどうしてFES1をインジェクトするのか。あり得ないことです。しかもESでテラトーマ捏造するのだったら体細胞切り出しなんて不要です。まして、せっかくできのいいテラトーマを捏造したのに3誌段階で一度も使ってない。

大田ESは無かったのにどうして太田ESが使われたということになったのか。太田ESでなくても若山さんの作った129と岡部マウスとのF1ESなんてラボ内にいくらでもあるはずだ。奥さんの論文にも共著者の太田さんのESは使われている。奥さんは保持しているはずです。なぜそんな遠くの京都に取り寄せたのか。ラボには無かったということを示したかったからですよね。ラボにあるFLSもその中の代表ではありませんか。FLSはそもそも129と岡部マウスとのF1マウスから作られているんです。「僕のマウス」を渡したというのが嘘なんですね。近くを調べられると自分の行ったことがばれるから、遠くの太田ESを持ち込んだことにした。そして太田さんの置忘れがあったということを臭わせた。「僕のマウス」を渡したという証拠が何一つない。

細胞の検証は理研の正式な調査チームではなくて、若山さんが率先して行い始めたんです。まず手持ちの細胞を放医研の知人に自分のマウスのコンストラクトと岡部マウスのコンストラクトを教えた上で分析させた。放医研の知人が岡部マウスのコンストラクトの一部が15番の内在性アクロシン遺伝子のプロモーターを捕まえてしまって、GFPの場所を間違えてしまったがために、やはりお友達の遠藤氏の出番となり、間違いを発見したという話を作った。因みに遠藤氏は公共データベースの公開後すぐに分析に着手していて、Kahoの日記で盛んにスピン活動を行っていた。
若山さんはその後、東北大の黒木准教授に太田関連細胞を送った。資金のかかることなので、NHKの藤原記者を巻き込んで、NHKに資金を出させ、東大の知人にも解析させた。その細胞も出所は若山さんである。又、若山さんは理研の松崎と組んで分析を頼んでいる。丹羽さんは途中まで自分で解析していたが、途中から松崎GDにバトンタッチした。そして丹羽さんと相沢さんは小保方さんとともに再現検証実験に回った。その間、理研での解析の中心になったのは松崎GDである。松崎は東大の出身だが理研に来る前は東北大で教鞭をとっていた。

小保方さんの実験ノート3冊分の全コピーがNHKに流出したのは若山さんと松崎グループたちの仕業で、あのNHKの番組に若山さんと遠藤氏、大日向氏が出演しているのは資金援助に対する見返りでもある。須田桃子氏や、古田氏に情報を流しているのも若山さんと理研松崎グループである。査読文は若山さんから出ている。実験ノートのコピーは理研にしかないので松崎GDの違法流出ということになる。公務員法違反であるが、これが不問に付されているのは無論文科省がバックに居て何とかもみ消そうとしているからである。

ただし、若山さんがなぜこんなことをしたのかに関してはちゃんと押さえておかないといけない。若山さんは理研が小保方さんを採用することになる以前の段階で、何一つ公的に悪いことはしていない。ただ、小保方さんとヴァカンティ達に本当のことを言ってなかっただけです。彼にも研究上の秘密を口外しない権利はあります。ヴァカンティ氏との間に駆け引きがあった。

それを世間に出してしまったのが理研の上層部で、しかも笹井さんは信じ込んでいたこともあって、大々的に発表してしまった。誰がどう悪いかという問題はさておいて、理研は若山さんに罪を押し付けることはできないんです。だから何とか玉虫色に鎮静化させたかった。それは文科省との利害とも一致した。そういうことです。

可哀そうなのは小保方さんですが、政治的には他に持っていくことができなかった。それで出版社に手を回して、印税収入が入るようにしてやった。
我々も随分手助けしてあげた結果になっている。

まあ、便所の落書きとしては、事実が分かればそれでいいんで、最後の最後に(あったのか、なかったのか)の問題が残ったということです。
この問題もDORAさんの直感通りあったんですよ。理の導くところあったのでなければ今までの我々の理解はすべて根本からひっくり返って、のみならずどう再構築していいかさえ分からない事態になるでしょう。既に太田ESコンタミは否定されてしまっている。

Ts.Marker さんとの問答で以下のように書いた。
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とにかく根本はなぜキメラができたのかという問題です。
①ESによる捏造。
②論文通りにあったのに急遽隠し込んだ。
③ntESによるキメラだということが隠しきれなくなりそうになって①の方向に話をでっち上げた。

②は可能性としてはまだ消えていません。しかし、再現検証実験でどうして簡単にできなかったのか、そしてできたのが真実なら若山さんは記者会見発表までされている段階でどうして突然①だと言い始めたのか、という大きな謎に答えなければならない。

再現には時間がかかると言われている。ムーさんとキンガ・ヴォィニーツさんの論文は再現されましたかね。ムーさんの発明したクレロックスシステムは丹羽さんも再現してますから、これは既に認められているということでしょうね。ただ、筋肉体細胞からの追跡は確認されたのでしょうか。それとキンガさんが行った多能性証明は誰か確認したのでしようかね。これは再現確認されたらノーべル賞クラスではないでしょうか。
分化過程の途中で幹細胞が分化を止めて維持されているという知見は既にありました。筋肉細胞においても筋肉幹細胞がある。ところがこの幹細胞は途中で分化が止まっているのではなくて、一旦体細胞まで分化した後にリプログラムされ、そのリプログラムされた原細胞から筋肉幹細胞が出来ると分かった。しかもその原細胞は体外に取り出してインヴィトロで実験するとキメラが出来るほど深くリプログラムされていると分かった。それが弟子のキンガさんの行った実験ですが、その後をまだ聞いてない。

それに対して、STAP論文で時期を替えて繰り返し何度でもキメラが作られていて、論文の中での再現性は保証されている。しかし、再現検証実験ではキメラができなかった。
これは再現には時間がかかるというような問題ではありませんよね。桂報告書では太田ESによる捏造だったからだという論理になっている。
私はntES化されているからだと答えている。私の言ってることの可能性は桂報告書は考えて居ない。それだけでも既に論理破綻している。考えられる可能性をすべて潰していないから、考え抜けしているわけです。科学者としては超三流でしょ。でもそれは当然で、落としどころとしての結論ありきだからですね。ここもとても良く説明できますよね。超三流の科学者が理研に就職できるのかと考えると分かる。馬鹿なのか人格に問題を持つ悪党なのか、どちらか白状せいと嫌味を言ってる理由です。こういうことからも確信されるわけです。

桂報告書のスタンスは理解可能ですね。我々は第三者ですからね。でも当時者たる小保方さんの怒りは収まらないでしょうね。又ヴァカンティが今後どうするかも未定です。そもそも若山さんも気の毒で、事件化後の行動はともかくとして最初の動機は善意だったんですよね。今、疑われたままになっていて、晴れ晴れとした気持ではありませんよね。玉虫色にするためにたくさんの人たちが犠牲になっている。若山さんも明らかに犠牲者の一人です。
こういうことにしとこうという日本人の悪い面が出てるんですね。何とか丸めたい。そもそも表に出して洗いざらい整理したら世間は普通に納得するということもありますね。誰かが悪いということにしないと収まらないというのは子供心で、社会と言うのは集団活動なので、誰も悪くないのにこうなっちまったんだよというのはいくらでもあり得て、話せばわかるんですけどね。丸めようとする。これは日本人の性癖です。討議するのを嫌がる。昔の意味での大和魂です。盗賊に向かって俺はお前の顔を見たぞとののしったがために盗賊が戻ってきてその人を殺してしまった。なんと大和魂の無い人かと。今昔でしたか小林秀雄が書いてる。
北の拉致者を見て見ぬ振りした。STAP事件も同じですね。処世術なんでしょうね。自分には関係ないと。でも空気に逆らってまでやってもどうせ治らないんだよな。直そうと思ったら一大哲学者の誕生を待たないと無理でしょうけど、今まで出たことは無いね。すると空気に逆らうと損じゃないかということになる。

で、こういうのは積もり積もって国家の危機に結実して行って、そして多分また自分たち自身を犠牲にして特攻し、しかし、敗戦するんだろうな。国破れて山河あり。そして生き残っていればまたガンバルんだ。

じゃあ、どっかにもっとましな国があるのかと言ったところで様々ということなんで、生物は多様性を維持して何かが生き残っていればいいんだということかもしれない。

そろそろ便所の落書きも収束させないといけない。他にやらねばならないことも多い。結局は(あったのか、なかったのか)。ここです。


(あったのか、なかったのか)

論理の導くところあったのだ。ただ、実証証拠が無い。
遠藤解析はGOFのFI-SCはGOF-ESと丹羽さんのCD1TSとのコンタミ物だと主張している。
我々は遠藤論文はイカサマだと指摘している。しかし、そこがイカサマであったとしても、GOFのFI-SCが現存してないという桂報告の記載は変わらない。
二つの問題があって両方解けるとあったことを演繹証明できるかな。

①遠藤論文のGOF ESとCD1のコンタミ根拠の検討批判(GOFのFI-SCとCD1のBFPESではないか)
②CTS-1とCTS-11~13の分析結果公開請求。CTS2~10の実験ノート記載公開請求。

私のntES仮説で、このGOFのFI-SCがあったとしたら、これは若山さんの細胞に関する新発見ということになる。
これが分かったからあわてて無かったことにしたというのも考えにくい。こんな事件になってから後から論文書けないね。弟子でも書けないでしょうね。

(ヘテロプラスミーの問題)

Ts.Marker さんと討論しているうちに大変な問題に引っかかった。
何よりも先にこの問題を見通さないといけない。(あったのか、なかったのか)は後に回す。

これは和モガさんも、Ts.Markerさんも私も知っている事実だったが、その意味に気づいていないことがあった。今回初めて気づいた。以下のヘテロプラスミーである。
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DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028633 FLS3                T:1912(49%)  A:2015(51%)
DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)
DRR028638 129/GFP ES      T:2963(80%)  A:733(20%)
SRR1171585 STAP-SC(FLS?Acr) T:1245(85%)  A:217(15%)  ??

FLS3とFES1のヘテロプラスミーの割合が違う。これはFES1のチューブにFLS3を若山さんが入れ替えたのだという行為を否定しているように見える。我々は間違ったかもしれない。我々というのは無論私、和モガさん、以前のTs.Maker さん、Ooboeさんとパートナー氏であろうか。
それどころか桂報告書も間違っているということを意味する。桂報告書は遺伝子解析の結果FLS3はFES1だと主張し、小保方さんがFES1を若山さんに渡したから、捏造キメラができたのだと主張していることになる。
そこで我々はその主張はA=Bだということを証明しただけで、小保方さんがFES1を若山さんに渡したことを証明するものではなく、若山さんがFES1の中身をFLS3に入れ替えたのだ、GLSも同様に、学生のntESを小保方さんが若山さんに渡したのではなく、若山さんが学生のntESとして残していたチューブを洗い出してGLSを入れたのだと反論した。そしてどちらが嘘をついているか関して細胞の大きさの違いに気づかなかったといった若山さんの嘘、幹細胞がSTAP細胞より大きくなっていること、GOFのドナーでテトーマに学生のGOF-ESを持っている小保方さんがどうしてF1のESを移植するのだという別の根拠から若山さん犯人説を唱えた。
ところが今新たに気づかれたことは以下の二つの細胞の細胞質内のミトコンドリアDNAのヘテロプラスミーの割合が違うということである。入れ替え云々以前にA=Bではないということらしい。
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DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)

桂報告書の大本の結論からして違っていたということになる。他がすべて一致しても一つ違っていたらそれは同じものではない。さて、さて。

(ヘテロプラスミーとは)

ど素人の知識としてまずブルーバックスの『ミトコンドリアミステリー』を前提しよう。林純一さんの2002年の解説書で2016年15刷版。
ミトコンドリアの中にも二本鎖の環状DNAがある。ミトコンドリアDNA(mtDNA)だ。約1万6千塩基対(bp)で、37種の遺伝子がコードされている。
ミトコンドリアは一個の細胞の中に数千個ある。受精卵の中のわずかに存在している精子のミトコンドリアは卵の中で殺されるので、ミトコンドリアDNAはすべて母性由来である。卵の細胞質内のミトコンドリアだけが次世代へ引き継がれていく。
体細胞分裂時は核のDNAの分裂が終了した後に細胞質が半分に分かれる。その後半分に減ったミトコンドリアの数が倍増されて基の数に戻る。

ヘテロプラスミーというのは数千個あるミトコンドリア内の一つのmtDNAに突然変異が入ることである。数千個の中の1個だけが違うmtDNAになる。異形成と呼ばれる現象。
この現象は体細胞分裂の度に組織内に広がっていく。細胞質は細胞分裂時にランダムに1/2分割されるので一個の変異mtDNAはどちらかに入る。正常な集団はそのままどこまで分割して行っても正常だが、一個入った側は、核分裂の後に倍増されるので2個になる。こちらは次に分裂した時にランダムに1/2されるから一個ずつはいるケースとゼロ個と2個のケースに分かれる。一個ずつ入ると一個入った時のケースに戻る。ゼロ個2個に分かれた時はゼロ個は正常な増殖細胞に戻るが、2個入った側は細胞質内でミトコンドリア数が倍増されるときに4個になる。
こうやっていろんな組織内にヘテロプラスミーが少しずつ蓄積していく。そしてこの広がりは細胞分裂の回数に依るのでいつ変異が入ったかにもよって広がりの程度が違ってくるし、又この変異ミトコンドリアはランダム分割の性質によって変異ミトコンドリアは変異ミトコンドリアばかりに蓄積していく傾向が生じる。
これらは体細胞分裂なので所詮莫大な数のミトコンドリアの中のごく一部なので個体の生存にはほとんど影響しない。問題は次世代にこの異変が引き継がれるとのをどう防ぐかであるが。

卵細胞が作られるとき一旦ミトコンドリアの数が急激に減らされる。例えば千個のミトコンドリアの中に10個の変異ミトコンドリアがあったとする。千個のミトコンドリアを10個に減らす。1/100である。この中に1個の変異ミトコンドリアが入っている確率は1/10である。10個の卵があるとして、9個は正常、1個は変異が入っている。ここから数を元の1000個に戻す。1個の変異の入っている卵は100個入った集団になる。9個が正常に戻った反面、残りの1個には変異がコンデンスされることになる。
そしてこの変異が呼吸に関して深刻な変異であった場合、別の仕組みでこの変異卵はアポトーシスする。つまり自殺するようになっている。これが生殖細胞ボトルネックと呼ばれる仕組みである。これで子孫には正常なミトコンドリアDNAが伝えられる仕組みである。
ただし、致命的でない変異細胞はアポトーシスされないで次世代に引き継がれる。この致命的でない変異も世代によって数が増えてくると致命的になるかもしれない。その時は個体の死によっても排除されていくわけです。この致命的でない変異の問題が今回Ts.Marker さんの発見した変異らしい。


一応以上を前提にTs.Marker さんの発見したChr M 12,188の変異に関して考える。5'末端側の上流から数えて12188番目の塩基が野生型TであるべきところがAになっているという変異である。
しかもわずかに含まれているとかいうレヴェルでなく、何割というレヴェルです。もう一度貼り付けましょう。

DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028633 FLS3                T:1912(49%)  A:2015(51%)
DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)
DRR028638 129/GFP ES      T:2963(80%)  A:733(20%)
SRR1171585 STAP-SC(FLS?Acr) T:1245(85%)  A:217(15%)  ??

これらはどういう由来であれ培養細胞です。最初に何もヘテロプラスミーの無い状態からどこかで変異細胞ができて、増殖過程でそれが50%になるということは考えられない。培養と言うのは体内で言えば体細胞分裂を繰り返している状態です。一個の細胞には数千個のミトコンドリアがある。培養細胞は一つのシャーレの中に数十万個入っている。この中の一つの細胞の中の一個のミトコンドリアに生じた変異がシャーレ全体の半分を占めるまで増殖するなんてことはありません。

ということはこの変異は生殖細胞ボトルネックをすり抜けた軽微な変異だということになる。
この変異は親の卵にあったのだ。
一応、これらの細胞は裁判レヴェルでの由来検証をされていない、関係当人たちが話しているだけの情報ですが、母親が129/Svだとされている。いまミトコンドリアだけを調べているので、B6は関係ない。
証言が正しいとしましょう。

FLS3は「僕のマウス」の129/Svです。これは「僕のマウス」のロックフェラー大で作ったGFP挿入B6のGFPだけを市販の129/Svに移し替えたものです。雑種にしてからGFP蛍光している子だけに129を戻し交配する。これを繰り返すわけです。3年以上かかる。
この「僕のマウス」の129/Svに以下の割合で一か所だけの軽微なヘテロプラスミーがあったということになるわけです。
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DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028633 FLS3                T:1912(49%)  A:2015(51%)

①これはまず最初から1個の卵の中に数千あるミトコンドリアの半分にヘテロプラスミーがあったと考えることが出来る。
②次にもともとはもう少し少なかったが体細胞分裂過程で増えたと考えることもできる。
③更にTs.Marker さんが見つけた論文にあるように酸浴すると増えるという要素も合わさっているかもしれない。

次に、私のntES仮説であると、移植による129側のヘテロプラスミーがあった場合でも僅かで、大半はICRマウスのミトコンドリアなので、このヘテロプラスミーはこの時に使われたICRのメスにあったものだということになる。以下は上記と条件は同じになる。
①これはまず最初から1個の卵の中に数千あるミトコンドリアの半分にヘテロプラスミーがあったと考えることが出来る。
②次にもともとはもう少し少なかったが体細胞分裂過程で増えたと考えることもできる。
③更にTs.Marker さんが見つけた論文にあるように酸浴すると増えるという要素も合わさっているかもしれない。

次にFES1と129/GFP ESである。
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DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)
DRR028638 129/GFP ES      T:2963(80%)  A:733(20%)

話ではFES1は太田さんが2005年に作った受精卵ESだということになっているのでまずそれか本当だとする。酸浴はされていない。
①これはまず最初から1個の卵の中に数千あるミトコンドリアの2割にヘテロプラスミーがあったと考えることが出来る。
②次にもともとはもう少し少なかったが体細胞分裂過程で増えたと考えることもできる。ただし、話では目的も無く作られて凍結されているからほとんど継代は重ねられていない。作った時のままであろう。

この話はとてもおかしくて、太田さんはterで作った記憶だと証言している。根本から疑義のある話であるが桂報告書はX1だったという前提で推論している。それが事実であったと仮定して、当時太田さんが使った129/Svには2割のChr M 12,188の変異を有していたということになる。

ここで重要なのは変異は同じ場所だということです。2005年の太田ESに使われた129/Svにこの変異があったわけですが、このマウスが継代して行って5割になるということはありません。どうしてかというと、変異は体細胞分裂によって二分の一ランダム分割によって変異ミトコンドリアばかりが集まっていく細胞が増えていく。そして次世代の卵が作られるときにボトルネック効果で消滅させられる。それでも残った卵で致命的な変異で無ければアポトーシスせずにより濃くなって残るんですが、数的にはずっと少なくなっている。正常な卵の方が多い。これを交配させていますから正常なものが残っていく確率の方がずっと高い。2005年から6年以上ですから3か月ごとに継代したとして24回交配を重ねている。ほとんどいない筈です。
このことによって推測できるのはこのFES1の129は2005年のものではないということです、

DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)
DRR028638 129/GFP ES      T:2963(80%)  A:733(20%)

二つは同じ細胞株だとは言えますね。でもこの話は後回しにしましょう。

DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)

こちらのふたつの方が大事な問題です。これは同じころの129から作られている細胞です。6年もマウスの形で継代されていたら既に存在してないマウスのはずです。
この二つの細胞が作られた元のメスは共通した変異を持っている。割合が違うだけだ。同じマウスケージの中のマウスのようですね。

上で若山さんの話通りというケースで考えましたが、無論、実際にはこのFLSはアクロシン入りですから、話の通りだとすると、「僕のマウス」の129だとは限らない。若山さんの渡したマウス赤ちゃんは小保方さんによって捨てられていることになっている。そしてFLSの中身はFES1だと結論した。でもヘテロプラスミーの割合が違っていて、かつ、2005年のマウスが変異ミトコンドリアの割合を増やすということは考えられない。となると、FES1はFLSの作成時に近い時期に作られているということになる。
その時の129は何があるのかということです。
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①市販129/Sv X1
②①を自家繁殖させているもの
③①を使ってロックフェラー大で作ったB6-CAG-GFPを移し替えたものを自家繁殖させているもの
④市販129/Sv ter (太田氏が好んで使っていたとされるもの)
⑤④を自家繁殖させているもの(これはあったのかどうかは分からない)

④⑤はterです。①は市販時にはTです。②か③しかない。


(培養によるヘテロプラスミーの比率変化)

10個の細胞があって、その中の1個の細胞の中の1個のミトコンドリアに変異があるとき、細胞数は10の倍々ゲームで増えていく。10,20.40.80,160…という具合である。そして変異ミトコンドリアを含む細胞は最初は1個で1/10であったが、第一回目の分裂では1/20になる。第二回目では1/40もしくは2/40になる。この原理が分かっていると、シャーレの面積が無限大で細胞分裂がテロメアの長さの許すまで、つまり数10回起こっても、比率は最大1/20で、ランダム分配の在り方によってはもっと小さくなっていくということが分かる。培養では増えない。

ところがシャーレは実際には有限面積なので3日に一回程度セミコンフルになった時点で植え替える。この時、例えば植え継がれた細胞塊の中のヘテロプラスミーが全体の比率と同じであれば、ヘテロプラスミーを含む細胞の全体に占める比率は減りこそすれ増えない。増えるケースと言うのはヘテロプラスミーを含む細胞の集まっているところを偶然に選んだ場合である。この時は生殖細胞ボトルネック効果を人工的に起こしてしまっていることになる。例えば2/40の状態でその2個を含む10個を選んでしまうと、その植え継ぎ時点で、2/10がスタートになってしまう。この偶然が何回か続けばヘテロプラスミーを含む細胞数の割合は増えるし、逆に一度程度なら、継代を続けていればまたむしろ減ってくる原理である。

しかし、今の例は一個の細胞の中に1個の変異ミトコンドリアがある場合の話である。Ts.Marker氏が見つけたヘテロプラスミーはそういうものではない。一個の細胞の中には数千のミトコンドリアがある。

DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)

上の数字の意味するところは全部の細胞を壊してミトコンドリアだけを集めてその中に一か所の同じ変異の有るミトコンドリアが半数だったということなので、これを又細胞膜の中にとじ込めると、変異なしの細胞が半分で、変異ミトコンドリアしかない細胞とが半々にあったか、それともすべての細胞の中が、変異ミトコンドリアと正常ミトコンドリアが半々に入っている細胞であったかのどちらかか、その中間ということになる。

(DRR028652 FES2                 T:5307(100%) A:4)

ミトコンドリアのヘテロプラスミーと言うのは何種類かの変異が蓄積したもので、この例のようにたった1個の変異だけのヘテロプラスミーがこれほどの割合まで増えると言うのは珍しいのではないか。
特にマウス継代を経て蓄積が増えるのはボトルネック効果を考えてもおかしな話だ。かといって、培養過程で増えるのも原理からして考えにくい。
唯一考えうるのが、Tのホモプラスミーの細胞集団とAのホモプラスミーの細胞集団が混ぜられている場合である。
FLS3は129/B6であるからミトコンドリアDNAは129のものである。129のミトコンドリアDNAの12,188番はTである。

(DRR028652 FES2                 T:5307(100%) A:4)はメスの細胞質が違う。

DRR028632 FLS3                T:1949(49%)  A:1992(50%)
DRR028646 FES1                T:3625(80%)  A:921(20%)


(見かけた論文)

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その結果, mtDNAのコピー数は最低でも 760コピー程であり, やはり極端なmtDNAの減少は観 察されなかった(Cao et al. 2009). mtDNAコピー数の極端な減少が, ボトルネック効果 の原因ではなかったことから, 他のメカニズムによって ボトルネック効果が起こり, 急調分離を成立させている 可能性が高い.

