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一言居士の独言

桂報告書に対する疑義(その1)

桂報告書スライドに以下の記述がある。
1.科学的検証結果について
・STAP幹細胞とFI幹細胞は、調べた限りではすべてES細胞に由来
 キメラマウスとテラトーマもその可能性が非常に高い
 故意か過失か、誰が行ったかは、決定できない
・ChIP-SeqやRNA-Seqの論文や公開されたデータは、
 細胞株/マウス系統が登録内容と異なっている
 その責任は小保方氏だが、故意か過失かは決定できない

(ESコンタミ結論全般に対して)
①FES1のコンタミに事故の可能性を残しているが、どこにあったかわからない細胞を解凍しているという意図的行為を事故と考えるのは間違いだ。細胞はそもそも事故では解凍されないし、そのような細胞がインキュベーター内で事故でコンタミされることもない。仮に本当にFES1が使われたのなら意図的なコンタミ犯が存在する。
②犯人が判らなければ捏造とは言えないというのは間違った論理だ。3億円事件は窃盗事件だが犯人は分かってない。日本を代表する知性の集まった理研が第三者機関に分析結果を提供したようだが、世界に対して恥ずかしいので、このような子どもの教育に悪い非論理を広報するのは控えていただきたい。既存ESがコンタミされたのなら、これは悪質な捏造事件です。既存ESでないのなら別の可能性も検討されなければならない。
③仮に悪質な既存ESのコンタミ捏造事件であったのなら、それを誰が行ったか決定できないとおっしゃる以上、証拠無しに誰かが犯人であると仄めかしてもいけないし、同時に証拠もなく誰かは犯人ではないとあらかじめ嫌疑対象者から外すようなこともあってはならない。

(論文のマウス背景に関して)
④マウスの系統は若山さんが小保方さんに知らせる。小保方さんはそれを書くだけというのが基本的関係のはずだが、若山さんが嘘をついているという視点が無いのは何か既に犯人のめぼしでもついていて若山さんは犯人から除外されているのか。③の原則を守っていただきたい。
論文には、B6GFPxDBA/2,129/SvxB6GFP,BL6(oct4-GFP),B6GFPx129/Sv,129/Sv carrying Rosa26-gfpが出ているが、この論文は若山さんは読まれてないのか、確認願いたい。ここには129/SvxB6のCAGホモマウスも出ていない。若山さんはFLS実験時にこのマウスを使ったとおっしゃってたが、なぜ論文に無いのか。調査願いたい。
最初の実験でキメラ成功したマウスは桂報告書21Pに<なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。>とある通り、GFPに関してヘテロマウスと解釈できるが、そのGFPはCAGであったのか、Acr-CAGであったのかを公表していただきたい。
公開されたデータのF1のマウス背景に関してC57BL/6x129/Svとなっているが、小保方さんの提出は2013/11/5、理研の提出は2014/2/13となっていて、間に他人の手が入っている可能性があるので、この文責が小保方さんかどうか確認した上で、なぜこういう間違った背景記述になったのかを聞き取り調査願いたい。小保方さんは誰かにそう言われないのにそう書くことができないのは、マウス背景情報のお二人の基本関係から明らかなことだ。
⑤公共データ等の実際の検証調査内容に関して<細胞株/マウス系統が登録内容と異なっている><その責任は小保方氏だが、故意か過失かは決定できない>とあるが、登録とサンプルの中身が異なっている原因は登録の経緯と中身の経緯と別々に原因が考えられる。前者は誰が小保方さんにそう伝えたのか、後者は誰が小保方さんにその中身を渡したのかという経緯の調査結果が無いと結論は出せないはずなので、<小保方さんの責任である>というからには、その調査証拠を提出していただきたい。故意か過失かは、まずは小保方さんの責任かどうかが分かってから、別途調べるべき話になる。別の原因であったら小保方さんの故意か過失かなどということ自体が分からないのが当然でこんなことを書くと小保方さん犯人という仄めかしになってしまう。③に抵触しないようにお願いしたい。



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  1. 2019/05/07(火) 13:35:55|
  2. 桂報告書疑義
  3. | コメント:0

桂報告書に対する疑義(その2)

桂報告書スライドにまた以下の記述がある。
2.論文の図について
・二つの図(細胞増殖率表、DNAメチル化実験)に関して、
 小保方氏によるデータの捏造を認定
*若山氏と丹羽氏は、研究不正と認定できるものは、なかった