専門家がまだ解に至っていないことに関してど素人は関与できない。既知の確実な知識の範囲内でSTAP事件は解明されるべきであって、それは裁判と同じである。解に至れない場合は分からないとしなければならない。


(Ooboe さん情報)

新しい情報が公開されている。ちょっと息抜きしよう。

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Ooboe
なにやら、今日もいい文章を構築されてますが、構っていると、焦点分散で前に進めません。真相究明考察、続けます

毎日須田記者は、4月26日作成リスト、5月14日作成リストを早々とリークしてもらった事を、須田著書でけなげに披露しています。この須田記者へのリーク行為から、同様に推察可能なある事が見えてきます。どういうことかと申しますと、、、
2020/01/22 URL 編集


Ooboe
小保方冷凍庫残存サンプル画像リストを毎日須田記者や日経サイエンスなど、早々とリークしたぐらいですから当然、山梨大学若山研にも4月か5月送付していたことは、想像に難くないでしょう。

しかし、石川氏や、新潮記事に登場した理研関係者によると、若山教授やメンバーが紛失した留学生作成ntES78本BOXがリスト画像にあったのに気が付きびっくりした、と証言したのは、理研から公的に送られきた、2014年7月下旬か8月上旬でした。小保方氏立合いで、最終的サンプル帰属が決定しリストが完成した7月19日以後の事です。若山研はすでに、5月には留学生BOX画像リストをCDB解析担当研から入手していたのですから、この7月下旬、8月上旬での、このびっくりした状況を石川氏に証言したメンバーは、石川氏に窃盗印象誘導したことになります。

ところがです、時系列が変なのです。この、7月下旬理研から送られて来た、リストをみて愕然とした若山先生やメンバー達よりも、半月前に、留学生BOXが小保方冷凍庫から見つかって憤慨していた怪人がいたのです。そうです、かの有名な「小保方、地獄の底は、まだまだ、深いぜよwww.」の怪文のCDB内部投稿者。

竹市センター長宛の【引越しのどさくさに箱ごと盗んでいた事を公表しろよ】
2020/01/23 URL 編集


Ooboe
この、若山記者会見の2日後、CDB内部者の怪文内容から読み取れるのは、4月5月小保方サンプル撮影リスト作業した担当者(安全管理室、解析担当研)から、直か、間か、この怪人に内部者でなければ知り得ない情報が流れた事実です。この内容の情報が流れたルーツをたどりましょう。

留学生作成ntES78本BOXを撮影したのは(安全管理室の職員)で手伝ったのが解析担当研ですが、この作業を担当した方々は、若山研が2013年3月ごろCDBから山梨大学への引越し作業には、関わっていません。
ですから、沢山のサンプルの中にあった、このntES78本BOXが、若山研のところから、盗んで来たものなのか?など、分かりようがありません。撮影リスト作成作業をしただけです。

この「引越しのどさくさに若山のところから盗んだ」の怪情報の発信源は、引越しを実際にした、山梨若山研関係者ということに
自然と帰結します。4月か5月にはすでに、CDBリスト作業の解析担研から送付されて来たリストBOX画像を見て「引越しのどさくさに盗まれたもの。」とCDBリスト作業した解析担当研に流していたのが実際のところでしょう。解析担当研、または、関係者に近かったのでしょう。
CDB内部者の怪人投稿は、(小保方盗んだ情報)の発信源の特定に導いてくれました。

7月下旬にBOXがあるのを始めて気付いて愕然としたが如くの、石川氏への教唆証言の虚偽故意性は明白です。
2020/01/23 URL 編集


Ooboe
この怪文投稿のCDB内部者は「丹羽のTsもあったろう」の情報も得ていますから、リスト画像を見たか、
伝聞されたのでしょう。この留学生作ntES78本BOXの「若山のところから盗んだ情報」事案は★2014年5月頃若山研から発信され、
★CDB解析担当研へ、
★そして怪文の投稿者に流れ、
★さらに7月27日NHK偏向番組《NHKスペ》に繋り、
★2015年1月の石川告発に続きます。
この一連の連続性において、CDB解析担当研のメディアを利用したリーク作戦に連携した若山研の動向が鍵になります。この連続性をボカシての、メディア取材の一般論解釈の名文を組み立ててのplus氏解釈は結局のところ、リーク者との特殊実態経緯全体像をはぐらかす、屁理屈反証にしかすぎません。
読みにくいと思います。横書きができませんでした。
2020/01/23 URL 編集


Ooboe
あいかわらず、こじつけが止まりませんがplus氏の情報確認に誤認がありますので正しておきます。
5月14日に作成された当初のリスト表には備考欄はありません。plusさんが日付けを5月14日と思ってしまった、備考欄付きのリストは小保方さん立合い確認の7月19日帰属決定のリスト表のことです。
2020/01/23 URL 編集


Ooboe
リスト備考欄の小保方さんの但し書き「若山研引越しの時に残っていたので保存していた」は2014年7月14日小保方立合いでの帰属決定時点です。

怪文書は6月18日ですので、「引越しどさくさに盗んだ情報」の発信源は山梨若山研に辿りつくのが巻き戻し時系順序です。{BOXが行方不明になって騒いでいたのを知っていた誰かが、リストをみて、怪情報を思い付くことも可能} など、など例によって、しんどい、しんどい、可能性薄いストーリーを無理矢理設定するplus流こじつけは不要です。

引越し作業したのは若山研ですから、5月、送られて来たリストを見て、すぐ反応したでしょう。
それも前後経緯が示す通り、悪意反応の「引越しのどさくさの時、行方不明になってたBOXではないか!」「盗まれていたんだ」と解析担当研に伝える流れになるのが容易に推察できるものです。

回り回って、2015年部外者の石川氏にも、4月26日、5月14日リスト画像をリークしたのも解析担当研、部外者の石川氏がリストを入手しようと思っても、手続きに1ヶ月、しかもまだ公開前。

石川氏は神戸CDBとの直パイプがありません、しかし、同じ横浜理研の遠藤氏に遠藤氏が親しいCDB有力関係者を紹介してもらったのです。そしてリスト等資料と「有志が鍵を付け替えた」証言を教唆され告発を決意したのです。

小保方否定の「若山のところから引越しのどさくさにBOXごと盗んだことを公表しろよ」の、情報発信源とCDB解析担当研との悪意の連携連続性は石川氏へのBOX窃盗告発教唆幇助にまで続いたことで証明されました。

このように、特異な事案が連携連続性をもって存在していた事は、あの姐さんのご指摘は、正論ですがこのケースでは当てはまりません。
2020/01/24 URL 編集


Ooboe
すいません、話の流れで遠藤氏の名義を入れたのは、誤解を招く恐れがあります。不適切でした。お詫びいたします。
遠藤氏は悪意はございません。普通に親切に対応されたとのことです。
2020/01/24 URL 編集


Ooboe
もうひとつ、お断り。
2014年7月19日小保方さん立合い確認でサンプルの帰属決定がなされました。
その時のリスト表は解析担当関係以外は非公開でした。そして石川告発により警察捜査の要請から非公開のままの措置が取られました。ですから、毎日須田記者などメディアでも入手できてません。そうとも知らずに開示請求したパートナーは情報公開担当に捜査終了したら直ちに開示して下さいと手続きしてました2016年6月やっと入手できたのです。
入手できた、情報をある方に伝え、ある方が、Doraさんに、Doraさんが木星さんに進めました
どなたにおかれても、いろんな情報の確認落ちはしかたないですが、頓珍漢の所見にならないようplus氏も気を付けたらいいね、、、
そう言う私も、、、きをつけィ、、です。
2020/01/24 URL 編集



理研がー80度フリーザー内に残されていた凍結細胞の内容リストを作成したのが2014/4/5ですね。
撮影とリスト作成作業した担当者は安全管理室と解析担当研なんですね。
小保方さんは入院していましたが2014/7/2に再現実験のために出社した。そしてほどなく自分の-30度冷凍庫内も保全してくれと頼んだ。そして2014/7/19にその両方のフリーザーの内容の口頭説明を行った。
その口頭説明を書き留めたリストをパートナー氏が入手されたのが2016/6月ということですね。その時に2014/4/5の小保方さん説明の書きこまれていない整理リストも入手されましたかね。
桃子本は2014/12/30出版です。巻頭写真にあるリストは小保方さんの説明の無いものですから、最初の整理リストです。桃子は2014/4/5から2014/12/30より前までの間に、理研内の誰かから違法にリークされたリスト写真を手に入れたということですね。

AC129-14に貼り付けているリストの構成は以下です。

①細胞リスト
保管場所 ■■■■■■ -80℃フリーザー [通しナンバー1~23]

②同ボックス中の保管サンプル(リスト以外) [通しナンバー24~27]

③別ボックスの保管サンプル(2014/04/14リスト化) [通しナンバー28~51]

④保管場所 ■■■■■■ -80℃フリーザー [通しナンバー52~152]
平成26年5月14日     確認者 片山 ■■

⑤保管場所 ■■■■■■ -30℃フリーザー [通しナンバー1~55]
確認者 竹市、松崎、丹羽、片山
平成26年7月19日

今ここで問題にしているAC129は②に入っている。(リスト以外)と書かれている。いつ誰が持ち込んだのか。MTA事後締結の際にやり取りが疑われるところです。

まだ続いているようです。
>>
Ooboe
パートナーが広報に3月13日閉鎖という情報がありますから、確認下さいのお願いをしてた件ですが、2014年3月での小保方研究室閉鎖の神戸事業所の作業部署からの報告により、3月18日に変更はないとのことです。
石川調査委員会の記者会見などを確認したそうです。
川合理事との問答があり川合理事の説明要旨は

>「3月13日から、封鎖ではないですが神戸事業所では
小保方研からの移転がなされて行った」

との説明しているのを確認したそうです。

パートナーへの広報の説明では沢山のサンプルがありましたから、封鎖ではないが、出入りを制限しながら小保方研からの、搬出移転保全作業には日数が掛かったのでは、と作業詳細記録がないので、想像のコメントだったそうです。

作業終了報告が3月18日ということは記録にあるので間違いないとのことです。
2020/01/24 URL 編集












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  1. 2020/01/19(日) 11:39:07|
  2. AC129
  3. | コメント:2

AC129を巡る問題19

あらかたの問題は解けた。

幹細胞化の実験は若山さんの研究ですからね。
僕が小保方さんだったらこう言うでしょうね。
私はES細胞でSTAP細胞を捏造してなんか居ないからES細胞に近い性質を持つと書いたと。


ぽこちゃんぺこちゃんブログからOoboeさんは撤退したようだ。私もお気に入りから消した。時間の無駄だ。そもそもあそこは何も新しい情報の無いところだった。照井は血管の専門家だつたかな。道理で詳しいはずだ。素直な心も少しは残っていてチラと出るんだな。はは。TCRのヒントはもらったからな。損はしてない。でももはやああいうことしかできないところまで堕落してるということで、国の研究者は真の発見ができないと教育者になるよりないんだけど、すると人生の目的が違ってしまう。昔デモシカ教師と言われた人々の新版だな。教育は国の根幹で、これはこれでプロの仕事だからな。ここも崩れて久しい。ああいう奴らは愛国心も無いからシナの工作も受けやすくなるということで、今政治でもIR関係で浸透されているのが表立ってきた。米国の圧力だというのが情けないところだが、これからどうなっていくかDORAブログの方が面白いかもね。
同じ、スピン屋でもまだアルイミオウジトゥイッターはフォローしている。あそこにはまだヒントがある。どういう具合にスピンを掛けようとしているかを考えると隠したいことが見える。ぽこちゃんぺこちゃんブログには口汚さしかない。心の中に何か憎しみがあるんだな。妙な奴らだ。国籍が違うのかな。朝鮮総連には成りすましている奴らが多くて、こいつらが実際には日本人誘拐犯だからね。こういうブログではどうせ分からないと思って心の中がさらけ出される。日本人憎しなんだろうな。

Ooboe さんは書き込むところが無くて困まってるだろうね。でもあそこには一般の人はいないよ。一般の人にこの不正を知らせたいなら、まず根本さんブログ、西岡さんガンバレフェイスブックだけどここはスマートフォンからは書き込みにくそうだ。するとやっぱり、パートナー氏のブログ開設が一番ということになる。ガンバレにアップされている動画はもう15万人に増えてる。Ooboe さんたちはこういう人たちに訴えかけたいんでしょ。和モガさんは今ブログを停止しているから相談して、復活させてもらったらどうかな。この間の資料発表会で楠本さんとともに面識を得たんでしたよね。

和モガさんは最初からこの問題を追ってる人だからね。ご自分の説をもう一度纏めて新知見も盛り込んでリヴァイズしてもらうといいですよね。そのシリーズのコメント欄でOoboe さんがサンプルの入れ替えの件を論じさせてもらうといいかもしれない。
Ts.Markerさんは聞いてみないと迷惑かもしれない。ただ、私が延々書きこんでもとりわけ消したりはしないようだ。人は人という感じかな。あの人も言葉不足は有名だからね。でも人は喋れば喋るほど人間が出る。僕は門外だから平気だけど、Ts.Markerさんは一応門内にいる人みたいなんで、あまりしゃべらないように注意しているらしい。このことは以前一研究者ブログで僕に注意してくれたことがあるんで、ああ意識的な行動なんだなと認識している。
それとTs.Markerさんはアルイミオウジ氏を評価している。連絡を取り合ってるようで、流石アルイミさんと言ってる。アルイミ氏はテラトーマにわずかながらOct4-GFPが検出されたのを指摘した人で、最初は無論私は小保方擁護だと思っていた。それとこの発見自体が結構重い事実で、小保方さんがテラトーマを作った時の由来マウスがGOFマウスだという証拠になっている。これはF1マウスは若山さんしか交配許可されていないので他の誰も手に入れられないから当然だと思われているが、それは論理的推論で、アルイミオウジ氏が見つけた事実は物証なんだよな。元のマウスがF1だったということは絶対にないということです。
そのうえでアクロシンを持ち込んだのは誰だ、GFPの無い体細胞は如何にできたのかの問題に解が与えられないといけない。

①無論、私は若山さんがソート前の幹細胞を上から注射したから、リシピエントのES細胞が分化したものだと結論している。
②対して、桂報告やBCA報告は小保方さんが太田ESを使って捏造したと言ってる。そしてGFPの無い組織は免疫不全マウスの体細胞を切り出したと言ってる。間抜けな在米ポスドクに至っては貼り付けて工作したとまでいってる。GLSの捏造には学生にもらったGOF ESが時期的に一致しているのでそれを使ったと言いながら、同じく既に持っていたはずのGOF ESをテラトーマでは使わずに背景の違う太田ESを使ったという。そして小保方さんが捏造したと言っていながら三誌論文までこれを使わなかった理由も答えることができないでいる。小保方さんが出来過ぎを疑ったからに決まっている。

もうこれだけで、桂報告書のインチキは証明されているくらいだ。ただ若山さんが小保方細胞をntES化させたという可能性に気づいていない場合は真相は分からないので、この場合は報告書に分からないと書かないといけない。この段階で既にインチキ報告書になっている。
その上、彼らはntES化の可能性には気づいていたはずである。専門家はキメラが出来るのは既知の知識内ではESかIPSかntESしかないことを知っている。ES捏造を考えてストーリーを作るときに矛盾がたくさんある。その時に彼らはIPSかntESの可能性を考える。特にマウスntESは若山さんが世界の先駆者なんですから考えない筈はない。

ぽこちゃんぺこちゃんブログは桂報告書の構造をそのまま反映しているもので、ESによる捏造説と小保方さん無実説の間に人々を集めようとしている。この中にある限り、ESによる捏造であり、しかし、犯人は分からないというごまかしの中に人々を閉じ込めることが出来ると思っている。そこではntES説は触れられてはいけない説なのである。だからシカト方針になっている。彼らはその可能性を検討しようとはしない。分かり切った話ですね。あの動画を見ようとしている人たちは変だなと考えて居る人たちなんで、ぽこちゃんぺこちゃんブログではだれも納得しないということになる。存在自体が無意味なブログです。


(c,d問題)


最後の問題ですね。


FI-SC41.png


GOF由来FI-SCが存在しなければこの実験はできない。捏造写真は簡単に作れる。さあ、どうですかという問題。ぽこちゃんぺこちゃんブログではシカトされなければならない問題ですね。ぽこちゃんとぺこちゃんの立ち位置の中間のどこにもない問題です。


まずDORAさんの考察から始めましょうかね。
>>
2020年01月14日 12:56
2015年1月1日
じつは遠藤高帆論文もウソだった。
今回の調査報告で、もうひとつはっきりしたことがあります。それは、遠藤高帆論文がでっち上げだったということです。遠藤高帆論文の要点は次の二つでした。
(1)129B6由来の細胞にトリソミーがある。(2)FI幹細胞はESとTSの混ぜ物である。
ところが驚いたことに、この二つとも、今回の調査報告では検証されていないのです。まず、トリソミーについてですが、調査報告では、トリソミーはみつかったのですが、それは129B6ではなく、B6の方でした。これでは辻褄が合いません。それから、もっと変なのは、FI幹細胞の方です。遠藤高帆が解析したのはOct4GFPの入ったB6由来のFI幹細胞です。ところが、今回の調査委の報告では、アクロシンの入った129B6由来のFI幹細胞は見つかったものの、遠藤高帆が解析したB6由来のFI幹細胞は見つからなかった、というのです。?!?!‥‥んなアホな。
遠藤高帆論文を錦の御旗にして「STAPは捏造」と騒いだマスコミ。「STAP細胞・見えてきた実態」とかいう見出しをつけた日経サイエンスの古田彩。このオトシマエどうつけるんじゃ、おんどれ。「遠藤高帆論文はでっち上げでもいいです。忘れてください。今度は調査委員会が別の証拠をでっち上げてくれたので、こんどはこっちを錦の御旗にします」ってか? 
これがあんたらのやり口か?結局、遠藤高帆論文の解析結果は、今回の調査報告では全く検証されなかったことになります。遠藤高帆論文は、でっち上げだった。‥‥しかし、問題はそれだけに止まらない。遠藤高帆の解析したFI幹細胞に限って見つからないなんて、ヘンだと思いませんか?他は全部見つかっているのに、これだけ見つからないなんて。これは偶然なんでしょうか? 本当は、見つかったけれども、都合の悪い結果が出たので、隠しているのでないですか? そうとしか考えられないですよ。ますます怪しい調査報告。みなさん、こんなものを鵜呑みにするのですか?


「遠藤高帆が解析したB6由来のFI幹細胞」とDORA氏が言っているのは公共データバンク登録されている以下のデータです。
>>
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)


遠藤論文のTable S1 RNA-seq raw data used in this studyの2P目は以下でした。

遠藤4

上から8,9行目です。確認できますね。
Ts.Marker さんのSRR1171565データは以下でしたね。

TS1.png
TS2.png


このFI-SCは大量にESマーカーを発現し、同時にわずかながらTSマーカーを発現している。2段目のES細胞との違いは明確ですね。これはTru-seq分です。


さて、DORAさんが「じつは遠藤高帆論文もウソだった。」と怒っている遠藤論文の検討です。
>>
Re-analysis of STAP paper: Genotype analysis of fibroblast growth factor-induced stem cells (FI-SCs)

This study examined how SNP allele frequencies in RNA-seq data can be used to show properties of the dataset. Obokata et al. recently reported the phenomenon of STAP, the induced cellular reprogramming of committed somatic cells into pluripotent stem cells that can produce embryonic and placental tissues when injected into blastocysts (Obokata et al. 2014a,b). The allele frequency approach described above was used to examine the NGS dataset provided by the researchers. Allele frequencies between reference allele (equivalent to B6 genotype for dbSNP) and alternative allele (corresponding to 129 genotype in this study) were examined in RNA-seq data from seven replicate experiments obtained using the TruSeq reagent (Figs​2A and S1 in Supporting Information). The allele distributions of six of the seven experiments showed the equal representation of parental chromosomes expected in Fig.​1A. For the experiments that involved ESCs, STAP cells, and STAP stem cells (STAP-SCs), there were no 0% peaks (Fig. S1 in Supporting Information), possibly because the cells were obtained from mice backcrossed in the laboratory that may have a different genotype than those in the public database (J. Sharif and K. Isono, personal communication).


グーグル訳からちょっと手直ししたものです。
>>
STAP論文の再解析: 線維芽細胞増殖因子によって誘導される幹細胞(FI-SC)の遺伝子型解析

この研究はRNA-seqデータの中のSNP対立遺伝子頻度がいかにしてデータセットのプロパティを表示しうるに至るのかを検討している。 小保方らは最近STAP現象を報告した。それは胚盤胞に注入された場合に胚および胎盤組織を作り出すことができる多能性幹細胞へと変化した体細胞の誘導細胞再プログラミングを意味する(Obokata et al. 2014a,b)。上述の対立遺伝子頻度のアプローチは研究者らによって提供されているNGSデータセットを調べてきたものである。参照対立遺伝子(dbSNPのB6遺伝子型に相当)と、代替の対立遺伝子(この研究では129の遺伝子型に対応する)間の対立遺伝子頻度は、TruSeq試薬を使用して得られた7回の反復実験から得られたRNA-seqデータの中で検討されている(サポート情報の図2AおよびS1) 。7回の実験中6回の対立遺伝子分布は図 1Aで期待されている親の染色体と同じ表現を示した。ES細胞、STAP細胞、およびSTAP幹細胞(STAP-SCS)を含む実験では全くの0%のピークは無かったが(サポート情報の図S1)、おそらく細胞が実験室で戻し交配されたため、公開データベース (J. Sharif and K. Isono, personal communication)のものとは異なる遺伝子型のマウスから得られたからであろう。


Figure 2-aは以下です。

遠藤5
SNPs detected in FI-SC mRNAs indicating contamination. (A) Allele distributions obtained from ESC and FI-SC RNA-seq experiments used in the STAP paper. Both ESCs (blue) and FI-SCs (red) are annotated as having a 129B6F1 genetic background. The number of applied SNPs for each experiment is shown in parentheses in the boxes.

Figure S1は以下です。

遠藤6

ここで分析されているデータセットは以下です。因みに背景より後ろは後の調査結果の参考メモです。作成者も私のメモです。
>>
Tru-Seq
①SRR1171556 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
②SRR1171557 小保方 CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 derived from spleen C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
③SRR1171558 丹羽研 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep1 129/Sv
④SRR1171559 丹羽研 Epi Stem Cells:RNASeq.Rep2 129/Sv
⑤SRR1171560 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep1 C57BL/6x129/Sv
⑥SRR1171561 若山 Embryonic Stem Cells:RNASeq.Rep2 C57BL/6x129/Sv
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)
⑨SRR1171580 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑩SRR1171581 小保方 Low pH treated CD45 positive Cells:RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-CAGヘテロ
⑪SRR1171585 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
⑫SRR1171586 若山 STAP-SC(STAP derived Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv 129xB6-Acr-CAG
⑬SRR1171590 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep1 CD1
⑭SRR1171591 丹羽研 Trophoblast Stem Cells:RNASeq.Rep2 CD1

Figure S1を見て直ぐに気づくのは、TSは丹羽さんがCD1のTSを提供したものですからB6タイプアレルなんてあるわけない。若山さんのTSが分化しているようだったから丹羽さんが提供したというのは桂報告が出て後に分かったものですが、データの末尾にCD1と書いてあるのは最初からあるSTRAINの記載です。Epi Stem Cellsも同じで、129/Svと書かれている。で、この原因をbecause the cells were obtained from mice backcrossed in the laboratory that may have a different genotype than those in the public database (J. Sharif and K. Isono, personal communication).と書いていることになる。推測ですね、どんなB6特異的アレルを使ったのかも心もとない。
因みにEpi Stem Cellsは取り敢えず丹羽さん提供と考えているが、使われているのがアーティクル側なので若山さんの作製かもしれない。今AC129に関してここで考えている問題とからんでいる。キメラは作らなかったがEpi Stem Cellsは作ったのかという問題。

ともあれ、Figure 2-aはESは129とB6のF1だが、F1-SCはB6背景だということを示している。ここをDORAさんが「今回の調査委の報告では、アクロシンの入った129B6由来のFI幹細胞は見つかったものの、遠藤高帆が解析したB6由来のFI幹細胞は見つからなかった、というのです。?!?!‥‥んなアホな。」と批判した。
桂報告書が言ってるのは現存しているサンプルとして「B6由来のFI幹細胞は見つからなかった」と言ってるので、このデータベース登録された分は再解析されていて、B6+10%のCD1とされているわけですから、そこは遠藤調査と一致している。というよりもっと細かく調べていることになる。
>>
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)

さて、もう少し遠藤論文の本文の続きを読み進みましょう。
>>
Surprisingly, FI-SCs that were annotated as coming from the F1 129Sv (129) and B6 cell populations did not show the allele distribution pattern of unbiased nonimprinting genes (Fig. S1 in Supporting Information). The distribution was more similar to that of cells with unequal chromosomes. These FI-SCs were reported to be induced from STAP cells with Fgf4 and to have characteristics similar to trophoblast stem cells (TSCs), such as their gene expression profiles and potential to contribute to the placenta (Obokata et al. 2014a).
The obvious difference in the FI-SC curve from the 129B6F1 genotype, combined with the fact that the majority of SNPs were similar to B6, suggested that the FI-SCs originated from neonatal mice of a nearly pure B6 background. Further analysis of gene expression patterns suggested that the heterogeneity of SNPs between B6-type allele and non-B6 could be caused by the expression characteristics of genes. As shown in Fig.​2B, SNPs expected to be heterogeneous between 129 (i.e., non-B6) and B6 were examined in several ESC marker genes. ESCs carried alleles from both the 129 and B6 backgrounds at these loci, but the FI-SCs, although described as having the same genetic background as the ESCs (Obokata et al. 2014a), carried only SNPs from B6. This dominance of the B6 genotype was not observed in TSC marker genes (Fig.​2C). The FI-SC specificity was not limited to the genes shown in Fig.​2B and C. When all heterogeneous SNPs were classified into three groups, SNPs in ESC-specific genes, SNPs in TSC-specific genes, and SNPs in other genes, only FI-SCs had widely heterozygous SNPs for these groups (Fig.​2D). If all included cells in a sample share the same cellular features, one would not expect to see this phenomenon of particular gene sets having different genotypes.


同様にグーグル訳です。
>>
驚くべきことにF1 129SV(129)とB6の細胞集団由来と注釈されているFI幹細胞はバイアスのないノンインプリンティング遺伝子の対立遺伝子分布パターンを示さなかった(サポート情報の図S1)。分布は不均等な染色体を有する細胞のものにより類似している。これらのFI肝細胞はFGF4<線維芽細胞増殖因子-4 >によったSTAP細胞から誘導され、かつそれらの遺伝子発現の特徴と胎盤に貢献する能力のように、栄養膜細胞(TS細胞)に似た特性を有することが報告されている(Obokata et al. 2014a)。
大多数のSNPがB6と似ているという事実と組み合わせると、129B6F1遺伝子型とFI幹細胞曲線の明らかな差異はFI幹細胞がほぼ純粋なB6バックグラウンドの新生仔マウスに由来することを示唆している。遺伝子発現パターンの更なる分析は、B6型対立遺伝子と非B6間のSNPの不均一性が遺伝子発現特性に起因することが示唆されている。図2Bに示めされているように、129(すなわち、非B6)およびB6間で異質であることが期待されているSNPは、いくつかのES細胞マーカー遺伝子の中で調べられている。ES細胞はこの遺伝子座において129とB6の両方のバックグラウンドからの対立遺伝子を持ち込んでいるが、FI幹細胞は、ES細胞と同じ遺伝子背景を持つと書かれているにもかかわらず(Obokata et al. 2014a)、B6からの対立遺伝子しか持ち込んでいない。 B6遺伝子のこの優勢はTS細胞のマーカー遺伝子には観察されなかった(図2C)。FI幹細胞の特異性は図2B及びCに示す遺伝子に限定されなかった。すべての異質SNPが、ES細胞に特異的遺伝子のSNP、TS細胞に特異的遺伝子のSNP、および他の遺伝子のSNPの3つのグループに分類されているとき、FI幹細胞のみがこれらのグループに広くヘテロ接合のSNPを有していた(図2D)。試料中に含まれるセルのすべが同じ細胞の特徴を共有している場合、異なる遺伝子型を有する特定の遺伝子セットのこの現象は見られ得ないであろう。


Figure 2-bです。

遠藤7
(B) SNPs detected in Sall4 and Klf4, which are highly expressed in ESCs. B6-type alleles are shown in blue and 129-type alleles (i.e., non-B6) are in yellow.


以下のように述べている。
>>
As shown in Fig.​2B, SNPs expected to be heterogeneous between 129 (i.e., non-B6) and B6 were examined in several ESC marker genes. ESCs carried alleles from both the 129 and B6 backgrounds at these loci, but the FI-SCs, although described as having the same genetic background as the ESCs (Obokata et al. 2014a), carried only SNPs from B6.

ここは、公共データベース記載の背景にはC57BL/6x129/Svと書かれているが、実際の分析結果は基本B6だと言ってる。小保方さんが登録したんだろと思い込んでいるわけですが、小保方さんは2013/11/5に理研に提出していて、実際にNCBIに登録したのは理研の別の人間で2014/2/13です。
この事件化直後頃に、小保方は公共データベース登録しなければならないことを知らずにいて慌てて2月になって登録したという悪質な噂を流した人間が居て、ここに何か不正がありそうだと誰でも気づいているところですね。
遠藤氏は何かといえば小保方論文に書かれていると書きつけるが、警察でもないのに、何の証拠もなく小保方さんの所為であるかの如くに示唆してはいけない。確かに論文に書かれているが、責任著者には若山さんも居るんだよ。調べてから言わないと。科学者は事実だけを言えばいいんでね。

注に、「(B) SNPs detected in Sall4 and Klf4, which are highly expressed in ESCs. B6-type alleles are shown in blue and 129-type alleles (i.e., non-B6) are in yellow. 」と書かれているんで、ESはF1だがFI-SCはB6だと言ってる。最初に2万箇所前後を統計処理したはずだったが、ここでは全部で10個しか調べてないね。しかもなんだか恣意的な場所だね。小保方さんはESマーカーとしてSall4 なんて選んでないんだから、せめて論文にある9個の中から選べなかったのかな。それだと不都合な真実でもあったのかな。
でも、まあここは理研の後の調査でもFI-SCはB6ベースだったんだからよしとしよう。

10か所選ばれたローカスのどこからどこまでがSall4でどこからどこまでがKlf4なのか分からない。そこで和モガ氏の以下ブログを見ると、一番上のrs33341561はSall4となっているから、それぞれ5か所ずつと推測される。
>>
2017.11.20 Mon l STAP細胞事件 l
「STAP細胞事件」-やはり、「Chip-seq(input) FI幹細胞に欠失はない」でいいんじゃないか

和モガ氏はrs33341561をFLSに導いていって、ほぼ4対6を示すが、遠藤論文はあくまでもESとFI-SCの比較です。それとローカス番号が順に並んでないのはなぜなのか、ど素人には分からない、
和モガ氏の図も拝借しておこう。

遠藤10
遠藤11

ともあれ遠藤論文Figure 2-bはFI-SCのESマーカーのごく一部のSNPsに関して、これはB6背景マウスだと言ってる。ここでは2万箇所の中の10か所だけが示されているということになる。


次はFigure 2-cだ。

遠藤8
(C) SNPs detected in the TSC-specific genes Elf5 and Sox21.

bがESマーカーのごく一部を調べたのに対して、対照的に今度はTSマーカーを調べた。
Elf5とSox21を選んでいる。あれほど論文がCdx1を強調しているのに選んでないことはとても不思議です。また、Sox21は後にTSに発現するので研究対象になっていはいるが、TSマーカーとして一般的認識は無かったのではないか。その証拠にESでも出ている。
ただ、ここで意図されているのはFI-SCではTSマーカーとして出ているものの中にわずかなB6以外が出ているということを示している。ただし何度も言うがESマーカーもTSマーカーも10か所ずつしか選ばれていない。全体では2万箇所の統計と自分で書いている。
ESとTSを混ぜたのだという主張の根拠として作られているデータですね。小保方さんが挙げているESマーカーは7種、TSマーカーは3種です。全部示さないといけない。これでは何も言えてない。桂調査はこの混ざったとされる細胞をCD1だと示唆しているが、何を根拠にしているのかを示していないし、混ぜられているという根拠も遠藤調査とは独立して何か示しているかというと何もない。

丹羽さんがESとTSは混ざらないと言ってるのは良く知られている。ここに私が(c,d問題)と名付けた理由がある。あの写真がトリックだったら小保方さんの捏造です。あの実験は理研若山研では行われていません。JAKiの検証をするように指示したのは査読者です。若山さんは既に山梨にいます。

GOFのFI-SCがあったのか、それとも小保方さんがTSとESを混ぜてRNAデータを捏造したのかという問題です。写真はそんなことしなくても捏造なら都合のいい写真を選んで組み合わせるだけですから簡単です。遠藤氏が主張しているのはGOFのFI-SCなんか作られていない。GOFのESと誰かのTSの混ぜ物だと言ってるわけです。


Figure 2-dに移りましょう。

遠藤9
(D) The number of homozygous/heterozygous SNPs observed in the stem cells used in the original paper. Only the composition observed in FI-SCs would be predicted to affect gene expression. P-values were calculated using Fisher's exact test of genotype distribution between TSC-specific genes and ESC-specific genes. Rep1 and rep2 denote two replicated experiments.


CD1というのはICRのことで、これは近交系マウスではなくてクローズドコロニーマウスです。これの129特異的SNPだとかB6特異的SNPを調べるという言葉の意味が良く分からない。桂報告書には以下のようにあって、遠藤論文と同じことを書いているように受け止められる。
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2)FI 幹細胞の RNA-seq データは二種類の細胞種を含んだサンプルに由来する

(調査結果) FI 幹細胞の RNA-seq データと NGS 解析によるマウスゲノムデータとの比較解析により 得られた SNPs データを詳細に解析すると、大多数のアレルは B6 ゲノム配列と一致する のに対して、5-10%程度のアレル頻度を持つ SNPs 箇所が多く認められる。これは大部分 の RNA-seq データが B6 ホモ系統マウス由来の細胞から得られており、別系統由来を持っ た細胞から取得された RNA-seq サンプルが少量混じっている可能性を示す(少量混じっ ていると考えられる RNA-seq データが示す SNPs 分布は TS 細胞の RNA-seq データ(CD1 系統)と酷似している)。


Figure 2-dのTSCはCD1ですし、EpiSCは129/Svです。図の意図すること自体が理解しにくい。桂報告はGOFに混じっているのはCD1だとまで示唆している。そもそもどうやってそんなことが分かるのか。説明がない。ICR特異的SNPsと言うのはないからね。
以下、和モガさんブログにも書かれている。理屈でもそうなる。
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2018.01.29 Mon l STAP細胞事件 l
「STAP細胞事件」-ミトコンドリアの特異点はクローンマウスの痕跡である(3)

一方、クローズドコロニーは 5 年以上外部から種マウスを導入することなく、一定の集団内でランダム交配により維持されている系統で、このため、各個体の遺伝的性質はばらつきがある。従って、マウス系統としてのSNPsを登録できないことになる。


問題は遠藤論文ではICRマウスのSNPs解析が実際に行われているということです。裏返すとTS細胞は若山さんの作ったF1のTSだと思っているのではないかという疑義です。遠藤氏はFI-SCに関して公共データベースにF1だと書いてあるにも関わらず、分析結果はGOFだぞ。だから捏造ではないかと言ってる。ということは普通に考えると公共データベースのTSはCD1だと書かれていることを知ってるはずですね。このTSがCD1だと知った上で、それでも129とB6の特異的SNPsで解析することの意味はどういうことになるのか。
まず、勘違いなのか、或はそれはそれで意味があるのかという問題です。彼は以下のように書いていた。
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For the experiments that involved ESCs, STAP cells, and STAP stem cells (STAP-SCs), there were no 0% peaks (Fig. S1 in Supporting Information), possibly because the cells were obtained from mice backcrossed in the laboratory that may have a different genotype than those in the public database (J. Sharif and K. Isono, personal communication).

Figure S1ではB6の特異的SNPsを調べているので、少なくとも129/SvとCD1ではゼロピークがあり得るのに、実際には無いからには、ここでは何かにバッククロスされたマウス細胞が使われているのではないかと推測している。
彼は理研の調査チームと違って129/SvのSNPsは調べていない。B6だけ調べていて、B6かB6でないか、B6とB6でないもののF1であるかを区別している。この場合、野生型が入ってしまう。

本文に以下のようにある。
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The FI-SC specificity was not limited to the genes shown in Fig.​2B and C. When all heterogeneous SNPs were classified into three groups, SNPs in ESC-specific genes, SNPs in TSC-specific genes, and SNPs in other genes, only FI-SCs had widely heterozygous SNPs for these groups (Fig.​2D). If all included cells in a sample share the same cellular features, one would not expect to see this phenomenon of particular gene sets having different genotypes.

何をしようとしているのかが示されていないのでチンプンカンプンであるが、まず遺伝子を先に3分しているようだ。

①ES特異的遺伝子
②TS特異的遺伝子
③その他の遺伝子

分析対象細胞は6種。

①ES細胞
②STAP細胞
③STAP幹細胞
④FI幹細胞
⑤TS細胞
⑥Epiblast幹細胞

肝心のマウス特異的SNPsが良く分からない。はっきりしているのはB6特異的SNPsは調べている。しかも、このdの表では2種調べたかのような表示になっている。一応以下だ。

①B6特異的SNPs
②129特異的SNPs

しかし、②は論文本文中では非B6となっている。つまり、B6特異的SNPsで無いものという表現である。129 (i.e., non-B6)という表現がある。B6で無ければ129だという認識だが、B6特異的SNPのあるローカスにある塩基がB6特異的塩基でなかったとき、それは基本野生型の塩基であって他のマウス特異的SNPではない。129 (i.e., non-B6)の認識は本人が誤解しているのか、スピンを掛けているつもりなのか。

更にホモ、ヘテロの割合を調べている。3種。

①B6ホモ
②B6/129ヘテロ
③129ホモ

正しいのは①だけで、桂チームが行ったように②と③は129特異的SNPsを調べないと分からない。上記疑義したように、彼はB6の特異的SNPがあるとされているローカスの上で、違う塩基があったらそれは129だと誤解しているか、スピンをかけている。これだと③は野生型のホモという定義になる。近交系マウスは無論B6や129の仲間だけではなく、いろんな種類がある。にもかかわらず彼はB6で無ければ129という分類をしている。それは公開データベースに書かれている記載にB6/129と書かれているからなのである。ローカスの間違いと二つに限定するという雑さがミックスされている。
因みに、公開データはこの論文に書かれているように、若山さんがチェックしている。若山氏は背景記述にも責任があるということである。謝辞は慶応の吉村氏で、査読文をばらまいた人である。あちこちにいわば共犯者の名前が散りばめられている。税金に群がる仲良しクラブの構造だということである。

ともあれ、更にすべての遺伝子座が調べられているのではなく、恐るべきことに2百万か所を超えようかというマウスSNPsの中から数個の遺伝子だけを選んでいる。以下である。

①ES特異的遺伝子
     ↓
②TS特異的遺伝子

選ばれた遺伝子は何なのかの記載もない。例えばEpiSC Rep1のES特異的遺伝子数は190個、逆にTS特異的遺伝子数は87個である。どちらでもない真ん中の遺伝子数は17345個で無論圧倒的に多い。ところがこの圧倒的に多い数の半分しか129ホモではないのである。このEpiSCのマウス背景は129/Svである。


①マウス遺伝子数 約25億塩基対
②近交系マウス特異的SNPs数 約2百万塩基対
③ここでB6特異的SNPsとして選ばれているSNPs数 2万塩基対前後
④幹細胞特異的遺伝子の中でB6特異的SNPsとして選ばれているSNPs数 数10塩基対

捏造論文を疑われても仕方がないレヴェル。もしくは未熟者の書いた論文。

qVALはpVALの誤植ではないか。一番右の欄のp Value は10のマイナス74乗だとか53乗なんて、絶対正しいという確度だが、本当かね。

ESC/TSC>8と1/8の間と言うのは二つの比だけでしょ。どういう恣意的な比較なのかね。ほとんど何を言いたいのか分からない。ただはっきりしている主張はFI-SCはB6背景だということだけみたいだな。雑然とした整理の悪い頭の中だと見える。嘘つきの頭の中も大体こういう構造になっている。

それを確認するために先にFigure 4-bを検討してみよう。


遠藤12



リジェンドは以下である。

(B) Heterozygous SNPs detected in Des, Grb2, Setd7, Fbxo21, and Chd4 where B6 and 129 share the same SNPs but TSCs did not.

ここではちゃんと129特異的SNPsが調べられている。ただし、B6と129のそれぞれの特異的SNPの一致しているローカスだけである。つまり"分かっている"のだ。そして、TSには共通のものが無いと言ってる。当たりまえだろ。それは丹羽研のICRマウスだ。

そして、このTSがFI-SCに1割ほど混ぜられたのだと主張したがっていることになる。ところがまず、TSは全21か所のローカスの中で発現してない遺伝子が9か所あって、分かっているのが12か所そして、FI-SCの中でTSの混ぜ物と示唆されている1割程度の中で一致しているのが12か所である。塩基は4種類しかないので、今、12/21になっているものが12/48であれば単なる偶然ということになる。従って、この一致によってそれがTSの混ぜ物であるということを証明したかったらすべての同様の個所を示さないと有意であると証明できない。ただ単に同じ箇所だけを拾い集めただけじゃないのかと思われて当然だ。
嘘つきなんだな。人格が低劣ということだ。まあ、さもなければ、博士なのに馬鹿ということだ。どっちか選べ。コンチクショウ。

もう一度貼り付けましょう。

2015年1月1日
じつは遠藤高帆論文もウソだった。
今回の調査報告で、もうひとつはっきりしたことがあります。それは、遠藤高帆論文がでっち上げだったということです。遠藤高帆論文の要点は次の二つでした。
(1)129B6由来の細胞にトリソミーがある。(2)FI幹細胞はESとTSの混ぜ物である。
ところが驚いたことに、この二つとも、今回の調査報告では検証されていないのです。まず、トリソミーについてですが、調査報告では、トリソミーはみつかったのですが、それは129B6ではなく、B6の方でした。これでは辻褄が合いません。それから、もっと変なのは、FI幹細胞の方です。遠藤高帆が解析したのはOct4GFPの入ったB6由来のFI幹細胞です。ところが、今回の調査委の報告では、アクロシンの入った129B6由来のFI幹細胞は見つかったものの、遠藤高帆が解析したB6由来のFI幹細胞は見つからなかった、というのです。?!?!‥‥んなアホな。
遠藤高帆論文を錦の御旗にして「STAPは捏造」と騒いだマスコミ。「STAP細胞・見えてきた実態」とかいう見出しをつけた日経サイエンスの古田彩。このオトシマエどうつけるんじゃ、おんどれ。「遠藤高帆論文はでっち上げでもいいです。忘れてください。今度は調査委員会が別の証拠をでっち上げてくれたので、こんどはこっちを錦の御旗にします」ってか? これがあんたらのやり口か?
結局、遠藤高帆論文の解析結果は、今回の調査報告では全く検証されなかったことになります。遠藤高帆論文は、でっち上げだった。‥‥しかし、問題はそれだけに止まらない。遠藤高帆の解析したFI幹細胞に限って見つからないなんて、ヘンだと思いませんか?他は全部見つかっているのに、これだけ見つからないなんて。これは偶然なんでしょうか? 本当は、見つかったけれども、都合の悪い結果が出たので、隠しているのでないですか? そうとしか考えられないですよ。ますます怪しい調査報告。みなさん、こんなものを鵜呑みにするのですか?

2015年1月1日
謎が解けた。
記者会見で桂勲氏が「ES細胞を作製するとき(遺伝子に)かなり変異がはいる」と言ってましたが、だったら細胞の培養中にも変異がはいるのではないでしょうか。「培養変異」として知られています。STAP幹細胞やFI幹細胞の培地は特殊です。そんなところにES細胞を混入したら、まともじゃすまないに決まってます。とくにFI幹細胞の培地では「ES細胞は全滅する」と丹羽さんが証言しているのです。全滅しないまでも、少なくとも遺伝子はダメージを受けて変異が生じるに決まってます。だとすれば、元のES細胞と、培地に混入した後のES細胞で、遺伝子が何から何まで同じってのは、むしろ変じゃないですか。皆さん、調査委の報告が絶対正しいと思い込んでいるもんだから、その結果がどんなに変でも真に受けてしまう。「FI幹細胞の培地ではES細胞は全滅する」っていうのに、「FI幹細胞=ES細胞」だなんて、デタラメですよ。
はっきり言いましょう。調査委の報告書は、何から何までデタラメです。完全なでっち上げなんですよ。それじゃあ、どうやってでっち上げたのかというと、そのカラクリは簡単です。若山研の誰かがSTAP幹細胞とES細胞のサンプルをすり替えて渡したんすよ。最初から、どちらもES細胞ですから、どちらも同じ遺伝子の特徴が現れるのは当たり前です。理研内部にも共謀者がいて、小保方さんの研究室のサンプルは、理研の共謀者がすり替えたんですよ。だとすれば、何もかも説明がつきます。
今回の調査で、遠藤高帆氏の解析したB6由来のFI幹細胞だけ見つからなかったのは何故か。それは、遠藤高帆氏が事前に厳密なSNP解析をしてしまったからですよ。遠藤氏の解析結果は非常に複雑なものでした。TS細胞の混入の可能性もあったし、FI幹細胞それ自体にもわずかにTS細胞の遺伝子の発現があった。非常にややこしかった。
STAP幹細胞は、ES細胞とそっくりの性格を持ちますから、ES細胞とすり替えてもばれる危険性はありません。しかし、B6由来のFI幹細胞は、すでに遺伝子を詳しく解析され、(わずかではあるが)TS細胞と同じ遺伝子の発現を持つという結果を出されてしまった。である以上、犯人は、それと同じような遺伝子の特徴を示すサンプルを用意できなかったのです。ESとTSを適当に混入しても、遠藤氏の出した複雑な解析結果と同じにはならない。話が面倒になるので、「B6のFI幹細胞は見つからなかった」ことにした。これが真相です。

2015年1月1日
謎が解けた(2)
わかりやすく補足します。FI幹細胞は、ネイチャー論文では胎盤を形成する細胞だとされていました。そこで、遠藤高帆氏は、B6由来のFI幹細胞の遺伝子データを解析して、「FI幹細胞はES細胞とTS細胞が9対1で混ざったもの」という結論を出しました。とすれば、今回調査された129B6由来のFI幹細胞の方でも同じような結果が出てもよさそうなものですが、そうではなかった。しかし、なぜ、それに疑問が生じないかいうと、こちらの方は事前に遺伝子解析がなされていませんから、どんな結果でも好きなように言えるわけです。「調査委が出した結果がこうなんだから、こうなんだ」と言われてしまえば、それまでです。しかし、B6由来のFI幹細胞の方は事情が違います。B6由来のFI幹細胞は、遠藤氏によってすでに遺伝子が解析されていますから、それと一致するサンプルとすり替えなければなりません。そんなことをするのは面倒だし、リスクも大きいので、「B6由来のFI幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。そういうことです。

2015年1月2日
調査委の報告が遠藤氏論文と食い違う件。
「遠藤氏の解析は正しいのか、捏造か、どっちだい?」という質問を受けました。正直、私も一瞬混乱しました。厳密に言えば、生データを知っているのは遠藤氏の方ですから、究極的には、私が遠藤氏論文の真偽を判定することはできない。しかし、少なくとも言えるのは、調査報告が遠藤氏論文と一致しないのは、おかしいということです。双方が一致しないということは、少なくとも、どちらか一方がウソを言っていることになります。もちろん、双方がウソという可能性もあります。
いずれにしても、遠藤氏は、「FI幹細胞はES細胞とTS細胞の9対1の混ざり物」という結論を出しました。それなら、調査報告でも、それと同じ結論が出てもいいはずです。ところが、調査報告では、そういう結論を示していません。これは変だと気づくべきです。
ですけれども、調査委の側にも言い逃れをする余地があります。‥‥「遠藤氏が解析したデータはB6由来のFI幹細胞であり、当委員会が解析したのは129B6由来のFI幹細胞である。当委員会が解析したFI幹細胞にはTS細胞の混入は見られなかったのである」‥‥と主張できるわけです。
しかし、仮に、遠藤氏の解析したB6由来のFI幹細胞を犯人がでっち上げるとすれば、どうすればいいでしょうか? 若山研にあるB6のES細胞を持ってきて、丹羽氏のTS細胞と「9対1」の割合で混ぜる必要があります。しかし、そうやって、サンプルをでっち上げても、その遺伝子の解析結果が遠藤氏論文と一致するという保証はありません。たぶん、一致しないでしょう。となれば、非常に話がややこしくなります。ですから、そういう事態を避けるために、「B6由来のFI幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。これが真相だと思います。

2015年1月2日
調査報告は完全なでっち上げである。
今回の調査報告は完全なでっち上げである。以下、その根拠をまとめておきます。
(1)FES1は、かつて若山研にいた人が作製したものである。その人は、小保方さんが若山研にやってくる以前に若山研を去っており、そのさいFES1をすべて持ち去っている。それが若山研に残されていたという証拠も全くない。したがって、小保方さんがFES1を盗むことは出来ない。
(2)したがって、小保方さんの冷蔵庫にあった129GFP・ESは、FES1ではない。
(3)にもかかわらず、「129GFP・ES=FES1」であるという調査委の遺伝子解析はおかしい。⇒これは致命的な矛盾です。
(4)129GFP・ESが若山研で作製されたものならば、若山氏がそれを「知らない」というのはおかしい。誰がそれを冷蔵庫に置いたのかを知っていて「知らない」と言っているのであれば、若山氏はその人物をかばっており、したがって、冷蔵庫にそれを置いたのは小保方さんではない。
(5)若山研に所属するES細胞のケースについて、若山氏が本当に「知らない」のであれば、なおさら小保方さんがそれを「知っている」はずはない。いずれにしても、129GFP・ESを冷蔵庫に置いたのは小保方さんではない。
(6)「FI幹細胞の培地でES細胞は全滅する」と丹羽氏が証言しているにもかかわらず、「FI幹細胞はES細胞が混入して増殖したものである」という調査委の報告はおかしい。
(7)少なくとも、FI幹細胞の培地に混入されたES細胞は遺伝子にダメージを受けているはずであり、それが混入以前のES細胞の遺伝子とピタリ一致するというのは、むしろ不自然である。
(8)遠藤高帆氏が「FI幹細胞はES細胞とTS細胞が9対1で混入したものである」と結論しているのに対して、調査委が単に「FI=ES」と断定したのはおかしい。少なくとも、どちらかがウソを言っている(両方ウソもありうる)。
(9)調査委が遠藤高帆の解析したB6由来のFI幹細胞を「見つからなかった」というのは、きわめて怪しい。おそらく、「遠藤氏の解析結果と矛盾しないサンプルをでっち上げることができなかった」というのが、その真相だと思われる。
以上です。

理研には以下のFI-SCがあった。かつ若山さんはGOF由来FI-SCを作っていないと言っている。

①CTS-1 2012/5/25 Acr-CAG-GFP
②CTA-11~13 2012/7/9 Acr-CAG-GFP

対して、小保方さんはGOF由来FI-SCを作るときに当然GOFマウスを渡されたと思っているし、又、現実にGOF由来FI-SCを持っていたから、後の査読者要請に答えてJAKi検証ができたのである。

この矛盾を解決するのに以下の公開データバンク登録されたデータ解析が行われた。
>>
Tru-Seq
⑦SRR1171565 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep1 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)
⑧SRR1171566 若山 FI-SC(Fgf Induced Stem Cells):RNASeq.Rep2 Oct3/4 expressing cells C57BL/6x129/Sv GOF+CD1(丹羽研のBFP-ESの可能性あり)

遠藤論文と理研チームの解析では、この細胞のマウス背景はGOFとCD1とされた。
遠藤解析ではTS細胞がCD1であるにも関わらずは129ホモが半分近くあって、データ記載のCD1を失念して、F1であるかのように捏造間違いをしているかもしれない。
理研チームの解析結果は公表されていない。

まず丹羽さんの提供したOct4-GFPとOct4-BFP共挿入ES細胞のマウス背景を確認しないといけない。もしそれがCD1だったらあの実験はGOFのFI-SCと10%のCD1の混合で矛盾がなくなる。

もっとも、いずれにせよ、GOFのFI-SCはあるかないかのどちらかでなければならない。
DORA氏の疑義はまだ解決していない。




































  1. 2020/01/14(火) 22:35:36|
  2. AC129
  3. | コメント:0

AC129を巡る問題18

さて、STAP問題が忘れ去られないように周りを掻きまわしていたら、自分の本題を思い出せなくなってしまった。
AC129の実験とは何であったかということでした。我々は小保方細胞核使用ntES論者です。小保方さんを引き留めるためにntES化によって作成したキメラをSTAP細胞本来の力でできたかのように一時的に嘘をついた。ただ、実験そのものは小保方さんを山梨に連れて行けたら研究課題にしようとしていたもので、真面目な研究だった。翌年に助手で誘ったが返事を保留されてしまって、本当のことを言えなくなってしまっているうちにヴァカンティが本気になって米国の特許仮申請をしてしまった。無論、後から何かの間違いだったと言い訳することは出来るので、しばらくは自分の実験に熱中していた。そして胎盤が光るということを見つけた。この間に小保方さんの論文は3誌にリジェクトされる結果になった。その途中で西川さんのアドヴィスを貰って、TCR再構成の検査を行ったが、幹細胞とキメラのPCR解析結果に自分の行ったntES作製ではあり得ない結果が出たという疑義があったのではないかと推測して見ている。その後にAC129の実験を行ってる。キメラができたローザだと小保方さんは聞いているが、後に捏造だとされた。この流れが良く分からないのであった。