⑥<小保方氏によるデータの捏造を認定>はいいが、若山氏による捏造教唆の罪に関して加藤研の例と比較して検討してもらいたい。
⑦若山氏と丹羽氏を並列に並べないでいただきたい。若山さんは最初から実験を主導している容疑者の一人で、後から論文の手伝いに入った丹羽さんとはまるで関与の度合いが違う。丹羽さんに不正が無いのは当たり前であるが、この捏造は若山さんと小保方さんの師弟関係で起きている問題なので、丹羽さんを外すと、<若山氏は研究不正と認定できるものはなかった>となる。本当ですか。ボスの命令で無かったという証拠がありますか。一方の主張のみを取り上げないでいただきたい。③を守ってください。どちらが悪いか分らないことは分からないとしてくださいよ。どちらであれ不正があったのなら分からないなりに両方の罪を問うべきでしょ。そういう書き方になってますか。若山さんに不正が無かったと書かれていますよ。
報告書では<(3)なお、細胞増殖率測定のグラフの作成につき、小保方氏は聞き取り調査において、 若山氏から、Yamanaka & Takahashi の Fig.1d の様な図が欲しい、と言われて作成し た、 と繰り返し説明し、この点については聞き取り調査で若山氏も認めていた。>(18P)、<若山氏は、細胞増殖率測定のグラフ作成を小保方氏に提案した研究室の主宰者であり、 小保方氏をシニア研究者として指導監督するとともに、共同研究者として、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏は細胞数の計測 や増殖曲線の作成に直接関与したものではないが、指導監督を怠り、データの正当性、 正確性について検証することなく、このような捏造を生じさせたことの責任は過失とは いえ重大である。 >としている。
また、本文ではメチル化実験に関しても<このようなことが行われた背景には、共同研究者によるデータに対する過剰な期待が あったことが推察された。若山氏は、上記のメチル化解析を小保方氏が行った研究室の 主宰者であり、シニア研究者として小保方氏を指導監督するとともに、共同研究者とし て、データの正当性、正確性について十分な注意を払うことが求められていた。若山氏 はデータの意図的な選別・提示に直接的に関与したとまでは認められないが、小保方氏 が若山氏の過剰な期待に応えようとして捏造を行った面も否定できない。少なくとも若 山氏は、小保方氏の指導監督を怠り、データの正当性、正確性について検証することな く、このような捏造を誘発したと認められ、その責任は過失とはいえ極めて重大である。 >としているのにスライド版では<若山氏と丹羽氏は、研究不正と認定できるものは、なかった>と若山氏が丹羽氏と匹敵できるほどにも不正が無かったと思わせるレトリックになっているのはいかがなものか。
⑧捏造教唆、捏造問題とは別に、細胞増殖率表の作製に関して、報告書本文に以下のようにあるが<小保方氏の出勤記録>なるものを証拠として開示していただきたい。というのも小保方さんは当時客員研究員でハーバード所属であり、正式な勤怠管理は小保方さんの日報メール報告等で、米国側で行われていたと推定されるので、日本の法律に基づく勤怠管理書類は存在していないはずだ。従ってそれがどういうものかが分からない。
>>(1)STAP 幹細胞と ES 細胞の増殖曲線の日にちのズレについて、小保方氏は、それらの 増殖実験を別個に行ったためにズレが生じたと説明した。また、使用した STAP 幹細 胞は FLS であり、ES 細胞については、記憶がないとのことであった。実験ノートに も、この実験の記述は見つからなかった。実験を行った時期は、聞き取り調査時の小 保方氏の記憶によると、ES 細胞を 2011 年の春から夏にかけて、STAP 幹細胞を 2012年の 1 月下旬~2 月に培養を開始したということだが、小保方氏の出勤記録では、こ の頃に 3 日に1回、実験ができた時期は見つからなかった。 (17P)
⑨引用文の示唆するところ、2011年の春から夏、そして引き続き2012年の1月下旬からの120日程度の期間をカヴァーするなんらかの勤怠管理表があるということになるが、彼女は震災の影響で若山研に非正規な形で4月に腰かけて、夏に米国から戻ってきたときに共同研究協約書を4月に遡って締結したときから客員研究員になった。春から夏の非正規腰かけだったころにどんな勤怠管理表があったのか、また、翌年の1月末から5月末の4か月間の勤怠管理漂とはどういうものなのか、実物開示が無理でもどういうものかはお答え願いたい。
⑩<この頃に 3 日に1回、実験ができた時期は見つからなかった。>という記述の<この頃>は2011年のことか、2012年のことか、その両方なのかが判断できないので、明確にしていただきたい。
⑪その上で、ESに関しては彼女は当時増殖実験を行うためのESを持っていなかったはずで、可能性としては学生のGOFESしかないが、そもそも小保方さんはFLSができてから<若山氏から、Yamanaka & Takahashi の Fig.1d の様な図が欲しい、と言われて作成した、 と繰り返し説明し>ている以上、まだ何も成功していない時点の2011年の春から夏に、しかも結果の分かり切ったESの細胞増殖率実験などを行うわけがないのに、ラボに迷惑が掛からないようについている彼女の嘘に気づかなかったのかをお答え願いたい。
⑫記者会見で桂委員長は小保方さんはこの期間、海外出張等で3日に一回の植え継ぎのできる日程が無かったとおっしゃったが、客員が4か月もの間にたった1週間ですら普通の出勤をできないという用件は何でしょうか。勤怠表が開示できないなら項目を具体的に教えていただきたい。すでに頂いている謝礼支給日表ではほとんど出勤になっていますね。小保方さんは休日でも出勤していることがあるのはテラトーマ実験で明らかになっている。建物内に入るときのIDカードによる入出所記録も確認されていますか。それともそのようなものはないのですか。
⑬細胞増殖率表の作製に関して、理研が保全した冷凍庫にFLSの1~8の全ラインのP40が存在している。どんな形であったにせよ、この実験が行われた証拠であるサンプルラベル記録があることは明確で、以下の桂報告本文の書き方はおかしくないであろうか。またこのFLSの8ラインに関して、実験を実際に行ったのが小保方さん一人なのか手伝いがあるのかは、彼女がラボの他のメンバーに迷惑のかからないように嘘をついているのではないかという視点でさらなる調査をお願いしたい。
>>(評価) この実験は行われた記録がなく、同氏の勤務の記録と照合して、Article Fig.5c のよ うに約 3 日ごとに測定が行われたとは認められない。小保方氏の説明を聞いた限りでは、 同氏は細胞生物学の最も基礎となる細胞増殖率測定に必要な「細胞数の計測」という手 技の原理と方法は理解し、最初はそれによって行なっていたものの、途中からはコンフ ルエントになった状態の細胞数を 107とみなし、計測を怠ったものと判断した。特に、小 保方氏は植え継ぎ時に細胞数を正確に計測せずに、Article Fig.5c を作成していたこと を自認しているが、そうだとすると、この図は、細胞増殖率を測定したものとしては全 く意味をなさない。同氏が細胞数の計測という最も基本的な操作をしていないこと、ま た希釈率についても 1/5 と説明したり、1/8 から 1/16 と説明したりしていること、オリ ジナルデータによる確認もできないことから、小保方氏の捏造と認定せざるを得ない。 小保方氏は、1 人で細胞数を計測し、細胞増殖率測定のグラフを作成したことを認めてい るところ、小保方氏によってなされた行為はデータの信頼性を根底から壊すものであり、 その危険性を認識しながらなされたものと言わざるを得ない。よって、捏造に当たる研 究不正と判断した。 (18P)