(特許のキメラTCR再構成バンド)


①桂報告書ではこの実験はマウス背景の違いによってSTAP細胞のでき方にどんな差があるかを調べる実験とされている。
②小保方さんは渡されたマウスを129/Sv carrying Rosa26-gfp だと書いている。この場合若山さんがなぜこんなマウスを渡したかと考えると、細胞のトレースのためだとしか考えられない。
③①にせよ②にせよキメラまでは当然作らないと差は分からない。
④若山さんは①だと言いながらキメラは作って無いと言ってる。作っていたのに廃棄したからだと考えるのが普通で、キメラがあると背景が分かる。幹細胞なら中身を入れ替えられる。
⑤問題は何をどうやってトレースしようとしたのか。
⑥そして、なぜ、トレースしてみようと思ったのか。
⑦ムー論文は既に出ていてトレースの仕方は分かっていてる。丹羽さんがやったのと同じことだ。これでクローン胚を作ってntESにしてみたらどうなるか。


ローザ1


⑧キメラが出来ることは当然なのだから、問題は胎盤が光るかということになる。
⑨この頃若山さんは自分が普段使っているntES由来の胎盤は光らないと思っていて、小保方細胞核使用ntESから作ったキメラ胎盤は光ると思っている。だからこそFI-SC誘導細胞を作ろうとしていた。
⑩このローザの実験でのキメラ胎盤も当然光ったことになる。仮に見間違いだとしても、同じように見間違うのだから胎盤に関しては光ったと確認できたことになる。
⑪白血球の時はT細胞に当たるか否かの保証がなく、何がSTAPになったか証明できなかったが、このローザクレマウスは肝臓の細胞だと分かっている。キメラは出来て当たり前だが胎盤も光っている。今までのntESの胎盤は光らない。小保方細胞核を使ったから光ったのだという結論になる。この場合キメラも幹細胞も129/Sv carrying Rosa26-gfp だということになる。
⑫しかし、ある時自分はずっと勘違いしていたと気づいたとしよう。そしてそのことを誰にも知らせまいとするとき、幹細胞の中身は入れ替えて小保方さんのESによる捏造にしないといけない。129のESは小保方さんは持ってない。だから「僕のマウス」ESを入れた。キメラは129でできているので「僕のマウス」キメラには色が違うからできない。だから捨てて、キメラは作って無いと言った。
⑬ここでの問題は何時どうやって気づいたかということになる。
⑭レター論文の笹井さんの追加実験結果かもしれない。
⑮もしそうなら、引っ越しの時の細胞の入れ替えのみならず、MTA再締結の頃、つまり石川フライデーのカギの付け替え問題とも絡んでいるかもしれない。
⑯ではレター論文のどの実験で若山さんは自分の勘違いに気づいたのか。
⑰若山さんは8月頃責任著者を降りたいと笹井さんに言った。この頃にはJAKi検証結果が出ていて、寺下さんからその情報を得ている。木星リストに2013/5/14及び15と書かれている。
⑱そんな検証方法があるならと、今までの自分のGOFのntESをJAKi検証してみたら蛍光が消えなかったので、そもそも自分の作っていたntESは通常のESとは違う性質を持っていたのだと気付いたのかも知れない。小保方細胞は関係ないのだと。


(記録)


前のブログで以下のように書いた。
>>
(Ooboe さんへの連絡)
まあ、冗談はさて置いて、Ooboeさんたちは自分のブログを早く開設した方がいいと思いますよ。そしてTs.Marker さん、和モガさん、根本さん、DORAさん位に知らせて、そこで自説展開して意見を求めていたら、人々が集まってきますよ。私にも知らせてくれたら伺います。その内興味のある人たちが読むようになります。
書き込む場所がないから学さんのところに間借りしているんでしょ。僕はあそこはため息氏と学氏はほぼ同一人物だと思ってますよ。同一チームかな。そこにいくらOoboe さんが書き込んでも悪口の対象になるだけで、世間の一般人は読んでませんよ。あれは興行手段です。珍しくないじゃないですか。
ため息なんてしたらば荒らしの犯人じゃないですか。金曜日にいつも出掛けている。ああ、これはジムさんしか知らない話でしたか。
パートナーさんに是非ブログ開設してもらってください。難しくないよ。何なら若い人に作ってもらったらいい。


本日学ブログに以下の書き込みを行ったら、後で3と4を消された。学さんは照井さんのようです。本当に困るんですね。


>>
学さんへ1

あなたは開業医をされていたんでしたっけね。医者だということはご自分でおっしゃってたが、何か不注意でため息グループに暴き出されたのでしたかね。そして何かホームページにいたずらされた。当然ですが、それを怒ってらっしゃった。
お気持ちは分かりますが、あちらはああいう仕事が好きな人なんでしょ。パソコンいじりばかり書いてる。僕なんかああいうのは音痴なんで逆にうらやましいくらいですね。財務省出身の異色経済評論家の高橋洋一氏なんか自分でパソコン作るとネット番組で自慢してる。あの人は東大の数学でしたよね。まあ、理系の人は仕事でもあるんで、基礎から学んでますよね。
我々は仕事の関係で必要最小限の取説だけ学んで使う。ああいうのは面白そうで興味はあるんだけど、中途半端にやっても面白くないし、趣味で勉強するには他にやりたいことが多すぎるということで、ただ羨ましがってるだけということになってしまう。あはは。

学さんへ2

でも、悪事にそれを使ってると話は別ですからね。違法行為なら警察に届ければいいですね。違法とまではいかない場合はそれは法的な解決の無い場所ですから、目には目を歯には歯をのハムラビ法典でいいんです。やられたらやり返せばいい。まあ、復讐するときは10倍返しです。やったらやり返されるのだと悪人に知らしめないと悪弊が横行してしまいますから、それこそが社会正義だと言っていいでしょう。体育館の裏に呼びつけといてボッコボコに蹴り入れてやればいいんですよ。お前どこで転んだんだと笑ってやればいい。
ただし、警察に届けられたら取り締まられるような範囲まで出てはいけない。相手はそこまでやってないんでしょ。やってたら警察に届ければいいだけで、ちゃんと法が裁いてくれる。悪事と言うのは法の網の目をすり抜ける範囲でしか行えないんです。そこが道徳と違うところで、正常な人間は普段意識してないが道徳律に縛られていて、法律よりずっと細かい網の目の中で生活している。悪人と言うのはみんなが道徳的なのを利用して自分の利を図るんですから、逆にみんなが道徳的であることを止めると全然自分の利を図れなくなってしまう。現在の中共の騙しあいのシナ社会がそうですね。日本はあんな野蛮国ではない。

学さんへ3

>>
本人が希望しない状態で

私のため息ブログを見るところご本人は所謂"出臍"です。目立ちたがり。クラスに数人必ずいるでしょ。大人になって芸能人になったりする子。Terui先生はそこまでの、つまり、抑えきれないほど内から湧き出る"出臍"の才能は無いんですね。だから芸能人にはなれなくて学者どまりなんです。
それと彼は隠れている気なんてさらさら無いと見えます。というよりあのブログの目的は学内で何かの連絡に使ってるものではないですかね。Teruiと書いてあるから、あのブログを利用している人たちはあれはterui先生だと分かっている。多分学内ですから書いてなくても関係者が分かっているくらいではないですか。勤務先の大学は目白大学でしたよね。自分で書かれているんですよ。学さんがこれはいけないと思われるなら○○大学に直されて構いませんが、それって逆に○○大学に失礼じゃないですかね。彼は学内で他の先生を批判したりしている。でもそれはご本人の自由です。学内で批判もできないで学問の自由なんてあったものじゃない。ご本人は教員で、しかも博士さんですからね。逃げも隠れもできない仕事で、いつもその身を律していないといけない。我々一般民間人とは立場が違います。彼は何にも悪いことしてないから堂々と自分の名を出しているんです。私の見るところでも彼にはやましいことは何も無いと見えます。学先生はお医者とは言え、開業医でしょ。民間人だ。学校の教員ではない。価値観は同じではないですよ。

学さんへ4

学先生はteruiさんのブログで自分の病院のことをいろいろ書かれ、悪口を言われ、ババア(失礼)呼ばわりまでされていて、悔しいんでしょ。でもヤフーに言っても警察に届け出ても解決できませんよね。なぜかというと法の網の目の大きさの範囲内だからです。そういう場合はどうしたらいいかというと、、、ハムラビ法典でしたよね。10倍返しです。体育館の裏に呼びつけて蹴りを入れてやればいいだけです。喧嘩するときは自分の有利な場所で行う。戦争と同じです。鵯越の逆落としです。背後を襲う。体育館の裏に仲間と待ち伏せして置く。戦争はなんでもありです。女だからそういう発想をできないんですよね。まあ、裏返すと女性を相手に彼が如何に女の腐ったような男かということです。

学さんへ5

で、私のため息ブログを子細に読んで鑑みるところ、とても立派なことが書かれていて、terui先生はそういう"女の腐ったような男"には見えないんですけどね。これってとても不思議なんですけど、唯一、理解可能なケースとしては、私のブログに書いているように、terui先生とgaku先生は同一人物だと思えば、別に自分自身にババア呼ばわりしたところで何も"女の腐ったような男"だということにはなりませんよね。
所謂マッチポンプですけど、どんな世界でも常套的に使われている手法で国際間の外交なんかでは当たり前ですね。
でも、私はそんなことはどうでもいいんで、真実を知りたいだけですから、私の方針であちこちに書き込むんです。無論、自分のブログにもです。すべて私の判断で他人の判断の入る余地はありません。
私はしたらば掲示板を荒らされましたが、あれはKCIA出身の半島人の経営している情報収集用ネットなんで、分かって書いてますからどうなっても構わないんですが、荒らした奴は別人ですので、復讐はいずれする予定ですが背後を襲いますからここでは分からないでしょうね。そいつの生活に実害を与えたらいいだけですからネット上でやる必要はない。でも、ウクライナ航空みたいに誤爆するとまずいですよね。慎重に判断しないと。

学さんへ6

>>
あちらの皆さん、どの方も進化がないじゃあないですか。同じスタンスで同じ事しかいってません。

文科省と関与したNHKを含むマスコミの雇われ人と若山さんのお仲間グループによるスピン工作屋達なんですから当たり前ですよね。わずかな小遣い貰って乞食生活しているんですから、進化なんてする気のある筈はないじゃないですか。進化したら学さんがあの花咲かアルツハイマーお爺さんに小遣い上げるんですか。あなたはそんな相手といつまでも言い争っておられるから、ああ、terui さんだと私なんかに思われてしまうんでしょ。
どうですか。学さん。私の妄想を打破してやってください。
彼らを相手にしないでザハリッヒに問題を考えませんか。

Letter Extended Data Figure 5-c,dは本物ですか、それとも小保方さんの画像捏造ですか。



私は一度ため息ブログに書き込んだことがあるんですが、彼は学さんと同じように何か人のコメントを切り取ってアップするんですよね。そして最後にはあなたはあなたでやってくださいと言いましたかね。それ以来連絡はしませんが、学さんが小保方擁護を装って人を集め、ため息ブログで叩くという手法ですから、学さんはいつも論破される側の藁人形役です。ときどき私なんかが出て行くと、コメントを遮るんですね。あれは照井本人です。

まあ、成程そこまでやってるのかと理解すると、ES説は嘘なのだと逆に確信が持てますね。彼らの存在自体が証明している。

彼らが居なければ自然に忘れられていくと思いますけどねえ。便所の落書きしているのは私くらいのものだということでいいのにねえ。それがそうならないのは彼らは恐れているんですね。内心の疚しさに耐えられないので、いつまでも見えない敵を見張っている。天知神知我知子知。忘れられないんだな。ひどいことしちまったなあと。我知。

(メモ)

(中立的STAP関連ブログ)

❶小保方晴子さんへの不正な報道を追及する有志の会 [2018/3以降完全休眠中]
❷和モガブログ  [2018/11以降完全休眠中]
❸和モガトゥイッター [2018/11以降完全休眠中]
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❺Ts.Markerブログ [ヤフー終了に伴い消去]
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⑰考察学とみ子 [平常運転:照井氏の成りすましブログ]
⑱学とみ子のブログ [平常運転:照井氏の成りすましブログ]


(DORA氏ブログへの書き込みメモ)

2019年12月28日
小保方さんが結婚してた?

コメント
1. 一言居士
2020年01月14日 12:37
彼は忙しいらしくて愛想無いので、ここに置手紙して置こう。ひひひ。
私にとっての問題意識のあるところ、他は彼から学んだし、現在共通認識なので触れない。

2014年4月4日
もしSTAP細胞が捏造だったとすれば(2)
>>
(調査委員長の石井俊輔氏は「なぜこのまま発表しなかったのか」と言っている)

読み手が論文論旨を理解しやすく提示するのが図の役目と認識している。それが捏造を生みやすいとか、科学的に自分の認識の間違いを誘発しやすいから、ルールがあるということを教えられてない。


2. 一言居士
2020年01月14日 12:39
2014年8月28日
CDBは解体した方がいいのでは?
>>
研究者なら誰でも知っていると思うけど、笹井氏レベルの科学者っていうのは、ほんのごく一握りで、あとはほとんどクズ。重箱の隅をつつくようなことばかりやっている。ただ、それを言うと9割の研究者が失職するので誰も口に出して言わないけどね。

誰が将来の笹井氏か事前には分からない。民間企業の研究所では千三つの当然のコストとして処理されている。


3. 一言居士
2020年01月14日 12:42
2014年9月21日
若山研、ES細胞移管手続きの書面が存在しない?

理研上層の指示。事務手続きはマニュアル化されているので忘れるとかうっかりはない。発表までの守秘のため。


2014年9月26日
捏造の証拠を捏造する。
>>
遠藤高帆氏がトリソミーの一件を論文にして発表したらしいが、これにもおかしな点がある。なぜなら、若山氏所持のSTAP細胞サンプルにも、理研が分析したSTAP細胞サンプルにも、トリソミーはなかったからである。

遠藤の解析間違い。


4. 一言居士
2020年01月14日 12:43
2014年12月23日
あらためて「自家蛍光」説(3)
>>
そして若山氏は、「研究室のスタッフが小保方さんの隣でじっくり見て、メモをとって、それを忠実に繰り返しても、なぜか成功しないのです」と証言している。

ESを混ぜたと誘導している。


2014年12月23日
捏造の証拠はいまだに一つもない。
>>
真葛原雪氏によれば、ゲノムインプリンテイングのある哺乳類では、アリル特異的な発現があるという。つまり、一方のアリルだけが偏って発現することもあるわけで、あながちトリソミーが原因であるとは言えない。
>>
「FI幹細胞=ES+TS」というのもおかしい。なぜなら、TS細胞に特有の遺伝子の発現に、B6側からの寄与があるからである。このことは、「FI幹細胞」にもともと胎盤形成能力があることを示している。私は遠藤論文は怪しいと思ったが、やはりというか、「FI幹細胞の培地ではESは増殖しない」という丹羽氏の証言を得た。

遠藤論文の論証の粗雑さ。データの証拠能力調査なし(公共データベース登録マウス背景記入は他者が関与している)。


5. 一言居士
2020年01月14日 12:45
2014年12月30日
やはりSTAP細胞は存在する。
>>
マウスは成熟するのに3ヶ月ほどかかります。「世代を超える」のに十分な期間がありません。逆位反復配列を維持したマウス集団を共有すれば、STAPとESの双方に逆位反復配列が現れる可能性はあります。しかし、これはあくまで可能性として論じているだけで、どちらの可能性が大きいかといえば、やはり混入の可能性の方が大きいと思います。
>>
AC129とFLS-T1,T2は、この中のES1とだけ、きわめて酷似しています。四つの遺伝子の欠失、SNPタイプ、性別、何からなにまで同じです。こういうことは、まず偶然ではあり得ませんから、これは混入だと思います。

若山さんによる中身の入れ替え。「僕のマウス」ES1は山梨の若山さんが最終的に持っていて、理研には存在してない。


6. 一言居士
2020年01月14日 12:50
2014年12月30日
STAP細胞の存在を証明してしまった調査委員会。
>>
調査委は、残されたキメラ子やテラトーマの遺伝子を解析していますが、それらはすべてFES1由来であると結論していることです。しかしながら、実験当時、FES1は若山研に存在していなかったのですから、それがFES1であるはずがありません。ということは、その正体は、それと同じ特徴をもつFLS3だったということになります。STAPは存在したのです。墓穴を掘りましたねえ。

STAPは小保方細胞核使用ntESとして存在し、そのままFLS誘導したとされた。これだと動機の説明が可能。


2015年1月24日
「一研究者・教育者の意見」に一本とられたのだけれども。
>>
「小保方氏自身も捏造と認めたDNAのメチル化のデータについてである。STAP幹細胞がES細胞であったとしたら、データを改ざんする必要はなかったはずなのだ」

その通り。


7. 一言居士
2020年01月14日 12:53
2015年1月9日
「99.95%一致する」について
>>
スライドの表には「FES1とFES2で異なるSNPsのみ使用して比較」とあります。そんなことをして何の意味があるのかわかりません。これでは、FLS3とFES1は「同一マウス由来」ということの証明にしかなりません。

その通り。ここまではちと気になったことだけ。ここから先はDORA説の全文。コメントなし。


8. 一言居士
2020年01月14日 12:56
2015年1月1日
じつは遠藤高帆論文もウソだった。
今回の調査報告で、もうひとつはっきりしたことがあります。それは、遠藤高帆論文がでっち上げだったということです。遠藤高帆論文の要点は次の二つでした。
(1)129B6由来の細胞にトリソミーがある。(2)FI幹細胞はESとTSの混ぜ物である。
ところが驚いたことに、この二つとも、今回の調査報告では検証されていないのです。まず、トリソミーについてですが、調査報告では、トリソミーはみつかったのですが、それは129B6ではなく、B6の方でした。これでは辻褄が合いません。それから、もっと変なのは、FI幹細胞の方です。遠藤高帆が解析したのはOct4GFPの入ったB6由来のFI幹細胞です。ところが、今回の調査委の報告では、アクロシンの入った129B6由来のFI幹細胞は見つかったものの、遠藤高帆が解析したB6由来のFI幹細胞は見つからなかった、というのです。?!?!‥‥んなアホな。
遠藤高帆論文を錦の御旗にして「STAPは捏造」と騒いだマスコミ。「STAP細胞・見えてきた実態」とかいう見出しをつけた日経サイエンスの古田彩。このオトシマエどうつけるんじゃ、おんどれ。「遠藤高帆論文はでっち上げでもいいです。忘れてください。今度は調査委員会が別の証拠をでっち上げてくれたので、こんどはこっちを錦の御旗にします」ってか? これがあんたらのやり口か?


9. 一言居士
2020年01月14日 12:57
結局、遠藤高帆論文の解析結果は、今回の調査報告では全く検証されなかったことになります。遠藤高帆論文は、でっち上げだった。‥‥しかし、問題はそれだけに止まらない。遠藤高帆の解析したFI幹細胞に限って見つからないなんて、ヘンだと思いませんか?他は全部見つかっているのに、これだけ見つからないなんて。これは偶然なんでしょうか? 本当は、見つかったけれども、都合の悪い結果が出たので、隠しているのでないですか? そうとしか考えられないですよ。ますます怪しい調査報告。みなさん、こんなものを鵜呑みにするのですか?


10. 一言居士
2020年01月14日 12:58
2015年1月1日
謎が解けた。
記者会見で桂勲氏が「ES細胞を作製するとき(遺伝子に)かなり変異がはいる」と言ってましたが、だったら細胞の培養中にも変異がはいるのではないでしょうか。「培養変異」として知られています。STAP幹細胞やFI幹細胞の培地は特殊です。そんなところにES細胞を混入したら、まともじゃすまないに決まってます。とくにFI幹細胞の培地では「ES細胞は全滅する」と丹羽さんが証言しているのです。全滅しないまでも、少なくとも遺伝子はダメージを受けて変異が生じるに決まってます。だとすれば、元のES細胞と、培地に混入した後のES細胞で、遺伝子が何から何まで同じってのは、むしろ変じゃないですか。皆さん、調査委の報告が絶対正しいと思い込んでいるもんだから、その結果がどんなに変でも真に受けてしまう。「FI幹細胞の培地ではES細胞は全滅する」っていうのに、「FI幹細胞=ES細胞」だなんて、デタラメですよ。
はっきり言いましょう。調査委の報告書は、何から何までデタラメです。完全なでっち上げなんですよ。それじゃあ、どうやってでっち上げたのかというと、そのカラクリは簡単です。若山研の誰かがSTAP幹細胞とES細胞のサンプルをすり替えて渡したんすよ。最初から、どちらもES細胞ですから、どちらも同じ遺伝子の特徴が現れるのは当たり前です。理研内部にも共謀者がいて、小保方さんの研究室のサンプルは、理研の共謀者がすり替えたんですよ。だとすれば、何もかも説明がつきます。


11. 一言居士
2020年01月14日 13:00
今回の調査で、遠藤高帆氏の解析したB6由来のFI幹細胞だけ見つからなかったのは何故か。それは、遠藤高帆氏が事前に厳密なSNP解析をしてしまったからですよ。遠藤氏の解析結果は非常に複雑なものでした。TS細胞の混入の可能性もあったし、FI幹細胞それ自体にもわずかにTS細胞の遺伝子の発現があった。非常にややこしかった。
STAP幹細胞は、ES細胞とそっくりの性格を持ちますから、ES細胞とすり替えてもばれる危険性はありません。しかし、B6由来のFI幹細胞は、すでに遺伝子を詳しく解析され、(わずかではあるが)TS細胞と同じ遺伝子の発現を持つという結果を出されてしまった。である以上、犯人は、それと同じような遺伝子の特徴を示すサンプルを用意できなかったのです。ESとTSを適当に混入しても、遠藤氏の出した複雑な解析結果と同じにはならない。話が面倒になるので、「B6のFI幹細胞は見つからなかった」ことにした。これが真相です。


12. 一言居士
2020年01月14日 13:01
2015年1月1日
謎が解けた(2)
わかりやすく補足します。FI幹細胞は、ネイチャー論文では胎盤を形成する細胞だとされていました。そこで、遠藤高帆氏は、B6由来のFI幹細胞の遺伝子データを解析して、「FI幹細胞はES細胞とTS細胞が9対1で混ざったもの」という結論を出しました。とすれば、今回調査された129B6由来のFI幹細胞の方でも同じような結果が出てもよさそうなものですが、そうではなかった。しかし、なぜ、それに疑問が生じないかいうと、こちらの方は事前に遺伝子解析がなされていませんから、どんな結果でも好きなように言えるわけです。「調査委が出した結果がこうなんだから、こうなんだ」と言われてしまえば、それまでです。しかし、B6由来のFI幹細胞の方は事情が違います。B6由来のFI幹細胞は、遠藤氏によってすでに遺伝子が解析されていますから、それと一致するサンプルとすり替えなければなりません。そんなことをするのは面倒だし、リスクも大きいので、「B6由来のFI幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。そういうことです。


13. 一言居士
2020年01月14日 13:02
2015年1月2日
調査委の報告が遠藤氏論文と食い違う件。
「遠藤氏の解析は正しいのか、捏造か、どっちだい?」という質問を受けました。正直、私も一瞬混乱しました。厳密に言えば、生データを知っているのは遠藤氏の方ですから、究極的には、私が遠藤氏論文の真偽を判定することはできない。しかし、少なくとも言えるのは、調査報告が遠藤氏論文と一致しないのは、おかしいということです。双方が一致しないということは、少なくとも、どちらか一方がウソを言っていることになります。もちろん、双方がウソという可能性もあります。
いずれにしても、遠藤氏は、「FI幹細胞はES細胞とTS細胞の9対1の混ざり物」という結論を出しました。それなら、調査報告でも、それと同じ結論が出てもいいはずです。ところが、調査報告では、そういう結論を示していません。これは変だと気づくべきです。


14. 一言居士
2020年01月14日 13:03
ですけれども、調査委の側にも言い逃れをする余地があります。‥‥「遠藤氏が解析したデータはB6由来のFI幹細胞であり、当委員会が解析したのは129B6由来のFI幹細胞である。当委員会が解析したFI幹細胞にはTS細胞の混入は見られなかったのである」‥‥と主張できるわけです。
しかし、仮に、遠藤氏の解析したB6由来のFI幹細胞を犯人がでっち上げるとすれば、どうすればいいでしょうか? 若山研にあるB6のES細胞を持ってきて、丹羽氏のTS細胞と「9対1」の割合で混ぜる必要があります。しかし、そうやって、サンプルをでっち上げても、その遺伝子の解析結果が遠藤氏論文と一致するという保証はありません。たぶん、一致しないでしょう。となれば、非常に話がややこしくなります。ですから、そういう事態を避けるために、「B6由来のFI幹細胞は見つからなかった」ことにしたのです。これが真相だと思います。


15. 一言居士
2020年01月14日 13:06
2015年1月2日
調査報告は完全なでっち上げである。
今回の調査報告は完全なでっち上げである。以下、その根拠をまとめておきます。
(1)FES1は、かつて若山研にいた人が作製したものである。その人は、小保方さんが若山研にやってくる以前に若山研を去っており、そのさいFES1をすべて持ち去っている。それが若山研に残されていたという証拠も全くない。したがって、小保方さんがFES1を盗むことは出来ない。
(2)したがって、小保方さんの冷蔵庫にあった129GFP・ESは、FES1ではない。
(3)にもかかわらず、「129GFP・ES=FES1」であるという調査委の遺伝子解析はおかしい。⇒これは致命的な矛盾です。
(4)129GFP・ESが若山研で作製されたものならば、若山氏がそれを「知らない」というのはおかしい。誰がそれを冷蔵庫に置いたのかを知っていて「知らない」と言っているのであれば、若山氏はその人物をかばっており、したがって、冷蔵庫にそれを置いたのは小保方さんではない。


16. 一言居士
2020年01月14日 13:07
(5)若山研に所属するES細胞のケースについて、若山氏が本当に「知らない」のであれば、なおさら小保方さんがそれを「知っている」はずはない。いずれにしても、129GFP・ESを冷蔵庫に置いたのは小保方さんではない。
(6)「FI幹細胞の培地でES細胞は全滅する」と丹羽氏が証言しているにもかかわらず、「FI幹細胞はES細胞が混入して増殖したものである」という調査委の報告はおかしい。
(7)少なくとも、FI幹細胞の培地に混入されたES細胞は遺伝子にダメージを受けているはずであり、それが混入以前のES細胞の遺伝子とピタリ一致するというのは、むしろ不自然である。
(8)遠藤高帆氏が「FI幹細胞はES細胞とTS細胞が9対1で混入したものである」と結論しているのに対して、調査委が単に「FI=ES」と断定したのはおかしい。少なくとも、どちらかがウソを言っている(両方ウソもありうる)。
(9)調査委が遠藤高帆の解析したB6由来のFI幹細胞を「見つからなかった」というのは、きわめて怪しい。おそらく、「遠藤氏の解析結果と矛盾しないサンプルをでっち上げることができなかった」というのが、その真相だと思われる。
以上です。


17. 一言居士
2020年01月14日 13:22
DORA氏は論文通りのSTAP細胞はあるとした。そして、GOF由来FI-SCはあるとしたのである。なぜならば遠藤氏が発見していると。しかし、遠藤氏はそのFI-SCの背景として登録されているのはF1だから捏造だと主張している。DORA氏は小保方さんが理研にデータ提出した後、記者会見発表を待ってから理研が正式にNCBIに登録したことに気づいていない。他者が関与している。それはともあれ、その上で、今Letter Extended Data Figure 5-c,dが真正な写真かどうかが問われている。最後の問いだと言ってよい。

戻ってきてくれないかなあ。


(DORA説からの発展)


学ブログに対してLetter Extended Data Figure 5-c,dをザハリッヒに検討しないかと呼びかけましたが無視して相変わらずため息ブログとのじゃれあいです。両方とも照井本人のようですね。最近一研究者ブログが復活したという情報をTs.Marker さんブログで聞きつけたので、 すぐに一言居士の名前でコメントしましたが返事が無い。アク禁になってたんだが外れていた。でも今は復活したかな。試してない。

今、Ooboeさんにとって 信用できる書き込み場所は根本さんだけかな。和モガさんは止めてるから書き込むと迷惑する。Ts.Markerさんは議論を余り好まない。多分理系の現役の方ではないか。余り正体を現したくないんでしょうね。多く語るといろいろと情報が出てしまうからね。DORAさんも現役臭い。出世の妨げになってはいけないね。根本さんは弁護士なんじゃないかな。仕事が忙しそうだ。Ooboe さんが書きこむならあそこでしょうね。あそこはとても客観的な場所だ。類は友を呼ぶでしょうね。人はOoboe さんの居るところに集まっているんで学さんのところに集まっているわけではない。

一番いいのはパートナー氏がブログ開設することですね。楠本さんに拡散してもらったら普通の人がたくさん集まる。あの西岡さんのガンバレブログに今アップされている動画は12月の作製だが10万人以上が見てる。関心は消えてないのが分かる。ただし、あの動画の内容はあまり正確ではないね。

DORA氏は今は処世上の理由でSTAP細胞事件には関心を失っている模様。でもかつての分析は誰よりも正確ですね。和モガさんとTs.Marker さんは、アルイミオウジ氏も含めて、自分の興味で現象を追うところがあって、STAP細胞の不思議に関心がある。その方向だと、自分で小保方さんの研究を引き継いで実験した方がいいでしょうね。事件は別問題でもっと人間の行動動機を分析しないといけない。科学的専門知識だけではとても解けない。
その点、DORAさんは自分では解に至ったと判断してたんじゃないかな。DORA説には考え抜けはあっても、主張間に矛盾が無いんです。そういう風に全体を眺めて解こうとしているからね。
でも、DORA説だとなぜ若山さんが論文を取り下げたのかが説明できません。DORAさんは若山さんが嘘をついているのだと判断しているんです。小保方さんは無実だ。でも、若山さんがまさかESコンタミなんてさせるわけがない。じゃあ、なぜキメラができたのだと考えると、論文通りにできてたからだよと結論する。そこで安心してこの問題から降りた。ここまでとてもクリアで説明されてないことはあるが、説明されていることで矛盾していることはない。
説明されてないことの最大の疑問が、できてたのに、しかもアクセプトまでされてるのに、どうして若山さんが嘘をついてまでできている真正の論文を取り下げたのかということです。これは科学知識の範疇内の問題ではない。専門の問題ではなく、一般的良識の問題です。大学は学生に常識を教えるところだと諭吉が言った意味での良識ですね。

何か間違えたから取り下げたのだ。そうでなくちゃんとできてるのに一人大騒ぎして取り下げるはずはない。小保方さんに騙されていたということに気づいたから一人大騒ぎしたのだと、DORA氏が考えて居るかというと、そうではなく、私は犯人ではないと言ってるのは若山さんだけで、小保方さんも笹井さんも丹羽さんも誰も自分は捏造してないなんて言ってないという。そんなことを言うのは疑われている人だ。自分自身で自分が疑わしい人の言い訳じゃないかと。これは諭吉の言う良識で、専門知識は不要です。

小保方さんは手記を書いた。これが書かれずにそのまま姿を消していたら、小保方さんは犯人だと世間に思われたままだったでしょうね。若山さんは小保方さんをリクルートしようとしていた。このことは手記だけでなく、デイナ・グッドイヤーのヴァカンティへの聞き取りでも明らかになった。分からなかった動機の一つが世間の目に明らかになった。このことを言ってるのは手記だけで、桃子も聞いてない、NHK、日経サイエンスも知らない。デイナは手記を日本にいる友達に訳してもらって小保方さんにインタヴューした。やっぱりきっかけは手記です。

話は東北大震災の日に遡るのだ。小保方さんは震災の所為で若山研に腰かけたが、ビザが取れた時に引き留められて自分のラボに来ないかと誘われたが、ヴァカンティが反対した。小保方さんの希望を入れてGOFマウスでの実験を出来るように日本出張扱いにしてくれた。この辺りがとても妙で、若山さんはなぜ断らなかったかという問題がある。
推測ではこの時既に山梨大への転勤は決まっていたので、やはり助手で誘えば来てくれるのではないかと考えていたのではないか。というのも、帰国前に誘った時に自分のラボに来いと言っている。CDBでの10年の期限が迫っていているのに、その後どうしてやるつもりだったのかという問題になる。せっかくハーヴァードに就職できているのにそれを遮るのならもっと後まで責任を負わねばならない。だから、そういう推測が出来るということになる。すべては手記が書かれたから推測可能になった。
野依理事長がキメラができなかったとき、どうして返さなかったのかと疑義したが、そういう裏事情は桂報告書時点で誰もしらなかったのである。知っていたのは西川さんと若山さんと小保方さんだけだ。小保方さんが手記で語ったから、背景が理解できるようになったのである。NHKも桃子も日経サイエンスも知らなかった。何にも調査取材できてない。

若山さんは最初小保方さんの熱心さを気に入って山梨大に助手として連れて行きたかったという動機を持っているんですね。
この時、まだ何もできてないので小保方細胞に関心があったわけでは無いことが分かる。


赤ちゃんマウスを使うように指導したころからGFPがよく光り出した。そして、ライブセルイメージング実験が行われていて、最初光らないものが徐々に光り出す。自家蛍光でないことは最初から分かっていて、後の丹羽さんの検証で、GFPの漏れ出しが発見された。知られざるアーティファクトですね。この頃誰も知りませんから多能性指標が出たと信じた。若山さんも同じです。


これが知られざるアーティファクトであったのか、本当の多能性マーカー発現であったのかは、丹羽さんの実験が正しいのかどうか、論文通りの手法ではないのではないか等も問われますね。論文では内在性Oct4発現もちゃんと定量PCRで確かめられていてES並に出ているが、キメラが出来ているからということで結果を盛っていないかという疑義も出ているところです。でもArticle Figure 2-aの免染結果はスゴイですよね。捏造写真ならES細胞でしょうけど、彼女はメチル化実験でESを使わなかったから結果が出ないので、いろいろと操作したのだったはずですよね。ここでESならメチル化でも使うでしょ。でも使ってないのみならず、最初は正直に持っていったら、是では使えないと若山さんに言われている。

ともあれ、これだけ光っていてもキメラは出来なかった。論文は後から書かれたので、データは後から揃えられた分もあるでしょうね。小保方さんは図は論文論旨が理解されやすいように添付するものだと思っている。とても危険な思い込みでしょうね。捏造意図が無くても、事実を思いの方向に捻じ曲げる危険性がある。キメラが出来てないときはいろいろと事実に従って論旨を考えてますが、キメラが出来てしまうと、できたという事実に添って他のデータをあるべき姿に捻じ曲げてしまう。こういうのはどんな分野でも素人の陥りやすい陥穽ですよね。事実が論旨を作らないといけないという根本が飲み込まれていたら、キメラの成功と他のデータが矛盾していたら、真実により近づけるからうれしいのでなければならない。その矛盾を考えることによって自然と人間の思い込みとの違いに気づけて新発見がある。
キメラは出来ているのに脱メチル化はしていなかった。これはとことん解明しなければならない矛盾です。誇れるデータではないと自覚しているなんて問題ではない。自然科学者としての使命の自覚の問題です。何をやってるんだということですね。自然の真実を解明したいんじゃないのか。
これを指摘する側の精神構造もおかしいですよね。目くそ鼻くそじゃないんですか。白線を入れるルールなんてどうでもいいでしょ。データをいじっちゃいけないという規則の問題ではないでしょ。脱メチル化していないという事実はキメラがほんとには出来てない筈だという証拠なんでしょ。
小保方さんは自分で気づけないといけません。そういう姿勢だと科学者にはならない方がいい。

犯人は若山さんだと分かってしまったから言うのですが、小保方さんは別の分野で処世して行った方がいい。どんなに才能の有りそうな人を選りすぐっても、そもそも科学的新発見をする人は1000人に3人なんです。早く自分の才能が無いことに気づいたのは不幸中の幸いだと思わないといけない。997人の中に入ってくすんでいるより、別の分野で活躍したがいい。一番いいのは取り敢えず普通の主婦になることだ。これだと少なくとも大きくは人生は間違わない。保険掛けとく。ホーキング博士は自分の説が間違ってる方に友達と賭けたと書いてる。悲しさは勝ち金でコンペンセイトされる。かな? 神がお決めになっていたら、主婦になっていても又違う道が開けるでしょう。キューリー夫人は主婦ですよね。何事も神の御心のままに。

では翻ってなぜキメラができたのか。キメラができていたのなら、その時のSTAP細胞は大半が脱メチル化していたはずだ。若山さんが使った細胞は小保方さんの脱メチル化してない細胞ではなかったのか。
小保方さんは正直に脱メチル化してませんと先生のところに持っていった。それを若山さんはなぜどうしてかなと問わなかったのか。それでは使えないって何だ。
ここはキメラが出来ているのだから脱メチル化しているはずだ。あなたの検査テクニックの問題じゃないのかと押し返すのが自然でしょう。あなたちゃんとメチル化検証できるのかと。
ところがここに妙な事実がある。桂報告書ではこのメチル化実験は2011年10月27日 1 セット、同11月17 日に 2 セットGRASに依頼されたという。キメラ成功前である。キメラ成功は2011/11/28である。

>>
その後、2012年4月12 日付けの PR 資料に全く別の実験結果が図として提示され、 この図は2012年4月のNature投稿原稿、Cell投稿原稿でも使われ、最終的にArticle Fig.2cとして発表された。この図では、メチル化を示す黒丸の配置に一部乱れがあ り、手動で作図したと考えられた。また、CD45 陽性細胞(CD45+および Cultured CD45+) のデータについては、両者のパターンが酷似していた。

これでは使えないと若山さんが言ったから2012年4月12 日付けの PR 資料が捏造された。使えないと言われた元の資料は2011年10月27日 1 セット、同11月17 日に 2 セットのままだったから、使えないと言われた。
若山さんは脱メチル化していない小保方細胞を使ってキメラを造れはしないであろう。2011/11/28に帝王切開された4 Nキメラは10日ほど前の11/17頃に小保方さんから渡されたことになる。小保方さんは2011/11/17のその日に第二回目のGRAS提出をしている。その時のSTAPですね。ES細胞は入ってませんね。ES細胞が入っていたら脱メチル化してたでしょう。ES捏造しようとしている人が、GRASにはそのまま脱メチル化してない細胞を渡すなんてことはありませんね。小保方さんは素直に作って、それを若山さんとGRASに渡したんですよ。一方はキメラができ、他方は脱メチル化してない真正な実験結果だった。若山さんはそれを見せた小保方さんに、それじゃあ使えないよと言った。若山さんが何をしたから脱メチル化してない細胞からキメラが作れたのでしょうかね。

ntES化したからだ。若山さんは脱メチル化程度が低いからキメラが出来ないのだと知っている。でもntES化することによってキメラはできる。そして大量にGFP蛍光している小保方細胞の性質をキメラに何が加わったかによって解明できると考えた。
























  1. 2020/01/12(日) 18:23:56|
  2. AC129
  3. | コメント:4

AC129を巡る問題17

ため息氏の話は止めだ。あほらしい。中止。戻ろう。

GOFのFI-SCは無ければおかしい。
GOFのFI-SCは無いのにあると聞いたか誤解してた場合には実験はどうなるか。
ここに戻ろう。

(論文の中のGOF-由来FI-SCの写真)

Figure 2-b

FI-SC13.png

Figure 3-a

FI-SC29.png

Figure 3-c

FI-SC33.png

Figure 3-e

FI-SC35.png

Extended Data Figure 5-c,d

FI-SC41.png

Extended Data Figure 5-e,f

FI-SC42.png

Extended Data Figure 6-c

FI-SC34.png

これらの実験写真はOct4-GFPの挿入された、つまりGOFマウス由来のFI-SCが無ければ行えない実験です。
我々は小保方細胞はあるのだが、若山さんがその細胞核を使ってntESを作り、違いを調べるという別の実験を始めたことによってキメラが作られ、リクルート上の理由からヴァカンティと対立することになった経緯があって、その事実が小保方さんに知らされないままになってしまったことが、この事件の根本的真相だと述べてきた。

理由はともあれ、キメラを捏造したのは誰かということに関して、我々は犯人は若山さんだと言っている。そして小保方さんには論文作成に関して不正があるが、その不正を誘発させたのは、経緯はともかくとして、キメラが作られた真の理由を隠していることになった若山さんの責任が大半なのだと指摘している。

しかしながら、ここにGOFマウス由来のFI-SCが使われた実験があって、もし本当にGOFマウス由来FI-SCが、若山証言の通りに、無かったのならこの実験は捏造である。理由はともあれ、若山さんは我々の見るところ、ntES化してキメラを作ったことを最後まで白状しなかったことによって、この大捏造事件の主犯となっている。そして犯人であるのなら、GOFのFI-SCは作ってないという証言が嘘であることは理解しやすいことである。
他方、もし、若山さんのこの証言だけは本当であったらどういうことになるのか。キメラの作製に関する責任とは無関係に、この実験はそれと同等の捏造操作である。これはキメラができているから誘発されたというような言い訳のできないレヴェルの捏造になる。

桂報告書はGOFのFI-SCは無いという若山証言を信じ、かつ調べた範囲で、見つけていないことによって、GOFのFI-SCは無かったと結論付けた。つまり小保方さんの捏造だと断じる結論を出していながら、小保方さんを訴訟しなかった。桂報告書25Pは以下のように書く。
>>
(評価) Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。 一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。 以上より、本調査委員会では論文に記載されたOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株が作製された証拠を得ることはできなかった。したがって、LetterFig.2b-e、Fig.3, Extended Data Fig.5、Extended Data Fig.6はOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株ではなく、 Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたFI幹細胞株またはOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞株と Arc-GFP/CAG-GFPが挿入されたES細胞FES1の混在サンプルによって作製された可能性があると判断した。 しかしながら、前述のとおり、調査により得られたすべての証拠を総合しても ES細胞混入の行為者が特定できず、研究不正とは認められない。


恐るべき内部矛盾を包含した支離滅裂の文章です。こんな文章は間抜けな人間以外には絶対に書けません。中二から高校低学年以下の知能でしょうね。センテンス単位で書き手の間抜けさを指摘していきましょう。

>>
Letterに使用されたFI幹細胞CTS1にOct4-GFPの挿入がないことが実証された。

捏造されているかもしれないサンプルに対してどこで使用されたなんてことを書くこと自体が論理力が中二です。ここは残されてFI幹細胞CTS1とラベルされているサンプルにOct4-GFPの挿入がないことが実証されたと書かねばならないところです。それもWGSで調べたと書くべきでしょうね。

>>
またこ の細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。

今、書き手が実証したのはCTS1にはOct4-GFPが無かったということです。残されているFI幹細胞にはCTS11~13とラベルされている3株がある。CTS1にOct4-GFPが無かったと書いたら、次に証明しなければならないのはCTS11~13にはOct4-GFPがあったか無かったかです。これを素直に書いたらいいんでしょ。ところがこれが書かれていない。CTS1はWGS解析されているが、CTS11~13はシーケンシングされたと書かれているだけで、細胞リストのGFPタイプの欄にはCTS1とCTS11~13はどちらもまとめてAcr-CAGと書かれている。
これを読むとOct4-GFPも調べた結果無かったかのように思われるが、調べたとはどこにも書かれていない。ただし、Acr-CAGがあることは確認されている。
つまりこの文章はCTS11~13のOct4-GFP挿入の有無を確認してないときの書き方になっているのである。二種の細胞が混じっていたり、一つの細胞の中に二種のGFPが挿入されることは普通にあり得ることですから、ひとつづつ厳密に確認していかないといけない。ところが、こう続く。

>>
一方、2回目のFI幹細胞作製の際の若山氏の実験ノートにマウスの遺伝的背景の記載は なかったことから、2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。

まず、ここで一方と書いて、話を転じているのだが、では今までの2センテンスは何の話をしていたのか。当然、ここで2回目のと書いている以上、1回目の話をしていたことになる。CTS11~13の話ではなかったのだ。一回目で残されているFI-SC関連の細胞サンプルはCTS1だけである。それなら、最初の「またこの細胞株以外にOct4-GFPが挿入されたFI幹細胞が作製された事実も明らかにできなかっ た。」というのは一回目にもっとたくさん作られていたかもしれないが、それは見つけられなかったという意味になる。
なぜ、出だしに、まず1回目の実験では、と書き出さなかったのか。論理力の低劣さが下地にありますね。如何に国語力がないか。或いは、まあ、間抜けな嘘つきか。

一回目の実験ノートに何株作られたのかが書かれていたのかに関して何も語っていない。ナンバーはCTS1から11に飛んでいて、その間の細胞はどうなったのかについて実験ノートに書いてないとお作法に反するのではないかな。若山さんのノートの書き方の杜撰さは指導したかね。2回目の実験でマウス背景を書いてないのはノートの書き方としては問題ないのかね。NHKにどうして流出させて、なんてルールを知らない奴だと揶揄しなかったのかね。

「2回目に作製されたFI幹細胞株は、GOFマウス由来のSTAP細胞から樹立されたFI幹細胞にES細胞FES1が混入し、これが残存した可能性は否定できなかった。」という部分は何を言ってるか分からないよ。2回目にはGOFマウス由来のSTAP細胞があった可能性があるのかね。つまり、若山さんが作った覚えはないということを否定する可能性を認めたのかね。若山さんが嘘をついているという前提があったのかな。はっきりしてもらいたいね。それともここは単に若山さんが記憶違いをしてた可能性を考えたという意味なのか。もし単に記憶違いなら、実験ノートの不備は小保方さん並みに指弾されないといけない。重大な落ち度だ。
なぜならば、GOFマウス由来のFI-SCがつくられていたのなら、レター論文には基本的に嘘が無い。しかし、もし作られていなかったのなら。小保方さんに、キメラがなぜできたのかという疑義とは全く別の、重大な捏造実験嫌疑が発生するからだ。

センテンスごとに確認して行こうとしているが、まあ、なんと事実と事実の証拠の提示されていないことか。若山さんの実験ノートは一部たりとも添付されていない。Acr-GFPは調べたがOct4-GFPの有無はレトリックで無いことを臭わせだけで、事実叙述が無い。Oct4-GFPは調べた上で無かったと明確に書かれていない。実に気持ちの悪い文章である。この文章自体が捏造文章だと言っても過言でない、素直な記述が全然ない。精神病者の書いたような文章である。
ここまでひどいと読むに堪えないね。
最後に<調査により得られたすべての証拠を総合しても ES細胞混入の行為者が特定できず、研究不正とは認められない。>という結論が置かれているが、Oct4-GFPのFI-SCが無いのにレター論文が書かれていたら捏造だということは誰にでもわかる理屈だ。ES細胞混入の行為者なんてこのFI-SC実験の捏造に無関係でしょう。よくこんな報告書出せたな。

論文はGOF由来FI-SCがあると書かれている。報告書は無かったと仄めかしているが、確定証拠を挙げていない。無かったら捏造です。あったら若山さんの嘘です。どちらにせよ、不正があったんだ。何が「研究不正とは認められない」だ。頭大丈夫か。


(小保方さんの勘違いということがあるのか?)

小保方さんは幹細胞は作れない。ただし、一度だけFI-SCを作ってみたことがあるができなかったと言っている。では、この写真は若山さんが作ったもので、仮に若山さんが作ってないのだったら、小保方さんの捏造です。これって、GOFのSTAP細胞を7日間Fgf培地でTS-like細胞を誘導しているところの写真ですよね。7日目にon feederで継代に入る。STAP細胞は酸浴7日後に樹立されるが、その後1週間で死滅していく。このFI-SCは継代段階に入っていますね。この段階に持ち込めないから、小保方さんは自分ではできないと言ったんでしょ。ここにできてる写真がある。若山さんが作ったんです。さもなければ、つまり、小保方さんの捏造なら、これは単なる写真のトリックです。F1のFI-SCを渡されてGOFのFI-SCだと聞き間違えたとか勘違いしてたとか言うことは無いんです。

Figure 2-b
FI-SC13.png

どちらかが不正をしているということが分かりますよね。

STAP細胞をES培地で誘導すると樹立1週間後に死ななくなるんですね。
STAP細胞をTS培地で誘導すると樹立1週間後に死ななくなるんですね。
で、桂報告書はこれが太田受精卵ESであったと言ってるんでしょ。
太田ES細胞をTS培地で一週間培養して見たらいいじゃないですか。
やってない。コントロール実験が何もない。簡単に出来ることなんですけどね。


次はExpandable ES-like cells です。FI-SCとして樹立された後、それをES培地に移す。そしたらES並みにGFPが蛍光を強めるんです。これって、GOF由来FI-SCの実験ですよ。Acr-CAGのFI-SCではできません。従って、小保方さんの捏造なら写真のトリックです。トリックなら簡単にできる。でも、これが研究不正とは認められないですって? 逆に若山さんの嘘だったら、人を陥れる犯罪ですよ。
頭大丈夫か?

Figure 3-a
FI-SC29.png


次の実験はまずGOF由来FI-SCをIntegrin α7でFACSにかけ、TSマーカーを発現している細胞を選別する。はっきりTS-Likeの細胞だったぞという証明です。そしてそれをES培地に入れたら、ゼロ日目にはわずかしか光ってなかったESマーカーであるOct4-GFPが5日目には強く発現し始めたぞという証拠写真です。これも捏造なら写真の工作です。Acr-CAGのFI-SCをGOFのFI-SCだと勘違いしていて出来る実験ではありません。


Figure 3-c
FI-SC33.png


問題はこれらの実験に関しては木星リストに実験のサンプルが残されているか否かであるが、まだよくわからない。前回の調査では外した21番かもしれない。


FI-SC43.png


次はMEKiの実験です。MEKiを入れるとTS-like natureの細胞はFgf4シグナルを阻害されて生きていられなくなり、死滅する反面、MEKiはES細胞の成長促進剤でもある。従ってこの実験はまず左で、FI-SCが死滅して、かつES細胞のコンタミが無いことを証明している。
左は意図的にFI-SCの中にGOF由来ESを入れている。だからFI-SCが死滅していることと意図的に入れられたESが増殖していることで、ちゃんとそれがESの成長促進剤だということを証明している。このFI-SCも無論GOF由来でないといけないし、そうだと書かれているが、この実験はAcr-CAG-GFPのFI-SCを使っても同じ結果になる。なぜならどちらも結果は死滅するのでGFPは光らない。ただし、MEKiを入れる前の蛍光写真があるとFI-SCのOct4-GFPは弱くしか光らないが、Acr-CAG-GFPは強く光るから区別できる。でもこの実験では事前の写真は無い。

Figure 3-e
FI-SC35.png



これも上述したように、事前の写真をつけなければF1のFI-SCを使って捏造することもできるが、そんなことしなくても捏造なら写真の操作だけで十分できる。


そして、いよいよですね。

Extended Data Figure 5-c,d

FI-SC41.png

実験した試料が残されている。先ほどまでは他の写真を使って捏造しようと思えばできると書いた。無論この写真も同じです。しかし、この実験には試料があって、実際に行っているんです。めんどくさいことする捏造者ですよね。
a,bはGOFのES細胞を使っている。c,dはGOFのFI-SCです。


FI-SC7.png


青文字は寺下さん、黒は小保方さんのようでした。2013/4/4のリヴァイズ要請を受けて2013/5/14と2013/5/15に査読者画指示に従ってJAKi検証を行った。
査読者は別にGFP蛍光で調べろとは言ってない。免染で調べたらわかると書いている。以下でしたね。しかし、小保方さんはPCRとGFP蛍光で行った。
>>
The authers suggest that STAP cell-derived TS-like cells are distinct from embryo-derived TS cills, but the data for this are not desisive and could be attributed to persitant contamination with STAP cells or ES cells(which could explain the occasional Nanog positive cells). Presence of ES cells could be excluded by culture in the presence of JAK inhibiter, and monitored by Oct4 and Nanog immunostaining.