  1. 2019/05/07(火) 13:41:57|
  2. 桂報告書疑義
  3. | コメント:0

桂報告書に対する疑義(その3)

(調査された細胞の由来に関して)
⑭桂報告書の結論は、当該論文でつくられたテラトーマ、キメラと各種幹細胞は既存ES細胞由来であるという結論であるが、そう結論するためには、小保方細胞核を使った若山さんのntESである可能性等の他の可能性がないことをも検討しておかなければならない。報告書にはその検討が無いために論証が完全でない。
⑮まず、報告書がと結論している当該ES細胞は、FES1と学生のntESであるGOF-ES、そして若山さんが作った129B6F1ES1~8の内のとりわけ1であるとされているが、そのわずか三つのチューブの中身の二つが若山さんによってFLSとGLSに入れ替えられている可能性、AC129とFLS-Tが若山さんによる小保方さんに罪をなすりつける捏造偽装である可能性を否定する証拠が何もないばかりか、むしろ逆に、やろうと思えば簡単にできたと判断されるために、桂報告の検証結果の論証はまったく無意味になってしまっている。これはサンプルの由来に関しての調査、証拠・証言とされるものの信憑性評価作業が欠落していたためである。いわば裁判における証拠能力の判定作業を欠いたままに、一方的な証言を妄信してサンプル解析が行われている。かような非論理的な報告書が日本国の理研の名前を冠してBCA報告とされたのはこころある日本国民の羞恥の念に堪えざるところなので、速やかな取り下げを願いたい。
⑯FES1を含む太田ESが理研の解析担当の手元に来るまでの経緯を明確にしていただきたい。我々の調査では太田さんは一旦若山さんにFES1を含む何種類かの細胞を送っているので、そこで既に中身の入れ替えが可能な状態ができてしまっている。調査対象者であるはずの若山さんにそのようなチャンスを与えておきながら、調査対象者が提出したサンブルを言われるがままに信じて検査するという調査とは何なのか。事前に証拠の保全ができていなかったことは明らかである。
⑰この事前の証拠保全ができなかった理由にMTAの締結がなかったという事情があるようだが、太田さんの細胞はともかくとして若山さんの持ち出したサンプルは理研側で特許申請予定もある細胞だったはずでMTA締結無しに持ち出させるということはあり得なかったはずなので、なぜイレギュラー処理されたのかのお答えをいただきたい。そして2014/4/1に事後のMTAが結ばれることになった経緯もあるはずなのでお伺いしたい。
更に、理研側に残されていたサンプルは2014/3/15に竹市さんの指示のもと速やかに保全されたと推測するが、その後2014/4/1のMTA事後締結時までの半月間、あるいはその直後に山梨大から戻されたサンプルがないかどうかをお伺いしたい。そしてそのMTAの締結時にリストを作成して検討した理研側の担当責任者が誰であるかも明らかにされたい。名前を公表できないときは最低でも片山氏であるかないかは明確にしていただきたい。
⑭経緯の詳細は上述のように明確になっていないが、調査された太田ESサンプルの中にntES-G1,G2があり、報告書の細胞リストの注にラヴェル記載がある。調査の結果サンプルの中身の細胞の親の雌雄がラヴェル記載と異なっていることが分かって、調査対象から外されたと書かれているが、FES1,2とセットになって山梨大もしくは京都大から送られてきている細胞の一部がこんなでたらめな状況で、どうして、FES1,2の証拠能力が問われなかったのかの理由を述べていただきたい。若山さんが嘘をついていないという先入観で調査されていたのてあろうか。③を守って、公正中立な報告を願います。因みに関係する太田論文の親の雌雄はラヴェル表記が正しい。どういう理由からそうなったかの調査も欠けているが、中身が入れ替えられている疑惑を持たれても仕方のないものである。
⑮129B6F1ES1は若山さんが山梨で保有していて理研に無かったものだが、なぜそのことを報告書に書かないのか。AC129もFLS-Tもこの捏造は若山さんが責任を小保方さんに押し付けて逃げようとしたものでは無いかという可能性を検討して後に報告書を提出し直していただきたい。STAP幹細胞FLS=FI幹細胞CTS=ES細胞FES1という桂報告書の証明は、若山さんがFES1容器の中身をFLSに入れ替えるだけで簡単にそうなる。これはGLSも同じだ。入れ替え得なかったというアリバイがあるならそれを報告書に記載しなければならない。入れ替え得なかったという証明がない限り、当該論文のキメラ、テラトーマ、諸幹細胞の既存ES細胞による捏造という結論は立証され得て居ない。論証の根本が崩れている。<誰が混入したか>という問題以前に<混入した>という事実がまだ証明されていない。論証されていない論文を日本国の特別法人たる理研が世界のネイチャーに報告しているのは心ある日本人の羞恥とするところです。速やかに一旦取り下げていただきたい。
  1. 2019/05/07(火) 13:45:19|
  2. 桂報告書疑義
  3. | コメント:0