そしてその試料が残されている。つまりGOFのFI-SCである筈のRNA試料が存在しているということです。木星リスト18番の内容は以下でした。

(上段 8本)
①ES RNA 5/14 2本
②TS RNA 5/14 2本
③JAKi- RNA 5/14 2本
④JAKi+ RNA 5/14 2本
(下段 45本)
⑤E7.5 RNA 4本
⑥TS RNA 2本
⑦CTS RNA
⑧RNA
⑨CTS RNA 2013.5.15
⑩cardiac STAP d3 RNA
⑪cardiac STAP d7 RNA
⑫TS niwa-1 RNA 2本
⑬TS niwa-2 RNA 2本
⑭RNA Q1-1
⑮RNA Q1-2
⑯RNA Q2-1
⑰RNA Q2-2
⑱RNA Q3-1
⑲RNA Q3-2
⑳JAKi+ ES DNA
㉑JAKi- ES DNA
㉒lymphocyte RNA 2本
㉓GFP+ RNA
㉔GFP- RNA
㉕renal P3
㉖renal しんとうRNA
㉗cardiac fibro
㉘Hepatocyte p10
㉙Lung
㉚Liver
㉛heart


FI-SC44.png


JAKi-というのはそのままということです。
ES
ES JAKi
TS
TS JAKi
FI-SC
FI-SC JAKi
の6種類無いといけない。

⑭~⑲は何か。
それとこれはRNA試料だがどの程度までわかるものなのか。Oct4-GFPのプロモーター部分は無いのではないかな。

TSの実験に関しては若山さんの作製分は分化していたというから丹羽さんのでやってるはずですが、ESが又分からない。間違いのないものを使うならこれも丹羽さんの物である可能性がある。そうするとExtended Data Figure 5-a,bも丹羽さんのGOF-ESである可能性もある。
捏造であるか否かを調べるためにどこまで科学的には無駄な金を使うのかという言う問題もからんで、全部調べろということもできないとなると、そもそも試料の由来調査を先に行わなかった不備が後々まで響いている、というよりなぜ警察を入れなかったのかということになる。せめて聞いてわかる事位調査しろよということだ。丹羽さんには聞いているはずだがその公表もない。
要するに隠したがっているということになる。要するに調査したくないわけだ。事件とは無関係なことで隠したいことだらけということだね。

次のここまでくると泥沼だ。

Extended Data Figure 5-e,f


FI-SC42.png


見えている事実は以下だ。

①Oct4-GFPはJAKi添加前はESだけ光っている。JAKi添加後ESの蛍光も無くなる。
②CAG-BFPに関してはJAKi添加前はESだけ蛍光している。JAKi添加後もESだけ蛍光している。

②はCAG-BFPはESにしか入ってないから当然だ。Oct4-GFPは分化してしまうと消えるが、CAG-BFPは分化しても蛍光している。当然の結果だが、当然でないのは何のためにこんなコントロールをつけているのかという目的だ。
それはExtended Data Figure 5-a,b,c,dが写真のトリックじゃないということを証明するためだ。つまりES細胞は本当に入れてるのか。或いはFI-SCの写真は本当にFI-SCが入っているのかという疑いを晴らすためだ。これは更なるリヴァイズ時の要請かもしれないが、それを見た一般人はいない。桃子は三誌査読と再投稿時の4つしか読んでない。三誌論文の査読を桃子に流出させたのは若山さんということになる。というのも自己点検委員会はセルの原稿すら持ってないことになっていて、小保方氏が提出しないと述べているが、後には読んでる報告になっている。ここもおかしなところである。
ともあれ、それでも①のOct4-GFPはJAKi添加前でわずかでも光って無いとおかしいが、少なくとも持っているテキスト画像では見えない。見えないということは他の人も言ってるから、元画像を調べるしかない。

FI-SCはあったか、無かったのに小保方さんが捏造したかのどちらかで、小保方さんが勘違いしたということはない。自分で確認実験をしているのだから勘違いなどということはない。


情報が隠されているので実験に関して確定的なことは言えないが、一つだけ明確なことがある。


FI-SC41.png


このExtended Data Figure 5-c,dは有るか無いかのどちらかだということです。これは小保方さんの嘘ならキメラの捏造とは別の捏造です。キメラの捏造犯は若山さんですね。それは太田ESが若山さんの偽造だということによって桂報告書の結論が否定されていることから演繹される。GOF由来FI-SCはあったのだとするとすべては整合してしまう。しかし、あったという客観的証拠は今のところ見つけられない。RNAでわかるものならあるが、どうなのか。


(あのねさんへの残りの返事)


学ブログで道草しているときにあのね氏から質問があった。最後の質問に答えていないので、ここで返事を書いて置こう。

>>
あのね
一言居士さん

鉛の兵隊さんとの会話の途中に割り込んですみません。少し疑問があるので質問します。

>あなたは太田ESコンタミだという前提で考えておられるようですが、我々は違うんです。若山さんはそもそも最初から岡部マウスのF1で実験していただけです。
理研の行ったSNPs解析は、理研の意図はともかくとして、諸細胞の作製された順序まで分かる方法になっているか否かの話は、次の段階の話なんです。

「若山さんはそもそも最初から岡部B6マウスのF1で実験しただけなんです」についての質問です。相手の129X1(旧名Sv)マウスは雄ですか?雌ですか?B6マウスは雄ですか?雌ですか?若山研の交配担当メンバーがマウスを誤ってreciprocal cross させてF1マウスを作製した可能性はどうでしょう?また論文に書かれた、当時にCDBで配布されていた129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、なぜ理研に飼育記録がないと一蹴され調査されなかったか?の理由の評論もお願いします。
お返事は一言さんのブログでも構いません。
2020/01/09 URL 編集


前半の質問には回答済なので、「また論文に書かれた、当時にCDBで配布されていた129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、なぜ理研に飼育記録がないと一蹴され調査されなかったか?の理由」の部分ですね。
この"129を巡る問題"シリーズはそれを考え続けているのですから、答えは今からです。嘘を暴き出そうというのですから暴く方が何倍も大変ですね。暗号は作るのはたやすいが破るのが難しい。


まず「129carrying Rosa GFP マウスが存在していたのに、」と書かれているが、桂報告書は存在して無いと普通には読める書き方をしている。carrying Rosa GFP マウスはたくさんありますね。相沢さんの研究報告がある。でも129のcarrying Rosa GFP マウスは無いと書いているんです。普通にはそう読めるが、レトリックを弄して嘘を書いていると考えるなら、飼育記録がないと書いているので、どこかから買えばあったということにはなるし、そもそもTs.Marker さんが言ってるように、マウスは無くてもES細胞があったら若山研で4Nキメラ作成技術があるので、配偶子を採って復活させることもできます。
ただ、通常は科学者の報告というのはFACTベースで書かれていて、素直に読めばいいものなんですけど、桂報告書は違うんですね。彼らは丸く収めようとしているんです。どうしてかというと、この事件に自分たちが関わってしまっているから、第三者的に客観的断罪が出来ないんですよ。それは最初からわかっていることで、小保方さんを呼び戻したのは理研ですからね。呼び戻さなかったらこんな事件は無かったんです。だから遠因を遡って、誰の嘘なんだと言っても、近因は誰が考えてもお前じゃないかといわれてしまう。だから若山さんが犯人だとは言えない。若山さんは自分のラボの中で内輪のいろんな事情が背景にあった上で小保方さんとの間で嘘をついてたというだけでしょ。それを呼び戻して結果的には理研の特許絡みの話にしようとした。それは善意だったんだといっても、だからと言って全ての罪を若山さんに着せるなんてことは出来ないですね。
で、結局、若い小保方さんに全てを押し付けて逃げたんです。だから若山さんと理研内部の結託があるんです。
理研の結論は犯人は分からないというものです。当然ですが小保方さんも犯人ではない。でもどうしてキメラができたのかに関しては答えないと世間は許さない。太田ESを使った捏造だと。では犯人は分からないのだから小保方さんは今まで通り理研に務めて居られるかというと、それは世間が許さない。若山さんがESコンタミ捏造キメラなんて作るはずはない。あれだけの回数捏造しているんだから第三者でもない。小保方さんじゃないかと騒がれる。それで首にした。でも犯人は分からないことになっているから、彼女は論文不正をしたのだと理由付けした。そして博士号もだまして自主返上させ再試験で通さなかった。論文掲載料もお前が論文不正したからだと60万返却させた。責任著者たちには支払わせなかった。
バックには文科省があるということです。手記にも書かれているが、小保方さんは恐ろしかったから逃げ出したんですよ。たぶん正解でしょ。国の奨学金も使ってるから恩義にもなってたでしょ。ただほど高いものはない。結婚して自分のささやかな人生に戻るのがいいよ。組織の中をそつなく泳ぎとおすというのはなかなか運が居る。身動きとれなくなって自殺する次官だっているくらいだ。笹井さんも気の毒だった。政治の世界は面倒だよ。関わらないがいい。
ただし、文科省はこの事件そのものには無関係です。事件が天下り不正に及ぶのを恐れただけです。早い手打ちを望んだ。

後は暇を持て余しているいつ死んでも構わない年寄りたちが何の恐れもなく真実の追及を行ったらいいんです。あのねさんは現役なのだったら、あまり関わらない方がいいんじゃ無いかな。そもそも時間の無駄です。年寄りは生きてること自体が無駄だと自覚しているから、あなたがたとは立場が違う。一緒になって騒がないがいい。もう生き飽きたから殺してよと人に頼んでも誰も殺してはくれないんだよ。誰が殺人犯になってまで年寄りの望みをかなえてあげようとする若い人が居るよ。愛おしい孫がおじいちゃーんと言いながら自分の頭をふろおけの水の中に押し込んでくれるのが夢だという話をよく聞かない?
 

(Ooboe さんへの連絡)


まあ、冗談はさて置いて、Ooboeさんたちは自分のブログを早く開設した方がいいと思いますよ。そしてTs.Marker さん、和モガさん、根本さん、DORAさん位に知らせて、そこで自説展開して意見を求めていたら、人々が集まってきますよ。私にも知らせてくれたら伺います。その内興味のある人たちが読むようになります。
書き込む場所がないから学さんのところに間借りしているんでしょ。僕はあそこはため息氏と学氏はほぼ同一人物だと思ってますよ。同一チームかな。そこにいくらOoboe さんが書き込んでも悪口の対象になるだけで、世間の一般人は読んでませんよ。あれは興行手段です。珍しくないじゃないですか。
ため息なんてしたらば荒らしの犯人じゃないですか。金曜日にいつも出掛けている。ああ、これはジムさんしか知らない話でしたか。
パートナーさんに是非ブログ開設してもらってください。難しくないよ。何なら若い人に作ってもらったらいい。


(で、本題)


本題、何でしたっけねエ。
古墳の話が僕の本論の暇つぶしで、釣りの話が息抜きなんだけれど、129の件は気になって困る。分からないまま放置していると気になるからねえ。ほんとにやりたいことに集中できない。


(もう一度Ooboe さんへの連絡)

学さんのブログでは引用ができなかったのでこちらに書きます。


数字花咲かお爺さんが何か口から泡をお吹きなようですね。アワワワワと聞こえる。
Brief Communications Arising を学術論文だとおっしゃっている。理研からの緊急訂正報告ということでしょ。別にBCA論文と言ってもいいけどねえ。太田さんは博士さんなので学術命名規約なんて常識です。
>>
Obtained from H. Ohta. Full names: FES1: 129B6GFP1 FES male; FES2: 129B6GFP2 FES male; ntESG1: 129B6F1G1; ntESG2: 129B6F1G2.

129B6F1G1、129B6F1G2は129がメスだと書いてあります。中身はB6がメスだった。

Ooboe さんはそそっかしいんで僕のコメント読み落とされているようだ。代わりに僕が書いとこうかな。

>
数字花咲かお爺さんが何かフガフガおっしゃっているのでOoboeさんから日経サイエンスの取材に太田さんがどう答えたか教えてあげてください。
>>
この論文のこの細胞だと調査報告書に記載はないですが。
>>
細胞の名称についても特定論文のこの細胞であるという書き方をしていない。


日経サイエンス2015年3月号37P。
>>
大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。これらのES細胞のどれかが、STAP幹細胞FLSの正体として有力視された(核移植ES細胞とは、あらかじめ核を取り除いた別のマウスの未受精卵にも大田マウスの身体の細胞の核を移植したクローン胚から作る。)
>>
この調査で核移植ES細胞は母親が岡部マウスであり、FLSやCLS[CTSの間違い:居士注]、2株の受精卵ES細胞は母親が一般的な白マウスだったことが判明。核移植細胞が候補から外れた。

ここで書かれている核移植細胞が、FLS等の元細胞を探そうとしていた調査チームの目的から不一致なので外された129B6F1G1、129B6F1G2で、桂報告書の細胞リストに挙げられているものだ。

①129B6F1G1 核移植細胞 GFPタイプAcr-CAG(ヘテロ) 性別♂ マウス背景B6N SLS♀/129+te CLEA♂ 凍結日2007/8/3
②129B6F1G2 核移植細胞 GFPタイプAcr-CAG(ヘテロ) 性別♂ マウス背景B6N SLS♀/129+te CLEA♂ 凍結日2005/1/20

中身のマウス背景とラベル表記のマウス背景が違う。これが問題だということですね。


「大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。」だけでなく、京大に転勤した時にこれらの細胞を理研から持ち出した。日経サイエンス2015年3月号40P。
>>
大田氏はラベルに「129B6F1GFP FES1」と書き、この他に性別、凍結日、継代回数などを書いていたという。略号は、マウスの系統、蛍光タンパク室の遺伝子が入っていることを示す印(GFP)、受精卵から作ったES細胞を示す略号(FES-1)だ。注目すべきは蛍光タンパク質遺伝子の書き方で、GFPだけでは「何が光る」かは、分からない。太田氏によれば「細胞リスト表にはもちろん書いているが、当時、私が使うB6(黒マウス)はすべて岡部先生からの(精子を光らせる遺伝子と全身を光らせる遺伝子が入った)マウスだったので、GFPとしか書かなかった」という。太田氏は「(2010年に)すべて運び出したつもりだが、同じ株がCDBにあったのなら、私が置き忘れたのかもしれない」と話す。

「大田氏は大田マウスから受精卵ES細胞を2株、核移植ES細胞を4株作っていた。」のですから「(2010年に)すべて運び出した」中に含まれている。

①②のラベル表記されているものがそれです。基本的にラベルはまずは凍結細胞を解凍して株分けした時に太田さんが書く。この時にラベルと中身が違っていたらそれは大田さんの責任です。
まず②は凍結日が2005/1/20とされている。これは桂報告が書いている日付です。ラベルに書いてあったか否かは分からないが、聞き取りもあってそういうことになってる。つまり2005/1/20の日付は基本的には大田さんがそういってるんです。


この時の論文が調べられていて太田さんの2005年論文とOoboe さんが言ってるものです。表題は以下です。若山さんと二人の共著で責任著者は無論若山さんです。
>>
Generation of Normal Progeny by Intracytoplasmic Sperm Injection Following Grafting of Testicular Tissue from Cloned Mice That Died Postnatally

Biology of Reproduction, Volume 73, Issue 3, 1 September 2005, Pages 390–395, https://doi.org/10.1095/biolreprod.105.041673
Published:
1-Sep-05
Article history
Received:
8-Mar-05
Revision Received:
29-Mar-05
Accepted:


この論文は今山梨大若山研の関係論文アーカイブからは消されました。どうしてでしょうね。以前にはありましたけどね。私が持っているのはそれです。その後相沢さんにOoboeさんのパートナー氏が見せている。
論文は2005/3/8に提出された。細胞は実験の終わった2005/1/20に凍結されたんです。
これが129B6F1のセルトリ細胞から作られたntESです。無論細胞の性別はセルトリ細胞由来ですからオスです。メスにはセルトリ細胞はないです。129はterです。無論、B6は岡部マウスです。太田さんは精子の研究者ですからね。でもここではG1という言葉はありませんね。


129B6F1G1という言葉が出てくるのは2008年論文です。表題は以下で、太田さんがファースト・オーサーで坂出さん、山形さん、若山さんの4人の共著論文です。
>>
Increasing the Cell Number of Host Tetraploid Embryos Can Improve the Production of Mice Derived from Embryonic Stem Cells

Published:
1-Sep-08
Article history
Received:
12-Dec-07
Revision Received:
9-Jan-08
Accepted:
25-Apr-08


論文は2007/12/12に提出された。細胞は実験の終わった2007/8/3に凍結された。
この論文で使われたF1の一つが129B6F1G1と名付けられていて、2005年論文で作られたntESを流用したと書いてあるんです。メスが129でオスがB6とこれはちゃんと文字で書かれている。


大田さんはntESを4株作った。提出されたのはそのうちの2株で、2005年と2007年の凍結分です。2007年分が129B6F1G1だということははっきりしている。129B6F1G2は2005年分を後に名付けたのではないかと推測されるがこれも調査が無いので分からない。そして残り2株は、調査チームはアクロシンが入っているものを取り寄せたかったのでしょうから、多分論文に使われている別のF1でしょうが、桂報告は調査して無いのでわかりませんね。仮に全部岡部マウス関連細胞だったとして以下ですね。
そうでない限り山梨で入れ替えたということになる。

①129B6F1G1 [論文記載背景129+ter CLEA♂/B6N SLS♀] (ラベル記載細胞) 2007/8/3初期保存凍結
②129B6F1G2 [論文記載背景129+ter CLEA♂/B6N SLS♀] (ラベル記載細胞) 2005/1/20初期保存凍結
③桂調査背景B6N SLS♀/129+ter CLEA♂ (チューブの中に入っていた細胞)
④桂調査背景B6N SLS♀/129+ter CLEA♂ (チューブの中に入っていた細胞)

大田さんの間違いだったら③④を解凍してラベルを①②と書いたということになる。しかも凍結日を論文に対応して桂調査に答えていることになる。③④が何かということはパートナー氏が本人に確認しているが答えない。③④には少なくともG1という言葉は無いはずです。だから間違えようがないんですね。


大田さんは少なくとも①②を若山さんに正しく送っているんです。中身を雌雄逆の細胞に入れ替えたのは若山さんです。どうしてかというと、FLSは僕が言ってるように小保方細胞核使用ntESなんですよ。あのね氏に説明したように、小保方さんがESコンタミ捏造犯でない限り、テラトーマからアクロシンが出たからには、最初の成功キメラマウスを作るときに若山さんから渡された赤ちゃんマウスのB6は岡部マウスだった。ntES側を余り調べられたくなかったんですよ。だから自分の持っていた雌雄逆のntESに入れ替えて、注意がntESに行かないようにしたんです。ntESはミトコンドリアDNAをその気になって調べられるとばれる可能性がある 。無論、FES1とFES2の中身はFLSです。これも入れ替えられている。太田さんはラベル情報の提供をしただけの結果になった。
理研はFES1とntESG1を若山研から取り寄せた。東北大はFES1,FES2,ntES,FLSを若山研から取り寄せた。東京大学にNHKが依頼した細胞も当然若山さんのところから渡していますね。FES2とntESG2は東京大学からではないですか。












  1. 2020/01/06(月) 08:29:53|
  2. AC129
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AC129を巡る問題16

(ため息ブログの認識)

(導入)

ため息ブログのブログ主は桂報告書の信奉者ですが、ブログの開設が古くてまだSTAP事件が発生してないときから存在している。
若山さんが犯人だということは分かりましたので、今度は相手の立場に立って、どこが間違っているのかを検証していきましょう。このブログ主は後から参入しているので我々にとっては何が誤認識を誘発しているのかが見やすい。

アーカイヴの2015/11/14の記事に在米ポスドク氏の件が出てくる。一研究者ブログに出て来る妙な奴で、一隅を照らす者国の宝なりという伝教大師の言葉を振りかざす悪趣味な奴でお寺さんが聞いたら黙って実行しろいと一喝されそうな青洟垂れでしたね。こいつがテラトーマの体細胞を小保方さんが縛ってくっ付けたなんて間抜けたことを言い出したんでしたよね。豚腹で自分の足元が見え無いらしい。花壇の縁石の上を走れないらしいぜ。
このコーナーは気楽にいきましょう。もう分かっちゃったからね。我々のやくざ気質をのびのびと展開したいものです。

まずこの人が普通の人だというあたりから。
>>
Education, 論文捏造
同じ大学の先生なんだけど…
2014年9月26日 terui コメントする
小保方晴子さんに声援を送ろう という得体の知れない人々の集まるフェイスブックがあって、
(図省略)
と投稿しているヒトがいたのね。リンクしているフェイスブックを開いたら、なんと目白大学経営学部経営学科教授だ。ホスピタリティ・マネジメントの研究をやっているらしく、文系だ。9月14日の投稿なんだけど、この時期にこんなコメントて…なんかなぁ。わからないことに首を突っ込まない方がいいと思うんだけど。
Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。
小保方に一目惚れのおっさん群の一人だな。このセンセも下の林俊朗先生同様、同じ大学のセンセですと誇りをもって紹介できそうにないな。
ま、向こうも管理者のことを同僚ですなんて言わないだろうけど、言われたら困るけど。


この人は東京教育大の出身で理系です。2014年には目白大学で教えていたということです。この時期まだ桂報告書は出ていません。9月ですから再現実験している頃で、この頃から小保方さんが怪しいと見ているのが分かりますが、誰かに頼まれて書いているわけではないことは明らかです。無論、若山さんと知り合いだったとか学会で話したことがあるとかいう人間関係は我々には分かりませんね。
「Vacantiの新しいプロトコルでもできたという報告はないんだよね。わからないことは言わないほうがいいよ。」と言ってるんで、結論を待つという態度です。ただ小保方さんが怪しいと思っている。一つには自分が教育者で現場を知ってるということがある。コピペの問題を騒がれたので裏の見える感じがあるんでしょうね。ただ、キメラがなぜできたかという問題が先鋭化していない段階です。
この段階でおかしな人だとは思えませんね。


一か月後の記事です。今度は博論の問題。ここも変ではない。ただし、法律の知識が無いので早稲田の手続きが何を意味しているのかに関して考え抜けしている。逆に一般人は早稲田が変なことしていると直感したところです。関心が論文不正に向かっているから、早稲田が法的に変なことをしているということに気づかない。でもこの時期はまだ情報が出そろってないのでマスコミ報道を疑う段階ではないので、この反応も特段おかしくない。
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Education, 論文捏造
1年間の執行猶予だそうで
2014年10月7日 terui コメントする
1年間猶予をあげるから、その間に研究倫理の講義を受講し、論文を書き直したら、博士を取り消さないよ。だそうで。
早稲田も苦労するね。なんせ論文審査がでたらめだったからですな。主査=指導教員は1ヶ月の停職だって。停職+3年間の審査資格剥奪くらいしたら?論文審査できなかったんだから、審査方法の勉強させないと。
Vacanti は論文審査を依頼されていないといっているんだから、それがホントだったら、文書偽造だろ?サインがあるはず。だれも質問しなかったね。
実験の実態が合ったと判断しているらしいけど、ホントか?Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。


我々は既に、この時早稲田は小保方さんが草稿を出したというミスと自分たちがそれを確認せずに博士号を与えたというミスをバーターにして、再審査という詐欺行為を行っていたことを指摘している。マスコミも気づいていないし、この照井さんも気づいていない。この時点で小保方さんは自ら博士号を返上しているんです。そしてなぜそうしたかというと彼らは再審査してもう一度与えるということを臭わせて騙したんです。
「論文を書き直したら、博士を取り消さないよ」と解している。違います。既に自主返納させている。博士号の取り消しは博士論文に不正があるということを証明しない限りできません。彼らは自主調査でその証明ができないことを知ってる。だから小保方さんを騙して自主返納させたんです。これは理研での不正とも何の関係もない。加藤さんは捏造を認めたが、今でも博士でしょ。博士論文に不正が無ければ取り消せません。小保方さんの博士論文の不正は早稲田大学によって証明されていない。
彼らは騙して小保方さんに博士号を自主返納させたんです。詐欺です。弁護士は訴訟するように小保方さんに勧めたんですけどね。絶対勝てる裁判です。早稲田は授業料の返還のみならず、莫大な慰謝料も払わなければならなかったでしょう。これは仮に小保方さんが理研の実験で捏造していてすら勝てる裁判です。
こういうところが理系というのは視野が狭いんですね。学生はコピペするものだ。俺はどれだけみてきたことかと。それはそれ、これはこれという多視野が無い。ニーチェの言うトンボの複眼思考ですね。
ここで既に大きな先入観が入っていることには気づけますね。
「ホントか?Tissue Engineering とかいう雑誌に投稿した論文だって図をさしかえたりしているし、怪しいらしいからな。」とあって、小保方さんのティシュー論文を読んでませんね。図の差し替えは正式に小島が説明している。この段階ではやじうまレヴェルですね。そして、それはまだこの段階ではおかしくはない。