桂報告書に対する疑義(その4)

(テラトーマに関して)
⑰若山記者会見の論理はFLSはCAG-GFPホモたる、彼曰く「僕のマウス」、を渡してSTAP細胞を作ったのに小保方さんにFES1を渡されたという趣旨であるが、テラトーマはFLSより前の実験である。最初に行って成功したF1キメラのマウス背景を若山さんに聞き取り調査した結果を報告願いたい。報告書に従えば④に既述したとおり、<通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しい>のであろうが、これであるとGFPがCAGであるのかAcr-CAGであるのかは定かでない。明確にしておいていただきたい。
⑱12/27移植HarukoのテラトーマからAcr-CAG-GFPが出ている。これはGOFマウスの酸浴細胞をヌー ドマウスの皮下に足場付きでインプラントし、精巣に細胞塊をそのままインジェクトしたものであるので、既存ESを使うなら学生のGOFESを使うはずであるが、スライド版にはこのテラトーマもと書かれている。テラトーマ実験の前に最初のF1キメラが成功していて、後に小保方さんの書いた手記によれば、幹細胞も同時にできたと言われたとされている。その時の幹細胞のマウス背景が⑰で問い合わせている件のものである。この幹細胞が何者かによって、小保方さんの渡米中に移植された上から注射されている可能性がある。この可能性を検討しないままにああいう軽率な結論を報告書に書かないでいただきたい。分からないことは分からないと書かれなければならない。③を守ってください。
⑲12/27移植Harukoに対応しているというバラフィンブロックから出たGFP無しの切片はリシピエントの体組織だという証明は出来てない。マウスは免疫不全マウスで通常のマウスではないから調べたら何であるかすぐ分かる。なぜ調べもしないで、GFPがないからホストマウスの体細胞だと決めつけたのか、お答え願いたい。
⑳岡部氏主宰のブログに書き込まれた若山さんと考えられる人のSTAP幹細胞の最初の作成方法に関する書き込みがあって、それはキメラ胚にSTAP細胞を入れてES細胞として取り出すという手法で、若山さんが事後MTA締結した細胞リストにもキメラ胚を使った手法と培地誘導した手法の二つが書き込まれている(GLとFLB)。一旦キメラ胚に入れてES細胞として取り出すと、2Nは無論4Nでもまだリシピエントの細胞が生きていて、これをテラトーマに注射するとリシピエントの細胞からもテラトーマができる。無論GFPが無い。⑲の体細胞であるという結論は確認が必要で、簡単にできることなのでご確認願いたい。GLとFLBも調査が必要でしょう。
㉑我々は無論小保方細胞で簡単に上記手法での幹細胞化ができると思っていない。その前にクローン胚に入れられてntES化されたものが存在していると考えている。若山さんは別の実験を始めたものとみている。しかし、そのことは今は置く。ただ、これを説明しておかないとホストマウスの体細胞であるという結論以外にも別の可能性があるということに気づかれないだろうと思うゆえに指摘しておく。我々の主意は調査すれば可能性でなく事実になるということである。一人の女性の将来のかかっていることに関して手を抜かないでいただきたい。

(コントロールES、コントロールTSについて)
㉒コントロールESは樹立開始日が本文中とやや違っているがなぜか。訂正表によれば桂報告書の細胞リスト表には最初2012/5/25培養開始とされていたものが2014/4/19に訂正されていて、本文には(129B6 F1ES1~6、2012 年 5 月作製)と書かれている。推測では実験ノートに4/19の日付があったので後から培養開始日を訂正したのかとも思われるが、MTA事後締結時の若山さんの持ち出しリストではES、TSとも2012/5/25になっている。これは若山さんの間違いであろうか。若山さんが間違えるのは考えにくいのだが。どちらが正しいのか確認願いたい。因みにFLSやGLSは培養開始日で桂報告書と一致している。
㉓STAP細胞由来キメラの胎盤が光ったという話は、後に小保方さんの書いた手記によれば、その話を聞いた後の2012年4月頃にはTS細胞培地でスフィアを誘導してみる実験を開始されているようだったとあるので、2012/5/25培養開始とされているCTS-1の実験の予備実験であろうと推定されて、小保方さんはそのためのスフィア作成依頼を受けていたからの記述と思われる。このことからこの4月頃の前にスフィア由来のキメラの胎盤の蛍光確認があったことがわかる。10日キメラとしても17日前に小保方さんはマウスを渡されていることになるので、3月頃にこのキメラ作成実験が行われたことになるが、胎盤蛍光は結果的にわかったことであろうから、この実験がすでに幹細胞もできているこの3月の時点で、何のために行われたキメラ作成実験であったのかを若山さんの実験ノートの記載からご回答願いたい。またこの時に小保方さんに渡されたマウスの背景も実験ノートの記載をご照会願いたい。
㉔この酸浴スフィア細胞由来のキメラ胎盤は小保方さんに渡され、その免疫染色結果はLetter Extended Data Figure1のa,b,cに示されている。見事な証明だと思われるが。桂報告書はこのaについて2011/11/28撮影の4Nキメラだという若山さんの主張を受け入れられている。そして小保方さんは胎盤のGFP蛋白の免疫染色での存在確認をしたaのマウス背景をB6GFPx129/㏜だとリジェンドに書いていて、無論小保方さんは聞かされたとおりに書いていると思われるし、わざわざ勝手に別の背景を書く理由もないので、これが129/SvxB6GFPである2011/11/28撮影の4Nキメラと同じであるわけはないのに、どうしてそういう判断になったのかを説明されたい。
㉔まず桂報告書21Pには<4)Letter Extended Data Fig.1a について    2N キメラの写真ではなく、Article Extended Data Fig.7d と同じ 4N キメラ胎児胚 の写真の疑いがある点(論文撤回理由 2)(これについては、2014 年 5 月 10 日に著者か ら報告、5 月 21 日に報道されている)    この写真で胚の一部を胎盤と誤同定している可能性がある点 >とあるが、論文にはこれが2Nキメラであるということはどこにも書かれていないので訂正願いたい。撤回理由書の方も訂正されておいた方がいいのではないか。
㉕次に<(調査結果) 4N キメラ胚であることは、マウス胚撮影に用いた PC に残存する写真(2011 年 11 月 28 日撮影)と若山氏の実験ノートから確認できた。論文の図の説明には 2 つの矢印があっ て、胎盤と卵黄嚢とされているが、専門家の意見によれば 2 つとも卵黄嚢である可能性 が高い。 >とあるので、その写真とプロパティ、実験ノートの当該箇所を開示願いたい。マウス胎児は皆似た形状をしているので、厳密に立証されなければならない。
㉖続いて<(評価) 2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず、過失による可能性が高 いと判断した。STAP 細胞の胎盤への寄与は、Letter の論点として重要であり、研究の価 値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性があるが、調査により得られた証拠に基 づき認定する限り、研究不正とは認められない。なお、図の説明にある「B6GFP×129/Sv」 は、最初にメス、その後でオスの遺伝的背景を書く通常の表記法では「129/Sv×B6GFP」 が正しいが、不注意による間違いと思われる。 >とあるが、まず< 2N キメラか 4N キメラかは、論文の重要な論点とは考えられず>のところ、論文にはどこにも2Nキメラとは書かれていないことは上述の通りでご確認願いたい。
<研究の価 値を高めるために強引に胎盤と断定した可能性がある>という部分、写真の取違いということはあり得ても、それがb,cの免疫染色画像が3月頃に若山さんから渡された胎児の胎盤と卵黄嚢のGFP等の確認であることとは別の話になるので、<強引に胎盤と断定した>ということの証拠なり、根拠を示されて後、それが正しければ、その場合は例えばES細胞の増殖率などは分かり切っているからどこかの図を実験確認せず援用したなどという話と違って、悪質な捏造そのものだということになるので、<研究不正とは認められない。>という文言は訂正し、捏造であると断定願いたい。また、裁判で損害賠償の請求も考慮されたい。