照井さんがなぜ小保方さんが怪しいという方向にリードされるのかは単に11次元だとかマスコミの偏向報道に感化されているだけでなく、教育現場の惨状を知ってるからというのがある。これはまだ5月の段階の記事です。
>>
Education
中年Hは おちょくられて いる
2014年5月29日 terui 2件のコメント
もう過去になったかもしれないが、いやまだ早稲田の判定が出ていないから現在もか、コピペの問題である。小保方の博士論文じゃないけど、実習のレポートは放っておくとコピペが蔓延する。そこで、最初の実習のときから、「レポートはコピペするな、コピペしてもこういう道具があるからばれるのだ」とコピペした実際の学生のレポートを提示している。
機械的なコピペ判定は電子化した文書でないとできない。そこで、学生には紙媒体のレポートと、そのレポートの考察以降の部分をメールに添付して送付させている。コピペ判定ソフトはひたすら類似点を探すわけで、多くの実習は班を作って行うので、同一班なら結果が同一になるのが当然だ。したがって、目的、方法、結果は類似するにきまっているので、考察の部分だけをコピペ判定ソフトを使って類似度を算出するのだ。メール添付書類は紙媒体でのレポートを作成してしまえば、簡単なので学生に負担がないから、学生からの苦情があるわけがない。
レポートの評価は、紙媒体で提出された方で行う。メール添付と紙媒体の内容が一致しているかどうかを比較できるが、そんなことはしていない。紙媒体のレポートの締め切りのほうが早いので、紙媒体のレポートを仕上げてからメール送付するのが普通の手順だ。なにもメールのために新たに考察を書き加える理由がない。
しかし、そこに穴があった。中年H担当のクラスでは、コピペ判定で類似度が高くならないように、そして中年Hはメール添付書類と紙媒体のレポートを照合するわけがないと判断して、メール添付のほうは、昔のレポートの考察とか関係ない文書をコピペした奴がいる。紙媒体のほうは該当の実習の考察をコピペして書くのだ。そのような奴はクラスに数人しかいないから、コピペ判定ソフトで類似していると判定されるわけがない。むしろユニークであると判定されるに決まっている。レポート評価は紙媒体のほうで行うのでコピペがばれなければいいというわけだ。
紙媒体でコピペを判断するのは難しい。100通近いレポートを読み、誰かのレポートと同じだなと思ってもどれと一致しているかを探すのは大変だ。学生は同じ教科書を参考にしてレポートを書くから、似たり寄ったりになるからますます大変だ。だからコピペ判定ソフトを使うのだ。
一回これで成功したら、紙媒体とメール添付書類を照合していないということがわかり、紙媒体のほうはコピペでメール添付は昔の考察とか関係ない文書を貼付けることを続けるのだ。
一昨年度の中年H担当クラスのメール添付書類を調べたら、いるいる。あー。中年Hは学生におちょくられているのだ。後期の実習の後半のメール添付書類を調べたら常習者がいた。紙媒体のレポートは誰かのレポートと同じだったにちがいない。すでに返却したからわからないが。
圧倒的多くの学生はこのようなことをしないが、同じような教科書を参考に書くから、レポートが何らかの格好で似てくる。これに対して、全く違う実習の考察とか全く関係ない文書のコピーをメールに添付すると、類似度がものすごく低い。あたりまえだな。だから類似度の高いものだけをチェックするのではなく、極端に低いものも見れば良いのだ。
中年Hが「類似度がxx%以上は、機械的にコピペと判断する」なんて学生に宣言するからこういうことになる。同級生と相談して、同じ教科書を参考にしてコピペに近いレポートを書くので類似度がどのくらいになるのか分からず心配である。だから本来の考察の後に関係ない文書を加えたりする。絶対ひっかからないように工夫するのだが、この程度しかできないのだ。
管理者は類似度が高ければ、両方を実際に比べコピペの判定することにしている。なんていったって、機械的な処理をするとエラーが必ず混入するからな。「xx%以上をコピペとする」などと決めつけたら、私は機械任せですよといっているのに等しいからな。学生に馬鹿にされる可能性が高い。



部外者としては気の毒だと思うだけですね。ただ、給金貰っている仕事だからね。
そもそも学ぶというのは真似ぶから来ていて、極端に言えばコピペすることだから、手書きでもさせた方が本人のためにはなるね。真似ることすらできない段階で自分の考えは書けない。ただ先生は評価しなければいけないんでしょ。しかも文科省から指導があるらしいな。まあ、評価試験の仕方はまた別にありそうだけどね。
こういう仕事ばかりしている人がSTAP事件に出会った時、自分の知ってる現場を思うのは仕方ないよね。

というようなことで、この人はこの段階では少しも変ではないというところを確認した後にこれがどこまで続いていくのかを見て行こう。

人脈関係では桂報告書の出たあたりでしょうかね。
>>
Education, 研究, 雑感
米ちゃ〜ん
2014年12月26日 terui コメントする
あらま、米(よね)ちゃん、相変わらずご活躍ですね。

ため息1

すごいな、ニコニコの動画だと金髪のじじいじゃん。かっこいいい!!理研の外部調査委員のメンバーは記者会見まで非公開だったので、今日の会見までわからなかったよ。
奥様お元気? 奥様もユニークだったよね。面白くて会話するのが楽しかったんだけどね。
この偉い、理研の外部調査委員になった米ちゃんは、管理者の学部学生のときの1年上の先輩ね。よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいったよね。当時は痩せてひょろひょろだったのに、太ってそれなりに貫禄だね。しかし、当時は雀撃ちは下手くそだったね。人がいいからね。嘘つけないんだよね。だからすぐ読まれちゃうんだよね。下級生の管理者に読まれちゃっていたんだよね。当時はクラスが20名しかいなかったから、先輩後輩関係が厳しく、生意気な管理者はよくK先輩に怒られていたよ。でも米ちゃんは管理者を捕まえて説教することなかったね。やさしかったからね。もっぱら説教するのはK先輩ね。K先輩はその後、どっかの教育委員会委員長になったらしいから、学部のときからその形はできていたんだ。
なつかしいね。


伊藤さんの隣にいた人ですね。東京都医学総合研究所シニア研究員米川博通さんと紹介されていた。
Ooboeさんのパートナー氏が手紙を送っている先の一人ですね。
ブログ主の1年先輩だというが、この段階では委員を務めていたことを知らなかったと書いている。ここもたまたま知り合いだったというだけのようですが、こういう人が言うんだから本当だとは思うでしょうね。でも、この桂報告書は大嘘だらけでしたね。
「よく大学の裏に一緒に雀を撃ちにいった」って、ゴム鉄砲かなあ。そんな時代ではなかったような気もするが。
後で裏事情を電話して聞き出したとかいうことなら又別だけどな。高橋洋一氏がネットで小保方さんが犯人のようだということをチラと言ったので、学者同士のヒソヒソ話があればまた考慮しないといけない。ただし、高橋さんも情報操作されただけかもしれない。

3月の段階でもとりわけスピン屋さんを頼まれている風でもない。ただ桂報告書を素直に信じているという風に読める。
>>
Education, 論文捏造
コピペレポートの結果  他の大学では
2015年3月11日 terui コメントする
東大教養学部であるレポートの75%がコピペだったそうな。

期末レポートにおける不正行為について
本学部後期課程において、平成 26 年度冬学期の期末の課題として提出されたあるレポートの文章の約 75%が、インターネット上に公開されている文章からの引き写しであることが判明しました。言うまでもなく、他人の文章の無断借用は剽窃であり、その行為が学問倫理上許されないことは明らかです。教養学部では、前期課程・後期課程ともに「成績評価に関わる試験やレポート作成において、不正行為が認められた者(協力者も含む。)は、その学期に履修した全科目の単位を無効とする」という申し合わせをおこなっており、学生の皆さんへの配布文書にもその旨明記してあります。今回もこれに基づき、厳正な処置をとったことを周知いたします。
今回、こうした不正行為が発見されたことは大変遺憾なことです。今後はこのような事案が二度と起こらないよう、学生の皆さんは学問的倫理を十分に自覚して勉学に励んで下さい。
平成 27 年 3 月 10 日
教 養 学 部

あっちの大学で、同じようにしたら、何人、引っかかるかな。コピー元も同じ処分だから毎年必ず2名はいる。かなり強く警告してもだ。該当実習の評価を0点にしているだけだ。このくらいの大きな処分にしないとだめかな。


至極まっとうな意見だと思われる。

でもこの辺りからは何の証拠もなく失礼を通り越している。人格障害はどちらなのかと疑われてしまう。必要もないこと書いてるね。
>>
Education, 論文捏造
パーソナリティ障害の問題
2015年3月13日 terui コメントする
第50回作業療法士国家試験問題 午後47
作業療法中に簡単な作業であっても頻回に助言を求めるのはどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 1 解説するまでもないでしょ

さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 5
精神科医の解説:ドラマ人格の時代?小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。


ここはそうでもない。前半まとも。
>>
Education, 論文捏造
1年経過して
2015年3月15日 terui 2件のコメント
始めSTAP細胞のニュースを聞いて、思ったことは「そんな馬鹿な」だった。管理者の頭は、ジジイだから昔に習った生物学が基本で、その後の発展を系統だって重ねて構築された知識で埋まっているわけではない。
管理者の頭にあったのは、動物と植物の決定的な違いは脱分化の可否だったのだ。だから、STAP細胞のニュースを聞いて、あらま、ES細胞の混入じゃないの?とは思ったわけだが、誰もが考えることがES細胞の混入だから、Natureの査読者もチェックしているにちがいない、だとすると、スッゲーなと思ったわけだ。
んで、すったもんだして、ES細胞を使ったインチキだったことが判明したわけで、なんだかな、管理者が通学の時に地下鉄で読んでいた岩波の生物学講座だったっけ?=教科書なんかなかったからね=から、進歩したんだろうけど、誰も制御できない世界になっちゃったんだね。管理者が読んだころの論文には捏造がないという前提で、お互いに、そのデータは事実として議論できたんだよね。
金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。



「金が絡むから、訳のわからない人が紛れこんで、それぞれがうまい汁を吸えるのではないかということになった結果なんだろうね。」というのはどこから仕入れた情報かな。訳のわからない人というのは竹市、西川、笹井、丹羽さんたちのことになるんだけど、こんな情報を内部から出す可能性のあるのは無論松崎だね。
それとここにはコメントが入っている。
>>
「1年経過して」への2件のフィードバック
バジル
2015年3月21日 9:46 PM
ため息ばかりさん、おひさです。
あちらの方も読みましたよ。もっと書いて!!
理研なんちゃらっていうブログのみさきはわたしです(笑)
なんか腹立たしくて書いちゃった。
で、今日はガーディアン紙の翻訳を読んでほしくてコメントしたけど、
もうね、擁護派の人には何を言っても無駄だとわかりました。
あちらの方は、読んでてめちゃくちゃスカッとします。
本当はあちらのブログをみなさんに紹介したい気分。
カメムシさんも、また唖然とすること書いてますよね(笑)
それにしても、小保方さんってメンタル異常なくらい強いなぁ。

admin
2015年3月22日 5:49 AM
読んでいただいてありがとうございます。
1年間楽しんだわけですが、擁護派がうだうだ言うようだとまだ楽しめるのかな?


一年間別の場所でアンチをやっていたんですね。私は当時は真相を知ることに精力を注いでいたんでこういうのはよく知らない。あちらというのがどこか誰かコメント欄に教えてくれると有難いね。だんだん正体が現れてきているかな。

そしていよいよ在米ポスドクの登場です。醜い豚腹です。人格も醜い。ヒヒヒ。
>>
Education
1回の活動電位で出入りするイオンの量
2015年4月23日 terui 10件のコメント
どの医学系の大学でも、生理学の講義の2,3回目くらいは興奮性細胞の活動電位がどうやって発生するかだ。
学生が質問してきた。「活動電位が発生するとNaイオンが細胞内に蓄積する。その量はどのくらいだ?量が多かったらまずいじゃん。」
ごもっともな、良い質問だ。すでに2回目の講義でNa-Kポンプの説明を行っていたから、この質問に対して返事ができる。「大した量ではないし、ポンプで排出されるんだよ」だ。
しかし、実際に計算したことなぞなかったから「大した量」の根拠がない。細胞内のKイオンの量に比べ1回の活動電位で細胞外に出て行くKイオンの量なぞ、ものすごく少ないというのは当たりまえだと思っていたからだ。それでもオーダー位は計算して見る価値がある。
細胞外から入り込むNa+については、一個の細胞に対して細胞外の溶液の量は無限大に近いし細胞内Na+の量は小さいから、細胞内から出て行くKイオンについて計算してみよう。細胞内のKイオンは有限だからな。以下の計算は合っているかな?だれか誤りを指摘してくれ。
[ 追記 ] 2015.11.14 在米ポスドクさんが誤りを指摘してくれました。以下に訂正しました。在米ポスドクさんありがとうございます。訂正前は青字でそのまま残しておきます。
細胞の直径を20 μmとして計算するとき、その半径10 μmを10 mm-2とすべきなのに 10 mm-3としたのが誤りの原因です。その他の値も原著に忠実にして、それらしくしたので、少し値が違いますが、大筋はかわっていません。

1回の活動電位が発生すると4.7 pmol/cm2のNa+が細胞内に入り6.6 pmol/cm2 のK+が細胞外に出る(Keynes, 1951, http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1113/jphysiol.1951.sp004608/epdf)。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。Na+とK+の出入りが1対1ではないじゃん、という議論は別にして、5 pmol/cm2が出入りするとしよう。下記の仮定がいい加減だから有効数字は1桁で計算しちゃうのだ。1 cm2 は 100 mm2したがって以下では、1回の活動電位で 5 ×10-2 pmol/mm2のNa+が細胞内に入り、同じ量のK+が細胞外に出るとするのだ。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径は 10μm すなわち 10 mm–2で 細胞の表面積は4πr2だから4 x 3.14 x (10-2)2 = 12 x 10-4 mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル密度が同じだとして計算するのだ。
1個の球形の細胞が1回活動電位を出すと
5×10-2 [pmol/mm2] x 12 x 10–4 [mm2] = 60 x 10–6pmol
つまり、6×10-5 pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 mol のイオン数は6x1023 個でp(ピコ)とは10-12 だから1 pmol とは6×1011個のイオンになる。
6 x 10–5 x 6 x 1011 =36 x 106個のイオンが出入りすることになる。
細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ(2回目の講義資料)。細胞内液 1 L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020 個のKイオンがあるということだ。直径20μmの細胞の体積は4/3πr3 だから4/3×3.14×(10-2)3 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-6 mm3 は 4×10-6 x 10-6 = 4 x 10-12 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-12 =640 x108 個、つまりが細胞内にKイオンは640 x108 個ある。
36 x 106 個 ÷ 640 x108 個 =0.056 x 10-2
0.06% 変化する。
1回の活動電位が発生すると4pmol/cm2のNa+が細胞内に入り同じ量のK+が細胞外に出る(Keynes, 1951)。これは昔のイカの巨大軸索で実施した放射性同位元素を使った実験のデータだ。これくらいしか根拠がみつからない。1 cm2 は 100 mm2したがって1回の活動電位で 4×10-2pmol/mm2のNa+が細胞内に入り、同じ量のK+が細胞外に出るとする。
球形の細胞の直径を20 μmとすると、半径 10μm は 10 mm-3で 細胞の表面積は4πr2だから4 x 3.14 x (10-3)2 = 12 x 10-6 mm2。イカの軸索の細胞膜のNaチャネル濃度が同じだとするわけね。
したがって1個の球形の細胞が1回活動電位を出すと
4×10-2 [pmol/mm2] x 12 x 10-6 [mm2] = 48 x 10-8pmol となり
48×10-8pmolのNaとKイオンが出入りする。
1 pmol とは6×1023 x 10-12個のイオンだから(「単位の話」を参照)
48 x 10-8 x 6 x 1023 x 10-12 =288 x 103個つまり約30万個のイオンが出入りすることになる。

細胞内のKイオンの濃度は160 mmol位だ(2回目の講義資料)。細胞内液 1 L に160 x10-3 x 6 x 1023 = 960 x 1020 個のKイオンがあるということだ。直径20μmの細胞の体積は4/3πr3 だから4×10-9 mm3である。
1 mm3 は 10-6 L だ。細胞の体積 4×10-9mm3 は 4×10-9x10-6 = 4 x 10-15 L だ。
160 x 10-3 x 1023 x 4 x 10-15 =640 x105 個、つまり6千400万個のKイオンが細胞内にある。
288 x 103個 ÷ 640 x105 個 個 =0.45 x 10-2 ≒ 5 x 10-3
0.5% 変化する。
別の推測によると「K+イオンの流出量は軸索内部に存在するK+イオンの約1万分の1である」だ。こんなもんかな?
なんか大きすぎるようなきがするけど。おなじようなオーダーだな。
どちにしろ、有効数字が1桁の概算で、1回の活動電位が細胞内のKイオン個数に及ぼす影響はほとんどないだろうで、事実ない。


ここのコメント欄です。一研究者ブログから続々という感じでしょうかね。
>>
「1回の活動電位で出入りするイオンの量」への10件のフィードバック
在米ポスドク(どこかでお馴染)
2015年11月14日 4:54 AM
細胞の表面積と体積の計算部分で、
細胞半径10 μm を1*10^(-3) mmとされているところ、 10^(-2) mmだと思います。
従って、最終計算結果が体積と面積の次元分だけ1桁異なってくるので、変化率は約0.05%となり、「なんか大きすぎる」という感覚と一致しそうです。
admin
2015年11月15日 10:17 AM
誤りの指摘ありがとうございます。書き換えました。
こんな価値があるとは思えないブログを読んでくださりありがとうございます。
在米ポスドク
2015年11月15日 5:30 PM
訂正を有り難うございます。
以前より楽しんで拝見しておりました。
質問に真剣に取り合ってくれる先生だからこそ、学生さんから良質の質問が出るんでしょうね。コロンバスの和訳を3日3晩考えたクシャミ先生を思い出しました。
それと、余談ですが、鍵箱は小さい六画レンチか小型のペンチをワッシャーの横から差し込んで手前のワッシャーを保定しつつナットを回して緩めればサラねじが抜けるのではないかな、と思いました。
admin
2015年11月16日 11:47 AM
2枚のワッシャはφ3mm の皿ネジで、1枚の方にネジ穴を作って固定しています。ワッシャの間にあるナットは4 mmのものですからスペーサーとして使っているだけです。この止めてあるφ3mm のネジの頭は外部に向いていないので、このネジを緩めるのは、ドアのとってを抜かないと無理です。ドアの取手は軸にネジで固定されているわけですが、このネジは鍵箱を取り除かないとアクセスできないです。
在米ポスドク
2015年11月17日 10:47 PM
あんまり褒められると面映くて、登場しづらくなっちゃいます。六角レンチを変換ミスするくらいのふつつかものです。
ナットはねじに噛んでいないのですね。納得しました。
この仕組みの最大の脆弱性は、4桁の数字でしょうね。システマチックに調べれば2、3時間かかりますが、ダイヤルが回しにくそうなので、学生さんは施錠時にわざわざ数字をランダムに戻さないでしょう。回しやすそうな位置(中央の2桁目)を手前方向に2、3した状態になっていると仮定して試せば、数分で開きそうです。
同じ鍵箱を2つ買ってつけておけば、部外者はどちらの鍵箱に鍵が入っているのか分からないのでセキュリティが高まりますが、見た目が悪いですね。
terui
2015年11月18日 6:28 AM
何桁あっても、おっしゃるように1桁だけ隣の数字にしておくのが多いですね。自転車のワイヤー鍵なんかそうですね。
鍵箱2つはいいアイデアですが、場所がない。バッテリー動作の電子錠なんてのがいいのですが、ドアを勝手に改造することになって、始末書ものになるし、許可なんか申請しても出ないですね。
科学誌印刷業者
2015年11月19日 12:25 AM
 学生の就職先とかの互恵関係にあるところで、個人認証ロックの導入について長期の信頼性確認試験の実験台を求めているところとかないですかね。
 もし見つかれば、大学の認可も得られやすく、しかも無料で導入できると思うのですが。
terui
2015年11月19日 6:51 AM
ちと、具体的に何を想定されているのかわかなないです。誰が、何のためにどのようなことをするのが、教えていただけないでしょうか?
科学誌印刷業者
2015年11月19日 8:03 PM
 指紋、静脈などなどのロック機構では、まだ認証エラーが十分に小さくなっていないように思います。
 比較的少人数で実験台になってくれて、しかも実験の信頼性が高いので、大学が導入を試してみてくれるなら食指が動くメーカがあるかもしれません。
terui
2015年11月20日 7:28 AM
業界が異なるので、そのような需要がどこまであるのかわかりかねます。
静脈認証で思い出すのは;大学の学生宿舎に個人認証で玄関のドアを開閉を制御するシステムを導入すべく、入札になったら、某韓国メーカが1円とかで応札して納品したんですね。手のひらの静脈認証システムでした。エラーばかりで、すべての学生宿舎の認証システムが破壊されてしまった という事件です。10年以上前の話です。


豚腹の方から出てきたように書かれている。裏でどういう打ち合わせかは分かりませんね。そしていよいよDORAさんブログで紹介したワトソンの件ですね。
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Education, 論文捏造
まだやっているようだーSTAP
2015年6月30日 terui 1件のコメント
STAP細胞捏造事件は、O が捏造した(公式な理研の調査では断定されていないけど)という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、まだ一部で議論が続いているのね(一研究者・教育者の意見)。ブログの主はO 擁護派ではない批判派でもないといいつつ、O だけが悪いのではない、未熟だったのだ、周囲のシニア研究者、早稲田の教育が悪いと主張するのだから擁護といわれてもしょうがないだろうが。30歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。
STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検2級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。
O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。
マスコミや管理者のようなB級研究者の妬みによる小保方バッシングがけしからんという主張もある。O 本人の責任ではないかもしれないが、理研が大々的に打ち上げた、組織維持、研究費獲得のため大騒ぎな発表だったからしょうがないだろ。当時の理研執行部を批判するのは当然だが、そもそもの原因はO にあったんだから。S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。
挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。
延々と酢漬けの細胞からキメラを作ろうとしたのだが、当然、失敗続きだったのだが、あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。キメラができたというのは、導入した細胞が全ての組織、臓器に分化した、つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。
キメラができた=万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。
S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。
ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。
上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。O への教育が悪かったというのも事実で、早稲田の指導教員や女子医の関係者は当然責められるべきだな。最悪な奴はO を利用したV だけどね。どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの?と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば だけどね。


(中間考察)

さて、やっと彼の認識の全貌が語られましたね。彼はこのブログとは別に事件後すぐに別の場所で小保方さん犯人説を展開していたようですが、今それはちょっと分からないんで、この文章を元に彼の認識の誤りを批判しておきましょう。
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まだやっているようだーSTAP

お前もな。何かいう時は自分にブーメランで帰ってこないかどうかいつも確認しながら書いたほうがいい。

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2015年6月30日 terui

まだ小保方さんの手記は出ていないが、丹羽さんと相沢さんの報告は出ている。まだ読んでないようだ。

照井直人さん
神経生理学関係の博士さん
東京教育大の理学部生物学科の動物学の専攻でそのまま教育大の院に進んで、筑波大の講師から始めて教授になり、今70歳前後の先生
この頃65歳前後



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STAP細胞捏造事件は、O が捏造した(公式な理研の調査では断定されていないけど)という誰もがが認める結論になって収束したと思いきや、

誰もが認める結論って何人に聞いた? データを示せ。我々はお前はそう思ってるだけだと判断している。

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30歳の博士を捕まえて、たとえこれまでどんな教育を受けてきたかを知らなくても、「未熟だから許す」なんていえないよ。

どこが未熟なのか説明してから後に、更に、誰が「未熟だから許す」と言ったのかちゃんと説明しろ。

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STAPはあるといまだ主張を変えないワトソンとか、愚民とか英検2級というこれもO 擁護派がコメントしているブログだ。もう結論がでたらから降りると宣言したのにまだコメントしているO 批判の在米ポスドク、アノニマスもいるから、コメント欄はO 擁護一辺倒ではない。だから続いているのかもね。

あ、そう。で。

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O が筆頭の論文のデータは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。データは、もはやどれも信用出来ないのだから、このデータを元に議論してもしょうがない。

あれま、なんという杜撰な論理なんだい。ほんとに博士かよ。馬鹿士じゃないのかよ。もっちょっと論理的に語れよ。中二じゃあるまいし。O が筆頭の論文の責任著者はWじゃねえか。このデータを元に議論しなくて、どこに捏造証拠があるんだい。データはたくさん残されているんだよ。お前知らないのか。誰が信用できないのかを決めるのは証拠だ。お前の思い込みじゃない。

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胎盤が光ったからES細胞ではないとかいう議論も意味がない。

誰が胎盤が光ったからESじゃないなんて言ってるんだい。勝手に藁人形を作って五寸釘立ててんじゃねえよ。そんな議論誰もしてない。誰がキメラを作ったのかと議論している。桂報告とお前は小保方さんがESを混ぜたと言ってるんだろ。我々は愚か者がとお前たちを断罪してるんだぜ。

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正しい実験だったのかは、記録もないから実験をしたかもしれない本人ですら、もはやわからない。

実験をした本人は若山さんだよ。大丈夫かお前は。キメラを作ったのはまず若山さんだ。そしてどんなマウスを渡したか記録してないのも若山さんだ。最初のマウスはGFPヘテロマウスなんだぜ。「僕のマウス」じゃないんだぜ。そんなことも知らないだろうが。間抜けが。ちゃんと調べてからものを言え。

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論文のデータを元にした議論はもうやめたらいいのにね。

論文と残されたデータを比較しないで何が出来るんだ。お前は小保方さんがESをコンタミしたからキメラができたと思ってるんだろう。キメラができたと書かれているのは論文だ。論文にキメラが出来てないと書かれていたら事件は無いだろう。間抜けたことを言うな。お前頭大丈夫か。

>>
そもそもの原因はO にあったんだから。

そもそもの原因がWにあったことを同時に考えもしてない愚かな頭で研究者だって? B級研究者が怒るぜ。他人迷惑な謙遜してんじゃねえよ

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S氏を含めた理研執行部のスケベ根性が詐欺に引っかかったのさ。

お前それを誰に聞いた? Wか、それともMか。それとも在米ポスドクか?

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挙句の果てインチキだというクレームに対する記者会見は弁護士付きので科学的な会見ではなかったしね。iPS細胞でっちあげ森口某氏と違って、目がキョロキョロしないし、堂々とした会見だったのでだれも嘘を付いているとは思わなかったのね。本人が嘘だと思っていないからね。これは「研究者として未熟」ということとは違うことだ。

お前のインチキ精神医学の見立てかね。
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さすがに
STAP細胞問題の中心人物の精神障害はどれか。
1. 依存性パーソナリティ障害
2. 演技性パーソナリティ障害
3. 妄想性パーソナリテイ障害
4. 非社会性パーソナリティ障害
5. 自己愛性パーソナリティ締害
正解 5
精神科医の解説:ドラマ人格の時代?小保方氏と自己愛パーソナリティ
というのは出題されないか。判定もどうやら人によって違うようだから、不適切問題になっちゃうかもね。

教育してんの? 魔女狩りやってるの? お前東京高等師範の出なんだろ。恥ずかしくないか。

>>
あるとき、意図してか誤ってかわからないがES細胞をW氏に渡した結果、キメラマウスができちゃったわけだ。

太田ESは解凍しないと使えないということが分からないのか。テラトーマからAcr-CAGが出ているのを知らないのか。「意図してか誤ってかわからないが」とは何だ。太田ESだったら意図してに決まってるだろうが。曖昧なことを言ってるんじゃねえよ。最初のキメラのF1はGFPヘテロマウスなんだよ。桂報告に書いてあるだろうが。「僕のマウス」じゃない。

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つまり万能性の決定的な証拠なわけだ。他のテラトーマやDNAのメチル化パターン、細胞増殖カーブ、… は万能性を示すことをサポートする実験結果で、これらを捏造したわけだ。

そうだ。Wがキメラを捏造したから、サポート実験の捏造を誘発したのさ。すべての原因はキメラを捏造したWだ。そして増殖率の捏造はES細胞の分であって、FLSではない。FLS1~8の40Pのサンプルが木星リストに残されている。この部分のレトリックは桂報告書の捏造で、Ooboeさんのパートナー氏によって 謝金支払い表が公表されている。彼女は殆ど皆勤している。

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それが今回のSTAP捏造事件で、最初のキメラの再現性がなかったのに突っ走って、結論に合うデータを集めたのがいけないのさ。

何をわけの分からないことを言ってるんだ。最初のキメラの次はGL作成時のGOFキメラが作られているはずだし、翌年にはGLS時のキメラ、FLS時のキメラ、又胎盤が光ったと言った時のキメラが作られている。何が再現性が無いだ。桂報告すら理解できてないじゃないか。


>>
キメラができた=万能性がある、したがって、酢漬けの細胞を別の実験材料にすれば、さらに万能性を支持する結果がでるはず…と指示され、示唆され、いい加減な知識をもとに実験するのだが、思ったようなデータにならない。だから捏造するわけだ。こうあるべきだと電気泳動のレーンに細工しちゃったわけだ。前の博士論文の写真を当てはめちゃったんだ。

何をトチ狂ってるんだ。お前全然論文読んでないじゃないか。レーンの話はSTAP細胞のTCR再構成ありのPCR証拠写真だ。ポリクローナルな集団だからあって当たり前だ。その写真の一番わかりやすいと彼女が思ったレーンを切り貼りして白線を入れるルールを誤解してたと言うだけだ。定性の場合は不要、定量の時は入れないといけないと思っていたからだ。博論の写真はテラトーマに若山さんが幹細胞を注射して小保方さんでも出来すぎだと疑われたから使わなかったんだよ。お前何一つ調べてないだろ。

>>
妄想と現実の区別がつかないのが統合失調症なんだけど正常の間には明瞭な線がないからね。

馬鹿野郎。お前のことだ。

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S氏はLive Cell Imaging の動画を解析できないのに、キメラがあったから、こうあるべきだとして、Live Cell Imaging の動画を証拠だと主張しちゃったのね。Establishした研究者というプライドがあるから、もう訂正することもできなくなっちゃったのでは。

お前自分のこと言ってるじゃないか。お前Live Cell Imaging の動画見てないだろう。そもそも論文読んでないな。

>>
ノーベル賞をとったような研究者が高齢になって何か訳のわからん主張をすることがあるけど、S氏は高齢者じゃないからな。ボケたと思われたらおしまいだし。

お前最近自分で自分のことおかしいと思い始めてるだろう? 65歳でボケるのは早いぜ。ガキに囲まれてセンセ、センセと言われてるとボケが早いとはいうけどな。

>>
上記のサポートするデータもO が捏造したんだから、O を批判しないで何とする。シニアが見抜けなかったという批判や、

見抜くもへったくれもない。そのシニアが犯人なんだよ。騙されていたのは小保方さん。

>>
理研の行動・態度にも批判されるところがあるけど、やっぱし、根源はO だよね。

根源はWなの。お前デカルトの方法的懐疑でも勉強し直せ。

>>
どっかで、データが出ないことから、ホントにキメラができたの?と、O の経歴を含めて再検討するチャンスがあったのにね。もしW氏がO の博士論文を見たら、こんな事件はなかったよね。ニラレバじゃなく、たら、れば だけどね。

博士論文じゃなくて自分が実験して責任著者になっいるレター論文をちゃんと見たらこんな事件はなかったろうが。馬鹿かお前は。彼は通らないと高をくくっていたからこうなった。お前と同類の不正直さが事件の原因だ。




💪 👍 👎 👉 👊 👋 🙏 🙌 👏 👣 👅 💋 🐦 👻 ⛅ 💩 🌠 💚 

つまらないから、この考察は中断。特許の話に行こう。

📷 💊 ⏰ ⌛ 🗻 🗾 🗽 ☔ 🍓 🍌 🌛 🍒 🍮 🌀 🔓 🔥 🔰 🎴 ✨ 


(特許の件)


根本さんブログに最新情報がある。ここに保存する。
>>
理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問
小保方論文の「改竄」「捏造」認定の不合理さ、バッシングの理不尽さ
2019/12/26
日本の特許庁での分割出願の動向(2019年12月初め現在)


Hidetaroさんに教えていただいた日本の特許庁での一連の動きについては、(仕事が多忙で落ち着いて読む余裕がなかったので)年末年始に読んでみたいと思います。



■2018年6月になされた分割出願の審査情報を閲覧するには、以下の画面から次のように辿ります。

https://www.j-platpat.inpit.go.jp/c1800/PU/JP-2015-516812/4D92FD4AEBCC7C813319CF58F47322014AE0C30B0CE7C9F998A6F49668E6F57A/11/ja 

 のサイトの右欄の、「経過情報」をクリックします。

 その表のタブの「分割出願情報」をクリックします。

 そうすると、「第一世代」の分割出願として、「特許出願 2018-117481」が記載されていくので、それをクリックします。

 そこに、一連の審査記録が表示されます。



■それをざっとみると、主な変更は次のようなものかと思います。



1 出願人の変更

日本の特許庁への出願人は、米国の場合と異なって、ハーバード大ブリガム&ウィメンズ病院でしたが、米国と同様、V-CELL社に変更になっています。



2 日本での代理人の変更

 代理人が、高島特許法律事務所から山本特許法律事務所に変更になっています。11月28日付で山本事務所の代理人が選任され、12月2日付で高島事務所の代理人が辞任しています。

 11月28日の請求項の補正、意見書等は、すべて、山本事務所の代理人によって行われています。



3 請求項の変更

 19年5月28日付の拒絶理由通知を受けて、請求項を、

分割出願後当初の、

「Oct4を発現する細胞を含有する細胞塊を生成する方法」から、

「細胞集団中の多能性の幹細胞マーカーを発現する細胞の数を増やす工程を含む、非胚性の正常な分化した体細胞の集団において多能性細胞の数を増やす方法」

 に補正(修正)しています。



 STAP細胞出願の一番当初は、「多能性細胞を生成する方法」でしたが、それが「OCT4発現細胞含有の細胞塊の生成方法」になり、今回、「細胞集団の中の多能性マーカー発現細胞増加を含む多能性細胞を増やす方法」になりました。



 大きな拒絶理由の一つが、「もともとの出願の発明の課題が、細胞を脱分化させて多能性細胞を生成することだったはずだが、OCT4発現だけでは課題解決にならない」というものでしたので、それに対応して、再び、多能性細胞について、「細胞集団の中で増やす方法」としたようです。

 「増やす」という意味が分かりにくいのですが、11月28日付の「意見書」の中で、次のように書かれています。

 ***********************************

「ほとんどの組織は、少数の多能性細胞を含みます。本願発明は、元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法に係る発明です。

 当業者は、本願発明の解決課題(すなわち、細胞をストレスに供することにより細胞を脱分化させ、多能性細胞を生成すること)が、補正後の本願発明の方法によって解決可能であることを容易に認識できますし、本願明細書の開示内容は、当業者が過度の試行錯誤を強いられることなく補正後の本願発明を容易に実施できる程度に十分に理解できるものです。

  また、補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能であることは明確です。出願人はここに、本願において開示される方法の確実性を証明した、本願出願後の3つの論文を甲第1~3号証として提出いたします。甲第1~3号証は、審査官殿のご指摘とは異なり、外来遺伝子などを導入することなく、ストレス曝露のみによって細胞が脱分化できることを明確に実証しています。」

***********************************



 「元々少数含まれている多能性細胞の数を増やす方法」と書かれているのを読むと、嘗てのバカンティ研究室の「芽胞様細胞(spore-like cells)」や東北大のMuse細胞のコンセプトを連想しますが、その後には、「脱分化」と書いてあります。



拒絶理由の中に、以下の指摘があります。

 **********************************

そうすると、両Nature論文に掲載された実験データを取得した一連の研究活動と同一の研究活動に基づく本願明細書記載の実験データは、本願明細書に記載されたとおりの手法により得られたものであるか否かが不明であり、その信憑性について疑義があるというほかない。

一方で、本願の発明の詳細な説明の実施例と同内容を開示していた両Nature論文(参考文献1、2)の研究内容自体、すなわち、外来遺伝子の導入等なしに低pH等のストレス曝露のみによって細胞を脱分化させ得るか否かについて、参考文献5には、複数の研究グループによって、低pH曝露等による多能性細胞生成(STAP現象)についての再現実験が行われた結果(本願発明者の一人であるVacanti氏の研究室で行われたと認められるものも含む)、両Nature論文に記載されるようなSTAP現象を再現することはできなかった、と結論付けられている(参考文献5の第E6頁左欄第1,2段落, 第E8頁左欄第2段落)。その上、理化学研究所における解析の結果において、両Nature論文につき、用いられた全てのSTAP細胞関連材料はES細胞に由来するものであったことが判明し、細胞ストレスによって多能性細胞へと再プログラム化するという論文の証拠には異議がある、との結論となっ  たものと認められる(参考文献6の第E5頁右欄第2段落)。そして、両Nature論文の共著者の一人(本願発明者ではない)による理化学研究所の検証実験チームの報告においても、STAP現象の実際の科学的重要性を調査すべく両Nature論文や関連情報に示された方法に基づいて再現実験を行ったものの、両論文に記載されたようなSTAP現象は、再現不可能(not reproducible)であると結論付けた、とされている(参考文献7のSummary)。

*********************************



 これに対する反論のひとつとして、下記の****以下のように述べています。

 専門的なことはよくわかりませんが、反駁の趣旨は、以下のようなことだと理解しました。違っていたら、ご指摘ください。



「審査官は、「ネイチャー論文が取り下げられたし、桂調査委やそれを踏まえた理研グループの論文でES細胞混入だと結論とされているのだから、その取り下げ論文に依拠した主張をしても駄目だ」というが、取り下げ理由に含まれない部分で有効なデータが多々ある。透過電子顕微法や細胞ライブイメージングなど、小保方氏らが操作しようがないもので、「公正な参考研究所で行なわれた」客観的な試験データである。

 それらのデータをみれば、ES細胞では説明できない事象が多々ある。それらのデータによって、ストレスによる多能性細胞の増加という現象を裏付けできる。

 補正後の本願発明の方法は、多数の第三者機関によって検証されていることから、実施可能である。」



*********************************

【意見書抜粋】

 審査官殿は、参考文献1および2の両Nature論文が共に2014年7月3日に取り下げられた点についてご指摘です。これら両Nature論文が取下げられた理由は、当業者が本願発明を追試するのに必要な情報である「ATP」の必要性について開示していなかったからです。

 ATPの重要性については、本願の実施例1において明確に示され、表3によって実証されています。

 多能性の意味をどのように規定するかは様々ですが、データははっきりと、細胞にストレスを加えて多能性へと方向付けることができることを実証しています。例えば、本願の図1A~1Dをご参照いただきますと、図1A~1Dは、CD45陽性体細胞からのOct4発現細胞の生成を示しており、特に、図1Aは、ストレス処理細胞のOct4-GFP発現を示していますが、ストレス処理細胞がOct4-GFPを発現した一方、非処理コントロールはそうではありませんでした。また、図1Bは、ストレス処理細胞および非ストレス処理コントロールの集団分析を示していますが、GFP発現細胞集団は5日目でストレス処理群においてのみ観察されました。図1Cは、ストレス処理の前および後(7日目)のCD45陽性細胞の細胞サイズ分析を示しており、図1Dは、ストレス処理後のCD45陽性細胞の経時変化を示しています。これらの図は、ストレス処理した細胞において、最初はCD45が強発現していたものが、OCT4が出現し、経時的に強くなるとともに、CD45発現が経時的に次第に弱まる様子を示す、連続的な画像を示しています。胚性幹細胞はCD45を発現しませんので、この現象が胚性幹細胞の混入に拠るものであったと主張することはできません。CD45+細胞、STAP細胞および胚性幹細胞の透過電子顕微法は、STAP細胞の像が、胚性幹細胞とは異なるユニークな核クロマチン密度を有しており、それが、混入した胚性幹細胞ではあり得ないことを示しています。

 Nature論文(参考文献1)は、STAP細胞が多能性マーカーを発現することを示しています。特に、GFP陽性STAP細胞が、様々な幹細胞マーカーを発現し、その発現が3日目~7日目にかけて増える様子を示した、図2bをご参照ください。個々の量が、胚性幹細胞について示されるものとは異なるので、その発現が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを示しています。また、図2cは、成体CD45+細胞と比較した、STAPおよび胚性幹細胞のOCT4プロモーターの後成的な変化を示しています。

この試験は、公正な参考研究所で行なわれたものです。STAP細胞および胚性幹細胞は、対照と比較して顕著な脱メチル化を示しています。STAP細胞は、胚性幹細胞とは異なる脱メチル化パターンを有しており、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図2fは、アルカリホスファターゼ染色を用いた異なる解離パターンを示しており、これもまた、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図3は、低pH処理による様々な細胞からのSTAP細胞変換を示しています。図3aおよびbは、STAP細胞および胚性幹細胞の両方からの胚性幹細胞マーカーの相対的発現を示しています。両方の細胞型がこれらのマーカーを発現していますが、その相対的な発現パターンは明確に異なり、このことは、STAP細胞の結果が、胚性幹細胞の混入に起因するものではなかったことを証明しています。図5aは、STAP細胞と胚性幹細胞の間の明確な形態の違い、ならびに、ki67およびBRDUの量の間の顕著な違いを示しており、STAP細胞が胚性幹細胞と異なるものであることを示し、胚性幹細胞の混入の可能性を排除しています。図6は、体細胞組織に由来するストレス処理した細胞から誘導された、体細胞組織のSTAP細胞への変換を示しています。図5fは、STAP細胞がX染色体不活化の形跡を示す一方で、胚性幹細胞がX染色体不活化の形跡を示さない様子を示しており、STAP細胞を胚性幹細胞から区別しています。また、図9は、OCT4産生に関して様々な組織に対する様々なストレスの影響を示しています(成体組織が胚性幹細胞を含まないことから、根拠が確実であると言えます)。さらに、図1cはFACS分析を用い、図2bの広範囲にわたるデータは、ストレス処理したCD45+細胞が次第にCD45発現を失う一方で、OCT4の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はCD45を発現しませんし、死細胞がOCT4産生を次第に増加させることもありません。

 Nature論文(参考文献2)は以下に示すような広範囲にわたるデータを提供しています:図3bおよびcは、胚性幹細胞および成熟CD45+細胞と比較した、STAP細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示しています。各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、STAP細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体CD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示しています。図4もまた、セグメントbおよびcにおけるトランスクリプトーム分析を示し、そのヒートマップは、成熟CD45+細胞、CD45+細胞および胚性幹細胞をストレス処理することによって誘導されたSTAP細胞についての異なる発現値を示しています。図6dは、全般的発現プロフィールの階層的クラスタリングからの1クラスターを示し、STAP細胞が、その由来となったCD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なり、かつ、別の細胞であることを明確に示しています。

 上記Nature論文の方法が機能しない(STAP現象が再現不可能)と結論付けた論文は、OCT4+GFP蛍光が死細胞の自発蛍光であったと記載しています。このように、本願明細書および参考文献1~2は、ストレス誘導因子が、高い割合の成体CD45+細胞を死に追いやったことを示しています。これらは自発蛍光を有したはずです。ストレス処理したCD45+細胞の時系列動画(対応する論文

(https://www.researchgate.net/profile/Masayuki_Yamato/publication/259984904_Stimulustriggered_fate_conversion_of_somatic_cells_into_pluripotency/links/544edcd90cf2bca5ce90beeb/Stimulus-triggered-fate-conversion-of-somatic-cells-into-pluripotency.pdf)のvideo 1)は、堅牢な拡張型のプロセスであり、ストレス処理したCD45+細胞が非常に生き生きしており、次第に緑になる(OCT4発現が徐々に増える)様を示しています。ここで観察された細胞はあらゆる時点においてOCT4を発現し、初めから緑になっていますので、混入した胚性幹細胞ではあり得ません。なお、参考文献1と同様、図1cではFACS分析を用い、図2の広範囲にわたるデータは、ストレス処理したCD45+細胞が次第にCD45発現を失う一方で、OCT4の発現が増していくことを示すために、細胞ライブイメージングを用いています。混入したとされる胚性幹細胞はCD45を発現しませんし、死細胞がOCT4産生を次第に増加させることもありません。

 上記のとおり、本願明細書のデータは、ATPの重要性を示しており、補正後の本願発明の方法をサポートしています。ATP処理を含めた本願発明の方法は、参考文献1~2の方法に基づくものであって、その後の論文において反駁されておらず、また、実施可能であることを裏付ける証拠も存在しています。

 例えば、上記甲第3号証(Batieら)は、多能性を取り扱った文献ではなく、ATP処理も含めていませんが、補正後の本願発明を裏付けています。

 (以下略)」

******************************



 これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法(増加方法)」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して(笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ)、主張するということのようです。

 http://www3.riken.jp/stap/j/s3document1.pdf



 ただ、実施可能であることを裏付ける証拠として挙げている甲3号証以下の実験論文?等が、実際どういうものなのかは、よくわかりませんが・・・・。

teabreakt2 7日前


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ヴァカンティが主張しているのは小保方細胞があるということですね。ライブセルイメージングはCD45+細胞、つまり白血球をFACS選別して酸浴刺激を与えたのちの細胞であるから、まずESはCD45を発現しないから入ってないよと言ってる。でも小保方さんが人の知らない間にGOF-ESをポトリと落としていたらESは入り得る。でもまた、GOF-ESが入っていたらライブセルイメージング観察の最初から光ってるはずだが、最初は何も光らないと言ってる。
ここはヴァカンティが正しいんですね。小保方細胞はあるんです。

大筋でこの特許の受理が難しいのはキメラができた理由がESコンタミだと桂報告書が言っていて、審査側はそれを疑ってないことです。つまり小保方細胞があることは認めても、それは、スタンダードなプロトコルではキメラも又テラトーマも作られていないので、多能性細胞であることを認めることはできないということです。
これは小保方細胞を若山さんがntES化しているということを審査官が認めたとしても同じですね。無論、そんなことは申請側は言ってないが、言ってたとしても特許は認められない。ntESならキメラが出来ていて何もおかしくない。その特許は若山さんのものです。もし、小保方細胞核を使っていたとしても、そのことによってどんな新しい事実が解明されたかを申請しない限り、ヴァカンティ側の特許は認められないでしょうね。でも、ヴァカンティはntES化したかもしれないとは思ってませんね。ただ、キメラがESのコンタミでできたと聞いているからそんなことは無いはずだと主張している。

我々の観点では小保方細胞の性質は以下です。

①内在性のOct4を代表とする多能性遺伝子発現をする。
②数はスフィア塊単位でも少ない。20から50個に対して一つ程度三胚葉分化する。
③ヴァカンティ足場を使うとテラトーマライクができる。スタンダードなプロトコルではできない。

ここまではティシュー論文段階で、三胚葉分化は小島も追試してネスティンを発見している。
ここに理研若山研で酸浴刺激実験の結果で発見された性質が加わる。

④内在性Oct4だけでなくOct4-GFPを発現する。それも大量に発現する。

しかし、これは丹羽さんの検証実験では酸浴という亜致死条件下でのGFPの漏れ出しの可能性指摘があった。つまり、GFP蛍光自体は本物で大量に光るが、内在性のOct4遺伝子の発現は無いというものである。これは知られていなかったアーティファクトによる誤認ということになる。ただし、丹羽さんは小保方さんの行った通りには検証していないので、小保方さんが普通に行えばどういう結果になったかは分からない。そして少量ではあるが本物のOct4遺伝子の発現も確認していて、スフィア塊単位での三胚葉分化実験結果は理論的にあり得ることを証明している。ただし、実際の確認に関しては行ったか否かも含めて報告がない。
こんな簡単に出来る実験に関して黙秘していること自体に意図が感じられるところである。分化の確認がなされていたら、事実事件化後に小島はネスティンを確認しているので、第三者の確認として重要な証拠になったところだが、理研は意図的に黙秘していると疑われても仕方がないところである。

関さんやノフラーは自家蛍光だといいましたね。そして丹羽さんの見つけた漏れ出し現象を発見できなかった。そのくせ自家蛍光だと言い張ってた。笹井さんがあんなにライブセルイメージングはESや自家蛍光で無いと言ってたのにではなぜと考えることをしなかった。そしてそれを追求しなかった。分からなかったら分からないと言って置けばいいのに、あんまり頭が良くないんですね。博士でも馬鹿はいるということです。そもそも就職できなかった落ちこぼれが院に残っているってのが最近の嘆かわしい現象なのかもしれない。まずは土下座して小保方さんと日本中に謝れや。お前たちの間違いが世間に与えた影響は大きい。これは小保方さんがESコンタミ犯だと後からわかったとしても取り消せない罪だということだ。早稲田大学が博論の捏造を証明しないまま小保方さんを騙して自主返納させた詐欺罪と同じだ。仮に小保方さんがESコンタミ捏造犯だとしても無視されることのできない罪だ。

⑤理研ではSTAP細胞のトランスクリプトーム分析のヒートマップを示して、各細胞型がユニークな発現パターンを有しており、STAP細胞がユニークな細胞であり、その由来となった成体CD45+細胞とも胚性幹細胞とも異なることを示していると、ヴァカンティはだから新種の多能性細胞だと主張している。

ここはTs.Markerさんや、学さん、アルイミオウジ氏、和モガ氏、Ooboeさんとパートナー氏らが論文通りのSTAP細胞があることの根拠にしているところだが、このトランスクリプトーム分析自体は特定のいろんな細胞の発現パターンが違っていたということ以上を意味していない。多能性証明はそれぞれの細胞からキメラが作られなければならない。
この場合、多能性を語る以前に、例えば別のES細胞を今分析したらレター論文のESのトランスクリプトーム分析と全く同じ発現になるということが先に証明されていないといけない。STAP細胞然り、STAP幹細胞しかり、CD45+細胞しかり、TS細胞然りである。これだけでは何も言えてない。

根本さんは正しくヴァカンティの意図を以下のように纏めて居るようです。
>>
 これまで、拒絶理由に対して、「Oct4発現細胞の作製方法」というところに請求項を変えてきたところを、本来の「多能性細胞の作製方法(増加方法)」というところに戻した上で、操作できない公正客観的なデータ部分を援用して(笹井氏が2014年4月の記者会見で主張していたようなES細胞、死細胞では説明できない点を含めて反駁しつつ)、主張するということのようです。

特許を申請する以上、"多能性"主張を取り下げることはできません。つまり発見に関して独占権を主張する以上、何か有用性が付随していないといけない。もし多能性を外すと、ただ妙な細胞を見つけたということだけになってしまう。学問的な発見ではあり得ても、発見自体が何であるかということが確定して無いと特許の主張になりようがない。多能性はキメラができたことによって証明されていますから、ヴァカンティは小保方細胞からスタンダードな手話でキメラができたと主張するよりない。しかし、実際には私見によれば、若山さんはスタンダードな手法ではキメラを作っていない。つまりntES化の別の実験をしてた。桂調査は知ってか知らずか、ntESの可能性を排除してしまった結果、既存ESによるコンタミ結果としているので、審査官が桂報告を信頼している限り、特許申請は却下されること火を見るより明らかです。
この時、審査官が我々のntES説があることを知って、同意したとしても、特許は通りませんね。事実として小保方細胞からキメラがスタンダードなプロトコルでできたということは否定されているのですから。

ヴァカンティは小保方細胞があるということを主張している。そしてキメラができたということは疑義していたとしても、自分では言わず、審査官が、拒絶理由に、小保方細胞はあり、既存ESでも無いということを述べてくれるのを待っているようです。それを審査官が言ってくれたら彼は自分の仕事と地位を回復できる。それが彼が特許を争っている理由でしょうね。
審査官がキメラが作られた細胞は小保方細胞ではなく、かつ桂報告が主張するような既存の細胞でもなく、ntESでもあり得るが、特許は認めないと結論してくれたら、今度は理研と若山さんに賠償請求訴訟が起こされるんでしょうね。彼には自分が捏造に関与してないということを証明する他の手段が無いんですね。米国での事件だったらとっくの昔に警察が入って解決してますね。





































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