そして、その請求はこの胎児胎盤卵黄嚢をセットで小保方さんに渡した若山さんの捏造か、全くそれと無関係なものを小保方さんが論文に掲載したのかの調査を要請することに当然なるでしょう。国民の税金で遊んでもらっては困る。この実験は3月頃に小保方さんに「B6GFP×129/Sv」と言って若山さんがマウスを渡し、できた胎児胎盤卵黄の免疫染色解析を小保方さんに頼んだものだ。そしてこの胎盤のコントロールとしてES細胞の胎児胎盤を小保方さんに渡したと若山さんは記者会見で証言しており、かつTS細胞の胎盤も渡したと証言されているが、それはいわゆる「僕のマウス」を使用して作られているとされている。つまり、裏返すと小保方さんに胎盤蛍光しているかもしれないと渡したキメラは「僕のマウス」だとおっしゃっていることになるが、このコントロールESも、コントロールTSも培養開始が若山さんの持ち出しリストでは2012/5/25になっていて、当然樹立は6月入っており、その受精卵ESなりTSからの胎盤はさらにその後に作られて渡されていることになる。
このことはLetter Figure 1のa,bが写真のプロパティと若山氏のメモによって2012/7/17の撮影とされていることと相まって、酸浴スフィア由来キメラ胎盤へのGFP侵入確認実験がこの頃まで続いていることから、10日キメラとしても6月の終わりころに小保方さんが酸浴細胞を作らされていることを意味していて、この時に若山さんが渡したマウスが何であるかを実験ノートから開示していただきたい。そのことはこれに続いて8月にGRASに提出された資料がどういう経緯で集められてどういう認識で小保方さんがそれを提出しているかという④⑤で調査依頼していることと関係してくる。小保方さんはこれらのF1のマウス背景に関して、若山さんの言うような「僕のマウス」でなく、Letter Extended Data Fig.1a のリジェンドにあるB6GFP×129/Svと同じくC57BL/6x129/Svという認識のようである。若山さんは小保方さんに渡したマウスの背景に関して正しく小保方さんに教えてない可能性も検討されるべきでしょう。
ここで、もう一度㉒の確認の重要性にお気づき願いたい。若山さんの持ち出しリストでは、コントロールES、コントロールTS、CTS-1はともに2012/5/25に樹立開始されている。桂報告書の細胞リストのみがESに関して5/25から訂正して4/19になっている。なぜ4/19に訂正されたのか、そしてMTAの持ち出しリストがなぜ5/25のままになっているかは重大な問題です。最初の胎盤蛍光キメラが作られたのは3月です。小保方さんはいくつかのサンプルを渡されたと手記には書いている。一つではない。次にもう一度酸浴細胞から光る胎盤が作られていてその撮影が7/17、つまり6月の末もしくは7月1日に小保方さんにマウスが渡されている。
5/25に樹立開始されたCTS-1は培地誘導ですから6月頃には確認されている。ここから胎児胎盤が作られるのは10日かかる。それでも6月中にはできる。ES、TSも同様で5/25が培養開始なら6月の前半には樹立確認凍結ということになり、一部キメラを作って6月中には比較用の胎盤ができる。つまりこのことは若山さんの記者会見での説明と異なっていて、これらのコントロールがCTS-1のためと後に7/17に作られた酸浴細胞由来キメラのために作られているという可能性がある。3月の最初の実験にはコントロールがない。そのために直後の4/19にコントロールES細胞を作ったのなら、これは5/25のとは別のものかもしれない。そのあたりをよく調べていただきたい。


  1. 2019/05/07(火) 13:54:27|
  2. 桂報告書疑義
  3. | コメント:0

桂報告書に対する疑義(その5)

桂報告書スライドに以下のようにある。

ChIP-SeqやRNA-Seqなど公開データに関する疑義
1.細胞株/マウス系統が論文や公共データベース登録内容と異なっている

(公開データの件)
㉗表は縦がa.STAP、b.STAP幹細胞、c.FI幹細胞の三種だが、細胞株はそれぞれたくさんあるがどうして三種の分類なのか。すべてリストアップ願いたい。横はd.論文/DB、e.ChIP-Seq、f.RNA-Seqの三分類だが、dの論文とDBは違うから二つに分けていただきたい。fもTru-SeqとSMARTerと二つに分けていただきたい。
その上で④⑤で問うた如く、129B6F1 CAG-GFPに関して、このCAG-GFPはホモなのかヘテロなのかの区別を明確にしていただきたい。小保方さんは論文のF1のCAG-GFPはすべてB6側のヘテロ。スライドのデータがヘテロの意味ならその通りだが、ホモであれば論文にはそんなマウスは記載されていない。DBの表示はF1に関してはC57BL/6x129/Svと書かれていてGFPの表示はない。実際に検査の結果と照合するためにも、論文、データベース、若山さんの事後証言の区別をつけて置いていただきたい。
DBの<C57BL/6x129/Sv>としたのもすでに⑤で問うてあるとおり、小保方さんなのか、ラボ仲間の手伝いをしてくれた人なのか、理研からの登録時の事務関係の方なのかを確認しておいていただきたい。小保方さんはArticle Extended Data Figure 7-bの表とdのキャプションでB6GFPx129/Sv と129/SvxB6GFPをルールに従ってかき分けているように見える。


㉘桂報告書10Pに以下のような記述がある。
>>
なお、Article のメソッドに、129/Sv carrying Rosa26-gfp からキメラ寄与能を有する STAP 幹細胞が樹立された、との記述があるが、129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないことから、 これは誤記と考えられ、若山氏の説明によればここで言及された STAP 幹細胞は AC129 であった可能性が高い。

上記、アーティクル論文の対応個所は以下である。
>>
We tested the following three different genetic backgrounds of mice for STAP stem-cell establishment from STAP cell clusters, and observed reproducible data of establishment: C57BL/6 carrying Oct4-gfp (29 of 29), 129/Sv carrying Rosa26-gfp (2 of 2) and 129/Sv × C57BL/6 carrying cag-gfp (12 of 16). STAP stem cells with all these genetic backgrounds showed chimaera-forming activity.

また、この小保方さんはRosa26-gfp に関してはLetter Figure 1-aに関する以下の本文上で129/Sv carrying Rosa26-gfp背景のESがあるという認識でいる。
>>
We became particularly interested in this question after a blastocyst injection assay revealed an unexpected finding. In general, progeny of injected ES cells are found in the embryonic portion of the chimaera, but rarely in the placental portion (Fig. 1a; shown with Rosa26-GFP). Surprisingly, injected STAP cells contributed not only to the embryo but also to the placenta and fetal membranes (Fig. 1b and Extended Data Fig. 1a–c) in 60% of the chimaeric embryos (Fig. 1c).

このレターのa画像は若山さんよりES画像ではなくSTAP画像であると取り下げ理由に掲げられている。しかもキャプションにCAG-GFPと書かれている。ここに小保方さんのどんな勘違いがあったかは別として、小保方さんの認識ではこの129/SvはRosa26遺伝子のプロモーター下にGFPが組み込まれていて、通常はLoxpに挟まれたSTOP配列によってGFPは発現しないように設計されている。Cre酵素の発現はCD45抗体遺伝子のプロモーターに連結されていてCD45陽性細胞でのみ発現し、従って、CD45発現血球以外ではCreの発現しないようなマウスを使用している。結果、このGFPが発現したということはCreが発現してLoxpを分解し、STOP配列を切り落としてしまった、即ち、間違いなくCD45抗体の発現している血球細胞由来のSTAP細胞から作られたキメラであるという証明のための実験だと理解していたことになる。
その上、彼女はこの129/Sv carrying Rosa26-gfpマウスから、STAP細胞とES細胞が作られて、どちらもキメラが作成されたと認識し、前者からはSTAP幹細胞が(2 of 2) の100%確率で作られて、STAP幹細胞からのキメラも作られたと信じていることになる。そしてSTAPキメラの胎盤ではGFPが光り、ESの胎盤では光ってないという画像を掲載しようとしていたということになる。
桂報告書は129/Sv carrying Rosa26-gfpマウスのESキメラが作成されたか否かに関して直接の言及がないが、登録データには調査のないまま129/SvのEpi stem cellsもあって、これほど具体的な実験に関して<誤記と考えられ>たり、<不注意による間違いと思われ>たりすることはできないのではないか。<129/Sv carrying Rosa26-gfp マウスは理研 CDB に導入された記録や飼育記録はないこと>の証拠書類の開示を願いたい。因みに、丹羽さんの検証実験ではとある。
また、STAP細胞の胎盤寄与率がLetter Figure 1-bにあって10個の胎盤のうち6個に貢献があったとされている。今分かっているSTAP細胞由来の胎盤はこの129/Sv carrying Rosa26-gfpの2個と3月頃に最初に蛍光確認された時の、手記曰く、<いくつかの>、胎盤だけである。他にもあるのかどうか若山さんの研究ノートによって残り8個の具体的な実験を確認願いたい。また最初の実験が胎盤が光ることの確認実験であったということも考えにくいので、そもそも何のための実験であったのか確認願いたい。胎盤が光るということを予測しての実験であれば、この実験が若山さんのアイディアで、小保方さんの始めたことでないことがわかる。因みに、このことは桃子本107Pの小保方さんが持ってきたという記述が若山さんが作ったという事実を覆い隠す悪質なレトリックであることを示唆することになる。
㉙桂報告書スライドに<2.FI幹細胞のRNA-Seqデータは二種類の細胞種を持ったサンプルに由来する。>とあって下に表が添付されていされている。表は、a.2012年8月 129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP、b.2013年1月 129B6F1 Acr-GFP/CAG-GFP、c.2013年1月(最終) B6 Oct4-GFP+α、であるが、桂報告書本文には<第 1 回目の GRAS による RNA-seq データ解析結果が想定していたものと異なっていると の理由により、小保方氏らは、再度サンプルを2013年1月および6月にGRASに提供し (TS 細胞 1 種類(TS2)および FI 幹細胞 2 種類(FI-SC2、FI-SC3))、データの再シークエンスを 実施した。(16P)>とあるので、③の2013年1月(最終) は6月の間違いではないか。間違いなら訂正願う。
㉚また、8月、1月、6月のGRAS への提出が月内で数回に分かれている可能性もあるので、日付別に分類願いたい。このことは特に小保方さんの提出した酸浴STAP細胞の生存期間が短いこともあって、直前に行われている実験との照合に必要な情報である。開示願いたい。
㉛次に、公開データベースに登録された酸浴STAP細胞について、8月のGRASへの提出日の7日から14日前の間に129B6F1(アグーチ)もしくはB6129F1(アグーチ)を渡して何か実験を行っていたか否かを若山さんの実験ノートで調査して追加報告願いたい。この直近に129/Svの実験が行われているが、129/Svは毛色が白であるので、小保方さんがこのマウスを渡されて混同することはない。公共データベースに提出されている酸浴細胞はアグーチであることは明らかなので、近辺で行われている実験が何であるか、若山さんの実験ノートで開示説明願いたい
㉜桂報告書17Pの下記評価に関して、<小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析 を行ったことは自明であ>るとされる<小保方さん>のみの仕業だという証拠が添付されていない。読者には提出作業の具体的な経緯が全く自明でない。まず、小保方さんの当時の身分は客員ポスドクなので勝手にGRASに対して解析依頼しても受け付けられるはずもない以上、8月の解析にはGRASへの若山さんの解析依頼書が提出されているはずなので若山さんの押印のあるその書類を公開願いたい。加えてこの実験でのラボメンバーの実験ノートのコピーを検証して仕事の分担がどうであったかを表にして報告書に加えていただきたい。
>>
(評価) 小保方氏が様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析 を行ったことは自明であり、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系 統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使 用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。しかし、聞き取り調査などを通 じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった 可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。一方、 FI 幹細胞データに関しては当初の解析結果が同氏の希望の分布をとらなかったこと、そ れにより同氏が追加解析を実施していること、当初解析結果と追加解析結果で使用した マウスの種類も含め結果が異なること、複数細胞種を混ぜた可能性が高いこと(故意か 過失かは不明)から不正の可能性が示されるが、どのようにサンプルを用意したかを含 め同氏本人の記憶しかないため、意図的な捏造との確証を持つには至らなかった。よっ て、捏造に当たる研究不正とは認められない。 なお、RNA-seq はライブラリ調製の前までを小保方氏が行った上で GRAS がシークエン スしており、GRAS 内に残されていたオリジナルデータの確認により、シークエンス後に 計算機上で混ぜられたものではないことが確認されているため、GRAS に持ち込まれた段 階で混入していたと考えるのが妥当である。
㉝上記、論文の記載や公共データベースに登録時の記載と異なる系 統や GFP 挿入のあるマウスの使用や、本来比較対象とならないデータを並べて論文に使 用したことは不正の疑いを持たれて当然のことである。>とある部分に関し、<使用した>という述部の主語は小保方さんだとしか解しえないが、これが事実なら不正ではなく、捏造であるから、証拠を提示して、小保方さんの捏造だと書くか、さもなければ<様々なバックグラウンドの細胞を寄せ集めて RNA-seq 解析、ChIP-seq 解析 を行った>結果の責任が誰にあるのかが分からないと書き直すかして訂正願いたい。
㉞更に<しかし、聞き取り調査などを通 じて小保方氏は「条件を揃える」という研究者としての基本原理を認識していなかった 可能性が極めて高く、意図的な捏造であったとまでは認定できないと思われる。>という部分に関し、マウス背景もGFPの種類も論文、もしくは若山さんの証言と違っていたという分析結果が捏造だという認識でなく、「条件を揃える」という問題であるとの頓珍漢な判断になった理由を説明していただきたい。加えて小保方さんが<研究者としての基本原理を認識していなかった 可能性が極めて高>いことを示す証拠もしくは根拠を提示願う。それから、<思う>の主語は誰かということを明示して、なぜ報告書に事実の説明もない<思い>を書き込んだのかの理由を説明願う。分らないことに関しては③を守っていただきたい。
㉟上記㉘において触れた129/SvのEpi stem cellsに関して、この解析のためにGRASに試料が持ち込まれたのは8月か1月か6月かを確認願いたい。持ち込み日が分かれているなら日付もお願いしたい。AC129とやらの培養開始は2012/8/13となっていて樹立が9/4とされている。この実験のマウスの手渡しは8月の5,6日ということになる。AC129とやらは無論8月の解析には提出され得ないが、これ以前に129/SvのEpi stem cellsが作られていたから8月の提出に間に合ったのか、それともこれは8月以降に作られていたが、1月か6月に小保方さんが論文リヴァイズ時の必要から解析に出したものなのかを確認願いたい。そしてもし後者であるのなら桂報告書の中のGRASへの提出経緯の中でなぜFI-SCとTSの再解析のみでなく、このことに触れなかったのかの説明を願いたい。無論、前者であるなら、129/Svの実験は2012/8/13培養開始以前から始まっていて、小保方さんはこの129/Sv関係の酸浴STAP細胞作製を若山さんに2度作らされていることになる。この確認は129/Sv carrying Rosa26-gfpの問題解明にも関係してくる大事な情報になる。
  1. 2019/05/07(火) 14:03:12|
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